Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Wyszukujesz frazę "snp" wg kryterium: Temat


Tytuł:
Polimorfizmy rs2058539 oraz rs10953505 genu wisfatyny, jej stężenie w surowicy krwi a występowanie nadwagi i otyłości u pacjentów zgłaszających się do poradni podstawowej opieki zdrowotnej
Rs2058539 and rs10953505 visfatin gene polymorphisms their plasma concentrations and occurrence of overweight and obesity among patients reporting to primary healthcare clinic
Autorzy:
Kała, Ewa
Bodek, Izabela
Trelińska, Oliwia
Gładysz, Patrycja
Lepiarczyk, Oskar
Śmigel, Aleksandra
Gola, Mateusz
Śnit, Mirosław
Grzeszczak, Władysław
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1037754.pdf
Data publikacji:
2015
Wydawca:
Śląski Uniwersytet Medyczny w Katowicach
Tematy:
nadwaga
otyłość
polimorfizm snp
wisfatyna
overweight
obesity
polymorphism snp
visfatin
Opis:
INTRODUCTION: Visfatin is a newly discovered adipocytokine displaying insulino-mimetic properties. The role of the investigated polymorphisms in visfatin coding genes and their blood plasma levels in the development of increased body mass remains controversial. AIM: The aim of the study is to assess a potential correlation between selected visfatin gene polymorphisms, their plasma concentration, and the prevalence of overweight and obesity in patients reporting to a primary healthcare clinic. MATERIALS AND METHODS: The study included 476 adult patients from southern regions of Poland reporting to a primary healthcare clinic. The subjects were divided into 3 groups based on the value of waist circumference. The genotyping of visfatin gene polymorphisms (rs2058539 and rs10953505) was conducted with fluorescently marked probes by using predesigned single nucleotide polymorphisms assessment sets – TaqMan Pre-designed SNP Genotyping Assay (Applied Biosystems). The visfatin plasma levels were established using the ELISA method. RESULTS: The study showed no correlation between visfatin plasma concentration and the examined gene polymorphisms. A statistically relevant difference in the occurrence of the rs2058539 polymorphism in obese persons in contrast to those with normal waist girth, was initially noted. An “A” allele of the rs2058539 polymorphism was significantly more often present in obese patients. CONCLUSIONS: Based on the carried-out research, it can be concluded that the rs2058539 polymorphism of the visfatin gene can take part in the pathogenesis of excessive body weight increase. There is no correlation between the studied polymorphisms and visfatin plasma concentration.
WSTĘP: Wisfatyna jest stosunkowo niedawno odkrytą adipocytokiną, wykazującą m.in. efekt insulinomimetyczny. Udział badanych polimorfizmów genu kodującego wisfatynę oraz poziom jej stężenia w surowicy krwi w rozwoju nadwagi i otyłości pozostaje nadal kontrowersyjny. CEL PRACY: Ocena potencjalnego związku między wybranymi polimorfizmami genu wisfatyny, jej stężeniem w surowicy krwi a występowaniem nadwagi i otyłości w populacji pacjentów zgłaszających się do poradni ogólnej podstawowej opieki zdrowotnej (POZ). MATERIAŁ I METODYKA: Badaniem objęto łącznie 476 dorosłych pacjentów z rejonu Polski Południowej, którzy kolejno zgłaszali się po poradę do POZ. Badanych podzielono na 3 grupy, opierając się na wartości obwodu pasa (grupa kontrolna, grupa z otyłością, grupa z nadwagą). Genotypowanie polimorfizmów genu wisfatyny (rs2058539 oraz rs10953505) prowadzono z wykorzystaniem znakowanych fluorescencyjnie sond, używając gotowych zestawów do oznaczania polimorfizmu pojedynczego nukleotydu-TaqManPre-designed SNP Genotypie Assai (Applied Biosystems). Stężenia wisfatyny w surowicy krwi oznaczano metodą ELISA. Do obliczeń statystycznych wykorzystano program Statistica 8.0. WYNIKI: Badania wykazały brak korelacji między występowaniem badanych polimorfizmów genu wisfatyny a jej stężeniem w surowicy krwi. Stwierdzono istotną statystycznie różnicę w występowaniu polimorfizmu rs2058539 między osobami z nadwagą a osobami z prawidłowym obwodem pasa. Ponadto zaobserwowano znamiennie częstsze występowanie allelu „C” polimorfizmu rs2058539 u osób z nadwagą. WNIOSKI: 1. Na podstawie przeprowadzonych badań można wnioskować, że polimorfizm rs2058539 genu wisfatyny może brać udział w patogenezie nadmiernego wzrostu masy ciała. 2. Nie stwierdza się zależności między badanymi polimorfizmami a stężeniem wisfatyny w surowicy krwi.
Źródło:
Annales Academiae Medicae Silesiensis; 2015, 69; 184-190
1734-025X
Pojawia się w:
Annales Academiae Medicae Silesiensis
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Wpływ polimorfizmu w regionie promotorowym 5’ genu TG na cechy użytkowości mlecznej bydła rasy polskiej holsztyńsko-fryzyjskiej
Effect of polymorphism in the 5’ promoter region of the TG gene on the milk production traits of Polish Holstein-Friesian cattle
Autorzy:
Czerniawska-Piatkowska, E.
Kowalewska-Luczak, I.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2119753.pdf
Data publikacji:
2020
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Zootechniczne
Tematy:
tyreoglobulina
bydło
SNP
użytkowość mleczna
Opis:
Celem podjętych badań było określenie zależności między występowaniem trzech różnych mutacji punktowych (257C>T, 335A>G, 422 C>T) w regionie promotorowym genu kodują- cego tyreoglobulinę (powodujących jego polimorfizm) a cechami użytkowości mlecznej by- dła. Badaniami objęto stado krów rasy polskiej holsztyńsko-fryzyjskiej. Ustalenie genotypów prowadzono z wykorzystaniem metody PCR i jej modyfikacji ACRS. Określono frekwencję częściej występujących alleli dla analizowanych mutacji punktowych: C ‒ 0,830 (257C>T), A ‒ 0,765 (335A>G) i C ‒ 0,635 (422C>T). Analiza statystyczna pokazała, że wszystkie trzy analizowane mutacje punktowe w regonie promotorowym genu TG istotnie (P≤0,05; P≤0,01) wpływają na analizowane cechy użytkowości mlecznej, tj. na dobową wydajność mleka, za- wartość tłuszczu i białka w mleku oraz liczbę komórek somatycznych.
Źródło:
Roczniki Naukowe Polskiego Towarzystwa Zootechnicznego; 2020, 16, 1; 9-16
1733-7305
Pojawia się w:
Roczniki Naukowe Polskiego Towarzystwa Zootechnicznego
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
VDR gene single nucleotide polymorphisms and their association with risk of oral cavity carcinoma
Autorzy:
Małodobra-Mazur, Małgorzata
Paduch, Agnieszka
Lebioda, Arleta
Konopacka, Maria
Rogoliński, Jacek
Szymczyk, Cezary
Wierzgoń, Janusz
Maciejewski, Adam
Chmielik, Ewa
Jonkisz, Anna
Półtorak, Stanisław
Dobosz, Tadeusz
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1039670.pdf
Data publikacji:
2012
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
VDR gene
SNP
oral cavity cancer
Opis:
Vitamin D3 (1,25(OH)2D3 (1,25-dihydroxyvitamin D3)) is a hormone playing a crucial role in numerous biological processes in the human body, including induction and control of cell proliferation and differentiation. Numerous data relate the vitamin D3 level with various types of cancer. It has been suggested that SNPs in the vitamin D3 receptor (VDR) gene might influence both the risk of cancer occurrence and cancer progression. The aim of this study was to search for genetic correlations between individual SNPs in the VDR gene and the risk of oral cavity carcinoma. Two SNPs were selected based on the literature and our previous results. Seventy-three patients with squamous cell carcinoma of the head and neck and one hundred control subjects were investigated. Two SNPs in the VDR gene were genotyped in minisequencing reactions followed by capillary electrophoresis. Hardy-Weinberg equilibrium (HWE), the χ2 test and logistic regression were used for statistical analysis. The SNP rs2238135 in the VDR gene displayed statistical differences in frequency between the tested groups (p=0,0007). Furthermore, the G/C genotype of the rs2238135 in the VDR gene was characterized by a 3.16 fold increased risk of oral cavity carcinoma. The obtained results provide evidence for a genetic association between rs2238135 in the VDR gene and the occurrence and risk of oral cavity cancer.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2012, 59, 4; 627-630
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Senior Non-preferred Bonds as an Instrument to Meet the MREL Requirement
Obligacje typu senior non-preferred jako instrument spełnienia wymogu MREL
Autorzy:
Kozińska, Magdalena
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/36106547.pdf
Data publikacji:
2023
Wydawca:
Uniwersytet Łódzki. Wydawnictwo Uniwersytetu Łódzkiego
Tematy:
przymusowa restrukturyzacja
MREL
podrzędny dług uprzywilejowany
SNP
finansowanie bankowe
resolution
senior non-preferred
SNP bonds
bank financing
Opis:
The purpose of the article is to present the results of the first assessment of the senior non-preferred (SNP) bond market’s development in Poland. SNP bonds were introduced to facilitate meeting the banks’ MREL, which aims to build banks’ loss absorption and recapitalization capacity. At the same time, they are the next source of bank funding. The development of the SNP bond market has been initiated relatively recently with the full establishment of resolution systems and the introduction of the MREL requirement for banks. Although the first non-binding decisions to impose the MREL requirement were issued in 2016, the concept of SNP was formally introduced in 2017. In 2019, an amendment to the rules for determining the MREL requirement was adopted, which was implemented into the Polish legal framework in 2021, and in 2022, an amendment to the regulations on bonds was introduced, enabling the issuance of SNP bonds counted to MREL. Since then (2022), there has been a full legal framework for setting and maintaining the MREL requirement, and therefore full conditions for the development of this market in Poland. Therefore, it is justified to say that this market is relatively young. Moreover, it is under-investigated by scientists. This justifies the assessment of the potential scale of this market, its ability to achieve the goal for which it was created, as well as the premises and barriers to its development. Methodology. The research methods were quantitative analysis (calculation of the potential shortage of the MREL requirement and needs in the field of securities issuance based on reporting data) and qualitative analysis (in terms of assessing the challenges). Results of the research. The main determinant of its potential is the amount of MREL shortfall, which depends on the financial situation of banks and partly on the strategy of resolution authorities (responsible for setting the level of this requirement). The main challenges for the Polish SNP bond market are related to the prospects for further development of the banking sector and its environment (business and strategic). Nevertheless, it seems that the potential of the SNP bond market in Poland is underrated. The article contributes to general knowledge about bank funding sources.
Cel artykułu/hipoteza. Celem artykułu jest przedstawienie wyników pierwszej oceny rozwoju rynku obligacji niepreferowanych (SNP) w Polsce. Obligacje SNP zostały wprowadzone, aby ułatwić osiągnięcie przez banki MREL, którego celem jest budowanie zdolności banków do absorpcji strat i dokapitalizowania. Jednocześnie są kolejnym źródłem finansowania banków. Rozwój rynku obligacji SNP został zapoczątkowany stosunkowo niedawno wraz z pełnym utworzeniem systemów przymusowej restrukturyzacji i wprowadzeniem wymogu MREL dla banków. Choć pierwsze niewiążące decyzje o nałożeniu wymogu MREL wydano już w 2016 r., to już w 2017 r. formalnie wprowadzono koncepcję SNP. W 2019 r. przyjęto nowelizację zasad ustalania wymogu MREL, która została wdrożona do polskiego prawa w 2021 r. i 2022 r. wprowadzono nowelizację przepisów o obligacjach, umożliwiającą emisję obligacji SNP zaliczanych do MREL. Od tego czasu (2022 r.) istnieją pełne ramy prawne umożliwiające ustalanie i utrzymywanie wymogu MREL, a co za tym idzie pełne warunki rozwoju tego rynku w Polsce. Uzasadnione jest zatem stwierdzenie, że jest to rynek stosunkowo młody. Co więcej, jest on niedostatecznie zbadany przez naukowców. Uzasadnia to ocenę potencjalnej skali tego rynku, realizacji celu, dla którego został stworzony, a także przesłanek i barier jego rozwoju. Metodyka. Zastosowanymi metodami badawczymi była analiza ilościowa (obliczenie potencjalnego niedoboru wymogu MREL i potrzeb w zakresie emisji papierów wartościowych na podstawie danych sprawozdawczych) oraz analiza jakościowa (pod kątem oceny wyzwań). Wyniki/Rezultaty badania. Główną determinantą jego potencjału jest wielkość niedoboru MREL, która jest uzależniona od sytuacji finansowej banków, a częściowo od strategii organów przymusowej restrukturyzacji (odpowiedzialnych za ustalenie poziomu tego wymogu). Główne wyzwania stojące przed polskim rynkiem obligacji SNP związane są z perspektywami dalszego rozwoju sektora bankowego i jego otoczenia (biznesowego i strategicznego). Niemniej jednak wydaje się, że potencjał rynku obligacji SNP w Polsce jest niedoceniany. Artykuł wzbogaca ogólną wiedzę na temat źródeł finansowania banków.
Źródło:
Finanse i Prawo Finansowe; 2023, 2 (Numer Specjalny); 145-167
2391-6478
2353-5601
Pojawia się w:
Finanse i Prawo Finansowe
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
MutS as a tool for mutation detection
Autorzy:
Stanisławska-Sachadyn, Anna
Sachadyn, Paweł
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1041359.pdf
Data publikacji:
2005
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
fusion
SNP
chimeric protein
MutS
mutation detection
Opis:
MutS, a DNA mismatch-binding protein, seems to be a promising tool for mutation detection. We present three MutS based approaches to the detection of point mutations: DNA retardation, protection of mismatched DNA against exonuclease digestion, and chimeric MutS proteins. DNA retardation in polyacrylamide gels stained with SYBR-Gold allows mutation detection using 1-3 µg of Thermus thermophilus his6-MutS protein and 50-200 ng of a PCR product. The method enables the search for a broad range of mutations: from single up to several nucleotide, as mutations over three nucleotides could be detected in electrophoresis without MutS, due to the mobility shift caused by large insertion/deletion loops in heteroduplex DNA. The binding of DNA mismatches by MutS protects the complexed DNA against exonuclease digestion. The direct addition of the fluorescent dye, SYBR-Gold, allows mutation detection in a single-tube assay. The limited efficiency of T4 DNA polymerase as an exonuclease hampers the application of the method in practice. The assay required 300-400 ng of PCR products in the range of 200-700 bp and 1-3 µg of MutS. MutS binding to mismatched DNA immobilised on a solid phase can be observed thanks to the activity of a reporter domain linked to MutS. We obtained chimeric bifunctional proteins consisting of T. thermophilus MutS and reporter domains, like β-galactosidase or GFP. Very low detection limits for β-galactosidase could theoretically enable mutation detection not only by the examination of PCR products, but even of genomic DNA.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2005, 52, 3; 575-583
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Lack of association between single nucleotide polymorphisms of CPA4, LEP and AKR1B1 genes located at the long arm of chromosome 7 (7q31-q35) and chronic kidney disease occurrence and progression
Brak związku między polimorfi zmami pojedynczego nukleotydu genów CPA4, LEP oraz AKR1B1 zlokalizowanych na długim ramieniu chromosomu 7 (7q31-q35) a występowaniem i progresją przewlekłej choroby nerek
Autorzy:
Śnit, Mirosław
Gumprecht, Janusz
Trautsolt, Wanda
Nabrdalik, Katarzyna
Grzeszczak, Władysław
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1038646.pdf
Data publikacji:
2012
Wydawca:
Śląski Uniwersytet Medyczny w Katowicach
Tematy:
chronic kidney disease
gene polymorphism
tdt
snp
przewlekła choroba nerek
polimorfi zm genowy
polimorfi zm pojedynczego nukleotydu
(snp)
Opis:
BACKGROUND The aim of the study was to investigate the infl uence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) of carboxypeptidase A4, CPA4, leptin, LEP and aldo-keto reductase family 1, AKR1B1 genes located at the long arm of chromosome 7 (7q31-q35) on development and progression of chronic kidney disease (CKD). MATERIAL AND METHODS There was an association study by PCR-RFLP method of following SNPs in parent-off spring trios performed: G934T of CPA4 gene, A19G of LEP gene and C-106T of AKR1B gene. 471 subjects, 157 patients with CKD and 314 their biological parents were examined. The patients were divided into 3 groups: diabetic nephropathy due to type 1 diabetes (n = 34), chronic primary glomerulonephritis (n = 70) and chronic inter- stitial nephritis (n = 53). The mode of alleles transmission was determined using the transmission disequilibrium test (TDT). RESULTS There was no association of studied SNPs and CKD occurrence or pro- gression rate of renal function loss. Transmission of alleles of investigated SNPs did not diff er signifi cantly: G934T of CPA4 gene: P = 0.61 in whole group of CKD patients, p = 0.66 in GN group, p = 0.70 – IN group and p = 0.61 in DN one; A19G of LEP gene: p = 0.58, 0.71, 0.78 and 0.49, respectively; C-106T of ALDR1 gene: p = 0.31, 0.47, 0.12 and 0.38, respectively. No impact of examined polymorphisms on the rate of progression of renal function loss was observed. CONCLUSIONS The results, obtained in the study, suggest that the investigated SNPs: G934T of CPA4 gene, A19G of LEP gene and C-106T of AKR1B gene may not play a major role in the development and progression of chronic nephropathies.
WSTĘP Celem badań było zbadanie wpływu polimorfi zmów pojedynczego nukleotydu (SNPs) genów karboksypepsydazy A4, CPA4, leptyny, LEP i reduktazy aldozy, AKR1B1, znajdujących się na długim ramieniu chromosomu 7 (7q31-q35) na rozwój i progresję przewlekłej choroby nerek (PChN). MATERIAŁ I METODY Wykorzystując metodę PCR-RFLP przebadano następujące polimorfizmy: G934T CPA4 genu, A19G LEP i C-106T genu AKR1B. Badaniami objęto 471 osoby: 157 z PChN i 314 ich biologicznych rodziców. Pacjentów podzielono na 3 grupy: z nefropatią cukrzycową w przebiegu cukrzycy typu 1 (DN, n = 34), z przewlekłym pierwotnym kłębuszkowym zapaleniem nerek (GN, n = 70) oraz z przewlekłym śródmiąższowym zapaleniem nerek (IN, n = 53). Tryb przekazywania alleli został oceniony testem nierównowagi przekazywania (Transmission-Disequilibrium Test, TDT). WYNIKI Częstość przekazywania alleli analizowanych SNPs nie odbiegała znacząco od oczekiwanej: G934T CPA4: p = 0,61 w całej grupie badanej, p = 0,66 w grupie GN, p = 0,70 – w grupie IN oraz p = 0,61 w grupie DN; A19G LEP: p = 0,58; 0,71; 0,78 i 0,49, odpowiednio; C-106T genu ALDR1: p = 0,31; 0,47; 0,12 i 0,38, odpowiednio. Nie zaobserwowano żadnego wpływu badanych polimorfi zmów na szybkość utraty funkcji nerek. WNIOSKI Uzyskane w badaniu wyniki wskazują, że badane SNPs: G934T genu CPA4, A19G LEP i C-106T genu AKR1B nie odgrywają istotnej roli w rozwoju i progresji przewlekłych nefropatii.
Źródło:
Annales Academiae Medicae Silesiensis; 2012, 66, 2; 27-33
1734-025X
Pojawia się w:
Annales Academiae Medicae Silesiensis
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Polimorfizmy genetyczne a efekty metaboliczne działania olanzapiny
Genetic polymorphisms and the metabolic effects of olanzapine
Autorzy:
Sadakierska-Chudy, Anna
Bartosiewicz, Angelika
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/7454770.pdf
Data publikacji:
2023
Wydawca:
Krakowska Akademia im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego
Tematy:
cytochrom P450
efekty uboczne
farmakogenetyka
olanzapina
polimorfizmy SNP
cytochrome P450
adverse side effects
pharmacogenetics
olanzapine
SNP polymorphisms
Opis:
Olanzapina to atypowy lek przeciwpsychotyczny (neuroleptyk) stosowany przede wszystkim w leczeniu schizofrenii. Lek metabolizowany jest głównie przez wątrobowe enzymy cytochromu P450, CYP1A2 i CYP2D6. W metabolizm zaangażowane są również enzymy glukuronidowe, UGT1A i UGT2B10. Olanzapina u niektórych pacjentów wywołuje metaboliczne efekty uboczne, takie jak przyrost masy ciała, a także wzrost poziomu: glukozy, lipidów oraz prolaktyny. Badania farmakogenetyczne wskazują, że polimorfizmy w genach kodujących enzymy metabolizujące lek, transportery oraz inne białka zaangażowane w procesy metaboliczne mogą pomóc wyjaśnić zróżnicowaną odpowiedź pacjentów na leczenie olanzapiną. Zatem profilowanie genetyczne mogłoby być przydatne w praktyce klinicznej, głównie w celu wytypowania pacjentów z podwyższonym ryzykiem wystąpienia działań niepożądanych. Możliwość spersonalizowania terapii ułatwiłaby osiągnięcie pożądanego efektu terapeutycznego i zminimalizowała efekty uboczne.
Olanzapine is an atypical antipsychotic (neuroleptic) used primarily to treat schizophrenia. The drug is mainly metabolized by the hepatic cytochrome P450 enzymes, CYP1A2 and CYP2D6. The glucuronide enzymes UGT1A and UGT2B10 are also involved in its metabolism. In some patients, olanzapine causes metabolic side effects, such as weight gain, an increase in glucose and lipid levels, and an increase in prolactin levels. Pharmacogenetic studies indicate that polymorphisms in genes encoding drug-metabolizing enzymes, transporters, and other proteins involved in metabolic pathways, may help explain the interindividual differences in response to olanzapine treatment. Thus, genetic profiling could be useful in clinical practice, mainly to identify patients with an increased risk of adverse events. The ability to personalize therapy would facilitate maximizing therapeutic efficacy and minimizing side effects.
Źródło:
Państwo i Społeczeństwo; 2023, XXIII, 1; 151-160
1643-8299
2451-0858
Pojawia się w:
Państwo i Społeczeństwo
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
A study of single nucleotide polymorphism in the ystB gene of Yersinia enterocolitica strains isolated from various wild animal species
Autorzy:
Bancerz-Kisiel, Agata
Szczerba-Turek, Anna
Platt-Samoraj, Aleksandra
Michalczyk, Maria
Szweda, Wojciech
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/988986.pdf
Data publikacji:
2017
Wydawca:
Instytut Medycyny Wsi
Tematy:
hrm
snp
wild animal species
y. enterocolitica
ystb
Opis:
Introduction and objective. Y. enterocolitica is the causative agent of yersiniosis. The objective of the article was a study of single nucleotide polymorphism in the ystB gene of Y. enterocolitica strains isolated from various wild animal species. Materials and method. High-resolution melting (HRM) analysis was applied to identify single nucleotide polymorphism (SNP) of ystB gene fragments of 88 Y. enterocolitica biotype 1A strains isolated from wild boar, roe deer, red deer and wild ducks. Results. HRM analysis revealed 14 different melting profiles – 4 of them were defined as regular genotypes (G1, G2, G3, G4), whereas 10 as variations. 24 of the examined Y. enterocolitica strains were classified as G1, 18 strains as a G2, 21 strains as a G3, and 15 strains as a G4. Nucleotide sequences classified as G1 revealed 100% similarity with the Y. enterocolitica D88145.1 sequence (NCBI). Analysis of G2 revealed one point mutation – transition T111A. One mutation was also found in G3, but SNP was placed in a different gene region – transition G193A. Two SNPs – transitions G92C and T111A – were identified in G4. Direct sequencing of 10 variations revealed 5 new variants of the ystB nucleotide sequence: V1 – transition G129A (3 strains); V2 – transitions T111A and G193A (2 strains); V3 – transitions C118T and G193A (1 strain); V4 – transitions C141A and G193A (2 strains); and V5 characterized by 19 SNPs: G83A, T93A, A109G, G114T, C116T, A123G, T134C, T142G, T144C, A150C, G162A, T165G, T170G, T174A, T177G, G178A, A179G, A184G and G193A (2 strains). The predominant genotype in isolates from wild ducks was G1; in red deer G2; in wild boar G3; in roe deer G1 and G4. Conclusions. The proposed HRM method could be used to analyze Y. enterocolitica biotype 1A strains isolated from different sources, including humans.
Źródło:
Annals of Agricultural and Environmental Medicine; 2017, 24, 1
1232-1966
Pojawia się w:
Annals of Agricultural and Environmental Medicine
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Barretts esophagus associates with a variant of IL23R gene
Autorzy:
Gaj, Pawel
Mikula, Michal
Wyrwicz, Lucjan
Regula, Jaroslaw
Ostrowski, Jerzy
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1040756.pdf
Data publikacji:
2008
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
Barrett's esophagus
risk
SNP
IL23R
association study
Opis:
Gastroesophageal reflux disease is regarded as a spectrum of diseases: non-erosive reflux disease (NERD), erosive reflux disease (ERD), and the far end of the spectrum represented by patients with Barrett's esophagus. Among predisposing factors, both risk and protective polymorphic variants of several genes may influence the clinical outcomes of reflux disease. Consequently, different molecular mechanisms are likely to underlie the development of clinical variants of reflux disease. Ninety six patients with reflux disease were screened for polymorphisms of CARD15, SLC22A4 (OCTN1), SLC22A5 (OCTN2), DLG5, ATG16L1 and IL23R genes which had previously been found to associate with immune-mediated chronic inflammatory disorders. While none of the polymorphisms were associated with NERD or ERD, the 1142G/A variant of the IL23R gene was found to be a risk variant in Barrett's esophagus patients. The IL23/IL23R pathway may modulate STAT3 transcriptional activity which is an essential regulator not only of immune-mediated inflammation, but also of inflammatory-associated apoptosis resistance. Although the mechanisms of metaplastic transition of inflamed squamous epithelium are undetermined as yet, our findings suggest potential involvement of alternations in the IL23/IL23R pathway as a molecular background of Barrett's esophagus development.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2008, 55, 2; 365-369
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Genetic polymorphism of Klotho gene and bladder cancer risk
Polimorfizm genu Klotho a ryzyko raka pęcherza moczowego
Autorzy:
Szymczak, Agnieszka
Forma, Ewa
Krześlak, Anna
Jóźwiak, Paweł
Bryś, Magdalena
Madej, Adam
Różański, Waldemar
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1032775.pdf
Data publikacji:
2012
Wydawca:
Łódzkie Towarzystwo Naukowe
Tematy:
genetic polymorphism
klotho
bladder cancer
snp
polimorfizm genów
rak pęcherza
Opis:
Introduction: Bladder cancer is the most frequent tumor of the urinary tract in Poland. Klotho gene can act as an suppressor gene. Therefore, variability of this gene might be implicated in the carcinogenesis of urinary bladder. The aim of the study was analysis of the association between the g.33590184 G>A (rs1207568), g.33634983 C>T (rs564481), g.33628193 G>C (rs9527025) polymorphisms of the Klotho gene and bladder cancer risk. Materials and methods: The study included 96 patients diagnosed with transitional cell carcinoma of the bladder (TCC) and 114 healthy, cancer-free individuals. Three selected polymorphisms were typed by PCR with confronting two-pair primers (PCR-CTPP) and Real Time PCR with TaqMan probes. Results: The GA and AA genotypes of the rs1207568 polymorphism increased the risk of bladder cancer (OR = 1.86, 95% CI [1.04-3.33], p = 0.03 and OR = 6.58, 95% CI [1.27-34.02], p = 0.01, respectively). Individuals who were heterozygous and homozygous for the A variant had 2.10-fold higher risk of bladder cancer (OR = 2.10, 95% CI [1.20-3.65], p = 0.009). On the other hand, heterozygous subjects and homozygous carriers of the wild-type allele (G) had a decreased bladder cancer risk (OR = 0.19, 95% CI [0.04-0.95], p = 0.043). Also, the occurrence of bladder cancer was positively correlated with the presence of the GC genotype of the rs9527025 polymorphism (OR = 2.84, 95% CI [1.57-5.15], p = 0.0001). Conclusions: Two polymorphisms of Klotho gene (rs1207568 and rs9527025) may play a role in susceptibility to bladder cancer.
Wstęp: Rak pęcherza moczowego jest najczęściej występującym nowotworem układu moczowego w Polsce. Sugeruje się, że gen Klotho może pełnić funkcje genu supresorowego. W związku z tym, polimorfizm genu Klotho może mieć wpływ na proces transformacji nowotworowej pęcherza moczowego. Celem przedstawionych badań był analiza związku pomiędzy występowaniem wybranych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów g.33590184 G>A (rs1207568), g.33634983 C>T (rs564481), g.33628193 G>C (rs9527025) a ryzykiem zachorowania na raka pęcherza moczowego. Materiały i metody: Do badań włączono 96 pacjentów ze zdiagnozowanym przejściowokomórkowym rakiem pęcherza moczowego (TCC; transitional cell carcinoma) oraz 114 osób zdrowych, u których nie stwierdzono choroby nowotworowej. Występowanie trzech wybranych polimorfizmów analizowano przy użyciu techniki PCR z dwiema parami przeciwstawnych starterów (PCR-CTPP; PCR with confronting two-pair primers) oraz metody Real Time PCR z sondami fluorescencyjnymi TaqMan. Wyniki: Genotypy GA i AA polimorfizmu rs1207568 wpływają na wzrost ryzyka zachorowania na przejściowokomórkowego raka pęcherza moczowego (OR = 1,86, 95% PU [1,04-3,33], p = 0,03 oraz OR = 6,58, 95% CI [1,27-34,02], p = 0,01, odpowiednio). U osób będących heterozygotami lub homozygotami pod względem allela A wykazano ponad 2-krotnie wyższe ryzyko zachorowania na raka pęcherza moczowego (OR = 2,10, 95% PU [1,20-3,65], p = 0,009). Natomiast w przypadku nosicieli allela G, w układzie homozygotycznym lub heterozygotycznym, obserwowano spadek ryzyka zachorowania na badany nowotwór (OR = 0,19, 95% PU [0,04-0,95], p = 0,043). W przypadku polimorfizmu rs952705 wykazano, że genotyp GC zwiększa ryzyko zachorowania na przejściowokomórkowego raka pęcherza moczowego (OR = 2,84, 95% PU [1,57-5,15], p = 0,0001).Wnioski: Dwa spośród badanych polimorfizmów genu Klotho (rs1207568 i rs9527025) mogą mieć wpływ na predyspozycję do zachorowania na przejściowokomórkowego raka pęcherza moczowego.
Źródło:
Folia Medica Lodziensia; 2012, 39, 2; 189-205
0071-6731
Pojawia się w:
Folia Medica Lodziensia
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
SNP-minisequencing as an excellent tool for analysing degraded DNA recovered from archival tissues
Autorzy:
Bąbol-Pokora, Katarzyna
Berent, Jarosław
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1040691.pdf
Data publikacji:
2008
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
formalin-fixed paraffin-embedded tissues
SNP
minisequencing
low copy number DNA
Opis:
SNP-minisequencing has become common in forensic genetics, especially for analysing degraded or low copy number DNA (LCN DNA). The aim of this study was to examine the usefulness of five SNP (single nucleotide polymorphism) markers for analyzing degraded and LCN DNA recovered from archival samples. DNA extractions of eight formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues were performed and DNA fragments were amplified in one multiplex PCR (polymerase chain reaction). SNPs were identified in a minisequencing reaction and a gel electrophoresis in ABI Prism® 377 Sequencer. The research confirmed the usefulness of SNP-minisequencing for analysing FFPE tissues.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2008, 55, 4; 815-819
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Preliminary study to explore gene-$\text{PM}_\text{2.5}$ interactive effects on respiratory system in traffic policemen
Autorzy:
Zhao, Jinzhuo
Bo, Liang
Gong, Changyi
Cheng, Peng
Kan, Haidong
Xie, Yuquan
Song, Weimin
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2177102.pdf
Data publikacji:
2015-08-07
Wydawca:
Instytut Medycyny Pracy im. prof. dra Jerzego Nofera w Łodzi
Tematy:
inflammation
Fine Particles
traffic workers
respiratory system
single nucleotide polymorphism
SNP
Opis:
Objectives Traffic-related particulate matter (PM) is one of the major sources of air pollution in metropolitan areas. This study is to observe the interactive effects of gene and fine particles (particles smaller than 2.5 μm – $\text{PM}_\text{2.5}$) on the respiratory system and explore the mechanisms linking $\text{PM}_\text{2.5}$ and pulmonary injury. Material and Methods The participants include 110 traffic policemen and 101 common populations in Shanghai, China. Continuous 24 h individual-level $\text{PM}_\text{2.5}$ is detected and the pulmonary function, high-sensitivity C-reactive protein (hs-CRP), Clara cell protein 16 (CC16) and the polymorphism in CXCL3, NME7 and C5 genes are determined. The multiple linear regression method is used to analyze the association between $\text{PM}_\text{2.5}$ and health effects. Meanwhile, the interactive effects of gene and $\text{PM}_\text{2.5}$ on lung function are analyzed. Results The individual $\text{PM}_\text{2.5}$ exposure for traffic policemen was higher than that in the common population whereas the forced expiratory volume in 1 s (FEV₁), the ratio of FEV₁ to forced vital capacity (FEV₁/FVC) and lymphocytes are lower. In contrast, the hs-CRP level is higher. In the adjusted analysis, $\text{PM}_\text{2.5}$ exposure was associated with the decrease in lymphocytes and the increase in hs-CRP. The allele frequencies for NME7 and C5 have significant differences between FEV₁/FVC ≤ 70% and FEV₁/FVC > 70% participants. The results didn’t find the interaction effects of gene and $\text{PM}_\text{2.5}$ on FEV₁/FVC in all the 3 genes. Conclusions The results indicated that traffic exposure to high levels of $\text{PM}_\text{2.5}$ was associated with systemic inflammatory response and respiratory injury. Traffic policemen represent a high risk group suffering from the respiratory injury.
Źródło:
International Journal of Occupational Medicine and Environmental Health; 2015, 28, 6; 971-983
1232-1087
1896-494X
Pojawia się w:
International Journal of Occupational Medicine and Environmental Health
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Farmakogenetyczne uwarunkowania lekooporności w padaczce
Pharmacogenetic determinants of drug resistance in epilepsy
Autorzy:
Kozera-Kępniak, Alicja
Jastrzębski, Karol
Klimek, Andrzej
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1053516.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Medical Communications
Tematy:
cytochrome P450
drug transporter proteins
drug-resistant epilepsy
farmakogenetyka
pharmacogenetics
single nucleotide polymorphism – SNP
padaczka lekooporna
cytochrom p450
białka transportujące leki
polimorfizm
polimorfizm pojedynczych nukleotydów (single nucleotide polymorphism snp)
Opis:
Epilepsy is one of the most common CNS disorders occurring in approximately 1% of the world population. It is characterized by the occurrence of recurrent attacks of varying symptomatology. It is estimated that 30% of patients, despite the appropriate antiepileptic treatment, still experiencing seizures. In this case we are dealing with so-called the phenomenon of drug resistance. In Poland, this problem concerns about 100–120 thousand patients. Predisposing factors for epilepsy include: onset of symptoms before 1 year of age, high frequency of seizures before treatment and structural changes of the brain, including cortical malformations. Uncontrolled seizures affect the patients quality of life, increasing the risk of injury, affecting the physical well-being and psychosocial functioning. Despite knowing these presumable risk factors for epilepsy, it remains unknown why in the two patients with the same type of epilepsy or the same type of seizure, efficacy of antiepileptic drugs can be extremely different. Potential reasons for this may be genetic factors, changing the pharmacodynamic and pharmacokinetic attributes of antiepileptic drugs. Among these factors is mentioned genetically determined polymorphism of some microsomal enzymes (CYP2C9, CYP2C19), P-glycoprotein, a protein MRP (multidrug resistance-associated protein) and pharmacodynamic malfunction of GABA (GABAA) and ion channels. It seems that research on the mechanisms of drug resistance may lead to the introduction of new therapeutic strategies This article aims to show the impact of genetic factors to the lack of treatment efficacy in epilepsy.
Padaczka jest jedną z najczęstszych chorób ośrodkowego układu nerwowego, występującą u około 1% populacji na świecie. Charakteryzuje się występowaniem nawracających napadów o różnej symptomatologii. Szacuje się, że u 30% pacjentów mimo prowadzonego właściwego leczenia przeciwpadaczkowego nadal występują napady drgawkowe. Jest to tak zwane zjawisko lekooporności. W Polsce problem ten dotyczy około 100 000–120 000 chorych. Czynnikami predysponującymi do wystąpienia padaczki lekoopornej są: ujawnienie się choroby przed 1. rokiem życia, duża częstotliwość napadów przed rozpoczęciem leczenia oraz zmiany strukturalne mózgu, w tym wady rozwojowe kory mózgowej. Niekontrolowane napady padaczkowe pogarszają jakość życia chorych, zwiększając ryzyko urazów, wpływając negatywnie na samopoczucie fizyczne oraz funkcjonowanie psychospołeczne. Chociaż znane są potencjalne czynniki ryzyka, to nadal nie wiadomo, dlaczego u dwóch pacjentów z tym samym rodzajem padaczki lub tym samym typem napadów skuteczność leczenia lekami przeciwpadaczkowymi może być skrajnie różna. Wśród możliwych przyczyn tego zjawiska wymienia się czynniki genetyczne, zmieniające właściwości farmakodynamiczne i farmakokinetyczne stosowanych leków. Do grupy tych czynników zalicza się: genetycznie uwarunkowany polimorfizm niektórych enzymów mikrosomalnych (CYP2C9, CYP2C19), glikoproteiny P, białka MRP (multidrug resistance-associated protein) oraz zaburzenia funkcji farmakodynamicznych receptorów GABA (GABAA) i kanałów jonowych. Wydaje się, że badania nad mechanizmami lekooporności mogą skutkować wprowadzeniem nowych strategii terapeutycznych. Niniejszy artykuł ma na celu przedstawienie wpływu powyżej wymienionych czynników genetycznych na brak skuteczności leczenia w padaczce.
Źródło:
Aktualności Neurologiczne; 2013, 13, 2; 96-102
1641-9227
2451-0696
Pojawia się w:
Aktualności Neurologiczne
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Analysis of susceptibility loci for juvenile idiopathic arthritis in the extended MHC region using high resolution SNP and HLA allele typing
Autorzy:
Biesiada, J.
Sudman, M.
Wagner, M.
Rupert, A.
Hollenbach, J.
Haas, J. P.
Meller, J.
Thompson, S. D.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1935824.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Politechnika Gdańska
Tematy:
HLA
MHC region
autoimmunology
Juvenile Idiopathic Arthritis
HLA independent association
SNP genotyping
HLA alleles
Opis:
Juvenile idiopathic arthritis ( JIA ) spans several pediatric arthropathies that involve autoimmune responses. Primary genetic risk factors for JIA have been mapped to Major Histocompatibility Complex ( MHC ) class I and class II genes. Recent genome-wide association studies using SNP arrays have shown that the nonHLA genetic component of JIA involves multiple low-risk loci, reinforcing the notion that JIA is a complex genetic trait with a strong HLA component. In this work, with the goal of detailed mapping and analysis of lin kage disequilibrium ( LD ) patterns and associations with JIA in the extended MHC (x MHC ) region, we combined SNP data from Affymetrix SNP Array 6.0 and Immunochip ( IC ) platforms with high resolution typing of 8 classical HLA genes. A cohort of about 800 affected individuals and about 500 ethnically matched controls from the Cincinnati region, as well as secondary validation cohorts of affected individuals and matched controls from Germany were used to perform the analysis, and to assess reproducibility of the results across different platforms and p opulations. Accurate high resolution maps of linkage with classical HLA genes and association with individual HLA alleles were generated. High concordance of results obtained using Affymetrix SNP Array 6.0 and IC was observed, with an additional resolution and improved mapping of associat ions provided by the latter in some regions. Several new peaks of statistically signific ant and reproducible association with JIA outside the regions of strong LD with classical HLA genes were observed, including one peak in the class III region, and one in the telomeric end of x MHC . Conditional analysis provided further evidence that these associations appear to be independent of classical HLA genes studied here. The results and observed association patterns are further discussed in the context of other recent studies on autoimmune diseases, including the role of HLA DRB 1 in adult Rheumatoid Arthritis.
Źródło:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 2014, 18, 4; 305--320
1428-6394
Pojawia się w:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Nowoczesne metody genotypowania DArT i GBS w hodowli gatunków roślin użytkowych
Modern methods of genotyping DArT and GBS in agriculture important crops
Autorzy:
Pachota, Katarzyna
Niedziela, Agnieszka
Orłowska, Renata
Bednarek, Piotr T.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2199126.pdf
Data publikacji:
2016-06-30
Wydawca:
Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
Tematy:
genotypowanie
DArT
Technika Diversity Array
GBS
SNP
genotyping
Diversity Array Technology
Genotyping-by-sequencing
Opis:
Rozwój nowoczesnych metod genotypowania sprawił, że konieczne staje się ich zaprezentowanie i pokazanie potencjału, jaki niosą generowane przez nie markery DNA dla badań nad roślinami. Niniejsza praca została poświęcona omówieniu markerów DArT i SNP, przy czym w ostatnim przypadku skupiono się na markerach wykorzystujących sekwencjonowanie nowej generacji. Przedstawiono metody uzyskania w/w markerów oraz ich zastosowania w genetyce roślin użytkowych. Nacisk położono na identyfikację markerów cech użytkowych w połączeniu z mapowaniem cech ilościowych, mapowaniem asocjacyjnym i selekcją genomową.
Advances in modern genotyping methods make it necessary to present them and their value for plant research. Thus, the review is dedicated to describing technologies allowing evaluation of high throughput markers such as DArTs or SNPs based on new generation sequencing approach. Various applications of these markers in plant research are discussed. Particular emphasis was put on the possibilities of using them for the identification of markers for agronomical traits using either QTL or association mapping methods. The opportunity of using them in genomic selection was also discussed.
Źródło:
Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin; 2016, 279; 3-18
0373-7837
2657-8913
Pojawia się w:
Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies