Temat: proteomics - Katalog OPAC zbiorów

Skocz do pozycji: 1.

Tytuł:: Urinary proteomic strategies in biomarkers discovery of renal diseases
Autorzy:: Ciechanowicz, A.K.
Ozgo, M .
Herosimczyk, A.
Kurpinska, A.
Klonowska, A.
Lepczynski, A.
Stanski, L.R.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/3155.pdf
Data publikacji:: 2011
Wydawca:: Instytut Medycyny Wsi
Tematy:: proteomics
biomarker discovery
human disease
renal disease
chromatography
electrophoresis
mass spectrometry
kidney
urine
Źródło:: Journal of Pre-Clinical and Clinical Research; 2011, 05, 1
1898-2395
Pojawia się w:: Journal of Pre-Clinical and Clinical Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 2.

Tytuł:: Transdziedzinowe aspekty struktur modularnych. O aplikacji modularyzacji w ramach inżynierii wiedzy i kognitywistyki.
Trans-Domain Aspects of Modular Structures. Applying Modularization in Knowledge Engineering and Cognitive Science.
Autorzy:: Fedyniuk, Adam
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/521718.pdf
Data publikacji:: 2017
Wydawca:: Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
Tematy:: metamodelowanie
modularność
inżynieria wiedzy
konektomika
proteomika
centralność
teoria sieci,
ontologie
interdyscyplinarność
metamodeling
modularity
knowledge engineering connectomics, proteomics
centrality
network theory
ontologies
interdisciplinarity
Opis:: Zastosowanie struktury modularnej w ramach różnych rozwiązań: tak inżynieryjnych, jak i teoretycznych niesie ze sobą pewne ograniczenia. Problemy te są bardzo widoczne w obrębie dyskursu na temat projektowania modularnych ontologii oraz wdrażania technologii Semantic Web. Pomimo szerokiego zakresu problemów związanych z aplikacją modularności w inżynierii wiedzy, istnieje wciąż niewyczerpane źródło innowacji oraz nowoczesnych inspiracji dla przezwyciężania problemów z metamodelowaniem, projektowaniem oraz hybrydyzacją systemów reprezentacji wiedzy. Inspirowanie się naturalnymi przejawami struktur modularnych może stanowić źródło wielu innowacji oraz podłoże do opracowania nowych podejść tak w dziedzinie inżynierii wiedzy, jak kognitywistyki. Z uwagi na nawiązanie do obliczeniowego charakteru struktur modularnych obecnych w rozmaitych dziedzinach o charakterze interdyscyplinarnym, można dotrzeć do konkluzji, że pewne obserwowalne prawidłowości związane z organizacją sieci (np. stopniami i rodzajami centralności) są w istocie transdziedzinowe (tzn. wykraczają poza dziedzinę, w której zostały pierwotnie zastosowane, mając potencjał do wykorzystania w innej dziedzinie badającej struktury relacyjne różnego rodzaju) bądź przynajmniej mają charakter projekcyjny w odniesieniu do metamodelowania ontologii.
The application of modular structure in the context of various solutions, both engineering and theoretical, possesses certain limitations. The problems that arise are very salient amidst the discourse concerning the design of modular ontologies and implementation of Semantic Web technologies. Despite a wide array of obstacles related to aptly used modularity in knowledge engineering, there is still a never-ending source of inspiration for the solutions concerning metamodeling, designing and hybridizing knowledge representation systems. Being inspired by natural occurrences of modular structures can be a potent source of innovation and a foundation for developing new approaches both in the domain of knowledge engineering and cognitive science. Due to reference to the computational character of the modular structures present in various domains that are deemed interdisciplinary, one can arrive at the conclusion that certain observed regularities connected with network organisation (i.e., centrality types and measures) are in fact trans-domain (they go beyond their respective domain and have application in a different domain that concerns itself with studying relational structures of various forms) or they possess at least the projectional character in regard to ontology metamodeling.
Źródło:: Humanistyka i Przyrodoznawstwo; 2017, 23; 25-41
1234-4087
Pojawia się w:: Humanistyka i Przyrodoznawstwo
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 3.

Tytuł:: Transcriptome and proteome changes accompanying increased vigor of osmoprimed rape (Brassica napus L.) seeds
Autorzy:: Kubala, S.
Lechowska, K.
Wojtyla, L.
Kosmala, A.
Quinet, M.
Lutts, S.
Garnczarska, M.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/81285.pdf
Data publikacji:: 2013
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: conference
osmopriming
seed germination
stress tolerance
Brassica napus
rapeseed
transcriptome
proteomics
gene encoding
Źródło:: BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 3
0860-7796
Pojawia się w:: BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 4.

Tytuł:: Surfaceome of pathogenic yeasts, Candida parapsilosis and Candida tropicalis, revealed with the use of cell surface shaving method and shotgun proteomic approach
Autorzy:: Karkowska-Kuleta, Justyna
Zajac, Dorota
Bochenska, Oliwia
Kozik, Andrzej
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1038923.pdf
Data publikacji:: 2015
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:: cell surface shaving
proteomics
fungal pathogens
cell wall
Candida
Opis:: In the course of infections caused by pathogenic yeasts from the genus Candida, the fungal cell surface is the first line of contact with the human host. As the surface-exposed proteins are the key players in these interactions, their identification can significantly contribute to discovering the mechanisms of pathogenesis of two emerging pathogens from this genus, C. parapsilosis and C. tropicalis. Therefore, the aim of the present study was to identify the cell wall-attached proteins of these two species with the use of cell surface shaving and a shotgun proteomic approach. Different morphological forms of C. parapsilosis and C. tropicalis cells obtained after growth under various conditions were subjected to this treatment. This allowed to indicate the most abundant cell surface proteins on the basis of the normalized spectral abundance factors. In case of yeast-like forms these were, among others, proteins similar to a chitinase, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase and an inducible acid phosphatase for C. parapsilosis, and a constitutive acid phosphatase, pyruvate decarboxylase and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase for C. tropicalis. In case of pseudohyphal forms, proteins similar to a cell surface mannoprotein Mp65, chitinase and glycosylphosphatidylinositol-anchored transglycosylase Crh11 were identified at the cell surface of C. parapsilosis. The Rbt1 cell wall protein, a hyphally regulated cell wall protein and proteins from agglutinin-like sequence protein family were found as the most abundant on C. tropicalis pseudohyphae. Apart from the abovementioned proteins, several additional covalently bound and atypical cell wall proteins were also identified. These results extend the current knowledge regarding the molecular basis of virulence of these two non-albicans Candida species.
Źródło:: Acta Biochimica Polonica; 2015, 62, 4; 807-819
0001-527X
Pojawia się w:: Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 5.

Tytuł:: Sperm mitochondrial dysfunction and oxidative stress as possible reasons for isolated asthenozoospermia
Autorzy:: Nowicka-Bauer, K.
Lepczynski, A.
Ozgo, M.
Kamieniczna, M.
Fraczek, M.
Stanski, L.
Olszewska, M.
Malcher, A.
Skrzypczak, W.
Kurpisz, M.K.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/70952.pdf
Data publikacji:: 2018
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Fizjologiczne
Tematy:: sperm motility
mitochondrial dysfunction
asthenozoospermia
oxidative stress
reactive oxygen species
proteomics
patient
Źródło:: Journal of Physiology and Pharmacology; 2018, 69, 3
0867-5910
Pojawia się w:: Journal of Physiology and Pharmacology
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 6.

Tytuł:: Renal function during metabolic acidosis
Autorzy:: Kurpinska, A.K.
Skrzypczak, W.F.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/3008.pdf
Data publikacji:: 2010
Wydawca:: Instytut Medycyny Wsi
Tematy:: renal function
metabolic acidosis
acid-case imbalance
acid-base homeostasis
renal tubule
excretion
reabsorption
proteomics
Źródło:: Journal of Pre-Clinical and Clinical Research; 2010, 04, 1
1898-2395
Pojawia się w:: Journal of Pre-Clinical and Clinical Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 7.

Tytuł:: Redox-mediated regulation of wheat seed dormancy revealed through modification-specific proteomics
Autorzy:: Bykova, N.
Hoehn, B.
Rampitsch, C.
Hu, J.
Fan, T.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/80787.pdf
Data publikacji:: 2013
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: conference
seed dormancy
wheat
Triticum aestivum
reactive oxygen species
hormonal balance
cysteine
proteomics
abiotic stress
biotic stress
Źródło:: BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 2
0860-7796
Pojawia się w:: BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 8.

Tytuł:: Proteomics profiles reveal the potential roles of proteins involved in chicken macrophages stimulated by Lipopolysaccharide
Autorzy:: Li, S.
Chen, Y.
Xue, W.
Wang, Q.
Huai, Z.
An, C.
Wang, Y.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/16647586.pdf
Data publikacji:: 2023
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czasopisma i Monografie PAN
Tematy:: chicken macrophage (HD11)
immune response
lipopolysaccharide (LPS)
proteomics
Opis:: Lipopolysaccharide (LPS), a core part of gram-negative bacteria, is crucial for inducing an inflammatory response in living things. In the current study, we used LPS from Salmonella to stimulate chicken macrophages (HD11). Proteomics was used to investigate immune-related proteins and their roles further. Proteomics investigation revealed 31 differential expression proteins (DEPs) after 4 hours of LPS infection. 24 DEPs expressions were up-regulated, while seven were down-regulated. In this investigation, ten DEPs were mainly enriched in S. aureus infection, complement, and coagulation cascades, which were all implicated in the inflammatory response and clearance of foreign pathogens. Notably, complement C3 was shown to be up-regulated in all immune-related pathways, indicating that it is a potential protein in this study. This work contributes to a better understanding and clarification of the processes of Salmonella infection in chickens. It might bring up new possibilities for treating and breeding Salmonella-infected chickens.
Źródło:: Polish Journal of Veterinary Sciences; 2023, 26, 2; 265-274
1505-1773
Pojawia się w:: Polish Journal of Veterinary Sciences
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 9.

Tytuł:: Proteomics of E.coli Nissle 1917 in response to Cocos nucifera sap and wine
Autorzy:: Chandrasekhar, K
Pramoda Kumari, J.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/11862.pdf
Data publikacji:: 2015
Wydawca:: Przedsiębiorstwo Wydawnictw Naukowych Darwin / Scientific Publishing House DARWIN
Tematy:: proteomics
Escherichia coli
plant response
coconut palm
Cocos nucifera
sap
wine
protein
probiotic
identification
scanning
Opis:: In the present study, we described the protein profile experimentally by 2D-PAGE and MALDI analysis to understand the stress mechanisms of cocoti sap and wine on E.coli Nissle 1917. We isolated one newly expressed protein from cocoti wine treated gel which is not present in both control and cocoti sap treated sample i.e. P21 prophage-derived head-stabilizing proteinVG03_ECOL6 (3n1) also called as Head protein gp3. This protein mainly activities related to the viral life cycle. It helps to attach the viral gene into host. The growth rate was delayed in cocoti wine treated E.coli Nissle 1917 when compared to control and cocoti sap treated samples. Stress mechanism induce many proteins they are involved in metabolic process, hydrolase activity, lyase activity, quinone binding, phosphotransferase system, carbohydrate metabolism, DNA binding, DNA repair, transferase activity, oxidoreductase, purine metabolism, transcription antitermination, transcription regulation and other related activities. We proved that the predicted protein structure quality, resolution, density and error plot values by QMEAN analysis. Based on these results, only two differentially expressed proteins under sap stress showed that the significant results, which were N-acetylgalactosamine-specific phosphotransferase enzyme IIB component 1, PTPB1_ECOLI and DinI-like protein Z3305/ECs2939 in prophage CP-933VDINI1_ECO57. In case of wine stress, the differentially expressed proteins were Transcription anti-termination protein RFAH- ECO57 NusA and PUR7- eco24- phosphoribosylamidazole-succinocarboxamide synthase showed significant results. ProtParam analysis indicating that the multiple physico-chemical characters of differentially expressed proteins were differed and compared. The phylogenetic tree represents the relationship in-between the differentially expressed proteins, were showed siblings (related) as well as monophytic clade.
Źródło:: International Letters of Natural Sciences; 2015, 41
2300-9675
Pojawia się w:: International Letters of Natural Sciences
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 10.

Tytuł:: Proteomics in studies of Staphylococcus aureus virulence
Autorzy:: Bonar, Emilia
Wójcik, Iwona
Wladyka, Benedykt
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1038964.pdf
Data publikacji:: 2015
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:: Staphylococcus aureus
proteomics
virulence factors
secretome
surfacome
Opis:: Staphylococcus aureus is a widespread, opportunistic pathogen that causes community and hospital acquired infections. Its high pathogenicity is driven by multifactorial and complex mechanisms determined by the ability of the bacterium to express a wide variety of virulence factors. The proteome secreted into extracellular milieu is a rich reservoir of such factors which include mainly nonenzymatic toxins and enzymes. Simultaneously, membrane proteins, membrane-cell wall interface proteins and cell wall-associated proteins also strongly influence staphylococcal virulence. Proteomics shows a great potential in exploring the role of the extracellular proteome in cell physiology, including the pathogenic potential of particular strains of staphylococci. In turn, understanding the bacterial physiology including the interconnections of particular factors within the extracellular proteomes is a key to the development of the ever needed, novel antibacterial strategies. Here, we briefly overview the latest applications of gel-based and gel-free proteomic techniques in the identification of the virulence factors within S. aureus secretome and surfacome. Such studies are of utmost importance in understanding the host-pathogen interactions, analysis of the role of staphylococcal regulatory systems and also the detection of posttranslational modifications emerging as important modifiers of the infection process.
Źródło:: Acta Biochimica Polonica; 2015, 62, 3; 367-381
0001-527X
Pojawia się w:: Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 11.

Tytuł:: Oxidative signalling in seed germination and dormancy
Autorzy:: Bailly, C.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/81220.pdf
Data publikacji:: 2013
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: conference
seed dormancy
germination
genetic background
environment condition
abscisic acid
gibberellin
reactive oxygen species
Arabidopsis
proteomics
transcriptomics
transduction
hormone signalling
Źródło:: BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 2
0860-7796
Pojawia się w:: BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 12.

Tytuł:: New proteases of the chloroplast envelope – what do they do there?
Autorzy:: Adam, Z.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/80681.pdf
Data publikacji:: 2013
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: conference
protease
chloroplast
thylakoid
proteomics
allene oxide synthase
jasmonic acid
serine protease
Źródło:: BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 3
0860-7796
Pojawia się w:: BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 13.

Tytuł:: Modular structurality and emergent functionality within knowledge representation systems
Autorzy:: Fedyniuk, Adam
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/429209.pdf
Data publikacji:: 2016
Wydawca:: Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie
Tematy:: metamodelling
ontology
proteomics
connectomics
centrality
philosophy of information
Opis:: There are various approaches to ontology metamodelling, and the notion of biologically inspired modular knowledge representation systems can provide insight in the workings of such phenomena as emergent properties of network structures. What is more relevant from knowledge engineering standpoint, such approach could provide innovation and enhancement of the level of expression as well as overall functionality of modular ontologies. To do so, one needs to find biological structures that would be the basis for modularity on different levels of hierarchy within the artificial system. Network analysis tools as well as systems biology and biocomputing provide a framework for research in this field.
Źródło:: Semina Scientiarum; 2016, 15
1644-3365
Pojawia się w:: Semina Scientiarum
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 14.

Tytuł:: Method for mass spectrometry spectrum deisotoping based on fuzzy inference systems
Autorzy:: Glodek, Anna
Polańska, Joanna
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/747419.pdf
Data publikacji:: 2018
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Matematyczne
Tematy:: fuzzy logic, fuzzy inference systems, deisotoping, mass spectrometry, algorithms, proteomics, applied mathematics
fuzzy logic, fuzzy inference systems, deisotoping, mass spectrometry, algorithms, MALDI ToF
Opis:: Celem niniejszego artykułu jest omówienie zaproponowanego algorytmu do identyfikacji obwiedni izotopowych, opartego na teorii systemów rozmytych. Obecnie proteomika jest ściśle powiązana z chorobami nowotworowymi. Dlatego też bardzo ważne jest precyzyjne zidentyfikowanie białek znajdujących się w obszarze raka; stosowana jest w tym celu spektrometria masowa. Jedną z technik spektrometrii masowej jest MALDI. Otrzymane dane będące widmem masowym składają się ze stosunku masy do ładunku jonów oraz intensywnosci pików. W celu przetworzenia danych, usunięcia szumu, linii bazowej etc. stosuje się przetwarzanie wstępne. Identyfikacja obwiedni izotopowych jest częścią procesu przetwarzania wstępnego w proteomice. Polega ona na identyfikacji izotopów wchodzących w skład obwiedni izotopowej, a także pozwala na zredukowanie wymiaru danych. Istnieje wiele algorytmów do identyfikacji obwiedni izotopowej, jednak każdy z nich dedykowany jest dla innego rodzaju techniki spektrometrii masowej (MALDI, LC-MS, ESI, etc.) bądź dla konkretnego rodzaju cząsteczek. Dlatego też zaproponowany algorytm został oparty na teorii systemów rozmytych, a reguły wnioskowania zostały oparte na wieloletnich doświadczeniach eksperta w dziedzinie spektrometrii masowej. Przetestowany był on na danych uzyskanych z Instytutu Onkologii im. Marii Skłodowskiej-Curie w Gliwicach, pochodzących z badań nad rakiem głowy i szyi dla losowo wybranej grupy peptydów i lipidów. Wyniki autorskiego algorytmu do identyfikacji obwiedni izotopowych porównano z jedną z istniejących metod do identyfikacji obwiedni izotopowych.
Nowadays, mass spectrometry is widely used in proteomics for confident and precise identification of the protein. One of the most important steps in the signal analysis is deisotoping because some peaks in the spectrum are not the unique compound, but there are members of an isotopic envelope. Although the mass spectrometry is present in proteomics for a long time already, the problem of isotope peaks identification is not solved yet. The existing algorithms, usually designed for the particular type of spectrometer, are semi-supervised and do not give satisfactory results. We propose a new algorithm based on fuzzy inference systems that can accurately identify the isotopic envelopes in the spectrum of the complex structure.
Źródło:: Mathematica Applicanda; 2018, 46, 1
1730-2668
2299-4009
Pojawia się w:: Mathematica Applicanda
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 15.

Tytuł:: Mass spectrometry as a useful tool for identifying new therapeutic targets on the cell surface of pathogenic fungi from the genus Candida
Autorzy:: Karkowska-Kuleta, J.
Bocheńska, O.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/115505.pdf
Data publikacji:: 2014
Wydawca:: Fundacja na Rzecz Młodych Naukowców
Tematy:: proteomics
pathogenic fungi
candidiasis
mass spectrometry
Opis:: Mass spectrometry (MS) is a universal technique with a wide range of applications, including proteomic studies of different organisms, particularly the characterization and sequencing of proteins isolated from specific cellular compartments. It is used for the identification of elements exposed on the cell surface of microbial pathogens, which are involved in the initial contact with the human host, and then in the further development of infection. Given the increasing frequency of invasive fungal infections caused by pathogenic yeast from the genus Candida, especially among patients with severe immunological impairments, it appears advisable to study the diversity of cell wall proteins that arise during subsequent stages of infection and that are responsible for several important phenomena correlated with pathogenesis. This study employed a liquid chromatograph-coupled mass spectrometer equipped with an electrospray ionization source (ESI), and an ion trap analyser. For tandem mass spectrometry, two approaches for fragmentation of ions - collision-induced dissociation (CID) and electron transfer dissociation (ETD) - were used to analyse the mixtures of peptides generated after tryptic digestion of fungal cell wall proteins (i.e. the “bottom-up” approach). Several surface proteins from Candida spp. were identified which could be potential drug targets and candidates for vaccine development.
Źródło:: Challenges of Modern Technology; 2014, 5, 1; 7-14
2082-2863
2353-4419
Pojawia się w:: Challenges of Modern Technology
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Informacja

Wyszukujesz frazę "proteomics" wg kryterium: Temat

Źródło danych

Dostawca treści

Kolekcja

Rok wydania

Wydawca

Temat

Autor

Typ dokumentu

Język