Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Centralna Biblioteka Wojskowa Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaCentralna Biblioteka Wojskowa

Wyszukujesz frazę "molecular modeling" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Wyrównaj
    Wyświetlanie 1-15 z 15
    Tytuł:
    Molecular analysis of three novel G6PD variants: G6PD Pedoplis-Ckaro, G6PD Piotrkow and G6PD Krakow
    Autorzy:
    Maciag, Monika
    Plochocka, Danuta
    Jablonska-Skwiecinska, Ewa
    Mendek-Czajkowska, Ewa
    Golaszewska, Ewa
    Strojny, Wojciech
    Balwierz, Walentyna
    Zdebska, Ewa
    Burzynska, Beata
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1040891.pdf
    Data publikacji:
    2007
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    G6PD deficiency
    molecular modeling
    Opis:
    We present three novel mutations in the G6PD gene and discuss the changes they cause in the 3-dimensional structure of the enzyme: 573C→G substitution that predicts Phe to Leu at position 191 in the C-terminus of helix αe, 851T→C mutation which results in the substitution 284Val→→Ala in the β+α domain close to the C-terminal part of helix αj, and 1175T→C substitution that predicts Ile to Thr change at position 392.
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2007, 54, 4; 877-881
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Orientation of lutein in a lipid bilayer - revisited
    Autorzy:
    Pasenkiewicz-Gierula, Marta
    Baczyński, Krzysztof
    Murzyn, Krzysztof
    Markiewicz, Michał
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1039792.pdf
    Data publikacji:
    2012
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    molecular modeling
    tilt angle
    macular pigment
    Opis:
    Lutein is present in the human retina and lens, where it plays a protective role. As lutein is associated with the lipid matrix of biomembranes, the role depends on its membrane location. Experimental studies predicted two orientations of lutein in a phosphatidylcholine (PC) bilayer: vertical and horizontal. Using a molecular dynamics simulation, we observed, in two different PC bilayers, both orientations of lutein, and in each bilayer, a single change from vertical to horizontal orientation or vice versa. Both orientations were stabilized by hydrogen bonding of lutein OH groups with mainly carbonyl but also phosphate oxygen atoms of PC.
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2012, 59, 1; 115-118
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Signal transmission via G protein-coupled receptors in the light of rhodopsin structure determination.
    Autorzy:
    Ciarkowski, Jerzy
    Drabik, Piotr
    Giełdoń, Artur
    Kaźmierkiewicz, Rajmund
    Ślusarz, Rafał
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1044085.pdf
    Data publikacji:
    2001
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    signal transduction
    neurohypophyseal receptors
    molecular modeling
    GPCRs
    Opis:
    G protein-coupled receptors (GPCRs) transducing diverse external signals to cells via activation of heterotrimeric GTP-binding (G) proteins, estimated to mediate actions of 60% of drugs, had been resistant to structure determination until summer 2000. The first atomic-resolution experimental structure of a GPCR, that of dark (inactive) rhodopsin, thus provides a trustworthy 3D prototype for antagonist-bound forms of this huge family of proteins. In this work, our former theoretical GPCR models are evaluated against the new experimental template. Subsequently, a working hypothesis regarding the signal transduction mechanism by GPCRs is presented.
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2001, 48, 4; 1203-1207
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Molecular modelling techniques in environmental research
    Autorzy:
    Urniaż, R. D.
    Rutkowska, E.
    Jastrzębski, J. P.
    Książek, P.
    Rudnicka, K.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/363208.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
    Tematy:
    molecular dynamics
    molecular modeling
    pharmacokinetics
    pharmacophore modeling
    QSAR
    dynamika molekularna
    modelowanie molekularne
    farmakokinetyka
    modelowanie farmakoforowe
    Opis:
    Over the last few decades significant increase in computational methods (in silico) was annotated. Novel methods have been developed and applied for hypothesis improvement and testing in regions of industrial, pharmaceutical and environmental research. The term in silico methods include variety of approaches. Considerable attention has been attracted to databases, data analysis tools, quantitative structure-activity relationships (QSAR), pharmacophore models, molecular docking and dynamics, pharmacokinetics and other molecular modelling techniques. In silico methods are often accompanied by experimental data, both to create the model and to test it. Such models are frequently used in the discovery and optimization of novel molecules with expected affinity to a target, the estimation of absorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity properties as well as physicochemical characterization. The review summarizes briefly the applications of most common molecular modelling techniques and evaluates their application in environmental research. Additionally, this study considers computer aided methods as potential and complex tools that may serve as valuable partnership with wet-lab experiments and may provide a rational aid to minimize the cost and time of research.
    Źródło:
    Environmental Biotechnology; 2013, 9, 2; 39-51
    1734-4964
    Pojawia się w:
    Environmental Biotechnology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Modelowanie molekularne jako etap poszukiwania nowych substancji o potencjalnym znaczeniu terapeutycznym
    Molecular modeling as a stage of searching for new substances with potential therapeutic significance
    Autorzy:
    Pisula, Magdalena
    Dróżdż, Ewelina
    Chełmecka, Elżbieta
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1035526.pdf
    Data publikacji:
    2020
    Wydawca:
    Śląski Uniwersytet Medyczny w Katowicach
    Tematy:
    projektowanie leków
    modelowanie molekularne
    in silico
    drug design
    molecular modeling
    Opis:
    The paper is a review of the literature on molecular modeling, with particular emphasis on the use of modern in silico methods in the early stages of designing new medical substances. Its purpose is to discuss the significance and justification of using computer software in the process of creating new drugs. Therefore, the stages through which a compound must pass so that it can be considered as a good drug candidate were presented, and the subsequent stages in the proces of searching for substances using molecular modeling methods were discussed. It has been demonstrated that molecular modeling can be a useful tool in the process of designing medicinal substances, as well as an important factor reducing the costs and shortening the time spent researching a new drug. Due to the considerable effectiveness of computer methods, work should be carried out in their further development.
    Praca stanowi przegląd literatury dotyczącej modelowania molekularnego, ze szczególnym uwzględnieniem użycia nowoczesnych metod in silico we wczesnych etapach projektowania nowych substancji leczniczych. Jej celem jest omówienie znaczenia oraz uzasadnienie słuszności zastosowania oprogramowania komputerowego w procesie tworzenia nowych leków. Przedstawiono etapy, przez które przechodzi związek, aby mógł być uznany za dobrego kandydata na lek, oraz omówiono kolejne fazy postępowania podczas poszukiwania substancji metodami modelowania molekularnego. Wykazano, że modelowanie molekularne może być narzędziem przydatnym w procesie projektowania substancji leczniczych; jest to również istotny czynnik redukujący koszty oraz skracający czas poświęcony na badania nad nowym lekiem. W związku ze znaczną efektywnością metod komputerowych powinno się prowadzić prace w zakresie ich dalszego rozwoju.
    Źródło:
    Annales Academiae Medicae Silesiensis; 2020, 74; 91-98
    1734-025X
    Pojawia się w:
    Annales Academiae Medicae Silesiensis
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    In silico design of self-assembly nanostructured polymer systems by multiscale molecular modeling
    Autorzy:
    Laurini, Erik
    Marson, Domenico
    Fermeglia, Maurizio
    Pricl, Sabrina
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/93174.pdf
    Data publikacji:
    2019
    Wydawca:
    Państwowa Wyższa Szkoła Zawodowa w Tarnowie
    Tematy:
    multiscale molecular modeling
    polymer
    nanochemistry
    wieloskalowe modelowanie molekularne
    polimer
    nanochemia
    Opis:
    The fast development of digitalization and computational science is opening new possibilities for a rapid design of new materials. Computational tools coupled with focused experiments can be successfully used for the design of new nanostructured materials in different sectors, particularly in the area of biomedical applications. This paper starts with a general introduction on the future of computational tools for the design of new materials and introduces the paradigm of multiscale molecular modeling. It then continues with the description of the multiscale (i.e., atomistic, mesoscale and finite element calculations) computational recipe for the prediction of novel materials and structures for biomedical applications. Finally, the comparison of in silico and experimental results on selected systems of interest in the area of life sciences is reported and discussed. The quality of the agreement obtained between virtual and real data for such complex systems indeed confirms the validity of computational tools for the design of nanostructured polymer systems for biomedical applications.
    Źródło:
    Science, Technology and Innovation; 2019, 6, 3; 1-10
    2544-9125
    Pojawia się w:
    Science, Technology and Innovation
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Podstawowe programy do analizy sieci
    Autorzy:
    Hyunjoung, Lee
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/303616.pdf
    Data publikacji:
    2019
    Wydawca:
    Wydawnictwo Druk-Art
    Tematy:
    analiza danych
    wizualizacja sieci
    modelowanie molekularne
    data analysis
    network visualization
    molecular modeling
    Opis:
    Tradycyjna analiza danych koncentruje się na atrybutach aktora. Ponieważ jednak zachowanie aktora nie zawsze jest niezależne, konieczna jest obserwacja aktorów z perspektywy ich związków z siecią. Jest takie tradycyjne koreańskie powiedzenie, zawarte w księdze Myungshimbogam1, które w polskiej wersji brzmi: „Pokaż mi swoich przyjaciół, a powiem ci, kim jesteś”. Przytaczamy te słowa, aby zmienić punkt widzenia z atrybutów jednego aktora na sieć. Analizę Big Data z tej perspektywy można przeprowadzać za pomocą dostępnych na rynku programów do analizy sieci. Omawiamy kilka najpopularniejszych z nich, w tym UCINET (University of California Irvine NETwork), NetMiner, R, Gephi i NodeXL. UNICET i NetMiner to kompleksowe programy, w którym można stosować różne techniki analizy sieci. NodeXL oraz R to oprogramowanie do obliczeń statystycznych, natomiast Gephi służy głównie do wizualizacji. Podstawową analizę i wizualizację danych w NodeXL, można wykonać, wprowadzając dane o sieci za pomocą szablonu Excela.
    Źródło:
    Napędy i Sterowanie; 2019, 21, 2; 70-77
    1507-7764
    Pojawia się w:
    Napędy i Sterowanie
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    A novel tetrameric lectin from Lycoris aurea with four mannose binding sites per monomer
    Autorzy:
    Liu, Jiwei
    Xu, Xiaochao
    Liu, Jinzhi
    Balzarini, Jan
    Luo, Yongtin
    Kong, Yang
    Li, Jian
    Chen, Fang
    Van Damme, Els
    Bao, Jinku
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1041131.pdf
    Data publikacji:
    2007
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    sequence alignment
    mannose-binding lectin
    Lycoris aurea agglutinin
    molecular modeling and docking
    Opis:
    The mannose-binding agglutinin from bulbs of Lycoris aurea (LAA) agglutinates rabbit but not human erythrocytes. The molecular mass of the monomer in SDS/PAGE is 12 kDa while the apparent molecular mass in gel filtration is 48 kDa, indicating that LAA is a homotetramer. The full-length cDNA of LAA contains 683 bp with an open reading frame encoding a protomer of 162 amino-acid residues. Hydrophobic Cluster Analysis and molecular modeling of the 109-residue mature polypeptide suggested a similar secondary and tertiary structure to those of Narcissus pseudonarcissus agglutinin (NPA). Molecular docking revealed that, besides the three mannose-binding sites common among Amaryllidaceae lectins, LAA also contains a fourth unique mannose-binding site formed by a tryptophan cluster. The existence of four mannose-binding sites in each monomer of LAA is very unusual and has only been reported for NPA earlier.
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2007, 54, 1; 159-166
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Investigations on separation properties of ceramic membranes in ultrafiltration process of model myoglobin solutions
    Badanie właściwości separacyjnych membran ceramicznych w procesie ultrafiltracji modelowych roztworów mioglobiny
    Autorzy:
    Gabriel-Półrolniczak, U.
    Szaniawska, D.
    Ćwirko, K.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2072093.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Mechaników Polskich
    Tematy:
    ultrafiltracja
    membrany ceramiczne
    białka
    modelowanie molekularne
    ultrafiltration
    ceramic membranes
    proteins
    molecular modeling
    Opis:
    Results of ultrafiltration process of myoglobin model solutions are presented in the paper. The effect of TMP and pH on the efficiency and selectivity of the membrane was tested. Ultrafiltration tests were conducted using the flat ceramic Ti02/Zr02 membranes of 50 kDa cut-off under the following conditions: temperature 20°C, CFV 60 dm3/h, TMP 0.05-0.2 MPa,pH3,3-8.9, protein concentration 0,005%. Experiments were conducted in the field of polar molecular modeling in order to determine the size, shape and electrostatic properties of the analyzed protein.
    W pracy zaprezentowano wyniki badań procesu ultrafiltracji modelowych roztworów mioglobiny. Badano wpływ TMP i pH na wydajność i selektywność membrany Testy ultrafiltracyjne były prowadzone przy użyciu płaskich membran ceramicznych z Ti02/Zr02 o cut-off 50 kDa w następujących warunkach: temperatura 20°C, CFV 60 dm3/h, TMP 0,05-0,2 MPa,pH 3,3-8,9, stężenie białka 0,005%. Przeprowadzono eksperymenty z zakresu modelowania molekularnego w celu określenia rozmiaru, kształtu oraz właściwości elektrostatycznych analizowanego białka.
    Źródło:
    Inżynieria i Aparatura Chemiczna; 2013, 5; 419--420
    0368-0827
    Pojawia się w:
    Inżynieria i Aparatura Chemiczna
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Investigation of interactions between dermorphin analogs and µ-opioid receptor
    Autorzy:
    Karczyńska, A.
    Zaborowski, B.
    Ślusarz, M.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1935820.pdf
    Data publikacji:
    2014
    Wydawca:
    Politechnika Gdańska
    Tematy:
    molecular modeling
    opioid receptors
    defmorphin
    molecular docking
    drug design
    modelowanie molekularne
    receptory opioidowe
    dokująca molekularna
    projektowanie leków
    dermorfina
    Opis:
    Opioid receptors play the pain control function in the body. Most of the research is carried out to find the most effective analgesic. The earliest analgesic is morphine, however, unfortunately it has many side effects [Mizoguchi H et al. 2003 J. Pharmacol Sci. 93 423]. At a later time dermorphin was discovered as another potent analgesic [Mont ecucchi P C et al. 1981 Int. J. Pept. Protein Res. 17 275]. Unfortunately, this peptide is not resistant to enzymatic metabolism [Kisara K et al. 1986 Br. J. Pharmacol. 87 183; Sasaki Y et al. 1985 Neuropeptides 5 391]. The objective of this study is to search for new opioid analgesics by investigation of interactions between dermorphin analogs and the μ -opioid receptor using molecular modeling methods. MOPR ( μ -Opioid Peptide Receptor) complexes with several ligands (with known biological activity) were modeled to explain how the structure of the complex was related to the biological activity. The investigated dermorphin analogs containing [ DMT1, D -Arg 2 ] (especially tetrapeptides) may become a good alternative for the currently used an algesics.
    Źródło:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 2014, 18, 4; 331--336
    1428-6394
    Pojawia się w:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Application of fRMSDchiral for mathematical description of mutual position between stereoisomers
    Autorzy:
    Urniaz, Rafal Damian
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/748148.pdf
    Data publikacji:
    2015
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Matematyczne
    Tematy:
    fragment-level RMSD
    chiral recognition
    bioinformatics
    molecular modeling
    fragment-level RMSD, związki chiralne, stereoselektywność, bioinformatyka, modelowanie molekularne
    Opis:
    The ability of biological systems to recognize and distinguish between compounds is crucial for living systems. A detailed study of this mechanism seems to be an important supplement for analysis of possible contact interactions between compounds and environment. This process could be characterized by variety of descriptors respond to compounds’ structural and physicochemical properties. Usually, the measure of variation in molecule positions in the three dimensional space is realized by the Root Mean Square Deviation (RMSD) calculation. Here, the traditional concept of RMSD was readjusted as fragment-level RMSD (fRMSD) and applied for mathematical description of stereoisomers’ role in the chiral recognition process.
    Źródło:
    Mathematica Applicanda; 2015, 43, 1
    1730-2668
    2299-4009
    Pojawia się w:
    Mathematica Applicanda
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Coarse-grained modeling of protein structure, dynamics and protein-protein interactions
    Autorzy:
    Koliński, A.
    Kmiecik, S.
    Jamróz, M.
    Błaszczyk, M.
    Kouza, M.
    Kurciński, M.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1954428.pdf
    Data publikacji:
    2014
    Wydawca:
    Politechnika Gdańska
    Tematy:
    coarse-grained modeling
    protein folding
    protein dynamics
    molecular docking
    protein docking
    Opis:
    Theoretical prediction of protein structures and dynamics is essential for understanding the molecular basis of drug action, metabolic and signaling pathways in living cells, designing new technologies in the life science and material sciences . We developed and validated a novel multiscale methodology for the study of protein folding processes including flexible docking of proteins and peptides. The new modeling technique starts from coarse-grained large-scale simulations, followed by selection of the most plausible final structures and intermediates and, finally, by an all-atom rectification of the obtained structures. Except for the most basic bioinformatics tools, the entire computational methodology is based on the models and algorithms developed in our lab. The coarse-grained simulations are based on a high-resolution lattice representation of protein structures, a knowledge based statistical force field and efficient Monte Carlo dynamics schemes, including Replica Exchange algorithms. This paper focuses on the description of the coarse-grained CABS model and its selected applications.
    Źródło:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 2014, 18, 3; 219--229
    1428-6394
    Pojawia się w:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Studies of trans- and cis-xylomollin molecular structures using molecular dynamics simulations
    Autorzy:
    Mahboub, R.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/411704.pdf
    Data publikacji:
    2012
    Wydawca:
    Przedsiębiorstwo Wydawnictw Naukowych Darwin / Scientific Publishing House DARWIN
    Tematy:
    xylomolin
    irydoid
    dynamika molekularna
    xylomollin
    trans-fused iridoid
    modeling structure
    molecular dynamic
    Opis:
    The present work describes the comparative study of the trans- and the cis-xylomollin structures. We have determined the two bridgehead H5 and H9 configurations using simulation calculations for both trans- and cis- distereoisomers. Molecular Dynamic (MD) simulations of the trans- and cis- xylomollin were performed with an efficient program. The geometries, interaction energies, bonds, angles, and the Van der Waals (VDW) interactions were carried out in solution and gas phases. This comparative study shows that the trans-xylomollin acquires the high configuration energy under the AMBER field using MD method. This molecule reaches its high stable configuration state in solution environment. Our MD simulation results are goods and in agreement with those of literature.
    Źródło:
    International Letters of Chemistry, Physics and Astronomy; 2012, 5; 46-58
    2299-3843
    Pojawia się w:
    International Letters of Chemistry, Physics and Astronomy
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Badania in silico w przewidywaniu zdolności przenikania leków przez barierę krew-mózg
    In silico prediction of blood-brain barrier penetration of drugs
    Autorzy:
    Brzezińska, Elżbieta
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1032909.pdf
    Data publikacji:
    2011
    Wydawca:
    Łódzkie Towarzystwo Naukowe
    Tematy:
    modelowanie qsar
    deskryptory
    molekularne
    blood-brain barrier (bbb)
    qsar modeling
    molecular descriptors
    bariera krew-mózg
    Opis:
    Blood-brain barrier (BBB) is a complex cellular system, which separates the brain and central nervous system (CNS) from the bloodstream. BBB permeability (BBBp) is one of the most important pharmacokinetic properties not only for CNS-active drugs. The brain penetration of CNS-nonactive drugs should be very low to minimize the unwanted CNS side effects. Determination of BBBp of therapeutic compounds is an important component in the design of drugs. Usually the blood-brain partition coefficient (log BB) is used to determine BBB permeability of chemical compounds. Quantitative structure-activity relationship (QSAR) models offer predicting log BB from the molecular structure of a compound. Experimental determination of log BB of the compound is difficult, labour-consuming and time-consuming. It is desirable to predict the blood-brain partition coefficient of compounds from their molecular structures or from physicochemical properties. Various descriptors have been revealed in many studies to be important for predicting BBBp of small molecules via passive diffusion. The most important descriptors usually used to build QSAR models and the QSAR modeling methods were presented in this work. The in silico models based on QSAR are frequently used, but are limited by the restricted accessibility of in vivo data during the early drug discovery phase.
    Bariera krew-mózg (ang. Blood-brain barrier - BBB) jest złożonym systemem, który oddziela ośrodkowy układ nerwowy (OUN) od krwioobiegu. Zdolność przenikania bariery krew-mózg (ang. Blood-brain barrier permeability – BBBp) stanowi jedną z najważniejszych właściwości farmakokinetycznych dla leków działających ośrodkowo. Równocześnie, poziom przenikania do mózgu leków działających poza OUN powinien być niski, dla uniknięcia ośrodkowych działań niepożądanych. Ustalenie BBBp substancji leczniczej jest ważnym elementem projektowania leków. Najczęściej używanym wskaźnikiem poziomu przenikania jest współczynnik rozdziału pomiędzy mózg i krew (log BB). Modele matematyczne ilościowej zależności pomiędzy strukturą i aktywnością (ang. quantitative structure-activity relationship - QSAR) dają możliwość przewidywania parametru log BB na podstawie badania struktury związku chemicznego. Doświadczalne ustalanie wartości log BB jest trudne, czasochłonne i pracochłonne. Bardzo przydatna jest więc możliwość przewidywania współczynnika rozdziału związku pomiędzy mózg i krew, na podstawie właściwości fizykochemicznych lub ich struktury. Znacząca rola różnych deskryptorów molekularnych w przewidywaniu log BB została udowodniona w wielu doświadczeniach. W niniejszej pracy opisano najważniejsze z parametrów, często używanych do tworzenia modeli QSAR oraz popularne metody modelowania QSAR. Stosowanie modeli in silico, opartych na metodach QSAR, jest bardzo rozpowszechnione. We wstępnej fazie poszukiwania leku użyteczność tych metod jest ograniczona brakiem dostępu do danych z badań in vivo.
    Źródło:
    Folia Medica Lodziensia; 2011, 38, 2; 117-144
    0071-6731
    Pojawia się w:
    Folia Medica Lodziensia
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Theoretical models of catalytic domains of protein phosphatases 1 and 2A with Zn2+ and Mn2+ metal dications and putative bioligands in their catalytic centers.
    Autorzy:
    Woźniak-Celmer, Edyta
    Ołdziej, Stanisław
    Ciarkowski, Jerzy
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1044161.pdf
    Data publikacji:
    2001
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    protein phosphatase inhibitors
    constrained simulated annealing
    protein phosphatase 1A and 2B
    molecular dynamics
    homology modeling
    Opis:
    The oligomeric metalloenzymes protein phosphatases dephosphorylate OH groups of Ser/Thr or Tyr residues of proteins whose actions depend on the phosphorus signal. The catalytic units of Ser/Thr protein phosphatases 1, 2A and 2B (PP1c, PP2Ac and PP2Bc, respectively), which exhibit about 45% sequence similarity, have their active centers practically identical. This feature strongly suggests that the unknown structure of PP2Ac could be successfully homology-modeled from the known structures of PP1c and/or PP2Bc. Initially, a theoretical model of PP1c was built, including a phosphate and a metal dication in its catalytic site. The latter was modeled, together with a structural hydroxyl anion, as a triangular pseudo-molecule (Zno or Mno), composed of two metal cations (double Zn2+ or Mn2+, respectively) and the OH- group. To the free PP1c two inhibitor sequences R29RRRPpTPAMLFR40 of DARPP-32 and R30RRRPpTPATLVLT42 of Inhibitor-1, and two putative substrate sequences LRRApSVA and QRRQRKpRRTI were subsequently docked. In the next step, a free PP2Ac model was built via homology re-modeling of the PP1c template and the same four sequences were docked to it. Thus, together, 20 starting model complexes were built, allowing for combination of the Zno and Mno pseudo-molecules, free enzymes and the peptide ligands docked in the catalytic sites of PP1c and PP2Ac. All models were subsequently subjected to 250-300 ps molecular dynamics using the AMBER 5.0 program. The equilibrated trajectories of the final 50 ps were taken for further analyses. The theoretical models of PP1c complexes, irrespective of the dication type, exhibited increased mobilities in the following residue ranges: 195-200, 273-278, 287-209 for the inhibitor sequences and 21-25, 194-200, 222-227, 261, 299-302 for the substrate sequences. Paradoxically, the analogous PP2Ac models appeared much more stable in similar simulations, since only their "prosegment" residues 6-10 and 14-18 exhibited an increased mobility in the inhibitor complexes while no areas of increased mobility were found in the substrate complexes. Another general observation was that the complexes with Mn dications were more stable than those with Zn dications for both PP1c and PP2Ac units.
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2001, 48, 1; 35-52
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
      Wyświetlanie 1-15 z 15

      Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies