Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Wyszukujesz frazę "gel electrophoresis" wg kryterium: Temat


Wyświetlanie 1-25 z 25
Tytuł:
Native nucleic acid electrophoresis as an efficient alternative for genotyping method of influenza virus
Autorzy:
Pajak, Beata
Lepek, Krzysztof
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1039250.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
gel electrophoresis
SSCP
influenza
minor genetic variants
Opis:
Influenza viruses are the worldwide major causative agents of human and animal acute respiratory infections. Some of the influenza subtypes have caused epidemics and pandemics among humans. The varieties of methods are available for the rapid isolation and identification of influenza viruses in clinical and environmental samples. Since nucleic acids amplification techniques such as RT-PCR have been adapted, fast and sensitive influenza type and subtype determination is possible. However, in some ambiguous cases other, more detailed assay might be desired. The genetic material of influenza virus is highly unstable and constantly mutates. It is known that single nucleotide polymorphisms (SNPs) results in resistance to commercially available anti-viral drugs. The genetic drift of the virus could also result in weakening of immune response to infection. Finally, in a substantial number of patients co-infection with various virus strains or types has been confirmed. Although the detection of co-infection or presence of minor genetic variants within flu-infected patients is not a routine procedure, a rapid and wide spectrum diagnostics of influenza virus infections could reveal an accurate picture of the disease and more importantly, is crucial for choosing the appropriate therapeutics and virus monitoring. Herein we present the evidences that native gel electrophoresis and MSSCP - a method based on multitemperature single strand conformation polymorphism could furnish a useful technique for minor variants, which escape discovery by conventional diagnostic assays.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2014, 61, 3; 479-483
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Peripartum changes in serum activities of three major alkaline phosphatase isoenzymes in Holstein dairy cows
Autorzy:
Chiba, A.
Onomi, R.
Hatate, K.
Moriyama, T.
Goto, A.
Yamagishi, N.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2087301.pdf
Data publikacji:
2020
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
agarose gel electrophoresis (AGE)
alkaline phosphatase isoenzyme
periparturient cow
Źródło:
Polish Journal of Veterinary Sciences; 2020, 23, 3; 457-459
1505-1773
Pojawia się w:
Polish Journal of Veterinary Sciences
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Agarose gel electrophoresis pattern of serum alkaline phosphatase isoenzymes in Holstein cows during lactation
Autorzy:
Chiba, A.
Hatate, K.
Onomi, R.
Moriyama, T.
Goto, A.
Yamagishi, N.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2087309.pdf
Data publikacji:
2020
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
agarose gel electrophoresis (AGE)
alkaline phosphatase isoenzyme
lactating cow
Źródło:
Polish Journal of Veterinary Sciences; 2020, 23, 2; 317-319
1505-1773
Pojawia się w:
Polish Journal of Veterinary Sciences
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Determination of plasma bone-specific alkaline phosphatase isoenzyme activity in Holstein calves using a commercial agarose gel electrophoresis kit
Autorzy:
Onomi, R.
Hatate, K.
Yamagishi, N.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2087395.pdf
Data publikacji:
2019
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
agarose gel electrophoresis (AGE)
bone-specific alkaline phosphatase isoenzyme
calf
Źródło:
Polish Journal of Veterinary Sciences; 2019, 4; 789-792
1505-1773
Pojawia się w:
Polish Journal of Veterinary Sciences
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Analysis of Genetic Similarities Between Clostridium Perfringens Isolates Isolated from Patients with Gas Gangrene and from Hospital Environment Conducted with the use of the PFGE Method
Autorzy:
Brzychczy-Włoch, Monika
Bulanda, Małgorzata
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1395730.pdf
Data publikacji:
2014-03-01
Wydawca:
Index Copernicus International
Tematy:
Clostridium perfringens
gas gangrene
pulsed field gel electrophoresis - PFGE
epidemiological investigation
Opis:
The objective of the study was to perform a comparative analysis of genetic similarity, with the use of pulsed field gel electrophoresis (PFGE), of Clostridium perfringens isolates originating from patients with gas gangrene and from the hospital environment. The study encompassed two patients with a clinical and microbiological diagnosis of gas gangrene, who were hospitalized in one of the hospitals of the Małopolska province in the time period between 31st March 2012 and 18th May 2012. Clostridium perfringens isolates genotyping indicated that the isolates originating from the two studied patients did not display genetic similarity and represented two different PFGE types, which corresponded to two different clones (clone A and B). Whereas the strains isolated from the hospital environment were genetically identical with the strain coming from the second patient and represented one PFGE type, which corresponded to one clone (clone A). As a result of the study, it is possible to conclude that both patients developed endogenous infection. Even so, the examination of the hospital environment indicates the possibility of the appearance of exogenous infections. It prompts recommending and following the exact regulations of sanitary regime in the ward and the operating theater if a patient is diagnosed with gas gangrene.
Źródło:
Polish Journal of Surgery; 2014, 86, 3; 141-146
0032-373X
2299-2847
Pojawia się w:
Polish Journal of Surgery
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Comparison of the effects of bleomycin and ionizing radiation in two sublines of murine lymphoma L5178Y
Autorzy:
Kruszewski, M.
Zaim, J.
Grądzka, I.
Szumiel, I.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/147561.pdf
Data publikacji:
2001
Wydawca:
Instytut Chemii i Techniki Jądrowej
Tematy:
bleomycin
comet assay
DNA damage
gamma radiation
single cell gel electrophoresis
Opis:
We compared the effects of bleomycin (BLM) and ionizing radiation on two sublines of murine lymphoma L5178Y (LY): LY-R, radiation resistant and LY-S, radiation sensitive. This radiosensitivity difference is related to the ability to rejoin DNA double strand breaks. LY-S cells were about two times more sensitive to BLM than LY-R, similarly as in the case of sensitivity to X rays. Since there was no difference in the P-glycoprotein-related drug transport system between the sublines, it could be expected that the enhanced sensitivity of LY-S cells to BLM was caused by the DNA repair defect. Growth disturbances in BLM treated cell populations were proportional to the lethal effect and their duration was observed until elimination of dead cells (3-6 days after 50 ěM BLM, 1 h at 37oC). There was no slow growth phase accompanied by normal viability, as previously described for X-irradiated LY-S cells. Initial DNA damage, estimated with the single cell gel electrophoresis method was linearly related to BLM dose in LY-S cells; in LY-R cells - in the low dose range (up to 10 ěM) - there was more damage than in LY-S cells, however, at higher doses the dose - effect curves became identical. The doseeffect relationship for ă rays was linear and identical in both cell sublines. DNA damage distribution in BLM treated cells was much less uniform as compared to that in irradiated cells and indicated the presence of cells with severely damaged DNA, a feature typical for BLM action in vitro.
Źródło:
Nukleonika; 2001, 46, 3; 81-86
0029-5922
1508-5791
Pojawia się w:
Nukleonika
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Express analysis of chitosan and its derivatives by gel electrophoresis
Autorzy:
Konovalova, Mariya
Shagdarova, Balzhima Ts.
Zubov, Vitaliy
Svirshchevskaya, Elena
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1034210.pdf
Data publikacji:
2019
Wydawca:
Sieć Badawcza Łukasiewicz - Polskie Towarzystwo Chitynowe
Tematy:
agarose gel electrophoresis
chitosan
chitosan derivatives
degree of deacetylation
molecular weight
Opis:
Chitosan is one of the most promising polymers for biomedical applications due to its unique properties, such as its biocompatibility, low toxicity, biodegradation, and the presence of reactive amino and hydroxyl groups. Analysis of physicochemical properties of chitosan and its derivatives is a time-consuming process and requires expensive equipment and large amounts of the sample. This paper proposes a method for express analysis of the molecular weight (MW), the degree of deacetylation (DD), the substitution degree (SD), and the charge of chitosan and its derivatives using agarose gel electrophoresis under acidic and neutral conditions with Coomassie staining. Positively charged chitosan samples required acidic Tris Acetate-EDTA (TAE) buffer to move in the gel. The electrophoretic mobility of chitosan depended on MW, DD, SD, and the chitosan charge. Based on the dependences obtained by the proposed method, the MW and DD of commercial chitosan samples were determined. Express analysis of chitosan and its derivatives in agarose gel can be used to monitor the reactions of chitosan modification and to analyse samples with unknown characteristics.
Źródło:
Progress on Chemistry and Application of Chitin and its Derivatives; 2019, 24; 84-95
1896-5644
Pojawia się w:
Progress on Chemistry and Application of Chitin and its Derivatives
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Proteome responses to herbicidal stress in maize
Autorzy:
Tyczewska, A.
Bielinska, I.
Gracz, J.
Sikora, M.
Twardowski, T.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/951291.pdf
Data publikacji:
2015
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
abiotic stress
plant response
maize
proteomic analysis
gene expression
two dimensional gel electrophoresis
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2015, 96, 1
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Primary results of 2-dimensional electrophoresis for protein studies of Gentiana kurroo Royle somatic embryos derived from long-term embryogenic cell suspensions
Autorzy:
Niedziela, A.
Rybczynski, J.J.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/56507.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Botaniczne
Tematy:
two dimensional gel electrophoresis
protein
Gentiana kurroo
somatic embryo
embryogenic cell
cell suspension
Opis:
Two-dimensional gel electrophoresis was used to compare protein expression profiles between various stages of Gentiana kurroo Royle somatic embryos. Seven distinct stages (I–VII) were pointed out and measured from long-term embryogenic cell suspension. Isoelectric focusing was done in the pH intervals 3–10, and the second dimension was carried out with 13% SDS-polyacrylamide gel electrophoresis. Dependent on the stage from about 400 (stage IV) to more than 700 (stage II) protein spots were totally detected. The molecular weight of abundant proteins range from 12 to 70 kDa, however, majority of proteins were located between 20–49 kDa spots on the gels. The highest difference in the number of spots appeared in the case of globular embryo (stage I) and elongated cotyledonary stage (stage VII) with differences being about 130 spots. The relevance of embryogenic cell suspension choice for proteomic analysis as well as expediency of the increasing number of particular embryo stages is discussed.
Źródło:
Acta Societatis Botanicorum Poloniae; 2014, 83, 3
0001-6977
2083-9480
Pojawia się w:
Acta Societatis Botanicorum Poloniae
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Heterogeneity of methicillin-sensitive Staphylococcus pseudintermedius strains isolated from diseased dogs
Autorzy:
Garbacz, K.
Piechowicz, L.
Zarnowska, S.
Haras, K.
Dabrowska-Szponar, M.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/32033.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
animal disease
dog
heterogeneity
methicillin
Staphylococcus pseudintermedius
isolation
diseased animal
pulsed-field gel electrophoresis
Opis:
Thirty nine canine S. pseudintermedius strains were examined for antibiotic susceptibility and genetic polymorphisms. All strains were methicillin-sensitive S. pseudintermedius (MSSP). Resistance to penicillin was most prevalent (66.6%), followed by resistance to neomycin (56.4%), erythromycin (53.8%), clindamycin (48.7%), chloramphenicol (48.7%), and tetracycline (46.2%). Pulsed-field electrophoresis (PFGE) showed a high genetic polymorphism in the investigated strains.
Źródło:
Polish Journal of Veterinary Sciences; 2011, 14, 2
1505-1773
Pojawia się w:
Polish Journal of Veterinary Sciences
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Comparative proteomic analysis of Bombyx mori hemolymph and fat body after calorie restriction
Autorzy:
Chen, Huiqing
Li, Yijia
Chen, Keping
Yao, Qin
Li, Guohui
Wang, Lin
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1040312.pdf
Data publikacji:
2010
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
calorie restriction
Bombyx mori
two-dimensional gel electrophoresis
proteomic analysis
MALDI-TOF/TOF MS
Opis:
Calorie restriction (CR) is known to extend life span from yeast to mammals. To gain an insight into the effects of CR on growth and development of the silkworm Bombyx mori at protein level, we employed comparative proteomic approach to investigate proteomic differences of hemolymph and fat body of the silkworm larvae subjected to CR. Thirty-nine differentially expressed proteins were identified by MALDI TOF/TOF MS. Among them, 19 were from the hemolymph and 20 from the fat body. The hemolymph of the CR group contained two down-regulated and 17 up-regulated proteins, whereas the fat body contained 15 down-regulated and five up-regulated ones. These proteins belonged to those functioning in immune system, in signal transduction and apoptosis, in regulation of growth and development, and in energy metabolism. Our results suggest that CR can alter the expression of proteins related to the above four aspects, implying that these proteins may regulate life span of the silkworm through CR.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2010, 57, 4; 505-511
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
DNA double-strand break rejoining in radioadapted human lymphocytes: evaluation by neutral comet assay and pulse-field gel electrophoresis
Autorzy:
Wojewódzka, M.
Buraczewska, I.
Szumiel, I.
Grądzka, I.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/146153.pdf
Data publikacji:
2006
Wydawca:
Instytut Chemii i Techniki Jądrowej
Tematy:
human lymphocytes
radioadaptation
DNA double-strand break rejoining
neutral comet assay
pulsefield gel electrophoresis
Opis:
Adaptive response (AR), an enhanced resistance to a high dose of ionising radiation acquired after pretreatment with a very low dose, was estimated in normal human lymphocytes. The question posed was whether the extent of radioadaptation, assessed by micronucleus test, would be related to the rate of DNA double-strand break (DSB) rejoining. Phytohemagglutinin-stimulated G1-lymphocytes from 5 healthy male volunteers were pre-treated (or not) with an adaptive (5 cGy) dose of X-rays, followed by a higher (5 or 10 Gy) challenge dose after 20-22 h. DSB rejoining after the challenge dose was monitored with the use of two methods: neutral comet assay, modified to reduce the contribution of single-strand breaks (SSBs) and thermolabile sites, and pulse-field gel electrophoresis (PFGE), specific for DSBs. At the level of micronuclei, an AR was observed in lymphocytes of 3 of 5 donors. Up to 60 min, comet assay showed no statistically significant differences in DNA break rejoining between adapted and non-adapted lymphocytes, independently of AR appearance. PFGE gave similar results, although in three donors it revealed secondary increases in DSBs levels at 30 min and/or 60 min post-irradiation in the adapted vs. the non-adapted samples. Failure to demonstrate changes in DSBs rejoining rate in the adapted lymphocytes could be due to diversity of AR intensity/timing at the level of DNA repair in not fully homogenous cell populations. Also, “rare” DNA cuts characteristic of early apoptosis/necrosis could overlap the process of DNA break rejoining.
Źródło:
Nukleonika; 2006, 51, 4; 185-191
0029-5922
1508-5791
Pojawia się w:
Nukleonika
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Study of Changes in Genetic Diversities and Hepatic Histological Structures of Two Ichthyofauna as a Consequence of Water Pollution in Two Different Areas of West Bengal
Autorzy:
Lahiri, Annesha
Das, Sohini
Datta, Rahul Kumar
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1193627.pdf
Data publikacji:
2017
Wydawca:
Przedsiębiorstwo Wydawnictw Naukowych Darwin / Scientific Publishing House DARWIN
Tematy:
DNA gel electrophoresis
Labeo bata
Labeo rohita
Water pollution
fish liver
histopathology
ichthyofauna
physicochemical parameters
Opis:
Water pollution affects biodiversity harshly. An attempt was made to find out the effect of aquatic pollution on the tissues of the fish, taking two different types of carps from two different areas of West Bengal (Barrackpore in North 24 Parganas and Raiganj in North Dinajpur). The carps used were Labeo rohita (major carp) and Labeo bata (minor carp) and were sampled from two different ponds within 1 km of each locality. The physicochemical parameters of the respective ponds were estimated from which the fishes were collected and comparisons were made. Liver tissues were taken from the fishes for histological and molecular analysis. From histological studies, it was found that there were some irregularities in the liver tissue structures which might be due to water pollution. DNA isolation from fish liver followed by gel electrophoresis was done to check whether water pollution affect the integrity of the extracted genomic DNA of the fish samples.
Źródło:
World Scientific News; 2017, 71; 132-138
2392-2192
Pojawia się w:
World Scientific News
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Phaseolin seed variability in common bean [Phaseolus vulgaris L.] by capillary gel electrophoresis
Autorzy:
Salmanowicz, B P
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2041989.pdf
Data publikacji:
2001
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
common bean
seed variability
phaseolin
capillary gel electrophoresis
storage protein
bean
Phaseolus vulgaris
genetic diversity
Źródło:
Journal of Applied Genetics; 2001, 42, 3; 269-281
1234-1983
Pojawia się w:
Journal of Applied Genetics
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Linkage of two mutant allozymes for Amp2 and Aat2 with marker loci on barley [Hordeum vulgare L.] chromosomes 1 and 6
Autorzy:
Kucharska, M
Kaczorowska, K.
Ali, E.S.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2048291.pdf
Data publikacji:
1998
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
chromosome
starch
isoenzyme
barley
linkage
gel electrophoresis
mutant
allozyme
genetic analysis
Hordeum vulgare
genetic marker
Opis:
To saturate barley (Hordeum vulgare L.) genetic maps the linkage relationships of two isoenzyme loci Amp2 (aminopeptydase) and Aat2 (aspartate aminotransferase) with known genetic markers were investigated. Results of the genetic analysis support previous information on the localization of these loci on chromosome 1 and 6, respectively. The following recombination values were estimated: between locus Amp2 and T1-3b translocation break point 13.8 ± 2.1%, between locus Aat2 and translocation T6-7i, 17 ± 3.0% and between locus Aat2 and marker о 24.1 ± 3.0%.
Źródło:
Journal of Applied Genetics; 1998, 39, 2; 147-150
1234-1983
Pojawia się w:
Journal of Applied Genetics
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Electrophoretic seed albumin patterns in the Vicia sativa L. aggregate
Autorzy:
Przybylska, J
Zimniak-Przybylska, Z.
Krajewski, P.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2043428.pdf
Data publikacji:
2000
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
polyacrylamide gel electrophoresis
genetic resource
chromosome number
Vicia sativa
variation
DNA polymorphism
vetch
seed albumin
electrophoresis
karyotype
isoenzyme variation
taxonomy
Źródło:
Journal of Applied Genetics; 2000, 41, 3; 139-149
1234-1983
Pojawia się w:
Journal of Applied Genetics
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Partial characterization of Sunn-hemp mosaic tobamovirus [SHMV] isolated from bean plants [Phaseolus vulgaris L.]
Autorzy:
Pospieszny, H
Palczewska, M.
Borodynko, N.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/65050.pdf
Data publikacji:
2001
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
host range
electron microscopy
serology
plant protection
coat protein
Phaseolus vulgaris
bean plant
gel electrophoresis
Sunn-hemp mosaic tobamovirus
Opis:
This work presents some properties of Sunn-hemp mosaic tobamovirus (SHMV) orginally isolated from bean plants. Virus infected host range and induced symptoms that were typical for SHMV. Following plant species distinquished SHMV from tobacco mosaic tobamovirus (TMV): Phaseolus vulgaris, Pisum sativum, Lupinus albus and Lycopersicon esculentum. In immunoblotting the serum against SHMV did not react with TMV and Tomato mosaic tobamovirus (ToMV). The electrophoretical patterns of whole virions and capsid proteins were characteristic for SHMV and different from that of TMV and ToMV.
W pracy przedstawiono charakterystykę wirusa mozaiki krotalarii (SHMV) wyizolowanego z siewek fasoli wyrosłych z zainfekowanych nasion. Stwierdzono, że zakres roślin gospodarzy badanego izolatu SHMV oraz wywoływane przez niego objawy chorobowe były typowe dla tego wirusa. Gatunki roślin takie jak: Phaseolus vulgaris, Pisum sativum, Lupinus albus i Lycopersicon esculentum różnicują SHMV od TMV. W teście immunoblotingu surowica przeciwko SHMV nie reagowała z TMV-U i ToMV-2., z kolei surowica przeciwko TMV reagowała jedynie z TMV-U₁ i ToMV-2. Obrazy elektroforetyczne zarówno całych virionów jak i białek otoczki wirusowej były charakterystyczne dla SHMV i różne od tych dla TMV-U₁ oraz ToMV-2.
Źródło:
Journal of Plant Protection Research; 2001, 41, 2
1427-4345
Pojawia się w:
Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Alkaline trypsin from the viscera and heads of Engraulis anchoita: partial purification and characterization
Autorzy:
Lamas, D.L.
Yeannes, M.I.
Massa, A.E.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/951322.pdf
Data publikacji:
2017
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
alkaline protease
trypsin
viscera
head
Engraulis anchoita
purification
proteinase activity
ethylenediaminetetraacetic acid
sodium dodecyl sulphate-polyacrylamide gel electrophoresis
proteolytic enzyme
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2017, 98, 2
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Dwuwymiarowa elektroforeza żelowa: od eksperymentu po profile ekspresji. Część pierwsza - eksperyment
Two-dimensional gel electrophoresis: from experiment to protein expresion profiles. Part one - experiment
Autorzy:
Suchwałko, A.
Podbielska, H.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/262044.pdf
Data publikacji:
2010
Wydawca:
Politechnika Wrocławska. Wydział Podstawowych Problemów Techniki. Katedra Inżynierii Biomedycznej
Tematy:
elektroforeza żelowa
2DE
eksperyment
analiza obrazu
schemat analizy 2-DE
gel electrophoresis
2-DE
experiment
image analysis
2-DE analysis workflow
Opis:
Dwuwymiarowa (dwukierunkowa) elektroforeza żelowa (2-DE) jest metodą znaną od lat 70. poprzedniego stulecia. Zainteresowanie badaczy metodą 2-DE wynika z możliwości separacji nawet kilku tysięcy białek w jednym żelu, co pozwala na ich detekcję i identyfikację. Dzięki wysokiej rozdzielczości wyników separacji możliwe staje się ustalenie roli biologicznej poszczególnych białek czy odkrywanie wpływu czynników zewnętrznych na organizmy żywe na poziomie proteomu. Metoda 2-DE wciąż ewoluuje. W ostatniej dekadzie nastąpił ogromny postęp w sposobie przeprowadzania eksperymentów z dużą powtarzalnością. Zmieniło się też całkowicie podejście do analizy obrazów żeli i wykorzystywane do tego celu algorytmy. Ze względu na tak szybki rozwój technik dwuwymiarowej elektroforezy żelowej autorzy postanowili przedstawić obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca składa się z dwu części. W pierwszej opisano zmiany, jakie zaszły w technikach przeprowadzania eksperymentów elektroforetycznych. Druga część skupia się na analizie obrazów uzyskanych za pomocą metody 2-DE, z uwzględnieniem zmian w schemacie analizy. Pierwsza część pracy koncentruje się na eksperymencie dwuwymiarowej elektroforezy żelowej. Opisano poszczególne kroki eksperymentu: od przygotowania próbki, przez ładowanie próbek do pierwszego wymiaru, IEF, SDS-PAGE, barwienie żeli, aż po zapis obrazów żeli. Praca nie porusza szczegółów biochemicznych eksperymentu. Opisane zostały również formaty plików, technika DIGE, wpływ eksperymentu na dalszą analizę, modyfikacje posttranslacyjne oraz pozyskanie próbek protein z żeli do ewentualne identyfikacji za pomocą innych technik proteomicznych.
Two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) is a method commonly used since seventies of the previous century. It owns its non weakening interest of researchers because of the possibility of separation even a few thousands of proteins in one gel, what allows for protein detection and identification. Thanks to high resolution of separation results, it is possible to determine a biological role of particular proteins or to discover influence of external factors on living organisms on the proteome level. Though 2-DE is still evolving. In the last decade, a great progress has been made in the way of performing experiments and their reproducibility. Approach to the analysis of gel images and algorithms used for the analysis have been entirely changed. For the reason of such instant changes of methods and techniques of the two-dimensional gel electrophoresis, the authors decided to describe state of the art. This work consists of two parts. The first part describes changes that have been made in performing of electrophoretic experiments. The second part concentrates on the analysis of obtained images, with emphasis the analysis workflow. The first part focuses on the experiment of the dwo-dimensional gel electrophoresis. Description of particular steps of the experiment is given: from the sample preparation, through loading of samples for the first dimension, IEF, SDS-PAGE, gels staining, to recording of gel images. This work does not bring up biochemical details of the experiment. File formats, DIGE technology, influence of the expriment on the further analysis, posttraslational modifications and acquisition of protein samples from gels for identification using other proteomic techniques have been described in detail.
Źródło:
Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna; 2010, 16, 3; 285-292
1234-5563
Pojawia się w:
Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Extrachromosomal expression of nat05 gene encoding an alkaline serine protease from Bacillus subtilis N05
Autorzy:
Thu, N.T.A.
Chau, N.T.T.
Thien, L.V.
Huy, N.D.
Khue, N.T.M.
Hung, N.B.
Luong, N.N.
Thu, L.T.A.
Loc, N.H.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80935.pdf
Data publikacji:
2018
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
gene encoding
serine protease
Bacillus subtilis
nat05 gene
fibrinolytic activity
alkaline serine protease
sodium dodecyl sulphate-polyacrylamide gel electrophoresis
proteolytic enzyme
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2018, 99, 4
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Grafowa metoda segmentacji obiektów w postaci skupisk na przykładzie obrazów kometowych
Graph-based aggregate object image segmentation method on example of comet assay images
Autorzy:
Bal, A.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/154889.pdf
Data publikacji:
2012
Wydawca:
Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Mechaników Polskich
Tematy:
analiza obrazów
obiekty w postaci skupisk
minimalne drzewo rozpinające
test kometowy
jednokomórkowa elektroforeza żelowa
image analysis
image segmentation
aggregate objects
minimum spanning tree
comet assay
single cell gel electrophoresis
Opis:
W pracy przedstawiono propozycję metody segmentacji obiektów będących skupiskami - przykładem takich obiektów są tzw. komety, które są wynikiem jednokomórkowej elektroforezy żelowej. Opracowana metoda działa dwuetapowo: etap 1. to segmentacja służąca wyznaczeniu elementów składowych należących do obiektów, etap 2 wykorzystuje minimalne drzewo rozpinające do określenia zbioru elementów tworzących poszczególne obiekty, obszar poszczególnych obiektów wyznaczany jest jako otoczka wypukła odpowiedniego drzewa rozpinającego.
This paper deals with a problem of segmentation of aggregate objects, that is objects which are formed by a set of unconnected elements smaller than the object itself. Images of such a type of objects are very difficult for segmentation. An example of this type of objects are "comets" (Fig. 1, left column) from Single Cell Gel Electrophoresis images (also called comet assay images). In comet assay images the comet region is formed by unconnected fragments of DNA. Because of not satisfying results of comet segmentation with use of the standard methods, a new method for segmentation of such images was developed. The new method works in two stages. The first stage is the image segmentation-for comets the Bernsen binarization method (Eqs. (1) and (2)) with median filtering of the obtained results was chosen-the result of this stage is a set of comet elements ei which represent DNA fragments (Fig. 1, the 2nd column). In the second stage the minimum spanning trees Tp are created (Fig. 1, 3th column)-graph vertexes vi represent elements ei, and length dij of edge eij between vertexes vi and vj is equal to the closest distance between pixels of elements ei and ej-then for each connected tree Tp its convex hull which defines the region of comet Kp (Fig. 1, the 4th column) is created. In case of defects appearing in comet images, the incorrect region can be rejected e.g. by use of geometrical or photometrical features of the regions.
Źródło:
Pomiary Automatyka Kontrola; 2012, R. 58, nr 4, 4; 313-315
0032-4140
Pojawia się w:
Pomiary Automatyka Kontrola
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Comparison of PCR-DGGE and Nested-PCR-DGGE Approach for Ammonia Oxidizers Monitoring in Membrane Bioreactors’ Activated Sludge
zalety i wady wykorzystywania techniki nested-PCR w monitoringu bakterii utleniających amoniak w osadzie czynnym bioreaktora membranowego
Autorzy:
Ziembińska-Buczyńska, A.
Wiszniowski, J.
Ciesielski, S.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/204755.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
ammonia oxidizing bacteria
AOB
16S rRNA gene
Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis
PCR-DGGE
nested-PCR
utlenianie amoniaku
bakteria utleniająca amoniak
gen kodujący 16S rRNA
Opis:
Nitritation, the first stage of ammonia removal process is known to be limiting for total process performance. Ammonia oxidizing bacteria (AOB) which perform this process are obligatory activated sludge habitants, a mixture consisting of Bacteria, Protozoa and Metazoa used for biological wastewater treatment. Due to this fact they are an interesting bacterial group, from both the technological and ecological point of view. AOB changeability and biodiversity analyses both in wastewater treatment plants and lab-scale reactors are performed on the basis of 16S rRNA gene sequences using PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) as a molecular biology tool. AOB researches are usually led with nested PCR. Because the application of nested PCR is laborious and time consuming, we have attempted to check the possibility of using only first PCR round to obtain DGGE fingerprinting of microbial communities. In this work we are comparing the nested and non-nested PCR-DGGE monitoring of an AOB community and presenting advantages and disadvantages of both methods used. The experiment revealed that PCR technique is a very sensitive tool for the amplification of even a minute amount of DNA sample. But in the case of nested-PCR, the sensitivity is higher and the template amount could be even smaller. The nested PCR-DGGE seems to be a better tool for AOB community monitoring and complexity research in activated sludge, despite shorter fragments of DNA amplification which seems to be a disadvantage in the case of bacteria identification. It is recommended that the sort of analysis approach should be chosen according to the aim of the study: nested-PCR-DGGE for community complexity analysis, while PCR-DGGE for identification of the dominant bacteria.
Nitiritacja – pierwszy etap nitryfikacji, jest uznawany za krok limitujący przebieg całości procesu utleniania amoniaku. Bakterie utleniające amoniak (ang. ammonia oxidizing bacteria, AOB), które prowadzą ten proces są stałymi mieszkańcami osadu czynnego – mieszaniny bakterii, Protozoa i Metazoa, wykorzystywanych do biologicznego oczyszczania ścieków. Z tego powodu są one interesujące zarówno z punktu widzenia technologii, jak i ekologii mikroorganizmów. Analizy zmienności i bioróżnorodności bakterii utleniających amoniak, zarówno w oczyszczalni ścieków, jak i w reaktorach w skali laboratoryjnej, są prowadzone w oparciu o sekwencje genu kodującego 16S rRNA z użyciem metody biologii molekularnej, jaką jest PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Analizy te są zazwyczaj prowadzone techniką tzw. nested-PCR. Ze względu na fakt, że metoda ta wymaga większego nakładu pracy i czasu, niż tradycyjny jednoetapowy PCR (ang. non-nested PCR) podjęto próbę sprawdzenia możliwości zastosowania techniki jednoetapowego PCR do uzyskania wzorów prążkowych DGGE bakterii utleniających amoniak. W tej pracy zaprezentowano wyniki analizy PCR-DGGE z użyciem technik nested i non-nested PCR oraz podjęto próbę wykazania ich wad i zalet.
Źródło:
Archives of Environmental Protection; 2014, 40, 4; 31-38
2083-4772
2083-4810
Pojawia się w:
Archives of Environmental Protection
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
The stimulation and inhibition of T cell proliferation by Helicobacter pylori components
Autorzy:
Chmiela, M
Lelwala-Guruge, J.A.
Wadstrom, T.
Rudnicka, W.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/69409.pdf
Data publikacji:
1996
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Fizjologiczne
Tematy:
polyacrylamide gel electrophoresis
blood leucocyte
sodium dodecyl sulphate
horse
stimulation
macrophage
chronic active gastritis
Helicobacter pylori
antibody
gastric carcinoma
cell proliferation
peripheral blood
ulcer
plasma cell
lymphocyte
infiltration
inhibition
gastric lymphoma
Źródło:
Journal of Physiology and Pharmacology; 1996, 47, 1
0867-5910
Pojawia się w:
Journal of Physiology and Pharmacology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Dwuwymiarowa elektroforeza żelowa: od eksperymentu po profile ekspresji. Część druga - analiza obrazu
Two-dimensional gel electrophoresis: from experiment to protein expresion profiles. Part two - image analysis
Autorzy:
Suchwałko, A.
Podbielska, H.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/261982.pdf
Data publikacji:
2010
Wydawca:
Politechnika Wrocławska. Wydział Podstawowych Problemów Techniki. Katedra Inżynierii Biomedycznej
Tematy:
elektroforeza żelowa
2DE
analiza porównawcza
schemat analizy 2-DE
mapa proteomowa
segmentacja obrazu
detekcja plam
identyfikacja protein
gel electrophoresis
2-DE
differential image analysis
2-DE analysis workflow
proteome map
image segmentation
spot detection
protein identification
Opis:
Dwuwymiarowa (dwukierunkowa) elektroforeza żelowa (2-DE) jest metodą znaną od lat siedemdziesiątych poprzedniego stulecia. Zainteresowanie badaczy metodą 2-DE wynika z możliwości separacji nawet kilku tysięcy białek w jednym żelu, co pozwala na i ch detekcję i identyfikację. Dzięki wysokiej rozdzielczości wyników separacji możliwe staje się ustalenie roli biologicznej poszczególnych białek czy odkrywanie wpływu czynników zewnętrznych na organizmy żywe na poziomie proteomu. Metoda 2-DE wciąż ewoluuje. W ostatniej dekadzie nastąpił ogromny postęp w sposobie przeprowadzania eksperymentów z dużą powtarzalnością. Zmieniło się też całkowicie podejście do analizy obrazów żeli i wykorzystywane do tego celu algorytmy. Ze względu na tak szybki rozwój technik dwuwymiarowej elektroforezy żelowej, autorzy postanowili przedstawić obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca składa się z dwu części. W pierwszej opisano zmiany, jakie zaszły w technikach przeprowadzania eksperymentów elektroforetycznych. Draga część skupia się na analizie obrazów uzyskanych za pomocą metody 2-DE, z uwzględnien i em zmian w schemacie analizy. Druga część pracy to opis dwóch schematów analizy: klasycznego i obecnie stosowanego. Szczegółowo opracowane zostały metody analizy pojedynczego obrazu 2-DE oraz analizy porównawczej serii obrazów. Przedstawione są algorytmy stosowane do normalizacji, segmentacji obrazu, detekcji plam, dopasowywania do siebie obrazów czy tworzenia map proteomowych jako najważniejsze w całej analizie. Opisano również generowanie profili ekspresji, metody identyfikacji protein oraz internetowe bazy danych 2-DE. Autorzy nie pominęli tak ważnego zagadnienia, jak sposoby porównywania systemów analizujących dane 2-DE. Ta część pracy podsumowuje rozwój, jaki nastąpił wostatnim dziesięcioleciu w metodach stosowanych w analizie komputerowej obrazów 2-DE, którego najważniejszym krokiem było opracowanie nowego schematu analizy, opartego na tworzeniu map proteomowych.
Two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) is a method commonly used since seventies of the previous cesatury. It owns its non weakening interest of researchers because of the possibility of separation even a few thousands of proteins in one gel, what allows for protein detection a n d identification. Thanks to high resolution of separation results, it is possible to determine a biological role of particular proteins or to discover influence of extemal factors on living organisms on t h e proteome level. 2-DE i s stilł evolving. In t h e last decade, a great progress has be en made in t h e way of performing experiments and their reproducibility. Approach to the analysis of gel images and algorthms used for the analysis have been entirely changed. For the reason of suchinstant changes of methods a n d techniques of the two-dimensional gel electrophoresis, the authors decided to describe state of the art. This work consists of two parts. The first part describes changes that have b e e n made in performing of electrophoretic experiments. The second part concentrates on the analysis of obtained images, with emphasis the analysis workflow. Second part is a description of two analysis workflows: the classical one and the currentiy used one. Analysis methods of the single 2-DE image and differential analysis of the image series are discussed in detail. Algorthms used for normalization, image segmentation, spot detection, image warping and creation of proteome maps are intrcduced as th e most crucial in the whole analysis. Generation of expression profiles, protein Identification methods, and the Internet databases of the 2-DE data are described. Authors have not missed as important issue as methods of comparison of systems for 2-DE data analysis. This part of the work summarises development that has been made for the last ten years in th e methods used for the computer analysis of 2-DE images. The most important step of this development was elaborat i on of the workflow based on creation of proteome maps.
Źródło:
Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna; 2010, 16, 4; 372-380
1234-5563
Pojawia się w:
Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Analiza obrazu elektroforetycznego surowicy klinicznie zdrowych koni z zastosowaniem dwoch typow nosnika agarozowego
Serum electrophoretic analysis of clinically healthy horses using two types of agarose carrier
Autorzy:
Silecka, A
Czernomysy-Furowicz, D.
Fijalkowski, K.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/44676.pdf
Data publikacji:
2008
Wydawca:
Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie. Wydawnictwo Uczelniane ZUT w Szczecinie
Tematy:
konie
zwierzeta zdrowe
surowica krwi
elektroforeza
bialka surowicy krwi
bialko calkowite
frakcje bialkowe
albuminy
globuliny
proteinogramy
zel Protein Gel 100
zel Hydragel HR
albumin
blood plasma
blood plasma protein
electrophoresis
healthy animal
horse
protein
protein fraction
total protein
Źródło:
Acta Scientiarum Polonorum. Zootechnica; 2008, 07, 2; 23-29
1644-0714
Pojawia się w:
Acta Scientiarum Polonorum. Zootechnica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
    Wyświetlanie 1-25 z 25

    Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies