Temat: "multiplex PCR" - Katalog OPAC zbiorów

Skocz do pozycji: 1.

Tytuł:: Application of a Multiplex PCR with Specific PCR Primers for the Detection of the Genus Paramecium and the Paramecium aurelia Complex
Autorzy:: Haentzsch, Madlen
Bernhard, Detlef
Berendonk, Thomas U.
PRZYBOŚ, Ewa
Schlegel, Martin
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/763704.pdf
Data publikacji:: 2011
Wydawca:: Uniwersytet Jagielloński. Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego
Tematy:: Multiplex PCR, Paramecium, saprobic level, species specific primers
Opis:: The representatives of the genus Paramecium are well-studied ciliates and can be used in water quality assessment and the determinations of saprobic levels. For these applications, a clear and unambiguous identification of ciliate assemblages is essential, which is typically based on morphological characters requiring a sound taxonomic knowledge and experience in species determination including microscopic identification of both living and stained specimens. Therefore, we developed and applied specific PCR primers for the detection of species belonging to the genus Paramecium and the Paramecium aurelia complex. These primers were successfully tested with different Paramecium species including representatives of the P. aurelia complex as well as closely related species like Frontonia sp. and Tetrahymena sp. in both experimental and environmental samples. These primers can be used in a simultaneous approach achieving fast and reliable results with regard to determination of ciliate community and water assessment.
Źródło:: Acta Protozoologica; 2011, 50, 3
1689-0027
Pojawia się w:: Acta Protozoologica
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 2.

Tytuł:: New microsatellite multiplex PCR sets for genetic studies of the sterlet sturgeon, Acipenser ruthenus
Autorzy:: Kohlmann, K.
Kersten, P.
Geßner, J.
Onără, D.
Taflan, E.
Suciu, R.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/363202.pdf
Data publikacji:: 2017
Wydawca:: Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
Tematy:: Acipenser ruthenus
microsatellite
multiplex PCR
species conservation
sustainable fisheries
Opis:: Wild populations of the sterlet sturgeon, Acipenser ruthenus, are declining throughout their native ranges. In-depth knowledge of their genetic diversity and structure is urgently needed to enable the identification of management units for conservation purposes. Moreover, genetic markers are required to establish appropriate breeding schemes for supportive stocking programs and to monitor genetic changes in farmed stocks. Therefore, six species-specific, polymorphic microsatellite loci were isolated and arranged into five multiplex PCR sets together with nine loci from other sturgeon species. The diversity of these 15 microsatellites was examined in 67 sterlet individuals (20 farmed in Germany and 47 wild-caught in the Romanian part of the River Danube). The total number of alleles per locus ranged from 3 to 15 with an average of 7.20. The farmed sterlet sturgeon possessed 1 to 7 alleles per locus, with a mean of 3.13; the wild individuals were more variable, with 3 to 15 alleles per locus and a mean of 7.07. Observed heterozygosities ranged from 0 to 0.850 in the farmed individuals, and from 0.064 to 0.957 in the wild individuals. Indications of inbreeding were only found in the wild sterlet sturgeon (FIS=0.062). The genetic differentiation of the two sterlet groups was significant (FST=0.1186). The high sensitivity and discriminatory power of the 15 loci was indicated by the very low overall probability of identity for siblings (PIsib=5.099x10-5) and the high accuracy of self-classification (66 out of the 67 individuals (98.51%) were correctly identified). Thus, these newly developed multiplex PCR sets are a valuable genetic tool for identifying management units for species conservation, sustainable fisheries and aquaculture.
Źródło:: Environmental Biotechnology; 2017, 13, 1; 11-17
1734-4964
Pojawia się w:: Environmental Biotechnology
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 3.

Tytuł:: Antimicrobial resistance and molecular characteristics of Streptococcus agalactiae isolated from women of reproductive age
Lekooporność i molekularna charakterystyka Streptococcus agalactiae izolowanych od kobiet w wieku rozrodczym
Autorzy:: Musiorska, Magdalena
Kasprowicz, Andrzej
Białecka, Anna
Lenart-Boroń, Anna
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1035486.pdf
Data publikacji:: 2016
Wydawca:: Instytut Medycyny Wsi
Tematy:: "Streptococcus agalactiae"
"antimicrobial resistance"
"capsular types"
"multiplex PCR"
"pregnancy"
Opis:: Introduction. Streptococcus agalactiae infections are among the most significant causes of neonatal invasive diseases. Proper screening and detection of pregnant women carrying GBS allows intrapartum administration of antibiotic prophylaxis and is an effective measure in preventing transmission of bacteria from mother to newborns. Material and methods. Sixty three bacterial strains were isolated from vaginal swabs from pregnant and nonpregnant women of reproductive age. Species were identified by colony morphology, haemolysis type, Gram staining and SLIDEX® Strepto Plus latex test. Antimicrobial resistance of 56 strains was determined using disk-diffusion method. The presence of molecular resistance determinants was assessed using PCR with specific primers, and capsular types were identified using multiplex PCR. Results. None of the strains were resistant to the first drug of choice, penicillin. A large percentage of isolates (78.6%) were resistant to doxycycline. The prevalence of resistance to macrolides and lincosamides, antibiotics used in women allergic to penicillin, was high. Those results corresponded with PCR tests, as tetM and ermA1 were most frequently detected genes (98.4 and 87.3%, espectively). 7.94% of strains possessed 7 different out of 13 tested genes determining resistance to different groups of antimicrobials. Among the capsular types, Ia, which proved to be associated with the most severe and invasive infections in mothers and neonates, was the most prevalent (65.08%).
Wstęp. Infekcje wywołane przez Streptococcus agalactiae są jednymi z głównych przyczyn chorób inwazyjnych noworodków. Badania przesiewowe w kierunku nosicielstwa paciorkowców z grupy B (GBS) u ciężarnych umożliwiają zastosowanie śródporodowej profilaktyki antybiotykowej w celu zapobiegania przenoszeniu bakterii z matki na noworodka. Materiały i metody. Przebadano 63 szczepy bakterii uzyskane poprzez wymazy pochwowe od ciężarnych i nieciężarnych kobiet w wieku rozrodczym. Bakterie zidentyfikowano na podstawie morfologii kolonii, typu hemolizy, barwienia Grama i testu SLIDEX® Strepto Plus. Profil lekooporności 56 szczepów zbadano metodą dyfuzyjnokrążkową. Występowanie genów warunkujących lekooporność oznaczono techniką konwencjonalnego PCR, natomiast metoda multiplex PCR posłużyła do oznaczenia polisacharydów otoczkowych. Wyniki. Nie stwierdzono oporności na lek pierwszego wyboru, jakim jest penicylina. 78,6% izolatów było opornych na doksycyklinę. Często także stwierdzano oporność na makrolidy i linkozamidy, które są antybiotykami stosowanymi u pacjentek uczulonych na penicylinę. Wyniki te korespondowały z wynikami testów PCR, gdyż geny tetM i ermA1 były najczęściej stwierdzanymi genetycznymi determinantami lekooporności (odpowiednio u 98,4 i 87,3% szczepów). Aż 7,94% szczepów S. agalactiae posiadało 7 spośród 13 testowanych genów warunkujących oporność na różne antybiotyki. Test multiplex PCR wykazał, że najbardziej rozpowszechniony był typ Ia polisacharydów otoczkowych, powiązany z najcięższymi i najpoważniejszymi infekcjami. Został on wykryty u 65,08% szczepów. Wnioski. Pomimo całkowitej wrażliwości na penicylinę, wielooporność szczepów S. agalactiae izolowanych od kobiet w wieku rozrodczym jest powszechna. Oporność na antybiotyki u tych bakterii może być warunkowana przez występowanie więcej niż jeden gen w jednym izolacie.
Źródło:: Medycyna Środowiskowa - Environmental Medicine; 2016, 19, 4; 27-33
1505-7054
2084-6312
Pojawia się w:: Medycyna Środowiskowa - Environmental Medicine
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 4.

Tytuł:: Badanie zafałszowań gatunkowych w wybranych produktach mlecznych pochodzenia konwencjonalnego, regionalnego i ekologicznego
Species falsification analysis of chosen conventional, regional and eco dairy products
Autorzy:: Walczak, Ewa
Barszczewski, Wojciech
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/473145.pdf
Data publikacji:: 2016-09-01
Wydawca:: Collegium Witelona Uczelnia Państwowa
Tematy:: mleko
sery
„oscypki”
identyfikacja
zafałszowanie
multiplex-PCR
milk
chees
„oscypek”
identification
falsification
Opis:: Szybka i wiarygodna identyfikacja składu żywności jest niezwykle istotna zarówno ze względów zdrowotnych, jak i ekonomicznych. Metody biologii molekularnej jak i PCR oraz jego odmiany cieszą się dużym powodzeniem, zwłaszcza w kwestii identyfikacji zafałszowań. Wykorzystując metodę Multiplex-PCR przeanalizowano 24 produkty mleczne pod kątem zgodności składu gatunkowego mleka z deklarowanym przez producenta, uwzględniając produkty ekologiczne i regionalne (PDO). Mitochondrialny DNA (mtDNA) izolowano w oparciu o zestawy firmy A&A Biotechnology z drobną modyfikacją. Przy użyciu specyficznych starterów powielono fragment genów mitochondrialnych 12S i 16S rRNA, uzyskując produkty o wielkościach specyficznych dla gatunku: 256 pz dla DNA mleka krowy, 326 pz dla DNA mleka kozy i 172 pz dla DNA mleka owcy. Czułość oznaczenia ustalono na poziomie 2,5% zanieczyszczenia mlekiem krowim. Stężeń DNA nie standaryzowano po ekstrakcji, a najmniejsze ilości DNA, dla których uzyskano produkty amplifikacji, wynosiły 3,4 ng DNA z mleka krowiego i 31,8 ng z DNA sera owczego. Zastosowane metody ekstrakcji mtDNA i warunki amplifikacji umożliwiły szybką identyfikację mleka różnych gatunków zwierząt w 22 z 24 badanych serów. Wykazano zafałszowanie produktów zakupionych jako „oscypki” – wszystkie sery przebadane w tej grupie były wykonane w 100 % z mleka krowiego
Quick and reliable identification of food content is extremely important for both economic and health reasons. Methods of molecular biology such as PCR and its variations are gaining more and more popularity, especially in detecting falsifications. Twenty four dairy products examined for their milk content with the use of this method, including eco and regional PDO products. The samples were testes on the consistency between the declared and actual content of milk of different animal species. mtDNA was isolated with the use A&A Biotechnology sets, with some modifications. On the basis of starters’ sequences, fragments of mitochondrial genes 12S and 16S rRNA were multiplied, which provided products of sizes specific for certain of animal species, respectively: 256 bp for cow, 326 bp for goat and 172 bp for sheep. Sensitivity of distinguishing was determined on the level of 2,5% for cows’ milk addition. DNA concentration was not standardized after extraction, and the smallest amounts of DNA for which amplification products were obtained equaled 3,4 ng of DNA from cows’ milk and 31,8 ng of DNA from sheep’s cheese DNA. Applied methods of mtDNA extraction and conditions of amplification enabled routine and quick milk identification, in terms of its origin, in 22 for 24 examined cheeses. Falsification has been detected in dairy products called „oscypek”. All the examined cheeses within this group appeared to be made of 100% from cows’ milk.
Źródło:: Zeszyty Naukowe Państwowej Wyższej Szkoły Zawodowej im. Witelona w Legnicy; 2016, 3, 20
1896-8333
Pojawia się w:: Zeszyty Naukowe Państwowej Wyższej Szkoły Zawodowej im. Witelona w Legnicy
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 5.

Tytuł:: New multiplex PCR assays for estimating genetic diversity in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) by polymorphism of microsatellite DNA
Autorzy:: Kaczmarczyk, D.
Kaczor, A.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/363262.pdf
Data publikacji:: 2013
Wydawca:: Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
Tematy:: microsatellite DNA
multiplex PCR
population genetics
rainbow trout
DNA mikrosatelitarne
genetyka populacyjna
pstrąg tęczowy
Opis:: Multiplex PCR is a useful technique for estimating genetic diversity. This paper presents 3 new sets of primer pairs for effectively amplifying 10 microsatellite DNA loci from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Unlike other sets of primer pairs that have been developed for amplifying rainbow trout microsatellite loci, ours do not require the hot-start PCR technique. In the paper, we describe the steps taken to choose the loci for each multiplex assay and to verify the genotyping results. We provide the compositions of the PCR mixture and the characteristics of the PCR thermal profile recommended for amplification.
Źródło:: Environmental Biotechnology; 2013, 9, 1; 19-24
1734-4964
Pojawia się w:: Environmental Biotechnology
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 6.

Tytuł:: Wykrywanie enterotoksynogennych szczepów Staphylococcus spp., wyizolowanych od krów z mastitis, metodą multipleks PCR
Detection of enterotoxigenic Staphylococcus spp. strains, isolated from cows with mastitis, using multiplex-PCR
Autorzy:: Nawrotek, P.
Swiderska, M.
Fijalkowski, K.
Kogut, K.
Czernomysy-Furowicz, D.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/44845.pdf
Data publikacji:: 2010
Wydawca:: Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie. Wydawnictwo Uczelniane ZUT w Szczecinie
Tematy:: bydlo polskie holsztynsko-fryzyjskie
krowy
zapalenie gruczolu mlekowego
postac kliniczna
mleko krowie
Staphylococcus
szczepy koagulazoujemne
enterotoksyny
metoda multiplex PCR
Opis:: Celem podjętych badań była identyfikacja oraz analiza molekularna 35 szczepów Staphylococcus spp., wyizolowanych z mleka krów z kliniczną postacią mastitis, pod kątem ich potencjalnej zdolności do wytwarzania enterotoksyn gronkowcowych (SEs), najczęściej wywołujących zatrucia pokarmowe ludzi (SEA-SEE).Wytypowane szczepy scharakteryzowano wstępnie na podstawie wzrostu kolonii bakteryjnych na chromogennym podłożu CHROMagar Staph. aureus. Następnie wszystkie izolaty analizowano z użyciem gatunkowo specyficznej reakcji PCR, ukierunkowanej na wykrycie dwóch markerów molekularnych: nuc – specyficznego dla gatunku S. aureus i gehM – specyficznego dla S. xylosus. Dodatkowo oznaczano enterotoksynogenność wykrytych szczepów (obecność genów sea-see, w tym secv), z użyciem metody multipleks PCR. Spośród 35 analizowanych izolatów aż 18 szczepów (51,4%) stanowiło gronkowce koagulazoujemne (CNS) z gatunku S. xylosus, a tylko dwa izolaty (5,7%) należały do koagulazododatnich szczepów S. Aureus. W przypadku siedmiu szczepów S. xylosus (20%) wykryto metodą multipleks PCR geny enterotoksyn (se) zidentyfikowane jako: sea (71,4%), secv (14,3%) oraz sed (14,3%). Ponadto, w DNA pięciu spośród tych szczepów (71,4%), uzyskano amplikony specyficzne dla innych, bliżej nieokreślonych genów se lub ich wariantów, które na podstawie analizy in silico oznaczono jako: seg, seh, sei lub selu. Uzyskane wyniki wskazują na konieczność uwzględniania w diagnostyce gronkowców koagulazoujemnych ich właściwości toksynogennych, ponieważ mogą one stanowić ważną grupę mikroorganizmów obecnych w żywności. Przyczyniły się także do podkreślenia znaczącej roli enterotoksynogennych szczepów S. xylosus w etiologii mastitis.Wykonane badania potwierdziły przydatność metod molekularnych do wykrywania potencjalnie enterotoksycznych szczepów Staphylococcus spp. izolowanych od zwierząt.
The aim of the study was the identification and molecular analysis of 35 Staphylococcus spp. strains, isolated from milk of cows with clinical form of mastitis, regarding to its potential ability to produce enterotoxins (SEA-SEE). All examined strains were first characterized on the basis of the image analysis of the bacterial colony growth on chromogenic medium CHROMagar Staph. aureus. In the next step all strains were analyzed using the species-specific PCR, based on detection of two molecular markers: nuc – specific for S. aureus and gehM – specific for S. xylosus. Additionally, enterotoxigenicity of identified strains (presence of seasee genes, including secv), in the multiplex-PCR was performed.Atotal of 35 isolates from milk samples of bovine clinical mastitis cases were analyzed and 18 strains (51.4%) classified as S. xylosus (CNS), where only two strains (5.7%) were coagulase-positive S. aureus. Seven isolates of S. xylosus (20%) were positive for enterotoxin genes (se), as detected by multiplex-polymerase chain reaction, with sea (71.4%), secv (14.3%) and sed (14.3%). In addition, in the case of five strains (71.4%), amplicons specific for others, indefinable se genes or their variants were detected, which on the basis of in silico analysis were identified as: seg, seh, sei or selu. The data showed that the toxigenic properties of CNS should not be ignored and further investigation of this group of microorganisms in food could be very important.Moreover the research contributed to emphasize the meaning of enterotoxigenic S. xylosus strains in the etiology of cows’ mastitis. The study also confirmed the usefulness of molecular methods in detection of potentially enterotoxic Staphylococcus spp. strains, isolated from animals.
Źródło:: Acta Scientiarum Polonorum. Zootechnica; 2010, 09, 4
1644-0714
Pojawia się w:: Acta Scientiarum Polonorum. Zootechnica
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 7.

Tytuł:: Identyfikacja genów odporności na rdzę brunatną w wybranych europejskich odmianach pszenicy zwyczajnej oraz opracowanie warunków Multiplex PCR
Identification of the gene resistant to leaf rust in selected European wheat cultivars and Multiplex PCR development
Autorzy:: Leśniowska-Nowak, J.
Grądzielewska, A.
Majek, M.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/11236581.pdf
Data publikacji:: 2013
Wydawca:: Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie. Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie
Tematy:: pszenica zwyczajna
odmiany roslin
metoda Multiplex PCR
odpornosc roslin
identyfikacja genetyczna
rdza brunatna pszenicy
choroby roslin
uwarunkowania genetyczne
czynniki chorobotworcze
gen Lr19
gen Lr10
gen Lr9
Źródło:: Annales Universitatis Mariae Curie-Skłodowska. Sectio E. Agricultura; 2013, 68, 3; 20-28
0365-1118
Pojawia się w:: Annales Universitatis Mariae Curie-Skłodowska. Sectio E. Agricultura
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 8.

Tytuł:: Opracowanie multiplex PCR do detekcji genów odporności Lr21 i Pm4b w pszenicy zwyczajnej (Triticum aestivum L.)
Development of multiplex PCR for Lr21 and Pm4b resistance genes detection in common wheat (Triticum aestivum L.)
Autorzy:: Gogół, A.
Leśniowska-Nowak, J.
Nowak, M.
Okoń, S.
Kowalczyk, K.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/11236652.pdf
Data publikacji:: 2015
Wydawca:: Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie. Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie
Tematy:: metoda multiplex PCR
detekcja
gen Lr21
pszenica zwyczajna
Triticum aestivum L.
uprawa roslin
geny odpornosci
rdza brunatna pszenicy
maczniak prawdziwy pszenicy
odpornosc na choroby
choroby roslin
gen Pm4b
patogeny
Puccinia triticina
Blumeria graminis
odmiany roslin
Źródło:: Annales Universitatis Mariae Curie-Skłodowska. Sectio E. Agricultura; 2015, 70, 3; 21-30
0365-1118
Pojawia się w:: Annales Universitatis Mariae Curie-Skłodowska. Sectio E. Agricultura
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 9.

Tytuł:: Metody identyfikacji gatunkowej grzybów z rodzaju Candida. Część II. Techniki molekularne
Methods for species identification of genus Candida fungi. Part II. Molecular techniques
Autorzy:: Gnat, Sebastian
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/22326536.pdf
Data publikacji:: 2022
Wydawca:: Krajowa Izba Lekarsko-Weterynaryjna
Tematy:: choroby grzybicze
grzybice
Candida
identyfikacja gatunkowa
metody
metody molekularne
test PCR
metoda multiplex PCR
metoda nested-PCR
metoda real time PCR
fluorescencyjna hybrydyzacja in situ
spektrometria mas MALDI-TOF MS
czynniki chorobotwórcze
grzyby chorobotwórcze
łańcuchowa reakcja polimerazy
piroliza ze spektometrią mas
identification
molecular techniques
MALDI-TOF MS
Opis:: A rapid and accurate identification of the Candida is crucial for clinical treatment of local and systemic candidiasis. Premature diagnosis of invasive fungal infections is problematic because most clinical signs are non-specific and cultures are often negative or become positive too late for the initiation of effective antifungal therapy. Therefore, studies have been performed to improve molecular techniques for the diagnosis of candidiasis. Today, molecular strategies, such as PCR and non-PCR based methods are used to complement conventional laboratory approach. They provide accurate results in much short time of 1.5–3 h. Given the high accuracy and time saving with molecular typing techniques it is likely that most of these methods could improve routine clinical laboratory identification of Candida yeast species. However, further studies are needed for standardization of such procedures. This article presents an overview and discussion on molecular identification methods in the context of their application for the diagnosis of Candida fungi. Particular attention has been focused on the advantages and limitations of the indicated methods and the possibilities of their implementation for routine use in clinical laboratories.
Źródło:: Życie Weterynaryjne; 2022, 97, 03; 167-174
0137-6810
Pojawia się w:: Życie Weterynaryjne
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki