Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Centralna Biblioteka Wojskowa Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaCentralna Biblioteka Wojskowa

Wyszukujesz frazę "methods of molecular" wg kryterium: Wszystkie pola

  Lista filtrów
Wyrównaj
    Wyświetlanie 1-45 z 45
    Tytuł:
    Optyczne metody obrazowania molekularnego
    Optical methods of molecular imaging
    Autorzy:
    Sołtysiński, T.
    Liebert, A.
    Zawicki, I.
    Maniewski, R.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/261383.pdf
    Data publikacji:
    2008
    Wydawca:
    Politechnika Wrocławska. Wydział Podstawowych Problemów Techniki. Katedra Inżynierii Biomedycznej
    Tematy:
    metody optyczne
    obrazowanie molekularne
    optical methods
    molecular imaging
    Opis:
    Obrazowanie molekularne jest szybko rozwijającą się dziedziną badań w zakresie biotechnologii i inżynierii biomedycznej. W artykule przedstawiono przegląd technik stosowanych w obrazowaniu molekularnym, wykorzystujących metody medycyny nuklearnej oraz optyczne techniki oparte na analizie promieniowania fluorescencyjnego. W szczególności opisano metody optyczne obrazowania molekularnego stosowane w skali mikroskopowej (mikroskopia konfokalna, obrazowanie czasu relaksacji fluorescencyjnej, transfer energii Foerstera) oraz wykorzystywane w badaniach na zwierzętach doświadczalnych. Omówiono także potencjalne wykorzystanie technik optycznych w badaniach dużych objętości tkanek.
    Molecular imaging (MI) is a rapidly emerging field of biomedical, biotechnological and engineering research. This study provides a brief review of the state-of-the-art techniques and methods of MI based on nuclear physics and fluorescent agents. Special attention will be focused on optical methods of MI applied in microscopic scale (multiphoton confocal microscopy, fluorescence lifetime imaging, Forster energy transfer) and in experimental animals. Potential application of MI in large tissue volumes will be also discussed.
    Źródło:
    Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna; 2008, 14, 4; 331-335
    1234-5563
    Pojawia się w:
    Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Zastosowanie dyfraktometrii rentgenowskiej w badaniach mikrobiologicznej korozji metali
    Application of X-ray diffraction for studies on microbially induced metal corrosion
    Autorzy:
    Hryniszyn, A.
    Cwalina, B.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/143211.pdf
    Data publikacji:
    2015
    Wydawca:
    Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Przemysłu Chemicznego. Zakład Wydawniczy CHEMPRESS-SITPChem
    Tematy:
    dyfraktometria rentgenowska (XRD)
    mikrobiologiczna korozja metali
    metody mikrobiologiczne
    metody molekularne
    X-ray diffraction (XRD)
    microbially induced metal
    microbiological methods
    methods of molecular
    Opis:
    W pracy przedstawiono aktualny stanu wiedzy na temat dyfraktometrii rentgenowskiej (XRD) w aspekcie wykorzystania tej techniki do badania korozji wzbudzonej przez mikroorganizmy. W podsumowaniu stwierdzono, że wskazanie – na podstawie badań XRD – grup mikroorganizmów uczestniczących w MIC nie dowodzi udziału określonych drobnoustrojów w korozji. Sugestie te powinny być potwierdzone za pomocą metod mikrobiologicznych i/lub metod biologii molekularnej.
    The paper presents the current state of knowledge on X-ray diffraction (XRD) in terms of the use of this technique to study the corrosion induced by micro-organisms. It was concluded that the indication – on the basis of XRD – groups of micro-organisms involved in the MIC does not prove the participation of specific micro- organisms in corrosion. These suggestions should be confirmed by microbiological methods and/or methods of molecular biology.
    Źródło:
    Chemik; 2015, 69, 8; 455-462
    0009-2886
    Pojawia się w:
    Chemik
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    The importance of molecular identification methods of mosquitoes in epidemiology of vector-borne diseases
    Autorzy:
    Rydzanicz, K.
    Lonc, E.
    Becker, N.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/5621.pdf
    Data publikacji:
    2016
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Parazytologiczne
    Tematy:
    vector-borne disease
    Culex
    Anopheles
    molecular identification
    molecular method
    mosquito
    epidemiology
    Źródło:
    Annals of Parasitology; 2016, 62, Suppl.
    0043-5163
    Pojawia się w:
    Annals of Parasitology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Zastosowanie metod biotechnologicznych w hodowli molekularnej rzepaku
    The use of biotechnological methods in molecular breeding of oilseed rape
    Autorzy:
    Olejniczak, O.
    Mikolajczyk, K.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/832859.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
    Tematy:
    hodowla roslin
    rzepak ozimy
    Brassica napus
    metody biotechnologiczne
    markery genetyczne
    transformacja genetyczna
    plant breeding
    winter rape
    biotechnological method
    genetic marker
    genetic transformation
    Opis:
    W pracy przedstawiono przegląd literatury dotyczącej badań genetycznych ważnej uprawnej rośliny oleistej strefy klimatu umiarkowanego, jaką jest rzepak ozimy. Zaprezentowano metody biotechnologiczne, takie jak transformacje genetyczne z użyciem wektorów bakteryjnych oraz metodą wyciszania genów, ukierunkowana mutageneza, a także selekcja z użyciem markerów genetycznych, w odniesieniu do prowadzonych doświadczeń hodowlanych. Metody te stosowane są w celu modyfikacji i polepszenia ważnych gospodarczo cech, takich jak odporność na choroby i szkodniki, plon nasion, plon oleju, skład kwasów tłuszczowych w oleju nasion, występowanie związków aktywnych biologicznie w oleju i wytłoku oraz zawartość włókna w okrywie nasiennej. Podkreślono znaczenie identyfikacji specyficznych markerów genetycznych i ich zastosowania do selekcji w programach hodowli. Wskazano na rozwój nowej, interdyscyplinarnej dziedziny, określonej jako hodowla molekularna. Przedstawiono również praktyczne zastosowanie różnego rodzaju markerów genetycznych, identyfikujących geny i rejony genomu sprzężone z określonymi cechami, z włączeniem markerów opracowanych w IHAR – PIB, Oddział w Poznaniu.
    This paper comprises a review of genetic studies of winter oilseed rape, an important oil crop of the moderate climate zone. Biotechnological methods, such as genetic transformation with the use of bacterial vectors and gene silencing, site-directed mutagenesis as well as selection with the use of genetic markers with respect to field experiments were presented. The methods are applied for modification and improving of economically important traits, including resistance to diseases and pests, seed yield, seed oil fatty acid composition, the presence of biologically active compounds in oil and seed meal, and also the fibre content in seed coat. The importance of specific genetic markers development and their use for selection in breeding programs was highlighted. Molecular breeding was mentioned as a new, interdisciplinary domain. Finally, practical use of several genetic markers for identifying genes and genome regions linked to specific traits, including those developed at the Plant Breeding and Acclimatization Institute – NRI, Poznan Branch, was presented.
    Źródło:
    Rośliny Oleiste - Oilseed Crops; 2013, 34, 1
    1233-8273
    Pojawia się w:
    Rośliny Oleiste - Oilseed Crops
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Molecular Methods of Characterization and Identification of Globodera Rostochiensis and Globodera Pallida Populations
    Autorzy:
    Podlewska-Przetakiewicz, Anna
    Milczarek, Dorota
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2199577.pdf
    Data publikacji:
    2020-11-27
    Wydawca:
    Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
    Tematy:
    Globodera
    inter-and intraspecies identification
    molecular methods
    potato cyst nematode
    Opis:
    The cyst nematodes belonging to the genus Globodera are big worldwide problem in countries were Sola-naceaous plants growing. Knowledge of species-composition in populations of Globodera rostochiensis and Globodera pallida is very important for selection of appropriate measure of nematode regulations occurrence. Inter- and intraspecific variability among species of Globodera rostochiensis and Globodera pallida were studied intensively with the use of molecular analyses of DNA methods. This review summarize and compare of methods chosen to distinguishing between Globodera, both pathotypes and species.
    Źródło:
    Plant Breeding and Seed Science; 2019, 80; 3-12
    1429-3862
    2083-599X
    Pojawia się w:
    Plant Breeding and Seed Science
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Molekularne metody identyfikacji gatunkowej wykorzystywane w ekspertyzach sądowych
    Molecular methods of species identification used in forensic examinations
    Autorzy:
    Nakonieczna, S.
    Grela, M.
    Listos, P.
    Gryzińska, M.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2191477.pdf
    Data publikacji:
    2019
    Wydawca:
    Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie. Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie
    Źródło:
    Journal of Animal Science, Biology and Bioeconomy; 2019, 37, 1; 31-39
    2544-4468
    Pojawia się w:
    Journal of Animal Science, Biology and Bioeconomy
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Characteristics of selected molecular methods used in identification and assessment of genetic diversity of bacteria belonging to the genus Azotobacter
    Autorzy:
    Kozieł, Monika
    Gałązka, Anna
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2147979.pdf
    Data publikacji:
    2019-09-30
    Wydawca:
    Instytut Uprawy Nawożenia i Gleboznawstwa – Państwowy Instytut Badawczy
    Tematy:
    Azotobacter
    ITS PCR
    16S rRNA gen
    PCR MP
    RAPD
    ARDRA
    Opis:
    Modern molecular techniques have greatly increased our knowledge concerning phylogenetic and functional diversity of microorganisms inhabiting the soil environment. Soil ecosys-tem is relatively complex with a high level of microbiologically diversity. The application of traditional culture-based techniques dose not reflect the total diversity of microbial community in-habiting in soil environment. On the other hand commonly used molecular methods allow for quick and accurate identification and evaluation of the genetic diversity of microorganisms in-habiting this environment. Free-living bacteria belonging to the genus Azotobacter commonly occurring in soil. Azotobacter spp. are the subject of many studies conducted both in Poland and in the world. The interest in these bacteria is largely related to their properties very useful for agriculture. Owing to their capability of fixing atmospheric nitrogen and making it available to plants and production of plant growth promotion and fungicidal substances, they are used in the production of soil bacterial inoculants. In addition, these bacteria are an excellent indicator of soil fertil-ity, which is why they are often used as test microorganisms in many studies. The paper presents an overview of molecular mi-crobiological techniques used to identify and evaluate the genetic diversity of Azotobacter spp. in studies conducted both in Poland and across the world. The ITS PCR, PCR-RFLP methods and 16S rRNA gene amplification are used to identify bacteria of the ge-nus Azotobacter, and PCR MP, RAPD PCR and ARDRA are used to assess the genetic diversity of these microorganisms.
    Źródło:
    Polish Journal of Agronomy; 2019, 38; 37-45
    2081-2787
    Pojawia się w:
    Polish Journal of Agronomy
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Badania nad opracowaniem molekularnej metody identyfikacji genów warunkujących ważne cechy użytkowe pomidora
    Studies on the development of molecular methods for identifying genes responsible for important traits of tomato
    Autorzy:
    Nowakowska, Marzena
    Kłosińska, Urszula
    Nowak, Katarzyna
    Szczechura, Wojciech
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2199521.pdf
    Data publikacji:
    2019-11-30
    Wydawca:
    Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
    Tematy:
    bakteryjna plamistość
    funkcjonalna męska sterylność
    fuzaryjne więdniecie
    selekcja wspomagana markerami
    Źródło:
    Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin; 2019, 286; 303-307
    0373-7837
    2657-8913
    Pojawia się w:
    Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Zastosowanie metod molekularnych w identyfikacji gatunku, wieku i płci owadów użytecznych w entomologii sądowej
    Use of molecular methods in the identification of the species, age and sex of insects useful in forensic entomology
    Autorzy:
    Stojak, Joanna
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1373968.pdf
    Data publikacji:
    2014
    Wydawca:
    Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Policji
    Tematy:
    entomologia sądowa
    barkoding DNA
    mtDNA
    metody molekularne
    identyfikacja gatunkowa
    forensic entomology
    DNA barcoding
    molecular methods
    identification of species
    Opis:
    Entomologia sądowa wykorzystuje owady do ustalania czasu i przyczyny śmierci, a nawet miejsca, w którym nastąpiła. W tym celu stosowane są dwie metody. Metoda rozwojowa opiera się na wzorcach rozwoju larw w określonych warunkach temperaturowo-środowiskowych. Metoda sukcesyjna analizuje występujące w różnych środowiskach wzorce pojawiania się poszczególnych taksonów na zwłokach. W obu tych metodach najistotniejszą kwestią jest poprawna identyfikacja gatunków. W poniższym artykule zaprezentowane zostały molekularne metody identyfikacji, takie jak barkoding DNA czy analiza krzywych denaturacji DNA o wysokiej rozdzielczości (DNA-HRM-PCR).
    Forensic entomology uses insects to determine the time, cause and place of death. To this end, two entomological methods are used. The development-based method uses the patterns of insect larvae development under the specific thermal and environmental conditions. The succession-based method analyzes the sequence of insect succession on the body in various environmental conditions. The proper insect species identification is essential in both methods. In this article, the molecular methods of species, age and sex identification are presented such as DNA barcoding or DNA-HRM-PCR.
    Źródło:
    Problemy Kryminalistyki; 2014, 286; 22-26
    0552-2153
    Pojawia się w:
    Problemy Kryminalistyki
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Zastosowanie metod dynamiki molekularnej w badaniach nad układami z wiązaniami wodorowymi
    An application of molecular dynamics methods in investigations of systems with hydrogen bonds
    Autorzy:
    Jezierska, A.
    Panek, J. J.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/172356.pdf
    Data publikacji:
    2017
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Tematy:
    CPMD
    dynamika molekularna Cara-Parrinello
    klasyczna dynamika molekularna
    wewnątrzcząsteczkowe wiązanie wodorowe
    międzycząsteczkowe wiązanie wodorowe
    zasada Schiffa
    zasada Mannicha
    N-tlenki
    białka
    Car-Parrinello molecular dynamics
    classical MD
    intramolecular HB
    intermolecular HB
    Schiff base
    Mannich base
    N-oxides
    proteins
    Opis:
    Modern computational chemistry offers a wide variety of methods allowing us to investigate very complex systems. In the current study, we would like to focus on ab initio and classical molecular dynamics to show their applications in our research. Car-Parrinello molecular dynamics (CPMD) was carried out to study compounds possessing intra- and intermolecular hydrogen bonds. Our simulations were performed in vacuum, in solvent and in crystalline phase. It is well known that intramolecular hydrogen bonding stabilizes 3D structure of molecules. The strength of the bonding and its features are influenced by inductive and steric effects. Our short overview on CPMD application to systems with intramolecular HB we start from Schiff and Mannich bases -model compounds to investigate intramolecular hydrogen bonding. Other examples reported here derive from the class of N-oxide type compounds. Special attention was devoted to another representative structure in such investigations – picolinic acid N-oxide. In some examples listed above proton transfer phenomena occurred making these compounds interesting objects for future excited state studies. Aliphatic boronic acid was used as a model example to study intermolecular hydrogen bonds based on CPMD method. Further, classical molecular dynamics was applied to investigate proteins. Here, we would like to report our results for two biomolecules. The first one is proteinase K for which the impact of mercury(II) on its catalytic center was studied. The second one is streptavidin. For the latter one its complexes with biotinylated ligands were investigated. We close our review with a paragraph describing further development and perspectives related to CPMD method.
    Źródło:
    Wiadomości Chemiczne; 2017, 71, 7-8; 473-495
    0043-5104
    2300-0295
    Pojawia się w:
    Wiadomości Chemiczne
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Zastosowanie metod biologii molekularnej do identyfikacji grzybów zasiedlających martwe drewno sosny zwyczajnej (Pinus sylvestris L.)
    Application of molecular biology methods to indentify fungi inhabiting dead wood of Scots pine (Pinus sylvestris L.)
    Autorzy:
    Behnke-Borowczyk, J.
    Cichon, J.
    Wolowska, D.
    Haluszczak, M.
    Baranowska-Wasilewska, M.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/791463.pdf
    Data publikacji:
    2017
    Wydawca:
    Wyższa Szkoła Zarządzania Środowiskiem w Tucholi
    Tematy:
    roznorodnosc biologiczna
    grzyby zasiedlajace drewno
    drewno martwe
    identyfikacja
    biologia molekularna
    zbiorowiska grzybow
    sklad gatunkowy
    molecular biology
    application
    identification method
    fungi
    colonizing fungi
    species composition
    wood
    dead wood
    Scotch pine
    Pinus sylvestris
    fungi community
    Źródło:
    Zarządzanie Ochroną Przyrody w Lasach; 2017, 11
    2081-1438
    2391-4106
    Pojawia się w:
    Zarządzanie Ochroną Przyrody w Lasach
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Wyróżnianie form ziemniaka o złożonej odporności na mątwiki atakujące ziemniak przy wykorzystaniu metod konwencjonalnych i molekularnych. Charakterystyka nowego źródła odporności na Globodera pallida znalezionego w Solanum gourlayi
    Selection of potato forms with accumulated resistances to nematodes attacking the potato by using conventional and molecular methods. Characterization of a new source of resistance to Globodera pallida found in Solanum gourlayi
    Autorzy:
    Milczarek, Dorota
    Flis, Bogdan
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2199560.pdf
    Data publikacji:
    2019-11-30
    Wydawca:
    Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
    Tematy:
    cechy użytkowe
    mapowanie
    mątwik
    odporność
    Solanum gourlayi
    ziemniak
    Źródło:
    Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin; 2019, 286; 247-250
    0373-7837
    2657-8913
    Pojawia się w:
    Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Metody analizy ekspresji genów w badaniach nad rzepakiem
    Methods for gene expression analysis in studies of oilseed rape
    Autorzy:
    Olejnik, A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/833939.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
    Tematy:
    rzepak
    Brassica napus
    hodowla roslin
    genetyka roslin
    ekspresja genow
    metody analizy
    mikromacierze DNA
    seryjna analiza ekspresji genow
    odwrotna transkrypcja
    biotechnologia
    badania molekularne
    rape
    plant breeding
    plant genetics
    gene expression
    analysis method
    transcription
    biotechnology
    molecular study
    Opis:
    W pracy przedstawiono przegląd metod analizy ekspresji genów z zastosowaniem technik: mikromacierzy DNA, seryjnej analizy ekspresji genów (SAGE), jak również odwrotnej transkrypcji – RT-PCR oraz qRT-PCR. Zaprezentowano możliwości wykorzystania poszczególnych technik wraz z przykładami ich praktycznego zastosowania w badaniach molekularnych rzepaku.
    This paper presents an overview of gene expression analysis methods, including: DNA microarrays, SAGE (Serial Analysis of Gene Expression), as well as reverse transcription techniques: RT-PCR and qRT-PCR. It also includes some examples of application of the methods in molecular studies on oilseed rape genome and transcriptome.
    Źródło:
    Rośliny Oleiste - Oilseed Crops; 2013, 34, 1
    1233-8273
    Pojawia się w:
    Rośliny Oleiste - Oilseed Crops
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Molecular modelling in the rational design of some anti-tumor and antifungal agents
    Autorzy:
    Mazerski, J.
    Borowski, E.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1953949.pdf
    Data publikacji:
    1998
    Wydawca:
    Politechnika Gdańska
    Tematy:
    molecular modelling
    molecular mechanics
    molecular dynamics
    semiempirical methods
    antifungal agents
    anti-tumor agents
    rational design
    Opis:
    In this paper we present our approaches and results concerning application of molecular modelling techniques in the design of new chemotherapeutic agents for the control of eukariotic systems, comprising compounds for the treatment of systemic fungal infections and tumor deseases. In the case of anti-tumor agents we focused our attention on molecular properties of natural and synthetic anthraquinones. In the area of antifungal compounds we adopted two approaches. In one of them we examine molecular nature of undesirable properties of polyene macrolide antifungal antibiotic - amphotericin B using molecular modelling techniques. Another approach was aimed at the development of selective inactivator of glucosamine synthase, a novel target for antifungal compounds. In this problem we have used computational chemistry methods to identify structural features responsible for the selective inactivation of the target enzyme.
    Źródło:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 1998, 2, 4; 511-550
    1428-6394
    Pojawia się w:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Metody molekularne stosowane w badaniu różnorodności mikroorganizmów glebowych
    Molecular methods used in studies of diversity of the soil microorganisms
    Autorzy:
    Behnke-Borowczyk, J.
    Kwaśna, H.
    Belka, M.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1006468.pdf
    Data publikacji:
    2012
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Leśne
    Tematy:
    mikroorganizmy glebowe
    identyfikacja
    roznorodnosc biologiczna
    metody badan
    metody molekularne
    ekstrakcja DNA
    amplifikacja DNA
    biodiversity
    microbiota
    molecular methods
    soil
    Opis:
    Application of the correct methods of study is essential for a proper description and understanding of natural communities of microorganisms and their relationships. Classical methods used for detection and identification of soil microorganisms resulted in underestimation of the microbiota. It has been claimed that classical methods, based mainly on morphology, led to the identification of only 1% of the soil microbiota, usually species that predominate in culture because of their fast growth and abundant sporulation. Molecular methods allow rapid, accurate, sensitive and cost−effective identification and enumeration of microorganisms. They are designed to replace and/or support classical approaches. This review summarizes some of the current and emerging nucleic acid−based molecular approaches used for detection, discrimination and quantification of microbes in the environment, mostly in soil.
    Źródło:
    Sylwan; 2012, 156, 04; 294-304
    0039-7660
    Pojawia się w:
    Sylwan
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Molecular Dynamics of Proteins Investigated by NMR Relaxation Methods
    Autorzy:
    Wierzuchowska, D.
    Blicharska, B.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1360657.pdf
    Data publikacji:
    2014-04
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Instytut Fizyki PAN
    Tematy:
    76.60.-k
    76.90.+d
    Opis:
    The nuclear magnetic resonance relaxation times of solvent water nuclei are known to decrease upon addition of diamagnetic solute protein. For this reason NMR relaxation methods are able to provide information on molecular dynamics changes of water protons and their interaction with macromolecules' surfaces. We present results of measurements of relaxation rates $R_1$ = 1/$T_1$, $R_2$ = 1/$T_2$ and $R_{1ρ}$ = 1/$T_{1ρ}$ in the rotating frame for three proteins: chicken egg white lysozyme, egg white albumin, and bovine serum albumin, obtained at proton resonant frequency of 60 MHz. Besides the relaxation rates dependences on concentration in the 4-23% (g/100 g solution) range, the analysis of the Carr-Purcell-Meiboom-Gill CPMG multi-echo $T_2$ experiments with variable pulse rate τ was performed. The dependences of relaxation rates on protein concentration are linear at low concentration. When protein concentration increases the slope of the straight line rapidly changes at so-called "critical" concentration which depends on MW of the diluted protein. Investigated dispersion of $T_2$, obtained using the CPMG method with a variable pulse rate, for concentrations higher and lower than the "critical" one, exhibits unequal behavior. At high concentration one-exponential curves and at low concentration two-exponential curves correspond closely with experimental data. The obtained parameters of exponents allow an estimation of the ratio of the amount of water with the determined motion freedom, that is free and bounded water, in solution. We showed that the CPMG dispersion method applied to aqueous protein solutions may widen the current understanding of the nature of molecular dynamics of hydrated water protons in non-perturbed environment.
    Źródło:
    Acta Physica Polonica A; 2014, 125, 4; 907-910
    0587-4246
    1898-794X
    Pojawia się w:
    Acta Physica Polonica A
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Selection of methods for activated sludge bulking control using a molecular biology technique combined with respirometric tests
    Autorzy:
    Milobedzka, A.
    Muszynski, A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/80133.pdf
    Data publikacji:
    2016
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Źródło:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2016, 97, 3
    0860-7796
    Pojawia się w:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    The effect of the Glu342Lys mutation in α1-antitrypsin on its structure, studied by molecular modelling methods.
    Autorzy:
    Jezierski, Grzegorz
    Pasenkiewicz-Gierula, Marta
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1044164.pdf
    Data publikacji:
    2001
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    serpins
    protein structure
    energy minimisation
    molecular dynamics simulation
    Opis:
    The structure of native α1-antitrypsin, the most abundant protease inhibitor in human plasma, is characterised primarily by a reactive loop containing the centre of proteinase inhibition, and a β-sheet composed of five strands. Mobility of the reactive loop is confined as a result of electrostatic interactions between side chains of Glu342 and Lys290, both located at the junction of the reactive loop and the β structure. The most common mutation in the protein, resulting in its inactivation, is Glu342→Lys, named the Z mutation. The main goal of this work was to investigate the influence of the Z mutation on the structure of α1-antitrypsin. Commonly used molecular modelling methods have been applied in a comparative study of two protein models: the wild type and the Z mutant. The results indicate that the Z mutation introduces local instabilities in the region of the reactive loop. Moreover, even parts of the protein located far apart from the mutation region are affected. The Z mutation causes a relative change in the total energy of about 3%. Relatively small root mean square differences between the optimised structures of the wild type and the Z mutant, together with detailed analysis of 'conformational searching' process, lead to the hypothesis that the Z mutation principally induces a change in the dynamics of α1-antitrypsin.
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2001, 48, 1; 65-75
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Principles and applications of Ligation Mediated PCR methods for DNA-based typing of microbial organisms
    Autorzy:
    Krawczyk, Beata
    Kur, Józef
    Stojowska-Swędrzyńska, Karolina
    Śpibida, Marta
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1038839.pdf
    Data publikacji:
    2016
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    rapid methods
    molecular epidemiology
    genotyping
    microbial phylogenetics
    PCR (polymerase chain reaction)
    Opis:
    A significant number of DNA-based techniques has been introduced into the field of microorganisms' characterization and taxonomy. These genomic fingerprinting methods were developed to detect DNA sequence polymorphisms by using general principles, such as restriction endonuclease analysis, molecular hybridization, and PCR amplification. In recent years, some alternative techniques based on ligation of oligonucleotide adapters before DNA amplification by PCR, known as Ligation-Mediated PCR methods (LM PCR), have been successfully applied for the typing of microorganisms below the species level. These molecular methods include: Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), Amplification of DNA fragments Surrounding Rare Restriction Sites (ADSRRS), PCR Melting Profiles (PCR MP), Ligation Mediated PCR/Shifter (LM PCR/Shifter), Infrequent-Restriction-Site Amplification (IRS PCR), double digestion Ligation Mediated Suppression PCR (ddLMS PCR). These techniques are now applied more and more often because they involve less time, are comparably inexpensive, and require only standard lab equipment. Here, we present a general review of this group of methods showing their possibilities and limitations. We also identify questions and propose solutions which may be helpful in choosing a particular LM PCR method for the achievement of the required goal.
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2016, 63, 1; 39-52
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Progress in the molecular methods for the detection and genetic characterization of Cryptosporidium in water samples
    Autorzy:
    Skotarczak, B
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/52184.pdf
    Data publikacji:
    2010
    Wydawca:
    Instytut Medycyny Wsi
    Tematy:
    protozoan parasite
    Cryptosporidium
    genetic characteristics
    molecular method
    detection
    water sample
    food-borne way
    oocyst
    infection control
    Źródło:
    Annals of Agricultural and Environmental Medicine; 2010, 17, 1; 1-8
    1232-1966
    Pojawia się w:
    Annals of Agricultural and Environmental Medicine
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Molekularne metody stosowane w diagnostyce zespołu long-QT
    Molecular methods used in diagnosis of long-QT syndrome
    Autorzy:
    Moric-Janiszewska, Ewa
    Głowacka, Marta
    Węglarz, Ludmiła
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1038844.pdf
    Data publikacji:
    2012
    Wydawca:
    Śląski Uniwersytet Medyczny w Katowicach
    Tematy:
    zespół long-qt
    kanały jonowe
    analiza molekularna
    long-qt syndrome
    ion channels
    molecular analysis
    Opis:
    LQTS (long QT syndrome) is a genetic disorder caused by the mutations of genes adversely affecting the ion channel function in the cellular membranes of cardiac myocytes. Prolonged repolarization detected on a ECG as a longer QT interval (> 450 ms) is responsible for syncope, cardiac arrest and sudden cardiac death (SCD), due to transient “torsade de pointes” (TdP) or ventricular fibrillation. Currently, 12 types of long-QT syndrome have been identified, which are caused by 600 mutations of genes located on chromosomes: 3,4,6,7,11,17,21. Depending on the particular gene mutation in the LQT syndrome, subtypes from LQTS1 to LQTS12 were identified. The knowledge of genetic disorders in different types of LQTS has enabled the introduction of genotype-dependent therapy. Due to the frequent absence of clinical signs in 40% of mutant genes carriers, it is very important to develop fast and effective diagnostics. These patients do not always suit the clinical diagnostic criteria and therefore they should be diagnosed using molecular methods. In the present study we describe some molecular methods (SSCP, sequencing, quantitative PCR) most commonly used in genetic diagnostics of the long-QT syndrome.
    LQTS (long-QT syndrome) oznacza wrodzony zespół wydłużonego odcinka QT i jest chorobą kanałów jonowych uwarunkowaną genetycznie. U jej podstaw leżą mutacje genów kodujących białka i podjednostki kanałów jonowych błony podstawnej kardiomiocytów, istotne dla prawidłowego ich funkcjonowania. Jej głównymi cechami są: wydłużenie odstępu QT (> 450 ms) widoczne w obrazie EKG, pojawianie się omdleń, zatrzymania akcji serca oraz nagła śmierć sercowa SCD (sudden cardiac death), spowodowana występowaniem wielokształtnego częstoskurczu komorowego typu torsade de pointes (TdP) lub też migotaniem komór. Obecnie zidentyfi kowano 12 odmian zespołu long-QT, które spowodowane są aż 600 mutacjami genów zlokalizowanych w chromosomach: 3, 4, 6, 7, 11, 17, 21. Zależnie od mutacji konkretnego genu, w zespole LQT wyodrębniono podtypy od LQTS1 do LQTS12. Poznanie zaburzeń genetycznych w poszczególnych typach LQTS umożliwiło wprowadzenie terapii zależnej od genotypu. Ze względu na częste niewystępowanie objawów klinicznych aż u 40% nosicieli zmutowanych genów bardzo ważna jest szybka i skuteczna diagnostyka. U pacjentów takich nie zawsze sprawdzają się kliniczne kryteria diagnostyczne i dlatego należy ich diagnozować metodami molekularnymi. W przedstawionej pracy opisano niektóre (SSCP, sekwencjonowanie, ilościowy PCR) najczęściej stosowane, molekularne metody diagnostyki zespołu long-QT.
    Źródło:
    Annales Academiae Medicae Silesiensis; 2012, 66, 4; 41-47
    1734-025X
    Pojawia się w:
    Annales Academiae Medicae Silesiensis
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Dyskretne metody symulacji zjawisk przepływowych w gazach i cieczach
    Discrete Methods of Simulation of Flow Phenomena in Gases and Liquids
    Autorzy:
    Wolszakiewicz, T.
    Walenta, Z. A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/403663.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Wojskowa Akademia Techniczna im. Jarosława Dąbrowskiego
    Tematy:
    metody numeryczne
    Bezpośrednia Symulacja Monte Carlo
    dynamika molekularna
    simulation methods
    direct simulation Monte Carlo
    molecular dynamics
    Opis:
    W pracy rozpatrzone zostały dwie metody numerycznej symulacji zjawisk przepływowych w ośrodkach gazowych i ciekłych, oparte na molekularnym opisie ośrodka: metoda Bezpośredniej Symulacji Monte Carlo oraz metoda Dynamiki Molekularnej. Metody te pozwalają na modelowanie w sposób bezpośredni przebiegu reakcji chemicznych, oddziaływania ośrodka ze ściankami ich zaletą jest także względna łatwość dostosowania się do skomplikowanej geometrii. Wadą są długie czasy obliczeń, co jednak może być przezwyciężone przez wykorzystanie coraz powszechniej dostępnych komputerów o dużej szybkości obliczeń.
    The paper presents two methods of simulation of flow phenomena in gases and liquids based on molecular description of the medium: the Direct Simulation Monte Carlo method and the Molecular Dynamics method. These methods offer the possibility of direct modelling of chemical reactions and interactions of the medium with solid walls. Apart from that they have the advantage of relatively easy adaptation to complex geometries. Their main disadvantage is the long computing time, which, however, may be overcome with the use of the modern, fast computers presently available.
    Źródło:
    Problemy Mechatroniki : uzbrojenie, lotnictwo, inżynieria bezpieczeństwa; 2013, 4, 4 (14); 67-76
    2081-5891
    Pojawia się w:
    Problemy Mechatroniki : uzbrojenie, lotnictwo, inżynieria bezpieczeństwa
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Wildlife as an environmental reservoir of Enterocytozoon bieneusi (Microsporidia) – analyses of data based on molecular methods
    Autorzy:
    Leśniańska, Kinga
    Perec-Matysiak, Agnieszka
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/972188.pdf
    Data publikacji:
    2017
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Parazytologiczne
    Tematy:
    microsporidia
    genotype
    zoonosis
    wildlife
    reservoir
    Enterocytozon bieneusi
    Opis:
    Enterocytozoon bieneusi is the most commonly identified Microsporidia in humans and has also been detected worldwide in a large group of wild living and domestic animals. The identification of E. bieneusi in wildlife has raised the question of the importance of animal reservoirs in the epidemiology of microsporidiosis and the implications of the infection with this pathogen in hosts. This review summarizes the available molecular data on the variety of E. bieneusi genotypes, both potentially zoonotic and host-specific isolated from wild living mammals and birds. In contrast to microsporidial infections of humans and domestic animals, wildlife deserves attention as a source of significant environmental reservoir of E. bieneusi.
    Źródło:
    Annals of Parasitology; 2017, 63, 4; 265-281
    0043-5163
    Pojawia się w:
    Annals of Parasitology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Quantum-classical calculations of the nanomechanical properties of metals
    Autorzy:
    Dziedzic, J.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1964138.pdf
    Data publikacji:
    2009
    Wydawca:
    Politechnika Gdańska
    Tematy:
    hybric methods
    cross-scaling
    tight-binding
    learn-on-the-fly
    nanoscale
    metals
    nanoindentation
    molecular-dynamics
    Sutton-Chen potential
    Opis:
    Molecular-dynamics (MD) simulations constitute an important tool in the study of nanoscale metallic systems, especially so in the face of the difficulties plaguing their experimental analysis. Main limitations of the MD method stem from the empirical nature of the potentials employed, their functional form which is postulated ad hoc, and its classical nature. The neglect of electronic effects and the unjustified utilization of the potential for system configurations significantly different from those, for which the potential was parametrized makes the results of strictly classical calculations dubious, at least for a certain class of systems. On the other hand, high computational complexity of quantum-based methods, where atomic interactions are described ab initio, prohibits their direct use in the study of systems larger than several tens of atoms. In the last decade, a growing popularity of so-called hybrid (or cross-scaling) methods can be observed, that is, methods which treat the most interesting part of the system with a quantum-based approach, while the remainder is treated classically. Physically sound handshaking between the two methodologies (quantum and classical) within a single simulation constitutes a serious challenge, the majority of difficulties concentrating around the interface between the fragments of the system treated with the two methods. The aforementioned interface is most easily constructed for covalently bonded systems, where the bonds cut by the isolation of the quantum-based region can be saturated by the introduction of specially crafted link-atoms. In metallic systems, however, due to electronic delocalization, this traditional approach cannot be employed. This paper describes a physically sound and adequately efficient computational technique, which allows for the inclusion of results of locally employed quantum-based computations within a molecular-dynamics simulation, for systems described by the many-body Sutton-Chen (SC) potential, used in the study of fcc metals. The proposed technique was developed taking as a point of departure the Learn-on-the-Fly (LOTF) formalism, a recent development itself. The original LOTF approach is only suitable for two- or three-body potentials and is serial in nature, whereas the proposed technique can be used with many-body potentials and is parallel-ready. An implementation of the proposed approach in the form of computer code, which allows for parallel hybrid computations for metallic systems is also described. Finally, results from a set of hybrid simulations of nanoindentation of a copper workmaterial with a hard indenter utilizing the aforementoned technique and computer code is presented, as evidence of its viability.
    Źródło:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 2009, 13, 3; 207-310
    1428-6394
    Pojawia się w:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Wykrywanie bakterii Salmonella metodami molekularnymi w produktach żywnościowych
    Detection of Salmonella sp. in food using molecular methods
    Autorzy:
    Misiewicz, A.
    Goncerzewicz, A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/796639.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie. Wydawnictwo Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie
    Tematy:
    produkty spozywcze
    bakterie
    Salmonella
    wykrywanie drobnoustrojow
    metody molekularne
    lancuchowa reakcja polimerazy
    food product
    bacteria
    microorganism detection
    molecular method
    polymerase chain reaction
    Opis:
    Bakterie z rodzaju Salmonella są najbardziej znanymi bakteriami patogennymi występującymi w przemyśle spożywczym. Powodują zakażenia prawie wszystkich produktów żywnościowych – od mięsnych, mlecznych, jajecznych po rośliny oleiste i pasze. Wykrycie i identyfi kacja bakterii Salmonella na podstawie tradycyjnej metody mikrobiologicznej, zgodnie z normą PN-EN 6579:2003, jest ciągle powszechnie stosowane w laboratoriach. Analiza ta jest czaso- i pracochłonna, jej wykonanie trwa około 5–7 dni. Wykorzystanie nowoczesnych technik biologii molekularnej, z etapem namnożenia i izolacji DNA, do uzyskania końcowego wyniku trwa znacznie krócej. W niniejszej pracy zastosowano metodę Real-Time PCR i klasyczny PCR do identyfi kacji bakterii Salmonella w różnych produktach żywnościowych. Określono czas potrzebny do wykonania tej analizy molekularnej. Do reakcji Real-Time PCR wykorzystano komercyjny kit. Klasyczną reakcję PCR prowadzono z użyciem starterów Sal465Li Sal142F, uzyskując właściwy produkt o wielkości 343 pz. We wszystkich badanych próbkach wykryto bakterie Salmonella. Wynik analiz molekularnych uzyskano w ciągu 21–25 godzin.
    Pathogenic bacteria of Salmonella genus are the most common infections in food industry. They might to contaminate wide range of products, protein food e.g. meat, milk food, eggs and egg foods, plants and its preserves, fodder and feeds. Detection and identifi cation of Salmonella sp. are made using traditional methods corresponding with standard PN-EN 6579:2003. That method is commonly used in the microbiological laboratories its time consuming and laborious analysis. Using a modern molecular biology techniques allow to confi rm the Salmonella infections in 24-hours with enrichment and isolation steps. In our study were used Real-Time PCR and traditional PCR techniques to detect Salmonella pathogens from various foods. In addition we checked time of molecular analysis. In the study was used commercial kit to Real-Time PCR analysis and primer set Sal465L, Sal142F with are based on characteristic and solid genomic fragments of Salmonella genus. In every experiment we got positive results for food contaminated by Salmonella. The results were obtained in 21–25 hours.
    Źródło:
    Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych; 2013, 573
    0084-5477
    Pojawia się w:
    Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Conformational studies of tachykinin peptides using NMR spectroscopy
    Autorzy:
    Rodziewicz, S.
    Xiao-Fei, Qi.
    Rolka, K.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1954059.pdf
    Data publikacji:
    1998
    Wydawca:
    Politechnika Gdańska
    Tematy:
    conformational analysis
    tachykinin peptides
    NMR spectroscopy
    Scyliorhinin II
    molecular dynamics calculation methods
    DMSO
    Opis:
    Conformational analysis of two tachykinin family peptides: Scyliorhinin I (ScyI) and Scyliorhinin II (ScyII) was carried out by 1D- and 2D-NMR (DQF-COSY, TOCSY, HMQC, HMBC, NOESY and ROESY) and molecular dynamics calculation methods in water and DMSO. Scyliorhinin I is an equipotent agonist of NK-1 and NK-2 tachykinin receptors and Scyliorhinin II is a selective agonist of the NK-3 tachykinin receptor. In DMSO, two groups of conformations (major and minor) were obtained for both peptides based on the experimental data. The conformations proposed for ScyI represent a folded structure, which show certain similarities to the structures reported for other NK-1 and NK-2 tachykinin agonists. In water ScyII displays a flexible, extended structure, whereas in DMSO the structure is more compact and in the fragment from the centre to the C-terminus several beta -turns may be present.
    Źródło:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 1998, 2, 1; 47-53
    1428-6394
    Pojawia się w:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Quantum-inspired evolutionary optimization of SLMoS2 two-phase structures
    Autorzy:
    Kuś, Wacław
    Mrozek, Adam
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/29520072.pdf
    Data publikacji:
    2022
    Wydawca:
    Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie. Wydawnictwo AGH
    Tematy:
    quantum-inspired evolutionary algorithm
    optimization
    nanostructure
    two-phase SLMoS2
    molecular dynamics
    molecular statics
    atomic potential
    ReaxFF
    material properties
    Opis:
    The paper focuses on applying a Quantum Inspired Evolutionary Algorithm to achieve the optimization of 2D material containing two phases, 2H and 1T, of Molybdenum Disulphide (MoS2). The goal of the optimization is to obtain a nanostructure with tailored mechanical properties. The design variables describe the shape of inclusion made from phase 1T in the 2H unit cell. The modification of the size of the inclusions leads to changes in the mechanical properties. The problem is solved with the use of computed mechanical properties on the basis of the Molecular Statics approach with ReaxFF potentials.
    Źródło:
    Computer Methods in Materials Science; 2022, 22, 2; 67-78
    2720-4081
    2720-3948
    Pojawia się w:
    Computer Methods in Materials Science
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Analysis of elastic deformation of amorphous polyethylene in uniaxial tensile test by using molecular dynamics simulation
    Sprężyste odkształcenie amorficznego polietylenu w osiowosymetrycznej próbie rozciągania z zastosowaniem symulacji metodą dynamiki molekularnej
    Autorzy:
    Le, Tien-Thinh
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/29520276.pdf
    Data publikacji:
    2020
    Wydawca:
    Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie. Wydawnictwo AGH
    Tematy:
    uniaxial tension
    molecular dynamics simulation
    amorphous polyethylene
    elasticity
    symulacja dynamiki molekularnej
    elastyczność
    Opis:
    In this paper, the linear elastic response to uniaxial tension of amorphous polyethylene was investigated by using Molecular Dynamics (MD) simulation. The polymeric system was initiated using a Monte Carlo-based technique and then equilibrated by a relaxation sequence at temperature of 100 K under a NPT control. Uniaxial tension test was carried out by modifying the corresponding component of the pressure tensor, with a loading rate of 0.5 bar/ps. The results showed that at 100 K (which is smaller than the glass transition temperature), the amorphous polymeric material exhibited a linear elastic response to uniaxial tension. The obtained Young’s modulus and Poisson’s ratio were also compared with values reported in the literature. Finally, parametric studies were performed on the stress-strain curve as a function of loading axis, number of chains and number of monomer units, respectively.
    W pracy przeprowadzono badania metodą dynamiki molekularnej sprężystej odpowiedzi amorficznego polietylenu w osiowosymetrycznej próbie rozciągania. System polimetryczny został zainicjowany metodą Monte Carlo a następnie zrównoważony poprzez relaksację w temperaturze 100 K ze sterowaniem NPT. Próby rozciągania przeprowadzono poprzez zmodyfikowanie odpowiedniej składowej tensora naprężeń, przyjmując prędkość obciążania 0.5 bar/ps. Wyniki wykazały, że w temperaturze 100 K (która jest niższa od temperatury zeszklenia), amorficzny polimer wykazuje liniową sprężystość w próbie rozciągania. Wyznaczone wartości modułu Younga i współczynnika Poissona zostały porównane z danymi literaturowymi. Wreszcie przeprowadzono parametryczną ocenę krzywych naprężenieodkształcenie w zależności od kierunku obciążenia, liczby łańcuchów oraz liczby jednostek monomeru.
    Źródło:
    Computer Methods in Materials Science; 2020, 20, 2; 38-44
    2720-4081
    2720-3948
    Pojawia się w:
    Computer Methods in Materials Science
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Metody oparte o amplifikację DNA techniką PCR wykorzystywane w ocenie bioróżnorodności mikroorganizmów glebowych
    Methods based on DNA PCR-amplification for evaluation of the soil microbial diversity
    Autorzy:
    Łyszcz, Małgorzata
    Gałązka, Anna
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1034148.pdf
    Data publikacji:
    2017
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Przyrodników im. Kopernika
    Tematy:
    soil microorganism
    genetic diversity
    molecular markers
    PCR based methods
    ARDRA
    PCR-RFLP
    RAPD
    REP-PCR
    TRFLP
    Opis:
    Mikroorganizmy glebowe, pod względem cech genomowych i fenotypowych, stanowią wysoce zróżnicowaną grupę organizmów żywych. Z powodu tak dużej różnorodności ważne jest dobranie odpowiednich metod, dających największy stopień różnicowania mikroorganizmów. Narzędziami umożliwiającym analizę zmienności genetycznej mikroorganizmów są techniki genetyczne, a wśród nich jedną z najważniejszych jest łańcuchowa reakcja polimerazy, czyli PCR (Polymerase Chain Reaction), technika opracowana w latach 1980. Niniejsza praca stanowi przegląd podstawowych zagadnień dotyczących badania zmienności genetycznej mikroorganizmów glebowych w oparciu o markery molekularne z wykorzystaniem technik bazujących na reakcji PCR tj. PCR-RFLP, TRFLP, ARDRA, RAPD.
    Soil microorganisms represent a highly diverse group of living organisms in terms of genomic and phenotypic characteristics. Due to such a large diversity, it is important to select appropriate identification methods which would secure its most complete determination. Genetic techniques are proper tools of choice for analyzing genetic variability of microorganism, the most important of which is the polymerase chain reaction (PCR), developed in the 1980s. This work presents an overview of the basic issues concerning studies on genetic variability of soil microorganisms with help of molecular markers and application of PCR techniques such as PCR-RFLP, TRFLP, ARDRA, RAPD.
    Źródło:
    Kosmos; 2017, 66, 2; 193-206
    0023-4249
    Pojawia się w:
    Kosmos
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Advanced methods of bacteriological identification in a clinical microbiology laboratory
    Autorzy:
    Zukowska, M.E.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2098275.pdf
    Data publikacji:
    2020
    Wydawca:
    Instytut Medycyny Wsi
    Tematy:
    clinical microbiology
    molecular method
    modern method
    multiplex polymerase chain reaction
    real-time polymerase chain reaction
    next generation sequencing
    MALDI-TOF mass spectrometry
    Opis:
    Introduction and objective. Conventional, culture-based methods of bacterial identification and drug-susceptibility testing are considered the gold standard in medical microbiology. In recent years, classical microbiological methods have been supplemented with modern analytical and molecular methods. The aim of the review was to discusses the methods which have been permanently adapted to bacteriological microbiological diagnostics. Abbreviated description of the state of knowledge. Currently, PCR, as well as other nucleic acid amplification tests and sequencing techniques, are part of the standard repertoire of microbiological diagnostics. With regard to the quality and speed of pathogen identification, the introduction of mass spectrometry techniques into routine microbiological diagnostics work-up has been revolutionary. Within a short time in many laboratories, Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation – Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI TOF MS) systems have almost completely replaced conventional biochemical pathogen identification. Conclusions. Microbiological diagnostics is an indispensable element of a targeted therapy. The techniques used in the laboratory depend primarily on the laboratory’s apparatus, the costs of the analysis, as well as the sensitivity and specificity of a method. However, regardless of the culture-based methods universality, advanced techniques have permanently established themselves in diagnostics. Confident information about the detected organism and treatment possibilities in a combination with the clinical context are conducive to successful therapy. Although modern methods still require validation and close collaboration between clinicians, microbiologists and bioinformaticians, these methods, once deemed to be the future, have already arrived.
    Źródło:
    Journal of Pre-Clinical and Clinical Research; 2021, 15, 2; 68-72
    1898-2395
    Pojawia się w:
    Journal of Pre-Clinical and Clinical Research
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Considering semi-crystallinity in molecular simulations of mechanical polymer properties – using nanoindentation of polyethylene as an example
    Autorzy:
    Fritz, Susanne
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/29520097.pdf
    Data publikacji:
    2021
    Wydawca:
    Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie. Wydawnictwo AGH
    Tematy:
    MD
    simulation
    polymer
    polyethylene
    semi-crystalline
    mechanical properties
    crystallization
    nanoindentation
    Opis:
    Molecular dynamic (MD) simulations have been used to investigate the response of semi-crystalline polymers in nanoindentation tests, using polyethylene (PE) as an example. To that purpose, semi-crystalline simulation boxes of linear PE with various chain lengths up to C2000 were created by homogeneous nucleation during the non-isothermal cooling of melts. The final crystallinity depended on the chain length and the cooling rate used and could be estimated using various parameters like density, fraction of bonds in trans conformation, and energy terms. The simulation boxes were transferred into surface models and subjected to nanoindentation tests using non equilibrium MD. This allowed the deformation behaviour of the material to be analysed directly. Strong dependencies on the crystallinity of the PE were found, which underlines the importance of considering crystallinity when investigating the mechanical properties of semi-crystalline polymers by means of simulations.
    Źródło:
    Computer Methods in Materials Science; 2021, 21, 1; 35-50
    2720-4081
    2720-3948
    Pojawia się w:
    Computer Methods in Materials Science
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Zastosowanie metody PCR-DGGE w mikrobiologii sądowej
    Use of the PCR-DGGE method in forensic microbiology
    Autorzy:
    Ziembińska-Buczyńska, Aleksandra
    Kraśnicki, Krzysztof
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2055013.pdf
    Data publikacji:
    2016
    Wydawca:
    Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Policji
    Tematy:
    metody biologii molekularnej
    PCR-DGGE
    DNA fingerprinting
    ślad mikrobiologiczny
    mikrobiom naskórka
    molecular biology methods
    microbiological trace
    epidermal microbiome
    Opis:
    W oparciu o najnowsze doniesienia mikrobiologii sądowej możliwe jest powiązanie sprawcy z dowodem w postępowaniu śledczym na podstawie analizy molekularnej materiału mikrobiologicznego. Wiadomo, że występujący na powierzchni naskórka człowieka mikrobiom jest nie tylko gatunkowo, ale i osobniczo specyficzny. Korzystając z tej informacji, można powiązać użytkownika danego przedmiotu (np. urządzenia elektronicznego) z takim sprzętem poprzez naniesiony w trakcie użytkowania, właściwy tylko danemu użytkownikowi, specyficzny mikrobiom. Korzystając z metod opartych na tzw. genetycznym odcisku palca (DNA fingerprinting) zbiorowiska bakterii, porównywano zgodności struktury zbiorowiska mikroorganizmów pobranych z naskórka dłoni oraz obudowy telefonu komórkowego u czternastu uczestników badania. W tym projekcie wykorzystano metodę łańcuchowej reakcji polimerazy z elektroforezą w gradiencie denaturacji PCR-DGGE (ang. Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Uzyskana analiza pozwoliła na otrzymanie wyników wskazujących na wysoką zbieżność struktury genotypowej próbek pochodzących od użytkownika z mikrobiomem pobranym z jego telefonu. Metoda PCR-DGGE może być wykorzystywana jako skriningowa, poprzedzająca dodatkowe analizy potwierdzające.
    The latest reports on the subject of forensic microbiology indicate that it is possible to link a perpetrator of an offence to the evidence, based on molecular analysis of microbiological material. The microbiome of human epidermis is known to be species- and individual-specific. This knowledge can be used towards finding a match between the object (e.g. electronic device) and the user, based on the individual-specific microbiome deposited onto the object’s surface. The DNA fingerprinting-based methods were used to compare similarities in the structures of bacterial communities collected from the epidermis of 14 study subjects and the housings of their mobile phones. This study was based on the Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gel Electrophoresis method. The results obtained revealed a high degree of similarity between the structure of bacterial genotypes present on the users’ epidermis and the microbiomes recovered from their mobile phones. PCR-DGGE can be used as the screening method, preceding the additional confirmatory analyses.
    Źródło:
    Problemy Kryminalistyki; 2016, 292; 15-21
    0552-2153
    Pojawia się w:
    Problemy Kryminalistyki
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    2D simulations of liquid percolation through model porous media: preliminary MD and DPD results
    Autorzy:
    Rychcik, M.
    Bośko, J.
    Rybicki, J.
    Alda, W.
    Dzwinel, W.
    Mancini, G.
    Fioretti, L.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1964080.pdf
    Data publikacji:
    2001
    Wydawca:
    Politechnika Gdańska
    Tematy:
    2D flow simulations
    particle methods
    molecular dynamics
    dissipative particle dynamics method
    Opis:
    In the paper we make a short overview of computer models based on particle approach, which can be suitable for the simulation of fluid flow through porous media. We concentrate on Molecular Dynamics (MD) and Dissipative Particle Dynamics (DPD) methods. We describe main features of our simulation programs, and present and discuss preliminary results of MD and DPD simulations of 2D fluid flow through a simple model rigid porous media. The paper aims at the evaluation of the applicability of MD and DPD methods for simulations of liquid flows in media of complicated geometry.
    Źródło:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 2001, 5, 1; 85-97
    1428-6394
    Pojawia się w:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    The Applicability of Chromatographic Methods in the Investigation of Ageing Processes in Double Base Rocket Propellants
    Autorzy:
    Matečić-Muśanić, S.
    Sućeska, M.
    Čuljak, R.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/358695.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Sieć Badawcza Łukasiewicz - Instytut Przemysłu Organicznego
    Tematy:
    activation energy
    artifcial ageing
    DB rocket propellants
    decomposition
    Ethyl Centralite (EC)
    Gel Permeation Chromatography (GPC)
    High Performance Liquid Chromatography (HPLC)
    kinetics of degradation
    mean molecular mass of NC
    Opis:
    The ageing of double base (DB) rocket propellants is the result of chemical decomposition reactions and physical processes, causing degradation of a number of relevant propellant properties (such as reduction in stabilizer and nitroglycerine (NG) content, reduction of the mean molecular mass of nitrocellulose (NC) etc.), which is refected in a decrease in the reliable service life time of DB propellants. This is the reason why the study of processes of ageing and their consequences (effects) is so important. In this paper we have studied the kinetics of DB rocket propellant decomposition during their artifcial ageing, i.e. at elevated temperatures. The kinetic parameters were obtained by measurements of the stabilizer/Ethyl Centralite (EC) content and the mean molecular mass reduction of NC, during artifcial ageing at temperatures of 80, 85 and 90 °C. Consumption of the EC was observed using High Performance Liquid Chromatography (HPLC), whilst the reduction in the mean molecular mass of NC was monitored using Gel Permeation Chromatography (GPC). It has been shown that artifcial ageing of DB propellant causes signifcant EC consumption and a reduction in the mean molecular mass of NC, from the very beginning of ageing. EC is entirely consumed after 120 days at 80 °C, and is followed by the intensive reactions of NC decomposition. Signifcant changes in the mean molecular mass of NC starts after 60 days of ageing at 90 °C (or ~250 days at 80 °C). The results obtained from the kinetic data have shown that the activation energy of DB propellant decomposition, determined on the basis of changes in the mean molecular mass of NC is 145.09 kJ•mol-1 , whilst the activation energy of decomposition obtained on the basis of EC consumption is 142.98 kJ•mol-1 , which is consistent with available literature values [1, 2].
    Źródło:
    Central European Journal of Energetic Materials; 2013, 10, 2; 245-262
    1733-7178
    Pojawia się w:
    Central European Journal of Energetic Materials
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Ocena narażenia na aerozol grzybowy na wybranych stanowiskach pracy zanieczyszczonych pyłem organicznym o różnym pochodzeniu
    Assessment of fungal aerosol exposure at selected workplaces contaminated with organic dust of different origin
    Autorzy:
    Ławniczek-Wałczyk, Anna
    Cyprowski, Marcin
    Gołofit-Szymczak, Małgorzata
    Wójcik-Fatla, Angelina
    Zając, Violetta
    Górny, Rafał L.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2162450.pdf
    Data publikacji:
    2018-05-22
    Wydawca:
    Instytut Medycyny Pracy im. prof. dra Jerzego Nofera w Łodzi
    Tematy:
    narażenie zawodowe
    bioaerozol
    grzyby
    metody molekularne
    Aspergillus fumigatus
    metody hodowlane
    occupational exposure
    bioaerosol
    fungi
    molecular methods
    culture methods
    Opis:
    Wstęp W ostatnich latach obserwowany jest wzrost liczby osób cierpiących na choroby wywołane przez grzyby pleśniowe i drożdżopodobne. Mimo to wiedza na temat bioróżnorodności patogenów grzybowych w środowisku pracy jest ciągle niedostateczna. Celem pracy była ocena narażenia na grzyby rozprzestrzeniające się drogą powietrzną w środowisku pracy zanieczyszczonym pyłem organicznym pochodzenia roślinnego i zwierzęcego. Materiał i metody Próbki bioaerozolu pobrano w 3 zakładach pracy (ferma drobiu, elektrownia spalająca biomasę i oczyszczalnia ścieków) za pomocą zestawów pomiarowych złożonych z uniwersalnych aspiratorów i poborników guzikowych. Ilościową i jakościową analizę aerozolu grzybowego przeprowadzono metodą hodowlaną, opartą na analizie makro- i mikroskopowej. Wybrane szczepy poddano analizie genetycznej za pomocą łańcuchowej reakcji polimerazy (polymerase chain reaction – PCR) z użyciem par primerów do wewnętrznych regionów niekodujących (internal transcribed spacers – ITS): ITS1–ITS2, ITS3–ITS4 i ITS1–ITS4. Wyniki Średnie stężenie aerozolu grzybowego na stanowiskach pracy wynosiło 1,2×102–2,1×106 jtk/m³. Najwyższe stężenie grzybów zaobserwowano na stanowiskach pracy na fermie drobiu, a najniższe w oczyszczalni ścieków. Analiza jakościowa wykazała, że na stanowiskach pracy w elektrowni i oczyszczalni ścieków dominującym gatunkiem w stosunku do całości izolowanej mykobioty był Aspergillus fumigatus. Zgodność wyników identyfikacji tego patogenu uzyskanych metodą hodowlaną i molekularną dotyczyła 100% badanych szczepów. Wnioski Stężenie bioaerozoli zmierzone na stanowiskach pracy w fermach drobiu przekraczało polskie propozycje wartości dopuszczalnych dla grzybów, tj. 5×104 jtk/m³. Wykazano wysoką zgodność identyfikacji patogenu A. fumigatus przy użyciu metody tradycyjnej (hodowlanej) i metody genetycznej. Ponieważ długotrwałe narażenie w środowisku pracy na konidia A. fumigatus może prowadzić do wystąpienia u pracowników dolegliwości zdrowotnych, konieczne jest stosowanie przez nich odpowiednich środków ochronnych. Med. Pr. 2018;69(3):269–280
    Background In recent years, the number of people suffering from diseases caused by fungi has been increasing. However, knowledge of the biodiversity of fungal pathogens in the work environment is still insufficient. The aim of this work was to evaluate the exposure to fungi being disseminated in the air of workplaces contaminated with organic dust of plant and animal origin. Material and Methods Bioaerosol samples were collected at 3 occupational settings (poultry farm, biomass burning power plant and wastewater treatment plant) using button samplers. Quantitative and qualitative analysis of fungal aerosol was conducted by employing macro- and microscopic methods. Selected strains were then studied by polymerase chain reaction (PCR) using środointernal transcribed spacers (ITS): ITS1–ITS2, ITS3–ITS4 and ITS1–ITS4 primer pairs. Results Average concentrations of fungal aerosol at workplaces ranged 1.2×102–2.1×106 cfu/m³. The highest fungal concentrations were recorded in the poultry farm, while the lowest were noted at the wastewater treatment plant. Aspergillus fumigatus was a predominant component of the mycobiota in the power plant and wastewater treatment plant. Almost 100% identification agreement of this pathogen between the traditional and molecular method was noted. Conclusions The fungal concentrations in poultry farms exceeded the Polish proposal for the threshold limit value (5×104 cfu/m³). The results of the study demonstrate a high compatibility of A. fumigatus’ identification using the traditional and molecular methods. Taking into account the fact, that a long term exposure to A. fumigatus conidia at workplaces may result in numerous health complaints, the use of proper protective equipment by workers must be a standard procedure. Med Pr 2018;69(3):269–280
    Źródło:
    Medycyna Pracy; 2018, 69, 3; 269-280
    0465-5893
    2353-1339
    Pojawia się w:
    Medycyna Pracy
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    A method for the infectivity discrimination of enveloped DNA viruses using palladium compounds pre-treatment followed by real-time PCR
    Autorzy:
    Krzyzankova, M.
    Krasna, M.
    Prodelalova, J.
    Vasickova, P.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/16647567.pdf
    Data publikacji:
    2023
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czasopisma i Monografie PAN
    Tematy:
    African swine fever virus
    bovine herpesvirus-1
    palladium compounds
    platinum compounds
    molecular methods
    viability PCR
    Opis:
    Cultivation-based assays represent the gold standard for the assessment of virus infectivity; however, they are time-consuming and not suitable for every virus type. Pre-treatment with platinum (Pt) compounds followed by real-time PCR has been shown to discriminate between infectious and non-infectious RNA viruses. This study examined the effect of Pt and palladium (Pd) compounds on enveloped DNA viruses, paying attention to two significant pathogens of livestock – bovine herpesvirus-1 (BoHV-1) and African swine fever virus (ASFV). Native or heat-treated BoHV-1 suspension was incubated with the spectrum of Pt/Pd compounds. Bis(benzonitrile)palladium(II) dichloride (BB-PdCl 2) and dichloro(1,5-cyclooctadiene) palladium(II) (PdCl 2-COD) produced the highest differences found between native and heat- -treated viruses. Optimized pre-treatment conditions (1 mM of Pd compound, 15 min, 4°C) were applied on both virus genera and the heat inactivation profiles were assessed. A significant decrease in the detected quantity of BoHV-1 DNA and ASFV DNA after heat-treatment (60°C and 95°C) and consequent incubation with Pd compounds was observed. BB-PdCl 2 and PdCl 2-COD could help to distinguish between infectious and non-infectious enveloped DNA viruses such as BoHV-1 or ASFV.
    Źródło:
    Polish Journal of Veterinary Sciences; 2023, 26, 2; 211-221
    1505-1773
    Pojawia się w:
    Polish Journal of Veterinary Sciences
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Badania nad wystepowaniem Fasciola hepatica na wybranych obszarach Polski w oparciu o metody molekularne i serologiczne
    The occurrence of Fasciola hepatica in chosen regions of Poland based on molecular and serological methods
    Autorzy:
    Kozak-Cieszczyk, M
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/839741.pdf
    Data publikacji:
    2006
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Parazytologiczne
    Tematy:
    przywry
    Fasciola hepatica
    choroby czlowieka
    Galba truncatula
    zywiciele posredni
    parazytologia
    pasozyty
    choroby zwierzat
    Opis:
    Fasciolosis, caused by the liver fluke (Fasciola hepatica) is an important issue for both human and animal health. The disease evokes economic losses which are a consequence of impaired animal productivity leading to higher costs of meat and milk production, as well as liver condemnation. The goals of this thesis were to: (1) elaborate a molecular method - PCR for the detection of F. hepatica DNA in intermediate and definite hosts; (2) estimate the usefulness of a recombinated cysteine proteinase produced in E. coli in the form of inclusive bodies in serological diagnosis of F. hepatica infection in definite hosts, using an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA); (3) conduct field research on the prevalence of infection among intermediate and definitive hosts (cattle) in chosen regions of Poland, utilizing the elaborated methods. Based on the results obtained in this study, it was established that it is possible to detect F. hepatica DNA in the feces of definite hosts with the elaborated PCR method. The amplification of a 124 base pair tandem repeat allows the detection of fluke larval stages in intermediate hosts within 12 hours of exposure and F. hepatica infection in definite hosts (by the 5th week in rats, 8th week in sheep and 10th week in cattle). Therefore, the PCR test is more sensitive than traditional microscopic methods. Furthermore, it was determined that, the recombinated cysteine proteinase in the form of inclusive bodies, after solubillization exhibits antigenic properties of the native protein and the ELISA method based on this antigen may be useful as a tool for diagnosing fasciolosis in sheep and cattle, in both serum and milk samples. The test achieves a greater sensitivity and specificity than an ELISA based on native excretory-secretory antigens. The results of field research indicate that Fasciola hepatica is a frequent parasite of cattle in central and eastern Poland. The mean prevalence was 34.86% (±16.95) in all studied areas. The prevalence among intermediate hosts varied greatly (0–100%). The elaborated tests were proved to be valuable, mutually complementing diagnostic tools, applicable to different epidemiological situations.
    Źródło:
    Annals of Parasitology; 2006, 52, 2; 137-139
    0043-5163
    Pojawia się w:
    Annals of Parasitology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Badania nad występowaniem Fasciola hepatica na wybranych obszarach Polski w oparciu o metody molekularne i serologiczne
    The occurrence of Fasciola hepatica in chosen regions of Poland based on molecular and serological methods
    Autorzy:
    Kozak-Cieszczyk, M.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2144329.pdf
    Data publikacji:
    2006
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Parazytologiczne
    Tematy:
    przywry
    Fasciola hepatica
    choroby czlowieka
    Galba truncatula
    zywiciele posredni
    parazytologia
    pasozyty
    choroby zwierzat
    Opis:
    Fasciolosis, caused by the liver fluke (Fasciola hepatica) is an important issue for both human and animal health. The disease evokes economic losses which are a consequence of impaired animal productivity leading to higher costs of meat and milk production, as well as liver condemnation. The goals of this thesis were to: (1) elaborate a molecular method - PCR for the detection of F. hepatica DNA in intermediate and definite hosts; (2) estimate the usefulness of a recombinated cysteine proteinase produced in E. coli in the form of inclusive bodies in serological diagnosis of F. hepatica infection in definite hosts, using an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA); (3) conduct field research on the prevalence of infection among intermediate and definitive hosts (cattle) in chosen regions of Poland, utilizing the elaborated methods. Based on the results obtained in this study, it was established that it is possible to detect F. hepatica DNA in the feces of definite hosts with the elaborated PCR method. The amplification of a 124 base pair tandem repeat allows the detection of fluke larval stages in intermediate hosts within 12 hours of exposure and F. hepatica infection in definite hosts (by the 5th week in rats, 8th week in sheep and 10th week in cattle). Therefore, the PCR test is more sensitive than traditional microscopic methods. Furthermore, it was determined that, the recombinated cysteine proteinase in the form of inclusive bodies, after solubillization exhibits antigenic properties of the native protein and the ELISA method based on this antigen may be useful as a tool for diagnosing fasciolosis in sheep and cattle, in both serum and milk samples. The test achieves a greater sensitivity and specificity than an ELISA based on native excretory-secretory antigens. The results of field research indicate that Fasciola hepatica is a frequent parasite of cattle in central and eastern Poland. The mean prevalence was 34.86% (±16.95) in all studied areas. The prevalence among intermediate hosts varied greatly (0–100%). The elaborated tests were proved to be valuable, mutually complementing diagnostic tools, applicable to different epidemiological situations.
    Źródło:
    Wiadomości Parazytologiczne; 2006, 52, 2; 137-139
    0043-5163
    Pojawia się w:
    Wiadomości Parazytologiczne
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Metody identyfikacji gatunkowej grzybów z rodzaju Candida. Część II. Techniki molekularne
    Methods for species identification of genus Candida fungi. Part II. Molecular techniques
    Autorzy:
    Gnat, Sebastian
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/22326536.pdf
    Data publikacji:
    2022
    Wydawca:
    Krajowa Izba Lekarsko-Weterynaryjna
    Tematy:
    choroby grzybicze
    grzybice
    Candida
    identyfikacja gatunkowa
    metody
    metody molekularne
    test PCR
    metoda multiplex PCR
    metoda nested-PCR
    metoda real time PCR
    fluorescencyjna hybrydyzacja in situ
    spektrometria mas MALDI-TOF MS
    czynniki chorobotwórcze
    grzyby chorobotwórcze
    łańcuchowa reakcja polimerazy
    piroliza ze spektometrią mas
    identification
    molecular techniques
    MALDI-TOF MS
    Opis:
    A rapid and accurate identification of the Candida is crucial for clinical treatment of local and systemic candidiasis. Premature diagnosis of invasive fungal infections is problematic because most clinical signs are non-specific and cultures are often negative or become positive too late for the initiation of effective antifungal therapy. Therefore, studies have been performed to improve molecular techniques for the diagnosis of candidiasis. Today, molecular strategies, such as PCR and non-PCR based methods are used to complement conventional laboratory approach. They provide accurate results in much short time of 1.5–3 h. Given the high accuracy and time saving with molecular typing techniques it is likely that most of these methods could improve routine clinical laboratory identification of Candida yeast species. However, further studies are needed for standardization of such procedures. This article presents an overview and discussion on molecular identification methods in the context of their application for the diagnosis of Candida fungi. Particular attention has been focused on the advantages and limitations of the indicated methods and the possibilities of their implementation for routine use in clinical laboratories.
    Źródło:
    Życie Weterynaryjne; 2022, 97, 03; 167-174
    0137-6810
    Pojawia się w:
    Życie Weterynaryjne
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Wykorzystanie spektrometrii mas do analizy modyfikacji nukleotydów i adduktów DNA
    Application of mass spectrometry methods for analysis of modified nucleotides and DNA adducts
    Autorzy:
    Hanus, J.
    Jelonek, K.
    Pietrowska, M.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/171867.pdf
    Data publikacji:
    2011
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Tematy:
    kancerogeneza
    diagnostyka molekularna
    spektrometria mas
    nukleotydy
    uszkodzenia DNA
    addukty DNA
    metylacja DNA
    carcinogenesis
    molecular diagnostics
    mass spectrometry
    nucleotides
    DNA damage
    DNA adducts
    DNA methylation
    Opis:
    Chemically modified nucleotides, which are not normally present in genetic material, are called DN A adducts. This type of DN A modifications (damage) is directly related to processes of mutagenesis and carcinogenesis. Elevated levels of DN A adducts present in genetic material reflect exposure of humans to carcinogenic factors and are markers of increased risk of cancer [1]. For this reason different methods useful for quantitative and qualitative analyses of DN A adducts are used in the field of cancer prevention and research (Tab. 1). Enzymatically-catalyzed methylation of cytosine, observed mostly in so called CpG islands, is a frequent endogenous modification of genetic material. Such a DN A methylation is a key factor involved in regulation of gene expression, and methylation status of oncogenes and tumor supressor genes is an important biomarker of carcinogenesis. As such, analytical methods for assessment of DN A methylation are of great importance for molecular diagnostics of cancer. During the last decade significant progress has been made in methods available for quantitative, qualitative and structural analyses of biological molecules. Among intensively developed tools for bioanalyses are methods of mass spectrometry. Spectrometers that are based on two methods of ionization, namely electrospray ionization (ESI ) [30] and matrix-assisted laser desorption-ionization (MALDI ) [48], are particularly suitable for analyses of biological macromolecules: proteins and nucleic acids. Currently available mass spectrometers, together with microscale methods for sample preparation and separation, significantly increased sensitivity and accessible mass range of analyses. New generation of “user-friendly” instruments is developed to bring the techniques directly into the workplaces of biological and clinical investigators. This review demonstrates representative examples of mass spectrometry techniques used for qualitative analyses of nucleotide modifications and adducts present in genetic material of humans. In this field several methods base on spectrometers with electrospray ionization. Generated ions are separated according to their mass-to-charge ratio in an analyzer by electric fields; among different ion analyzers frequently used in this methods are single or triple quadrupole and ion traps (Fig. 1). Among other methods available for assessment of DN A adducts is so called Accelerator Mass Spectrometry (Fig. 2) [41]. The most frequently applied method for the assessment of DN A methylation is based on methylation-specific PCR reaction. Products of such PCR reactions are analyzed using MALDI mass spectrometry [54] (Fig. 3). In summary, new powerful methods of mass spectrometry that made available qualitative analyses of damage and modifications of human genetic material found their important place in modern biological and medical laboratories.
    Źródło:
    Wiadomości Chemiczne; 2011, 65, 3-4; 191-205
    0043-5104
    2300-0295
    Pojawia się w:
    Wiadomości Chemiczne
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Metody molekularne i immunologiczne stosowane w diagnostyce grzybic
    Molecular and immunological methods applied in diagnosis of mycoses
    Autorzy:
    Kuba, K
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/841048.pdf
    Data publikacji:
    2008
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Parazytologiczne
    Tematy:
    diagnostyka lekarska
    diagnostyka molekularna
    metody diagnostyczne
    diagnostyka immunologiczna
    metody molekularne
    metoda nested-PCR
    testy serologiczne
    metoda EIA
    metoda RT-PCR
    metoda RAPD
    markery molekularne
    metoda RFLP
    lancuchowa reakcja polimerazy
    metoda AFLP
    metody immunologiczne
    grzybice
    Źródło:
    Annals of Parasitology; 2008, 54, 3; 187-197
    0043-5163
    Pojawia się w:
    Annals of Parasitology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Metody molekularne i immunologiczne stosowane w diagnostyce grzybic
    Molecular and immunological methods applied in diagnosis of mycoses
    Autorzy:
    Kuba, K.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2143775.pdf
    Data publikacji:
    2008
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Parazytologiczne
    Tematy:
    diagnostyka lekarska
    diagnostyka molekularna
    metody diagnostyczne
    diagnostyka immunologiczna
    metody molekularne
    metoda nested-PCR
    testy serologiczne
    metoda EIA
    metoda RT-PCR
    metoda RAPD
    markery molekularne
    metoda RFLP
    lancuchowa reakcja polimerazy
    metoda AFLP
    metody immunologiczne
    grzybice
    Opis:
    The diagnosis of fungal infections remains a problem for the management of fungal diseases, particularly in the immunocompromised patients. Systemic Candida infections and invasive aspergillosis can be a serious problem for individuals who need intensive care. Traditional methods used for the identification and typing of medically important fungi, such as morphological and biochemical analysis, are time−consuming. For the diagnosis of mycoses caused by pathogenic fungi faster and more specific methods, especially after the dramatic increase in nosocomial invasive mycoses are needed. New diagnostic tools to detect circulating fungal antigens in biological fluids and PCR−based methods to detect species or genus−specific DNA or RNA have been developed. Antigen detection is limited to searching only one genus. Molecular genetic methods, especially PCR analysis, are becoming increasingly important as a part of diagnostics in the clinical mycology laboratory. Various modifications of the PCR method are used to detect DNA in clinical material, particularly multiple, nested and real−time PCR. Molecular methods may be used to detection of nucleic acids of fungi in clinical samples, to identify fungal cultures at the species level or to evaluate strain heterogeneity differences within the species. This article reviews some of the recent advances in the possibility of molecular diagnosis of fungal infections.
    Źródło:
    Wiadomości Parazytologiczne; 2008, 54, 3; 187-197
    0043-5163
    Pojawia się w:
    Wiadomości Parazytologiczne
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Optymalizacja metod detekcji mutacji w genie Nud indukowanej przez technologię CRISPR/Cas9 w jęczmieniu zwyczajnym (Hordeum vulgare L.)
    Optimization of mutation detection methods in the NUD gene induced by CRISPR / CAS9 technology in barley (Hordeum vulgare L.)
    Autorzy:
    Przyborowski, Mateusz
    Gasparis, Sebastian
    Orczyk, Wacław
    Nadolska-Orczyk, Anna
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2199916.pdf
    Data publikacji:
    2019-11-30
    Wydawca:
    Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
    Tematy:
    CRISPR / Cas9
    edytowanie genomu
    gen Nud
    jęczmień zwyczajny
    sondy molekularne
    genome editing
    Nud gene
    barley
    molecular probes
    Opis:
    Celem pracy był wybór optymalnej metody detekcji mutacji w genie Nud indukowanej z wykorzystaniem technologii CRISPR/Cas9 w jęczmieniu zwyczajnym. Testowano cztery powszechnie wykorzystywane techniki genotypowania: polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP), trawienie enzymatyczne przy użyciu endonukleazy I z bakteriofaga T7, wysokorozdzielczą krzywą topnienia produktu reakcji łańcuchowej polimerazy (HRM-PCR) oraz sondy molekularne. W toku prowadzonych prac stwierdzono, że najkorzystniejszym sposobem wykrywania mutacji indukowanej techniką CRISPR/Cas9 jest metoda oparta o sondy molekularne. Daje ona jednoznaczne i powtarzalne wyniki ale jednocześnie wymaga użycia zawansowanej aparatury.
    The aim of the study was to select the optimal method for mutation detection in the Nud gene induced by using the CRISPR / Cas9 technology in barley. Four commonly used genotyping techniques were tested: restriction fragment length polymorphism (RFLP), enzymatic digestion using endonuclease I from T7 bacteriophage, high resolution melting curve of polymerase chain reaction product (HRM-PCR) and molecular probes. Findings in the current study suggest that the most favorable way for detecting mutations induced by the CRISPR / Cas9 technique is a method based on molecular probes. It enables to receive clear and repeatable results but at the same time requires the use of advanced equipment.
    Źródło:
    Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin; 2019, 287; 33-34
    0373-7837
    2657-8913
    Pojawia się w:
    Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Innovations in breeding procedures of winter oilseed rape for development of improved initial materials and the use of biotechnological methods in the Czech Republic
    Innowacje w metodach hodowli rzepaku ozimego w Czechach dla uzyskania ulepszonego materiału wyjściowego oraz zastosowanie metod biotechnologicznych
    Autorzy:
    Kucera, V.
    Vyvadilova, M.
    Klima, M.
    Koprna, R.
    Machackova, I.
    Curn, V.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/833713.pdf
    Data publikacji:
    2005
    Wydawca:
    Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
    Tematy:
    innovation
    plant breeding
    procedure
    winter oilseed rape
    oilseed rape
    development
    initial material
    biotechnological method
    doubled haploid
    hybrid breeding
    self-incompatibility
    disease resistance
    frost resistance
    molecular marker
    Czech Republic
    Źródło:
    Rośliny Oleiste - Oilseed Crops; 2005, 26, 1
    1233-8273
    Pojawia się w:
    Rośliny Oleiste - Oilseed Crops
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
      Wyświetlanie 1-45 z 45

      Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies