Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Centralna Biblioteka Wojskowa Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaCentralna Biblioteka Wojskowa

Wyszukujesz frazę "Next Generation Sequencing" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Wyrównaj
Wyświetlanie 1-15 z 16
Tytuł:
Historia biologiczna populacji Homo sapiens zamieszkujących centralną i wschodnią części Europy
Biological history of Homo sapiens populations living in Central and Eastern Europe
Autorzy:
Marcinkowska-Swojak, Małgorzata
Stolarek, Ireneusz
Zeńczak, Michał
Handschuh, Luiza
Figlerowicz, Marek
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2197849.pdf
Data publikacji:
2023-03-31
Wydawca:
Wydawnictwo Adam Marszałek
Tematy:
historia biologiczna
Homo sapiens
archeogenomika
sekwencjonowanie nowej generacji
kopalny DNA (aDNA)
haplogrupy mitochondrialnego DNA
haplogrupy chromosomu Y
biological history
archaeogenomics
next-generation sequencing
ancient DNA (aDNA)
mitochondrial DNA haplogroups
Y-chromosome haplogroups
Opis:
Archaeogenomis is a recently developed interdisciplinary research field that utilizes advanced molecular biology techniques, especially DNA sequencing, to study the history of biological species, including humans. Analyses of ancient genomes provide independent information about human ancestors and their migrations, allowing researchers to uncover history of mankind. Here, we present the fundamental principles of archaeogenomics and its application in the studies of biological history of the populations inhabiting central-east Europe.
Źródło:
Historia Slavorum Occidentis; 2023, 1(36); 143-165
2084-1213
Pojawia się w:
Historia Slavorum Occidentis
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Community structure of Common carp (Cyprinus carpio Linnaeus, 1758) gut bacteria in the Cirata Reservoir, West Java Province, Indonesia
Autorzy:
Nugrahi, Tri Nazar Ulfi
Mulyani, Yuniar
Agung, M. Untung Kurnia
Iskandar, Iskandar
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1839403.pdf
Data publikacji:
2021
Wydawca:
Przedsiębiorstwo Wydawnictw Naukowych Darwin / Scientific Publishing House DARWIN
Tematy:
Next Generation Sequencing
Bacterial community structure
Common carp gut bacteria
Opis:
Fish are aquatic animals, where they share the same ecosystem with the bacterial community they are associated with. Community structure is a concept that studies the composition of species and their abundance in a community. Information related to bacterial communities associated with their hosts is very important to support fisheries resource management efforts, both through nature conservation and aquaculture. This study of the bacterial community in the digestive tract of fish can be used to support further utilization of potential bacteria that can be used to improve the fish's immune system. This research was conducted to analyze the structure of the bacterial community found in the intestines of Common carp through a metagenomic approach using the NGS (Next-Generation Sequencing) method. The method used is a metagenomic approach, including DNA isolation from Common carp intestines. Then molecular identification was carried out using Illumina's NGS (Next-Generation Sequencing) method using the 16S rRNA gene marker. The results of the analysis using the NGS method showed as many as 19 types of bacterial phyla identified with the top three phyla, namely Fusobacteria (80%), Bacteriodetes (15%), and Firmicutes (3%). The phylum Fusobacteria is dominated by the genera Fusobacterium, Propionigenium, Ilyobacter, Leptotrichia, and Sebaldella. The phylum Bacteriodetes is dominated by the genera Porphyromonas, Odoribacter, Bacteroides, Sphingobacterium, and Barnesiella. The phylum Firmicutes is dominated by the genera Clostridium, Lactococcus, and Sarcina, Bacillus, and Lactobacillus.
Źródło:
World Scientific News; 2021, 161; 130-142
2392-2192
Pojawia się w:
World Scientific News
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Host Range of Cyclospora Species: Zoonotic Implication
Autorzy:
Solarczyk, Piotr
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2041956.pdf
Data publikacji:
2021
Wydawca:
Uniwersytet Jagielloński. Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego
Tematy:
Cyclospora
animals
zoonosis
epidemiology
genotyping
next-generation sequencing
Opis:
Cyclospora is an intracellular, gastrointestinal parasite found in birds and mammals worldwide. Limited accessibility of the protozoan for experimental use, scarcity, genome heterogeneity of the isolates and narrow panel of molecular markers hamper zoonotic investigations. One of the significant limitation in zoonotic studies is the lack of precise molecular tools that would be useful in linking animal vectors as a source of human infection. Strong and convincing evidence of zoonotic features will be achieved through proper typing of Cyclospora spp. taxonomic units (e.g. species or genotypes) in animal reservoirs. The most promising method that can be employ for zoonotic surveys is next-generation sequencing.
Źródło:
Acta Protozoologica; 2021, 60; 13-20
1689-0027
Pojawia się w:
Acta Protozoologica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Advanced methods of bacteriological identification in a clinical microbiology laboratory
Autorzy:
Zukowska, M.E.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2098275.pdf
Data publikacji:
2020
Wydawca:
Instytut Medycyny Wsi
Tematy:
clinical microbiology
molecular method
modern method
multiplex polymerase chain reaction
real-time polymerase chain reaction
next generation sequencing
MALDI-TOF mass spectrometry
Opis:
Introduction and objective. Conventional, culture-based methods of bacterial identification and drug-susceptibility testing are considered the gold standard in medical microbiology. In recent years, classical microbiological methods have been supplemented with modern analytical and molecular methods. The aim of the review was to discusses the methods which have been permanently adapted to bacteriological microbiological diagnostics. Abbreviated description of the state of knowledge. Currently, PCR, as well as other nucleic acid amplification tests and sequencing techniques, are part of the standard repertoire of microbiological diagnostics. With regard to the quality and speed of pathogen identification, the introduction of mass spectrometry techniques into routine microbiological diagnostics work-up has been revolutionary. Within a short time in many laboratories, Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation – Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI TOF MS) systems have almost completely replaced conventional biochemical pathogen identification. Conclusions. Microbiological diagnostics is an indispensable element of a targeted therapy. The techniques used in the laboratory depend primarily on the laboratory’s apparatus, the costs of the analysis, as well as the sensitivity and specificity of a method. However, regardless of the culture-based methods universality, advanced techniques have permanently established themselves in diagnostics. Confident information about the detected organism and treatment possibilities in a combination with the clinical context are conducive to successful therapy. Although modern methods still require validation and close collaboration between clinicians, microbiologists and bioinformaticians, these methods, once deemed to be the future, have already arrived.
Źródło:
Journal of Pre-Clinical and Clinical Research; 2021, 15, 2; 68-72
1898-2395
Pojawia się w:
Journal of Pre-Clinical and Clinical Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Multipleksowa detekcja gatunków Phytophthora przy użyciu platformy Fluidigm
Multiplex detection of Phytophthora spp. using the Fluidigm platform
Autorzy:
Sikora, K.
Oszako, T.
Kubiak, K.
Nowakowska, J.A.
Malewski, T.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2142612.pdf
Data publikacji:
2020
Wydawca:
Instytut Badawczy Leśnictwa
Tematy:
forest soil
oomycetes
oak dieback
pathogens
next generation sequencing
gleby leśne
oomycety
zamieranie dębów
patogeny
sekwencjonowanie nowej generacji
Opis:
The genus Phytophthora plays an important role not only in agriculture but also in forest ecosystems. As the number of known Phytophthora species continues to grow, identifying new isolates in this genus has become increasingly challenging even by DNA sequencing. Therefore, the development of proper techniques for detection and identification is crucial for monitoring and control of these pathogens in the forestry sector. In recent years, new molecular methods using innovative approaches have indeed been developed. However, the majority of these methods was designed to detect single Phytophthora species. Techniques that are able to target multiple species would offer advantages, especially for the assessment of Phytophthora diversity in the environment. This paper describes a multiplex assay for the identification of eight Phytophthora isolates, down to the species level, based on a Fluidigm platform employing pyrosequencing. The obtained results showed that for an accurate determination of the species, it is sufficient to know the sequence of two markers, ITS and COX1. The sensitivity of this test is sufficient to identify Phytophthora in a pure culture. Unfortunately, analysis based on a pyrosequencing platform does not provide enough data to simultaneous identify multiple Phytophthora species in samples collected in the field. This problem could be resolved in the future by sequencing using more efficient platforms like Illumina or IonTorrent.
Źródło:
Leśne Prace Badawcze; 2020, 81, 4; 161-166
1732-9442
2082-8926
Pojawia się w:
Leśne Prace Badawcze
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Zastosowanie technologii wysokoprzepustowego sekwencjonowania DNA w genetyce sądowej
Application of high-throughput DNA sequencing technology in forensic genetics
Autorzy:
Woźniak, Anna
Boroń, Michał
Zbieć-Piekarska, Renata
Spólnicka, Magdalena
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2057848.pdf
Data publikacji:
2019
Wydawca:
Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Policji
Tematy:
sekwencjonowanie następnej generacji
NGS
MPS
sekwencjonowanie przez syntezę
zastosowanie MPS w kryminalistyce
next generation sequencing
sequencing by synthesis
application of MPS in forensics
Opis:
Przełom XX i XXI wieku to początek wysokoprzepustowych metod sekwencjonowania DNA, które dzięki coraz większej skuteczności i stopniowej redukcji kosztów doprowadziły do zrewolucjonizowania badań w naukach biomedycznych. W niniejszym artykule omówiono najbardziej popularne technologie sekwencjonowania następnej generacji oraz ich praktyczne zastosowanie w analizach genetycznych w kryminalistyce.
The turn of the 20th and 21st centuries marks the beginning of high-throughput DNA sequencing methods, which, owing to increasing efficiency and gradual cost reduction, have led to the revolutionization of biomedical research. This article discusses the most popular next generation sequencing technologies and their practical application in forensic genetic analysis.
Źródło:
Problemy Kryminalistyki; 2019, 304; 5-14
0552-2153
Pojawia się w:
Problemy Kryminalistyki
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Aspects of hereditary angioedema genotyping in the era of NGS: The case of F12 gene
Wybrane aspekty genotypowania wrodzonego obrzęku naczynioruchowego w erze NGS: gen F12
Autorzy:
Vatsiou, Sofia
Zamanakou, Maria
Loules, Gedeon
González-Quevedo, Teresa
Porębski, Grzegorz
Juchacz, Aldona
Bova, Maria
Suffritti, Chiara
Firinu, Davide
Csuka, Dorottya
Manousakis, Emmanouil
Valerieva, Anna
Staevska, Maria
Magerl, Markus
Farkas, Henriette
Germenis, Anastasios E.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1034425.pdf
Data publikacji:
2018
Wydawca:
Oficyna Wydawnicza Mediton
Tematy:
next-generation sequencing
Opis:
Objective. To screen a cohort of patients diagnosed with non-FXII angioedema for carriage of variants of F12 gene. Material and methods. DNA samples from 191 patients suffering from primary angioedema with normal C1-INH, 54 samples from non- -affected family members, and 161 samples from C1-INH-HAE (154 type I, 7 type II) patients were included in the study. The F12 gene was genotyped by targeted NGS (100% coverage of translated regions). Sanger sequencing was performed for the verification of all identified variants and family segregation studies. Results. The pathogenic F12 variant c.983C>A was detected in three patients from two unrelated families initially diagnosed as U-HAE. Six additional mutations were identified, four of which were characterized as benign (c.41T>C, c.418C>G, c.1025C>T, c.530C>T) and two of uncertain significance (c.1530G>C, c.1768T>G). Two synonymous variants (c.756C>T and c.711C>T), the common polymorphism c.619G>C, and the functional polymorphism c.-4T>C were detected in allele frequencies similar to those presented in the ExAC database for the European population. One more not yet reported synonymous variant (c. 1599A>G) was also found. Conclusion. Analyzing the entire translated region of F12 gene is important in order to identify new variants that possibly affect HAE expressivity. Interestingly, genetic analysis of F12 supports not only the diagnosis of FXII-HAE but also the correct exclusion diagnosis of U-HAE.
Cel. Przesiewowe badanie kohorty pacjentów z rozpoznanym obrzę- kiem naczynioruchowym innym niż zależny od FXII w kierunku nosicielstwa wariantów genu F12. Materiał i metody. Do badania włączono próbki DNA 191 pacjentów cierpiących na pierwotny obrzęk naczynioruchowy z prawidłowym C1-INH, 54 zdrowych członków rodzin oraz 161 pacjentów z C1-INH-HAE (154 typ I, 7 typ II). Gen F12 był genotypowany metodą NGS (obejmującą cały rejon poddany translacji). Sekwencjonowanie metodą Sangera zostało wykonane celem weryfikacji wszystkich zidentyfikowanych wariantów i badań segregacyjnych rodzin. Wyniki. U trzech pacjentów z dwóch niespokrewnionych rodzin pierwotnie zdiagnozowanych jako U-HAE wykryto patogenny wariant F12: c.983C>A. Zidentyfikowano sześć dodatkowych mutacji, z których cztery zostały określone jako łagodne (c.41T>C, c.418C>G, c.1025C>T, c.530C>T), a dwie jako mutacje o niepewnym znaczeniu (c.1530G>C, c.1768T>G). Stwierdzono dwa warianty synonimiczne (c.756C>T oraz c.711C>T), pospolity polimorfizm (c.619G>C) oraz czynnościowy polimorfizm c.-4T>C z częstością alleliczną podobną do podawanej w bazie ExAC dla populacji europejskiej. Wykryto również jeden nie raportowany dotychczas wariant synonimiczny (c. 1599A>G). Wnioski. Analiza całego rejonu genu F12 poddawanego translacji jest ważna dla identyfikowania nowych wariantów, które mogą oddziaływać na ekspresję HAE. Ponadto, analiza genetyczna F12 pozwala nie tylko na potwierdzenie rozpoznania FXII-HAE, ale również prawidłowe wykluczenie rozpoznania U-HAE.
Źródło:
Alergia Astma Immunologia - przegląd kliniczny; 2018, 23, 4; 205-210
1427-3101
Pojawia się w:
Alergia Astma Immunologia - przegląd kliniczny
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Treatment Efficiency and Characteristics of Biomass in a Full-Scale Wastewater Treatment Plant with Aerobic Granular Sludge
Autorzy:
Cydzik-Kwiatkowska, A.
Podlasek, M.
Nosek, D.
Jaskulska, B.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/124752.pdf
Data publikacji:
2018
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Inżynierii Ekologicznej
Tematy:
next-generation sequencing
microbial structure
full-scale wastewater treatment plant
wet sieving
wastewater temperature
aerobic granules
Opis:
Recently, studies have been carried out on an implementation of aerobic granular sludge (AGS) technology in full-scale wastewater treatment plants. The aim of the work was to evaluate the effectiveness of organic, phosphorus and nitrogen compounds removal from municipal wastewater and to characterize the biomass in a wastewater treatment plant upgraded from the activated sludge to AGS technology. In the upgraded facility, granulation was obtained quickly and it was observed that the granule morphology depended of the temperature. In the granular biomass harvested at moderate temperatures in the reactor (15°C), the granules with diameters in the range from 125 to 500 μm constituted the largest share (about 60%), while the second-largest biomass fraction comprised the granules with diameters over 1 mm (25%). The analysis of granule diameters carried out in winter (the temperature in the reactor equaled 8°C) showed a decrease in the share of the largest granules and predominance of the granules with diameters in the range from 90 to 355 μm (about 75%). Upgrading the municipal wastewater treatment plant from activated sludge to aerobic granular sludge significantly improved the settling properties of the biomass and efficiency of wastewater treatment. The average efficiency chemical oxygen demand (COD) and phosphorus removal increased by about 10% and 20%, respectively, while ammonium nitrogen was completely oxidized, regardless of the season. After modernization, the concentration of nitrates in the effluent increased significantly to about 3-6 mg/L. The results of the study show that it is possible to effectively upgrade the existing facilities to aerobic granular sludge technology; it was also proven that this technology is an excellent alternative to a conventional activated sludge.
Źródło:
Journal of Ecological Engineering; 2018, 19, 4; 95-102
2299-8993
Pojawia się w:
Journal of Ecological Engineering
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Zastosowanie analiz kopalnego DNA w badaniach osadów czwartorzędowych
Applications of sedimentary ancient DNA analyses in geological Quaternary research
Autorzy:
Demianiuk, E. J.
Majewski, W.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2075809.pdf
Data publikacji:
2018
Wydawca:
Państwowy Instytut Geologiczny – Państwowy Instytut Badawczy
Tematy:
analiza kopalnego DNA
sekwencjonowanie nowej generacji
NGS
paleogenetyka
paleośrodowisko
paleobioróznorodność
sedimentary ancient DNA
Next Generation Sequencing
paleogenetic
paleoenvironments
paleobiodiversity
Opis:
During the past few decades genetic research has been developed in parallel with paleogenetics. A dynamic progress in this field of studies is possible due to the advance in laboratory and computer technologies. Today, scientists have the Next Generation Sequencing methods at their disposal, which enable them to read millions ofsequences at the same time, thus furthermore significantly reducing time needed for laboratory procedures. Concurrently, costs of analysis and equipment have been decreasing, which makes paleogenetical analyses widely available. They are commonly used in medicine, biotechnology, genetic engineering, food industry and forensics, as well as in life sciences like biology, paleobiology, archeology, geology and environmental protection sciences. This paper presents seda DNA (sedimentary ancient DNA) analyses and their use in Quaternary research, as well as describes sources of DNA in sediments and main processes contributing to its degradation or preservation.
Źródło:
Przegląd Geologiczny; 2018, 66, 11; 680--691
0033-2151
Pojawia się w:
Przegląd Geologiczny
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Encefalopatie padaczkowe – diagnostyka następnej generacji
Epileptic encephalopathies – next generation diagnostics
Autorzy:
Hoffman-Zacharska, Dorota
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2077764.pdf
Data publikacji:
2017
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Neurologów Dziecięcych
Tematy:
encefalopatie padaczkowe
diagnoza genetyczna
diagnostyka molekularna
sekwencjonowanie następnej generacji NGS
epileptic encephalopathies
genetic diagnosis
molecular diagnostic
next generation sequencing NGS
Opis:
Padaczka jest jedną z najczęstszych chorób neurologicznych diagnozowaną u około 1–3% populacji ogólnej, w tym u 1 na 200 dzieci. Pomimo że przyczyny padaczki są bardzo heterogenne, zawsze uważana była za chorobę o podłożu genetycznym i często dziedziczną. Rodzinne monogenowe postaci zespołów padaczkowych są jednak rzadkie, co utrudniało identyfikację genów sprawczych z zastosowaniem analiz sprzężeń i ograniczało możliwości diagnostyki molekularnej tych chorób. Nowe technologie analizy DNA, które wprowadzono w ostaniej dekadzie jako narzędzia diagnostyczne pozwalają na identyfikację i charakterystykę mutacji w całym genomie, lub w wybranych jego obszarach, zarówno jeżeli chodzi o warianty strukturalne (genomowa hybrydyzacja porównawcza do mikromacierzy, arrayCHG) jak i mutacje punktowe (sekwencjonowanie następnej generacji, NGS). Szczególnie istotne było wprowadzenie do badań podstawowych, ale i diagnostycznych metody NGS. W genetyce padaczek był to przełom, jeżeli chodzi identyfikację liczby nowych genów, których mutacje stanowią podłoże tych chorób, a w szczególności określanych jako „katastroficzne” zespołów z grupy wczesnodziecięcych encefalopatii padaczkowych. Wprowadzenie badań genomowych do badań klinicznych pozwoliło z jednej strony na lepsze zrozumienie etiopatogenezy tych chorób („nie tylko kanałopatie”), ale także lepszą charakterystykę zależnych od poszczególnych genów fenotypów, a co za tym idzie podniesienie skuteczności diagnostycznej stosowanych testów. W chwili obecnej NGS eksomowe lub panelowe umożliwia postawienie diagnozy w 30 – 40% pacjentów z tymi zespołami. Uzyskanie „diagnozy genetycznej” dla coraz większej liczby chorych pozwala na zastosowanie odpowiedniej dla danego przypadku farmakoterapii (medycyna spersonalizowana) i poprawę jakości życia pacjentów i ich rodzin.
Epilepsy is a common neurological condition that affect about 1–3% of the human population and one in 200 children. Even though the causes of epilepsy are very heterogeneous, the disease has always been considered as a genetic and heritable condition. However, the familial, monogenic forms of epilepsy syndrome are rare, which made it difficult to identify the causative genes using the linkage approach and also limited the potential for molecular diagnostics of these diseases. New technologies of DNA analysis, which were introduced as a diagnostic tool in the past decade, increased our abilities to identify and characterize mutations across the entire genome or in selected genome regions on levels of structural (microarray comparative genomic hybridization, arrayCGH) and sequence (next generation sequencing, NGS) variations. Implementation of the NGS in research and in the clinical setting was particularly important. This was the turning point in identification of the epilepsy genes, particularly for, described as “catastrophic” early infantile epileptic encephalopathies. Genomic analysis in clinical survey allowed the better understanding of the mechanisms of this syndromes (“not only channelopathies”) as well as the better characterization of gene-related phenotypes and consequently it increased the diagnostic yield of the tests being performed. Exome and panel diagnostic rates are about 30 – 40% for patients with early onset epilepsy/epileptic encephalopathies. The “genetic diagnosis” obtained for an increasing number of patients may guide the pharmacotherapy (personalised medicine) and improve lives of patients and their families.
Źródło:
Neurologia Dziecięca; 2017, 26, 52; 75-83
1230-3690
2451-1897
Pojawia się w:
Neurologia Dziecięca
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Metody sekwencjonowania nowej generacji oraz ich wykorzystanie w genetyce, hodowli i biotechnologii roślin
Application of Next Generation Sequencing methods in genetics, plant breeding and biotechnology
Autorzy:
Orłowska, M.
Sobczyk, M.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/270478.pdf
Data publikacji:
2017
Wydawca:
Centralny Ośrodek Badawczo-Rozwojowy Aparatury Badawczej i Dydaktycznej, COBRABiD
Tematy:
NGS
pirosekwencjonowanie
sekwencjonowanie nowej generacji
sekwencjonowanie przez ligację
sekwencjonowanie przez syntezę
pyrosequencing
next generation sequencing
sequencing by ligation
sequencing by synthesis
Opis:
W niniejszej pracy przedstawiono i scharakteryzowano metody sekwencjonowania nowej generacji – NGS (ang. Next-Generation Sequencing). W tym krótkim przeglądzie zaprezentowano najważniejsze techniki sekwencjonowania drugiej generacji. Metody te umożliwiają odczytanie kolejności nukleotydów w łańcuchu DNA. Szybki rozwój technik sekwencjonowania zaczął się na początku lat 70. XX wieku, kiedy to opublikowano dwie techniki pierwszej generacji – metodę Sangera, na której bazują techniki NGS, oraz metodę Maxama i Gilberta. Późniejsze ich modyfikacje (m.in. wprowadzenie elektroforezy kapilarnej, fluorescencyjne znakowanie nukleotydów, zastosowanie mikroprocesora) doprowadziły do pełnej automatyzacji procesu i przyczyniły się do jego udoskonalenia. Obecnie metody NGS są narzędziem wykorzystywanym w wielu dziedzinach nauki, m.in. w genetyce, biotechnologii, biologii molekularnej i w nowoczesnej hodowli roślin. Technologie prezentowane w artykule cechują się wieloma zaletami, ale nie są też pozbawione wad. Dokładność odczytu sekwencji oraz ogólne koszty eksploatacyjne wskazują na to, że najbardziej obiecująca metoda sekwencjonowania nowej generacji opiera się na systemie SOLiD. Z kolei zaś sekwencjonowanie poprzez ligację (platforma SOLIiD) oprócz dużej dokładności charakteryzuje się dłuższym czasem analiz w porównaniu do innych omawianych metod.
In this article next generation sequencing (NGS) methods were characterized. This short review focus on the most important methods of second and third generation sequencing techniques. NGS techniques give unique opportunity to read nucleotides order in DNA strand. Fast, rapid development and progress of genetic sequencing methods began in the seventies. Then two new sequencing techniques were established – enzymatic method (Sanger’s sequencing), chemical method (Maxam’s and Gilbert’s sequencing). Later modifications such as use of capillary electrophoresis, fluorescent nucleotides and application of microprocessor led to total automation of the process and contributed to the methods improvements. Nowadays NGS methods are tools used in many scientific fields e.g. genetic, biotech- nology, molecular biology and modern plant breeding programs. Technologies presented in this article have many advantages, but are also not without flaws. Reading accuracy and the overall costs indicate that method based on SOLiD system is the most promising next generation sequencing. Sequencing by ligation (SOLiD) characterized by high precision but also run time is longer compared to the other method described in this article.
Źródło:
Aparatura Badawcza i Dydaktyczna; 2017, 22, 1; 54-61
2392-1765
Pojawia się w:
Aparatura Badawcza i Dydaktyczna
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Microbiota of anaerobic digesters in a full-scale wastewater treatment plant
Struktura mikrobiologiczna osadu z komór fermentacji mezofilowej w skali technicznej
Autorzy:
Świątczak, P.
Cydzik-Kwiatkowska, A.
Rusanowska, P.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/205042.pdf
Data publikacji:
2017
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
methane fermentation
next generation sequencing
NGS
IHT
Meniscus glaucopsis
fermentacja metanowa
sekwencjonowanie wysokosprawne
metanogeny
Opis:
Anaerobic digestion is an important technology for the bio-based economy. The stability of the process is crucial for its successful implementation and depends on the structure and functional stability of the microbial community. In this study, the total microbial community was analyzed during mesophilic fermentation of sewage sludge in full-scale digesters. The digesters operated at 34–35°C, and a mixture of primary and excess sludge at a ratio of 2:1 was added to the digesters at 550 m3/d, for a sludge load of 0.054 m3/(m3•d). The amount and composition of biogas were determined. The microbial structure of the biomass from the digesters was investigated with use of next-generation sequencing. The percentage of methanogens in the biomass reached 21%, resulting in high quality biogas (over 61% methane content). The abundance of syntrophic bacteria was 4.47%, and stable methane production occurred at a Methanomicrobia to Synergistia ratio of 4.6:1.0. The two most numerous genera of methanogens (about 11% total) were Methanosaeta and Methanolinea, indicating that, at the low substrate loading in the digester, the acetoclastic and hydrogenotrophic paths of methane production were equally important. The high abundance of the order Bacteroidetes, including the class Cytophagia (11.6% of all sequences), indicated the high potential of the biomass for efficient degradation of lignocellulitic substances, and for degradation of protein and amino acids to acetate and ammonia. This study sheds light on the ecology of microbial groups that are involved in mesophilic fermentation in mature, stably-performing microbiota in full-scale reactors fed with sewage sludge under low substrate loading.
Fermentacja metanowa jest ważnym elementem biogospodarki. Efektywna eksploatacja reaktorów zależy od stabilności procesu determinowanej składem gatunkowym mikroorganizmów. W pracy badano strukturę mikrobiologiczną biomasy podczas mezofilowej fermentacji osadów ściekowych w skali technicznej. Do komór fermentacyjnych eksploatowanych w 34–35°C wprowadzano mieszaninę osadu wstępnego oraz nadmiernego w stosunku 2:1, w ilości 550 m3/d (0,054 m3/(m3•d)). Badane były ilość i skład wytwarzanego biogazu. Biomasę z fermentorów poddawano badaniom metagenomowym z wykorzystaniem wysokosprawnego sekwencjonowania. Wysoka jakość biogazu (ponad 61% zawartości metanu) była determinowana odsetkiem metanogenów w biomasie wynoszącym 21%. Udział bakterii syntroficznych w biomasie wyniósł 4,47%, a stabilną produkcję metanu zaobserwowano przy stosunku Methanomicrobia do Synergistia wynoszącym 4,6:1,0. Wśród metanogenów najliczniejsze były rodzaje Methanosaeta i Methanolinea, co wskazuje, że przy niskim obciążeniu komór fermentacyjnych acetoklastyczny i hydrogenotroficzny szlak produkcji metanu są równie ważne. Wysoka liczebność Bacteroidetes, w tym klasy Cytophagia (11,6% wszystkich sekwencji), wskazuje na wysoką zdolność biomasy do efektywnego rozkładu substancji lignocelulozowych oraz rozkładu białek i aminokwasów do octanu i amoniaku. Badania dostarczają danych na temat ekologii mikroorganizmów we wpracowanych, stabilnie funkcjonujących reaktorach fermentacji mezofilowej w skali technicznej zasilanych osadami ściekowymi w warunkach niskiego obciążenia substratowego.
Źródło:
Archives of Environmental Protection; 2017, 43, 3; 53-60
2083-4772
2083-4810
Pojawia się w:
Archives of Environmental Protection
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Procedura zbierania danych fenotypowych jako istotny etap badań predykcyjnych
Procedure for phenotypic data collection as an important stage of predictive studies
Autorzy:
Zubańska, Magdalena
Knut, Przemysław
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/499868.pdf
Data publikacji:
2017
Wydawca:
Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Policji
Tematy:
materiał badawczy
dane fenotypowe
fenotypowanie kryminalistyczne
sekwencjonowanie
następnej generacji
research material
phenotypic data
forensic phenotyping
next generation sequencing
Opis:
Artykuł porusza problematykę związaną z gromadzeniem danych fenotypowych na etapie pozyskiwania próby badawczej oraz wskazuje na jego istotne znaczenie w procesie badawczym, którego przedmiotem jest analiza predykcyjna na podstawie DNA. Przedstawiono w nim założenia i przebieg realizacji zadania wykonywanego w ramach projektu pt. „Genetyczny portret sprawcy oraz ofiary przestępstwa – opracowanie systemu do określania wyglądu człowieka i pochodzenia biogeograficznego poprzez analizę DNA z wykorzystaniem sekwencjonowania następnej generacji (NGS)” – akronim NEXT. Ponadto omówiono wyniki badań ankietowych przeprowadzonych w grupie osób, które wzięły dotychczas udział w wyżej wymienionym projekcie w charakterze probantów. Celem badań było określenie motywacji związanej z uczestniczeniem w przedsięwzięciu naukowym związanym z genetyką sądową. Na podstawie odpowiedzi respondentów można sformułować ogólny wniosek wskazujący na pozytywny odbiór społeczny tego typu badań.
The article addresses the issues related to phenotypic data collection at the stage of acquiring research sample and indicates the importance of this stage for studies on DNA-based predictive analysis. It presents the assumptions and the execution of a task carried out as part of the project entitled: “A genetic portrait of the offender and the victim – developing a system to determine human physical appearance and biogeographical origin, based on DNA analysis, involving Next Generation Sequencing (NGS)” – the acronym NEXT. In addition, the results of a questionnaire survey administered to a group of people who have taken part in the above project as sample donors, are discussed. The purpose of the study was to determine the motivation for participation in a scientific undertaking related to genetics. Based on the respondents’ answers, the general conclusion can be formulated that this type of research enjoys positive social perception.
Źródło:
Problemy Kryminalistyki; 2017, 295; 26-32
0552-2153
Pojawia się w:
Problemy Kryminalistyki
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Assessing the 5S ribosomal RNA heterogeneity in Arabidopsis thaliana using short RNA next generation sequencing data
Autorzy:
Szymanski, Maciej
Karlowski, Wojciech
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1038750.pdf
Data publikacji:
2016
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
5S ribosomal RNA
RNA
next generation sequencing
Opis:
In eukaryotes, ribosomal 5S rRNAs are products of multigene families organized within clusters of tandemly repeated units. Accumulation of genomic data obtained from a variety of organisms demonstrated that the potential 5S rRNA coding sequences show a large number of variants, often incompatible with folding into a correct secondary structure. Here, we present results of an analysis of a large set of short RNA sequences generated by the next generation sequencing techniques, to address the problem of heterogeneity of the 5S rRNA transcripts in Arabidopsis and identification of potentially functional rRNA-derived fragments.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2016, 63, 4; 841-844
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
From trait to dinner-plate: Using genomic information in plant breeding to enhance stress resistance in crops – A snapshot of how genomic technologies are used to enhance traditional plant breeding, from well-established PCR and gels to the emerging use of next generation sequencing
Autorzy:
Butler, P.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/951299.pdf
Data publikacji:
2015
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
genomic information
plant breeding
stress resistance
genomic technology
next generation sequencing
genetic engineering
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2015, 96, 1
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Wyświetlanie 1-15 z 16

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies