Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Centralna Biblioteka Wojskowa Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaCentralna Biblioteka Wojskowa

Wyszukujesz frazę "molecular modeling" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Wyrównaj
Wyświetlanie 1-10 z 15
Tytuł:
Molecular analysis of three novel G6PD variants: G6PD Pedoplis-Ckaro, G6PD Piotrkow and G6PD Krakow
Autorzy:
Maciag, Monika
Plochocka, Danuta
Jablonska-Skwiecinska, Ewa
Mendek-Czajkowska, Ewa
Golaszewska, Ewa
Strojny, Wojciech
Balwierz, Walentyna
Zdebska, Ewa
Burzynska, Beata
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1040891.pdf
Data publikacji:
2007
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
G6PD deficiency
molecular modeling
Opis:
We present three novel mutations in the G6PD gene and discuss the changes they cause in the 3-dimensional structure of the enzyme: 573C→G substitution that predicts Phe to Leu at position 191 in the C-terminus of helix αe, 851T→C mutation which results in the substitution 284Val→→Ala in the β+α domain close to the C-terminal part of helix αj, and 1175T→C substitution that predicts Ile to Thr change at position 392.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2007, 54, 4; 877-881
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Orientation of lutein in a lipid bilayer - revisited
Autorzy:
Pasenkiewicz-Gierula, Marta
Baczyński, Krzysztof
Murzyn, Krzysztof
Markiewicz, Michał
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1039792.pdf
Data publikacji:
2012
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
molecular modeling
tilt angle
macular pigment
Opis:
Lutein is present in the human retina and lens, where it plays a protective role. As lutein is associated with the lipid matrix of biomembranes, the role depends on its membrane location. Experimental studies predicted two orientations of lutein in a phosphatidylcholine (PC) bilayer: vertical and horizontal. Using a molecular dynamics simulation, we observed, in two different PC bilayers, both orientations of lutein, and in each bilayer, a single change from vertical to horizontal orientation or vice versa. Both orientations were stabilized by hydrogen bonding of lutein OH groups with mainly carbonyl but also phosphate oxygen atoms of PC.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2012, 59, 1; 115-118
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Signal transmission via G protein-coupled receptors in the light of rhodopsin structure determination.
Autorzy:
Ciarkowski, Jerzy
Drabik, Piotr
Giełdoń, Artur
Kaźmierkiewicz, Rajmund
Ślusarz, Rafał
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1044085.pdf
Data publikacji:
2001
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
signal transduction
neurohypophyseal receptors
molecular modeling
GPCRs
Opis:
G protein-coupled receptors (GPCRs) transducing diverse external signals to cells via activation of heterotrimeric GTP-binding (G) proteins, estimated to mediate actions of 60% of drugs, had been resistant to structure determination until summer 2000. The first atomic-resolution experimental structure of a GPCR, that of dark (inactive) rhodopsin, thus provides a trustworthy 3D prototype for antagonist-bound forms of this huge family of proteins. In this work, our former theoretical GPCR models are evaluated against the new experimental template. Subsequently, a working hypothesis regarding the signal transduction mechanism by GPCRs is presented.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2001, 48, 4; 1203-1207
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Molecular modelling techniques in environmental research
Autorzy:
Urniaż, R. D.
Rutkowska, E.
Jastrzębski, J. P.
Książek, P.
Rudnicka, K.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/363208.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
Tematy:
molecular dynamics
molecular modeling
pharmacokinetics
pharmacophore modeling
QSAR
dynamika molekularna
modelowanie molekularne
farmakokinetyka
modelowanie farmakoforowe
Opis:
Over the last few decades significant increase in computational methods (in silico) was annotated. Novel methods have been developed and applied for hypothesis improvement and testing in regions of industrial, pharmaceutical and environmental research. The term in silico methods include variety of approaches. Considerable attention has been attracted to databases, data analysis tools, quantitative structure-activity relationships (QSAR), pharmacophore models, molecular docking and dynamics, pharmacokinetics and other molecular modelling techniques. In silico methods are often accompanied by experimental data, both to create the model and to test it. Such models are frequently used in the discovery and optimization of novel molecules with expected affinity to a target, the estimation of absorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity properties as well as physicochemical characterization. The review summarizes briefly the applications of most common molecular modelling techniques and evaluates their application in environmental research. Additionally, this study considers computer aided methods as potential and complex tools that may serve as valuable partnership with wet-lab experiments and may provide a rational aid to minimize the cost and time of research.
Źródło:
Environmental Biotechnology; 2013, 9, 2; 39-51
1734-4964
Pojawia się w:
Environmental Biotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Modelowanie molekularne jako etap poszukiwania nowych substancji o potencjalnym znaczeniu terapeutycznym
Molecular modeling as a stage of searching for new substances with potential therapeutic significance
Autorzy:
Pisula, Magdalena
Dróżdż, Ewelina
Chełmecka, Elżbieta
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1035526.pdf
Data publikacji:
2020
Wydawca:
Śląski Uniwersytet Medyczny w Katowicach
Tematy:
projektowanie leków
modelowanie molekularne
in silico
drug design
molecular modeling
Opis:
The paper is a review of the literature on molecular modeling, with particular emphasis on the use of modern in silico methods in the early stages of designing new medical substances. Its purpose is to discuss the significance and justification of using computer software in the process of creating new drugs. Therefore, the stages through which a compound must pass so that it can be considered as a good drug candidate were presented, and the subsequent stages in the proces of searching for substances using molecular modeling methods were discussed. It has been demonstrated that molecular modeling can be a useful tool in the process of designing medicinal substances, as well as an important factor reducing the costs and shortening the time spent researching a new drug. Due to the considerable effectiveness of computer methods, work should be carried out in their further development.
Praca stanowi przegląd literatury dotyczącej modelowania molekularnego, ze szczególnym uwzględnieniem użycia nowoczesnych metod in silico we wczesnych etapach projektowania nowych substancji leczniczych. Jej celem jest omówienie znaczenia oraz uzasadnienie słuszności zastosowania oprogramowania komputerowego w procesie tworzenia nowych leków. Przedstawiono etapy, przez które przechodzi związek, aby mógł być uznany za dobrego kandydata na lek, oraz omówiono kolejne fazy postępowania podczas poszukiwania substancji metodami modelowania molekularnego. Wykazano, że modelowanie molekularne może być narzędziem przydatnym w procesie projektowania substancji leczniczych; jest to również istotny czynnik redukujący koszty oraz skracający czas poświęcony na badania nad nowym lekiem. W związku ze znaczną efektywnością metod komputerowych powinno się prowadzić prace w zakresie ich dalszego rozwoju.
Źródło:
Annales Academiae Medicae Silesiensis; 2020, 74; 91-98
1734-025X
Pojawia się w:
Annales Academiae Medicae Silesiensis
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
In silico design of self-assembly nanostructured polymer systems by multiscale molecular modeling
Autorzy:
Laurini, Erik
Marson, Domenico
Fermeglia, Maurizio
Pricl, Sabrina
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/93174.pdf
Data publikacji:
2019
Wydawca:
Państwowa Wyższa Szkoła Zawodowa w Tarnowie
Tematy:
multiscale molecular modeling
polymer
nanochemistry
wieloskalowe modelowanie molekularne
polimer
nanochemia
Opis:
The fast development of digitalization and computational science is opening new possibilities for a rapid design of new materials. Computational tools coupled with focused experiments can be successfully used for the design of new nanostructured materials in different sectors, particularly in the area of biomedical applications. This paper starts with a general introduction on the future of computational tools for the design of new materials and introduces the paradigm of multiscale molecular modeling. It then continues with the description of the multiscale (i.e., atomistic, mesoscale and finite element calculations) computational recipe for the prediction of novel materials and structures for biomedical applications. Finally, the comparison of in silico and experimental results on selected systems of interest in the area of life sciences is reported and discussed. The quality of the agreement obtained between virtual and real data for such complex systems indeed confirms the validity of computational tools for the design of nanostructured polymer systems for biomedical applications.
Źródło:
Science, Technology and Innovation; 2019, 6, 3; 1-10
2544-9125
Pojawia się w:
Science, Technology and Innovation
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Podstawowe programy do analizy sieci
Autorzy:
Hyunjoung, Lee
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/303616.pdf
Data publikacji:
2019
Wydawca:
Wydawnictwo Druk-Art
Tematy:
analiza danych
wizualizacja sieci
modelowanie molekularne
data analysis
network visualization
molecular modeling
Opis:
Tradycyjna analiza danych koncentruje się na atrybutach aktora. Ponieważ jednak zachowanie aktora nie zawsze jest niezależne, konieczna jest obserwacja aktorów z perspektywy ich związków z siecią. Jest takie tradycyjne koreańskie powiedzenie, zawarte w księdze Myungshimbogam1, które w polskiej wersji brzmi: „Pokaż mi swoich przyjaciół, a powiem ci, kim jesteś”. Przytaczamy te słowa, aby zmienić punkt widzenia z atrybutów jednego aktora na sieć. Analizę Big Data z tej perspektywy można przeprowadzać za pomocą dostępnych na rynku programów do analizy sieci. Omawiamy kilka najpopularniejszych z nich, w tym UCINET (University of California Irvine NETwork), NetMiner, R, Gephi i NodeXL. UNICET i NetMiner to kompleksowe programy, w którym można stosować różne techniki analizy sieci. NodeXL oraz R to oprogramowanie do obliczeń statystycznych, natomiast Gephi służy głównie do wizualizacji. Podstawową analizę i wizualizację danych w NodeXL, można wykonać, wprowadzając dane o sieci za pomocą szablonu Excela.
Źródło:
Napędy i Sterowanie; 2019, 21, 2; 70-77
1507-7764
Pojawia się w:
Napędy i Sterowanie
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
A novel tetrameric lectin from Lycoris aurea with four mannose binding sites per monomer
Autorzy:
Liu, Jiwei
Xu, Xiaochao
Liu, Jinzhi
Balzarini, Jan
Luo, Yongtin
Kong, Yang
Li, Jian
Chen, Fang
Van Damme, Els
Bao, Jinku
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1041131.pdf
Data publikacji:
2007
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
sequence alignment
mannose-binding lectin
Lycoris aurea agglutinin
molecular modeling and docking
Opis:
The mannose-binding agglutinin from bulbs of Lycoris aurea (LAA) agglutinates rabbit but not human erythrocytes. The molecular mass of the monomer in SDS/PAGE is 12 kDa while the apparent molecular mass in gel filtration is 48 kDa, indicating that LAA is a homotetramer. The full-length cDNA of LAA contains 683 bp with an open reading frame encoding a protomer of 162 amino-acid residues. Hydrophobic Cluster Analysis and molecular modeling of the 109-residue mature polypeptide suggested a similar secondary and tertiary structure to those of Narcissus pseudonarcissus agglutinin (NPA). Molecular docking revealed that, besides the three mannose-binding sites common among Amaryllidaceae lectins, LAA also contains a fourth unique mannose-binding site formed by a tryptophan cluster. The existence of four mannose-binding sites in each monomer of LAA is very unusual and has only been reported for NPA earlier.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2007, 54, 1; 159-166
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Investigations on separation properties of ceramic membranes in ultrafiltration process of model myoglobin solutions
Badanie właściwości separacyjnych membran ceramicznych w procesie ultrafiltracji modelowych roztworów mioglobiny
Autorzy:
Gabriel-Półrolniczak, U.
Szaniawska, D.
Ćwirko, K.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2072093.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Mechaników Polskich
Tematy:
ultrafiltracja
membrany ceramiczne
białka
modelowanie molekularne
ultrafiltration
ceramic membranes
proteins
molecular modeling
Opis:
Results of ultrafiltration process of myoglobin model solutions are presented in the paper. The effect of TMP and pH on the efficiency and selectivity of the membrane was tested. Ultrafiltration tests were conducted using the flat ceramic Ti02/Zr02 membranes of 50 kDa cut-off under the following conditions: temperature 20°C, CFV 60 dm3/h, TMP 0.05-0.2 MPa,pH3,3-8.9, protein concentration 0,005%. Experiments were conducted in the field of polar molecular modeling in order to determine the size, shape and electrostatic properties of the analyzed protein.
W pracy zaprezentowano wyniki badań procesu ultrafiltracji modelowych roztworów mioglobiny. Badano wpływ TMP i pH na wydajność i selektywność membrany Testy ultrafiltracyjne były prowadzone przy użyciu płaskich membran ceramicznych z Ti02/Zr02 o cut-off 50 kDa w następujących warunkach: temperatura 20°C, CFV 60 dm3/h, TMP 0,05-0,2 MPa,pH 3,3-8,9, stężenie białka 0,005%. Przeprowadzono eksperymenty z zakresu modelowania molekularnego w celu określenia rozmiaru, kształtu oraz właściwości elektrostatycznych analizowanego białka.
Źródło:
Inżynieria i Aparatura Chemiczna; 2013, 5; 419--420
0368-0827
Pojawia się w:
Inżynieria i Aparatura Chemiczna
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Investigation of interactions between dermorphin analogs and µ-opioid receptor
Autorzy:
Karczyńska, A.
Zaborowski, B.
Ślusarz, M.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1935820.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Politechnika Gdańska
Tematy:
molecular modeling
opioid receptors
defmorphin
molecular docking
drug design
modelowanie molekularne
receptory opioidowe
dokująca molekularna
projektowanie leków
dermorfina
Opis:
Opioid receptors play the pain control function in the body. Most of the research is carried out to find the most effective analgesic. The earliest analgesic is morphine, however, unfortunately it has many side effects [Mizoguchi H et al. 2003 J. Pharmacol Sci. 93 423]. At a later time dermorphin was discovered as another potent analgesic [Mont ecucchi P C et al. 1981 Int. J. Pept. Protein Res. 17 275]. Unfortunately, this peptide is not resistant to enzymatic metabolism [Kisara K et al. 1986 Br. J. Pharmacol. 87 183; Sasaki Y et al. 1985 Neuropeptides 5 391]. The objective of this study is to search for new opioid analgesics by investigation of interactions between dermorphin analogs and the μ -opioid receptor using molecular modeling methods. MOPR ( μ -Opioid Peptide Receptor) complexes with several ligands (with known biological activity) were modeled to explain how the structure of the complex was related to the biological activity. The investigated dermorphin analogs containing [ DMT1, D -Arg 2 ] (especially tetrapeptides) may become a good alternative for the currently used an algesics.
Źródło:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 2014, 18, 4; 331--336
1428-6394
Pojawia się w:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Wyświetlanie 1-10 z 15

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies