Temat: DNA fragment - Katalog OPAC zbiorów

Skocz do pozycji: 1.

Tytuł:: Isolation of the DNA fragment reflecting the open reading frame II of the I-18 C gene of Chironomus tentans by the polymerase chain reaction. IV. The product of the applied technologies
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/65915.pdf
Data publikacji:: 1997
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: I-18 C gene
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
Opis:: The Polymerase Chain Reaction and other molecular technologies were applied to isolate the DNA fragment reflecting the Open Reading Frame II of the I-18 C gene. This research object was realized and the importance of this result has been discussed in view of the mechanisms of the regulation of gene expression.
Reakcja Łańcuchowa Polimerazy i inne technologie molekularne zostały zastosowane w celu izolacji fragmentu DNA odpowiadającego Otwartej Ramie Odczytu II genu I-18 C. Cel badawczy został zrealizowany i omówiono znaczenie tego wyniku w świetle mechanizmów regulacji ekspresji genu.
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1997, 37, 1-2
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 2.

Tytuł:: Isolation of the DNA fragment reflecting the open reading frame II of the I-18 C gene of Chironomus tentans by the polymerase chain reaction. III. The DNA amplification technology
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/66760.pdf
Data publikacji:: 1997
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: gene expression
I-18 C gene
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
DNA amplification
Opis:: The technology used to amplify and isolate the DNA fragment reflecting the Open Reading Frame II of the I-18 C gene of Chironomus tentans is described i.e. the Polymerase Chain Reactioin and the agarose gel electrophoresis of this reaction product, as well as the blunting reaction of the product and its isolation.
Opisano technologię zastosowaną do powielenia i izolacji fragmentu DNA odpowiadającego Otwartej Ramie Odczytu II genu I-18 C Chironomus tentans, tj. Reakcję Łańcuchową Polimerazy (PCR) oraz elektroforezę w żelu agarozowym produktu tej reakcji jak również reakcję tzw. Stępiania końców wyżej wymienionego produktu i ostatecznie jego izolację .
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1997, 37, 1-2
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 3.

Tytuł:: Isolation of the DNA fragment reflecting the open reading frame II of the I-18 C gene of Chironomus tentans by the polymerase chain reaction. II. The technology for the preparation of the template
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/65476.pdf
Data publikacji:: 1997
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: gene expression
I-18 C gene
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
Opis:: The technology for the preparation of the template in the research aimed to isolate the DNA fragment reflecting the Open Reading Frame II of the I-18 C gene is presented i.e. the linearisation of the template by Bam H I digestion, the purification of the template and the estimation of the template concentration.
Przedstawiono technologię przygotowywania matrycy DNA w badaniach zmierzających do izolacji Otwartej Ramy Odczytu II genu I-18 C Chironomus tentans. Technologia ta obejmowała linearyzację DNA matrycy poprzez trawienie Bam H I oraz oczyszczenie matrycy i oznaczenie stężenia matrycowego DNA.
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1997, 37, 1-2
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 4.

Tytuł:: Cloning of the DNA fragments reflecting the open reading frame I and II of the I-18 C gene of Chironomus tentans. II. Preparation of the intermediate vector - bluescript plasmid for ligation with the inserts
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/66467.pdf
Data publikacji:: 1999
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: cloning
I-18 C gene
plasmid
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
Opis:: The technology used for the cloning of the open reading frame (ORF) I and II reflecting DNA fragments of the I-18 C gene in regard to the preparation of the intermediate vector i.e. the bluescript for the ligation with the ORF I and II reflecting DNA fragments, is presented. The main steps include the Eco RV digestion of the bluescript plasmid, the phenol / methylene chloride extraction of the plasmid, dephosphorylation of the bluescript plasmid and finally its extraction with the phenol and ethanol precipitation.
Przedstawiono technologię, którą zastosowano do klonowania fragmentów DNA odzwierciedlających translacyjną otwartą ramę odczytu I i II genu I-18 C Chironomus tentans w zakresie: przygotowania wektora pośredniego - plazmidu blueskrypt do ligacji z wymienionymi sekwencjami wstawek. Główne etapy obejmują: trawienie plazmidu blueskrypt enzymem Eco RV, ekstrakcję plazmidu fenolem/ chlorkiem metylenu, defosforylację plazmidu blueskrypt, ostatecznie jego oczyszczenie poprzez ekstrakcję fenolową i precypitację etanolem.
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1999, 39, 1
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 5.

Tytuł:: Isolation of the DNA fragment reflecting the open reading frame II of the I-18 C gene of Chironomus tentans by the polymerase chain reaction. V. Different mechanisms of regulation regarding the open reading frames
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/64980.pdf
Data publikacji:: 1997
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: regulation mechanism
gene expression
I-18 C gene
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
Opis:: Different mechanisms of regulation regarding the Open Reading Frames (ORFs) have been discussed to have a broader perspective that is necessary to evaluate the role of the ORFs of the I-18 C gene. This consideration includes the ORF II of the I-18 C gene which is the object of the presented research.
Omówiono różnorodne mechanizmy regulacji dotyczące Otwartych Ram Odczytu, w celu wytworzenia szerszego spojrzenia na to zagadnienie, które jest potrzebne do oceny roli poszczególnych Otwartych Ram Odczytu (ORF) genu I-18 C. Omówienie to dotyczy również ORF II genu I-18 C, co było przedmiotem zaprezentowanych badań.
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1997, 37, 1-2
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 6.

Tytuł:: Isolation of the DNA fragment reflecting the open reading frame II of the I-18 C gene of Chironomus tentans by the polymerase chain reaction. I. The technology for the preparation of the primers
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/65836.pdf
Data publikacji:: 1997
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: phosphorylation
plant protection
I-18 C gene
purification
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
oligonucleotide
Opis:: The above mentioned technology in a case of the DNA fragment reflecting the Open Reading Frame II of the I-18 C gene is described i.e. the primers design, purification and phosphorylation of the oligonucleotide primers.
Dla określonego w tytule pracy, celu badań przedstawiono technologię przygotowywania starterów, w przypadku DNA odpowiadającego Otwartej Ramie Odczytu II genu I-18 C Chironomus tentans. Technologia ta obejmowała zaprojektowanie starterów dla PCR oraz oczyszczenie i fosforylację zsyntetyzowanych oligonukleotydowych starterów.
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1997, 37, 1-2
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 7.

Tytuł:: Cloning and expression of the two DNA fragments of the I-18 C region of Chironomus tentans. II. The effects of the applied technology
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/66157.pdf
Data publikacji:: 1998
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: promoter system
cloning
I-18 C gene
T7 RNA polymerase
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
Opis:: The chromosomal I-18 C region of Chironomus tentans contains the I-18 C gene. Two different open reading frames (i.e. the ORF I and II) of two different transcripts (i.e. the 1.8 kb and 4.6 kb RNA) of the I-18 C gene of Chironomus tentans were isolated, at the DNA level, by the Polymerase Chain Reaction, then were cloned into the bluescript vector and finally were cloned into the pET-3a vector in order to translate them in T7 RNA polymerase / promoter system of E. coli. It was possible to obtain the ORF I overexpressed. In a case of the ORF II the low molecular weight polypeptide was detected, however it was not overexpressed, but still this polypeptide was strongly visible on the SDS-polyacrylamide gel.
Region chromosomalny I-18 C Chironomus tentans zawiera gen I-18 C. Dwie odrębne otwarte ramy odczytu (tj. ORF I i II) genu I-18 C Chironomus tentans zostały wyizolowane, na poziomie DNA, przy użyciu Reakcji Łańcuchowej Polimerazy (PCR), a następnie zostały wklonowane do wektora blueskrypt i ostatecznie zostały wklonowane do wektora pET-3a w celu ich translacji w systemie promotora T7 RNA polimerazy w E. coli. Uzyskano bardzo dużą ekspresję ORF I. W przypadku ORF II wykryto obecność polipeptydu o niskiej masie cząsteczkowej i chociaż nie uzyskano jego bardzo dużej ekspresji, tym niemniej polipeptyd ten był silnie widoczny w żelu poliakryloamidowym z SDS.
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1998, 38, 1
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 8.

Tytuł:: Manipulation of vanillin synthesis genes in flax
Autorzy:: Pastor, M.
Boba, A.
Zuk, M.
Szopa-Skorkowski, J.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/951296.pdf
Data publikacji:: 2015
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: vanillin synthesis
flax
secondary metabolite
antifungal property
antibacterial property
antiinflammatory property
antioxidant property
oligonucleotide synthesis
DNA fragment
homologous gene
Źródło:: BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2015, 96, 1
0860-7796
Pojawia się w:: BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 9.

Tytuł:: Cloning of the DNA fragments reflecting the open reading frame I and II of the I-18 C gene of Chironomus tentans. VI. The DNA sequencing of the cloned inserts
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/66720.pdf
Data publikacji:: 1999
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: DNA sequence
pET-3a vector
promoter system
cloning
I-18 C gene
T7 RNA polymerase
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
expression
DNA fragment
Opis:: The technology used for the cloning of the open reading frame (ORF) I and II reflecting DNA fragments in regard to the DNA sequencing of the cloned inserts, is presented. The object of the DNA sequencing of the cloned inserts, was to finally confirm and prove the sequence of the inserts as the sequence of the ORF I and II reflecting DNA fragments of the I-18 C gene of Chironomus tentans.
Przedstawiono technologię, zastosowaną do klonowania fragmentów DNA odzwierciedlających otwartą ramę odczytu I i II genu I-18 C Chironomus tentans w zakresie sekwencjonowania sklonowanych wstawek. Celem sekwencjonowania DNA sklonowanych wstawek było ostateczne potwierdzenie i udowodnienie, że sekwencje wklonowanych wstawek były sekwencjami fragmentów DNA odzwierciedlających otwartą ramę odczytu I i II genu I-18 C Chironomus tentans.
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1999, 39, 1
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 10.

Tytuł:: Cloning and expression of two DNA fregments of the I-18 C region of Chironomus tentans. I. The scheme of the performed experiments and the applied technology
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/65883.pdf
Data publikacji:: 1998
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: promoter system
cloning
I-18 C gene
T7 RNA polymerase
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
expression
pET vector
DNA fragment
Opis:: The I-18 C region of the polytenic chromosome of Chironomus tentans contains the I-18 C gene. Two DNA fragments, reflecting two different open reading frames (i.e.ORF I and II) of two different transcripts (i.e. 1.8 and 4.6 kb RNA) of the I-18 C gene were isolated, then were cloned into the intermediate vector and next to the final vector in order to translate them in T7 RNA polymerase / promoter system. The translation of the ORF I and II was performed to obtain the polypeptides of these ORFs for further study. Here, the scheme of the performed experiments and the applied technology that were necessary to realize the goal of this research, are presented.
Region i-18 C chromosomu politenicznego Chironomus tentans zawiera gen I-18 C. Dwa fragmenty DNA, odzwierciedlające dwie różne otwarte ramy odczytu (tj. ORF I i ORF II) dwóch różnych transkryptów (tj. 1.8 i 4.6 kpz RNA) genu I-18 C, zostały wyizolowane i następnie wklonowane do wektora pośredniego, a potem do wektora końcowego, w celu ich translacji w systemie promotora T7 RNA polimerazy. Translacja ORF I i ORF II była wykonana w celu uzyskania polipeptydów określonych przez te ORF do dalszych badań. W niniejszej pracy przedstawiono schemat wykonanych eksperymentów i zastosowaną technologię, która była potrzebna do zrealizowania celu badań.
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1998, 38, 1
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 11.

Tytuł:: Usefulness of PCR/RFLP and ERIC PCR techniques for epidemiological study of Haemophilus parasuis infections in pigs
Autorzy:: Jablonski, A.
Zebek, S.
Kolacz, R.
Pejsak, Z.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/30649.pdf
Data publikacji:: 2011
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: animal disease
pig
animal infection
epidemiology
Haemophilus parasuis
genotyping
polymerase chain reaction
virulence
diagnosis
microorganism
DNA fragment
electrophoretic separation
environmental factor
molecular method
Opis:: Haemophilus parasuis belongs to opportunistic microorganisms of undefined virulence. The purpose of the studies was to compare suitability of PCR/RFLP in our modification and ERIC PCR for epidemiological study of domestic strains of H. parasuis. The results were evaluated taking into account two different aspects: suitability of the tests for isolating the highest possible number of clone groups and subjective evaluation of the method judged with respect to the following criteria: difficulty, availability of equipment and reagents as well as time and cost of the study. The results obtained in the present study show that the two methods used for typing of H. parasuis had high discriminatory power. Taking into account this parameter it can be concluded that ERIC PCR is more suitable than PCR/RFLP. This justifies the use of ERIC PCR for routine epidemiological analyses of mentioned pathogen. Taking into account the complexity of method used, ERIC-PCR based on random amplification of DNA, proved to be comparable to PCR/RFLP. The last mentioned technique is relatively less expensive and labour-consuming, especially when diagnostic PCR method is used for the epidemiological studies.
Źródło:: Polish Journal of Veterinary Sciences; 2011, 14, 1
1505-1773
Pojawia się w:: Polish Journal of Veterinary Sciences
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 12.

Tytuł:: Cloning of the DNA fragments reflecting the open reading frame I and II of the I-18 C gene of Chironomus tentans. IV. The ligation of the bluescript vector with the inserts
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/65392.pdf
Data publikacji:: 1999
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: pET-3a vector
promoter system
cloning
I-18 C gene
T7 RNA polymerase
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
expression
DNA fragment
Opis:: The technology used for the cloning of the open reading frame (ORF) I and II reflecting DNA fragments of the I-18 C gene in regard to the ligation reactions of the bluescript vector with the inserts, is presented. The main steps include: the calculation of the molar ratio of the bluescript plasmid to the ORF I and II reflecting DNA fragments as the inserts, the ligation reaction, the transformation of the E. coli cells of the XL- 1 strain with the ligation reactions products and growing of the transformed bacterial cells.
Przedstawiono technologię użytą do klonowania fragmentów DNA odzwierciedlających otwartą ramę odczytu I i II genu I-18 C Chironomus tentans w zakresie: reakcji ligacji wektora blueskrypt ze wstawkami sekwencji klonowanych wymienionych wyżej. Przedstawione główne etapy obejmują: obliczenie stosunku molarnego plazmidu blueskrypt do fragmentu DNA odzwierciedlającego otwartą ramę odczytu I i II. Fragmenty te zostały użyte jako wstawki. Przedstawiono także zastosowaną technologię dotyczącą reakcji ligacji, transformacji komórek bakteryjnych E. coli szczepu XL-1 produktami reakcji ligacji oraz hodowlę na płytkach agarowych stransformowanych komórek bakterii.
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1999, 39, 1
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 13.

Tytuł:: Cloning of the DNA fragments reflecting the open reading frame I and II of the I-18 C gene of Chironomus tentans. VII. The preparation of the inserts and the translational vector - pET-3a for ligation
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/66798.pdf
Data publikacji:: 1999
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: pET-3a vector
promoter system
cloning
I-18 C gene
T7 RNA polymerase
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
expression
DNA fragment
Opis:: The technology applied for the cloning of the open reading frame (ORF) I and II reflecting DNA fragments in regard to the preparation of the inserts and the translational vector pET-3a for ligation, is described. The main steps of the preparation of the inserts include: digestion of the isolated recombinant bluescript plasmids, carrying the inserts, with the Nde I and Bam HI, purification and isolation of the inserts after the digestion, by the preparative agarose gel electrophoresis (2% gel, 1 x TAE buffer) and then by the centrifugation through the filtration device of the isolated DNA fragment from the gel and also estimation of the inserts concentration by the agarose gel electrophoresis (2% gel, 1 x TBE buffer). The main steps of the preparation of the pET-3a vector included: transformation of the competent E. coli cells of the XL-1 strain with the pET-3a, growing of the transformed bacteria on agar plates (with ampicillin) and then growing of the isolated transformed bacterial colonies in culture to finally isolate the plasmid, digestion of the plasmid with the Nde I and Bam HI, purification of the isolatcd plasmid, after the digestion, by the preparative agarose gel electrophoresis (0.8% gel, 1 x TAE buffer), centrifugation through the filtration device of the isolated DNA fragment from the gel, phenol extraction of the isolated plasmid, estimation of the concentration of the plasmid by the agarose gel electrophoresis (0.8% gel, 1 x TBE buffer).
Opisano technologię zastosowaną do klonowania fragmentów DNA odzwierciedlających otwartą ramę odczytu I i II w zakresie przygotowania wstawek i wektora translacyjnego - pET-3a do ligacji. Główne etapy przygotowania wstawek obejmowały: - trawienie Nde I i Bam HI, wyizolowanych rekombinacyjnych plazmidów blueskrypt, które zawierały wstawki, - oczyszczanie i izolację wstawek, po trawieniu przy użyciu preparatywnej elektroforezy w żelu agarozowym (2% żel, 1 x stężony bufor TAE) i następnie przez odwirowanie wyizolowanego fragmentu DNA z żelu, przy użyciu urządzenia filtracyjnego - oraz ocenę stężenia wstawek przy użyciu elektroforezy (2% żel, 1 x stężony bufor TBE). Główne etapy przygotowania wektora pET-3a obejmowały: transformację komórek kompetentnych E. coli szczepu XL-1, wektorem pET-3a, hodowlę stransformowanych komórek bakteryjnych na płytkach agarowych (z ampicyliną) i następnie hodowlę w kulturze wyizolowanych stransformowanych komórek bakteryjnych w celu izolacji plazmidu, trawienie wyizolowanego plazmidu Nde I i Bam HI oraz jego oczyszczenie po trawieniu, przy użyciu preparatywnej elektroforezy w żelu agarozowym (0.8% żel, 1 x stężony bufor TAE), odwirowanie wyodrębnionego z żelu fragmentu DNA przy zastosowaniu urządzenia filtracyjnego, ekstrakcję fenolową wyizolowanego plazmidu, ocenę stężenia plazmidu przy użyciu elektroforezy w żelu agarozowym (0.8% żel, 1 x stężony TBE).
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1999, 39, 1
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 14.

Tytuł:: Cloning of the DNA fragments reflecting the open reading frame I and II of the I-18 C gene of Chironomus tentans. V. Identification of the bacterial colonies, containing the recombinant bluescript plasmids
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/65003.pdf
Data publikacji:: 1999
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: pET-3a vector
promoter system
cloning
I-18 C gene
T7 RNA polymerase
plasmid
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
identification
Opis:: The technology applied for the cloning of the open reading frame (ORF) I and II reflecting DNA fragments in regard to the identification of the bacterial colonies, of E. coli XL-1 strain, containing the recombinant bluescript plasmids, is described. The particular steps include: the α-complementation test, growing of the preliminary selected bacterial colonies in culture, isolation of the plasmids from these colonies, the Nde I and Bam HI digestion of the plamids mini-preparations, analysis of the digestion products and the identification of the bacterial colonies, containing the bluescript plasmids with the cloned inserts by the agarose gel electrophoresis (2% gel, 1 x TBE buffer).
Opisano technologię zastosowaną do klonowania fragmentów DNA odzwierciedlających otwartą ramę odczytu I i II genu I-18 C Chironomus tentans, w zakresie: identyfikacji kolonii bakteryjnych szczepu XL-1, zawierających zrekombinowane plazmidy blueskrypt. Poszczególne etapy obejmowały: test α-komplementacji, hodowlę wstępnie wybranych kolonii bakteryjnych, izolację plazmidów bakteryjnych poszczególnych kolonii z tych hodowli, trawienie mini-izolatów plazmidów Nde I i Bam HI, analizę produktów trawienia i identyfikację kolonii bakteryjnych, zawierających plazmidy blueskrypt z wklonowanymi wstawkami przy zastosowaniu elektroforezy w żelu agarozowym (2% żel, 1 x stężony bufor TBE).
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1999, 39, 1
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 15.

Tytuł:: Cloning of the DNA fragments reflecting the open reading frame I and II of the I-18 C gene of Chironomus tentans. III. Preparation of the inserts for ligation with the bluescript and the modification of the vector
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/66473.pdf
Data publikacji:: 1999
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: cloning
pET-3a vector expression
I-18 C gene
T7 RNA polymerase
Chironomus tentans
promotor system
polymerase chain reaction
bluescript vector
DNA fragment
Opis:: The technology applied for the cloning of the open reading frame (ORF) I and II reflecting DNA fragments of the I-18 C gene of Chironomus tentans in regard to the preparation of the inserts for ligation with the bluescript and the modification of this intermediate vector, is described. The ORF I reflecting DNA fragment prepared for ligation with the bluescript vector, had one end blunt (i.e. the 5’ end with the Nde I restriction site) and the second end was sticky (i.e. the 3’ end after the Bam HI digestion of this insert). Subsequently, the bluescript vector for this ligation had also one end blunt (i.e. the 5’ end with the Nde I restriction site) and the second end was sticky (i.e. the 3’ end after the Bam HI digestion). The ORF II reflecting DNA fragment prepared for the ligation had both ends blunt and so the vector.
Opisano technologię zastosowaną do klonowania fragmentów DNA, odzwierciedlających translacyjną otwartą ramę odczytu I i II genu I-18 C w zakresie przygotowania wstawek do ligacji z plazmidem blueskrypt i niezbędnych modyfikacji wektora pośredniego. Fragment DNA odzwierciedlający otwartą ramę odczytu (ORF) I przygotowano do ligacji z wektorem blueskrypt w ten sposób, że fragment ten posiadał jeden koniec tępy (tj. koniec 5’ z miejscem restrykcyjnym dla Nde I) i drugi koniec lepki (tj. koniec 3’ po trawieniu tej wstawki Bam HI). Także wektor blueskrypt, użyty do ligacji ze wspomnianą sekwencją wstawki, miał jeden koniec tępy (tj. koniec 5’ z miejscem restrykcyjnym dla Nde I) i drugi koniec lepki (tj. koniec 3’ po trawieniu Bam HI). Fragment DNA odzwierciedlający ORF II, przygotowany do ligacji z wektorem blueskrypt, miał oba końce tępe i stosownie do tego oba końce wektora były też tępe.
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1999, 39, 1
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 16.

Tytuł:: Cloning of the DNA fragments reflecting the open reading frame I and II of the I-18 C gene of Chironomus tentans. I. Preparation of the bacterial cells, transformation and isolation of the bluescript plasmid
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/66849.pdf
Data publikacji:: 1999
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: transformation
promoter system
gene expression
cloning
I-18 C gene
isolation
T7 RNA polymerase
plasmid
Chironomus tentans
bacterial cell
polymerase chain reaction
DNA fragment
Opis:: The technology applied for the cloning of the open reading frame (ORF) I and II reflecting DNA fragments of the I-18 C gene of Chironomus tentans in regard to the preparation of the competent E. coli cells of the XL-1 strain needed for the transformation with the ligation reaction products, is presented. Also the transformation of these bacterial cells with the bluescript plasmid and its isolation for these cloning experiments, are described.
Opisano technologię, którą zastosowano do klonowania fragmentów DNA odzwierciedlających translacyjną otwartą ramę odczytu I i II genu I-18 C Chironomus tentans w zakresie: przygotowania kompetentnych komórek E. coli szczepu XL-1, poddawanych następnie transformacji produktami reakcji ligacji. Przedstawiono także zastosowaną technologię transformacji wymienionych komórek bakteryjnych przy użyciu plazmidu - blueskrypt oraz izolację tego plazmidu, w celu jego zastosowania w wymienionych eksperymentach klonowania.
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1999, 39, 1
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 17.

Tytuł:: Cloning of the DNA fragments reflecting the open reading frame I and II of the I-18 C gene of Chironomus tentans. VIII. The ligations of the inserts with the pET-3a vector and the identification of the bacterial colonies, containing the recombinant plasmids
Autorzy:: Borowicz, B P
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/66584.pdf
Data publikacji:: 1999
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: pET-3a vector
promoter system
cloning
I-18 C gene
T7 RNA polymerase
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
expression
DNA fragment
recombinant plasmid
identification
Opis:: The technology used for the cloning of the open reading frame (ORF) I and II reflecting DNA fragments in regard to the ligations of the inserts with the pET-3a vector and the identification of the bacterial colonies, containing the recombinant plasmids, is presented. The main steps include: calculation of the molar ratios of the vector to insert DNA, the ligation reactions, transformation of the competent E. coli cells of the XL-1 strain, isolation of the plasmids, digestion of the plasmid preparations with the Nde I and Bam HI to indicate the presence of the inserts cloned into the plasmids, using the agarose gel electrophoresis (2% gel, 1 x TBE buffer) of the plasmids samples, with the released inserts, after the digestion, transformation of the competent BL21 (DE3) cells of E. coli with the isolated recombinant plasmids, identification of the bacterial cells, carrying the pET-3a plasmids with the cloned inserts and the storage of these cells.
Przedstawiono technologię użytą do klonowania fragmentów DNA odzwierciedlających otwartą ramę odczytu I i II genu I-18 C Chironomus tentans w zakresie ligacji wstawek z wektorem pET-3a oraz identyfikacji kolonii bakteryjnych, zawierających rekombinacyjne plazmidy. Główne etapy obejmują: obliczenie stosunków molarnych wektora do DNA wstawki, reakcje ligacji, transformację komórek kompetentnych E. coli szczepu XL-1, izolację plazmidów, trawienie preparatów plazmidów Nde I i Bam Hl w celu wskazania obecności wklonowanych do plazmidów wstawek, uwolnionych z tych plazmidów poprzez trawienie wymienionymi enzymami restrykcyjnymi. Analizę produktów trawienia poszczególnych próbek plazmidów wykonano przy użyciu elektroforezy w żelu agarozowym (2% żel, 1 x stężony bufor TBE). Następne etapy to transformacja komórek kompetentnych E. coli BL21(DE3) preparatami wyizolowanych zrekombinowanych plazmidów pET-3a i identyfikacja komórek bakteryjnych, zawierających plazmidy pET-3a z wklonowanymi wstawkami oraz przechowywanie tych komórek.
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1999, 39, 1
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 18.

Tytuł:: Detection of SNPs based on DNA specific-locus amplified fragment sequencing in Chinese fir (Cunninghamia lanceolata (Lamb.) Hook)
Autorzy:: Su, Y.
Hu, D.
Zheng, H.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/41243.pdf
Data publikacji:: 2016
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Instytut Dendrologii PAN
Tematy:: detection
single nucleotide polymorphism
DNA specific-locus amplified fragment sequencing
fir
Chinese fir
Cunninghamia lanceolata
genotyping
Opis:: Compared to angiosperms, conifers represent more complex genomes with larger giga-genome size. To detect large-scale single nucleotide polymorphisms (SNPs), whole genome sequencing of a conifer population is still unaffordable. In this work, we report the use of DNA specific-locus amplified fragment sequencing (SLAF-seq) for large-scale SNP detection in Chinese fir (Cunninghamia lanceolata (Lamb.) Hook), an ecological and economic important conifer in China. SLAF libraries of 18 parent clones of a Chinese fir 2.5 generation seed orchard were sequenced and a total of 117,924 SLAFs were developed. We detected 147,376 SNPs from these SLAFs; 146,231 of them represented simple nucleotide change in A/G, C/T, A/C, A/T, C/G or G/T. The most frequent SNPs occurred in C/T (34.3%), while the majority of SNPs (68.2%) belonged to transition events (A/G and C/T). Notably, all the sequenced samples had high portion (78.2–80.9%) of common SNPs indicating that the Chinese fir genomes tended to change its nucleotides at common loci. 48,406 informative SNPs were then successfully utilized to genotype the tested samples (n = 18) followed by a phylogenetic tree to clarify their genetic relationship. Furthermore, a set of very high linkage disequilibrium (0.51–1.00) were identified from these informative SNPs. In brief, our work demonstrated that SLAF-seq is an alternative and cost-effectively high-throughput approach for large-scale SNP exploitation in Chinese fir. While the obtained SNPs offer useful marker resource for further genetic and genomic studies and will be helpful for Chinese fir breeding programs.
Źródło:: Dendrobiology; 2016, 76
1641-1307
Pojawia się w:: Dendrobiology
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki