Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Centralna Biblioteka Wojskowa Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaCentralna Biblioteka Wojskowa

Wyszukujesz frazę "proteomics" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Wyrównaj
    Wyświetlanie 1-32 z 32
    Tytuł:
    Is stallion epididymal fluid phosphoproteome affected by the equine reproductive season?
    Autorzy:
    Dyrda, K.
    Orzołek, A.
    Ner-Kluza, J.
    Wysocki, P.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2087138.pdf
    Data publikacji:
    2021
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    stallion
    proteomics
    epididymal fluid
    phosphoproteins
    Źródło:
    Polish Journal of Veterinary Sciences; 2021, 24, 4; 487-495
    1505-1773
    Pojawia się w:
    Polish Journal of Veterinary Sciences
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Mass spectrometry as a useful tool for identifying new therapeutic targets on the cell surface of pathogenic fungi from the genus Candida
    Autorzy:
    Karkowska-Kuleta, J.
    Bocheńska, O.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/115505.pdf
    Data publikacji:
    2014
    Wydawca:
    Fundacja na Rzecz Młodych Naukowców
    Tematy:
    proteomics
    pathogenic fungi
    candidiasis
    mass spectrometry
    Opis:
    Mass spectrometry (MS) is a universal technique with a wide range of applications, including proteomic studies of different organisms, particularly the characterization and sequencing of proteins isolated from specific cellular compartments. It is used for the identification of elements exposed on the cell surface of microbial pathogens, which are involved in the initial contact with the human host, and then in the further development of infection. Given the increasing frequency of invasive fungal infections caused by pathogenic yeast from the genus Candida, especially among patients with severe immunological impairments, it appears advisable to study the diversity of cell wall proteins that arise during subsequent stages of infection and that are responsible for several important phenomena correlated with pathogenesis. This study employed a liquid chromatograph-coupled mass spectrometer equipped with an electrospray ionization source (ESI), and an ion trap analyser. For tandem mass spectrometry, two approaches for fragmentation of ions - collision-induced dissociation (CID) and electron transfer dissociation (ETD) - were used to analyse the mixtures of peptides generated after tryptic digestion of fungal cell wall proteins (i.e. the “bottom-up” approach). Several surface proteins from Candida spp. were identified which could be potential drug targets and candidates for vaccine development.
    Źródło:
    Challenges of Modern Technology; 2014, 5, 1; 7-14
    2082-2863
    2353-4419
    Pojawia się w:
    Challenges of Modern Technology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Corpora amylacea from multiple sclerosis brain tissue consists of aggregated neuronal cells
    Autorzy:
    Selmaj, Krzysztof
    Pawłowska, Zofia
    Walczak, Agata
    Koziołkiewicz, Wiktor
    Raine, Cedric
    Cierniewski, Czesław
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1040812.pdf
    Data publikacji:
    2008
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    proteomics
    neuronal aggregates
    corpora amylacea
    multiple sclerosis
    Opis:
    In this report, we describe proteomic analysis of corpora amylacea collected by postmortem laser microdissection from multiple sclerosis (MS) brain lesions. Using low level protein loads (about 30 µg), a combination of two-dimensional electrophoresis with matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry and database interrogations we identified 24 proteins of suspected neuronal origin. In addition to major cytoskeletal proteins like actin, tubulin, and vimentin, we identified a variety of proteins implicated specifically in cellular motility and plasticity (F-actin capping protein), regulation of apoptosis and senescence (tumor rejection antigen-1, heat shock proteins, valosin-containing protein, and ubiquitin-activating enzyme E1), and enzymatic pathways (glyceraldehyde-3-dehydrogenase, protein disulfide isomerase, protein disulfide isomerase related protein 5, lactate dehydrogenase). Samples taken from regions in the vicinity of corpora amylacea showed only traces of cellular proteins suggesting that these bodies may represent remnants of neuronal aggregates with highly polymerized cytoskeletal material. Our data provide evidence supporting the concept that biogenesis of corpora amylacea involves degeneration and aggregation of cells of neuronal origin.
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2008, 55, 1; 43-50
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    A distributed algorithm for protein identification from tandem mass spectrometry data
    Autorzy:
    Orzechowska, Katarzyna
    Rubel, Tymon
    Kurjata, Robert
    Zaremba, Krzysztof
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2097435.pdf
    Data publikacji:
    2022
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Promocji Wiedzy
    Tematy:
    proteomics
    mass spectrometry
    distributed computing
    Apache Spark
    Opis:
    Tandem mass spectrometry is an analytical technique widely used in proteomics for the high-throughput characterization of proteins in biological samples. Modern in-depth proteomic studies require the collection of even millions of mass spectra representing short protein fragments (peptides). In order to identify the peptides, the measured spectra are most often scored against a database of amino acid sequences of known proteins. Due to the volume of input data and the sizes of proteomic databases, this is a resource-intensive task, which requires an efficient and scalable computational strategy. Here, we present SparkMS, an algorithm for peptide and protein identification from mass spectrometry data explicitly designed to work in a distributed computational environment. To achieve the required performance and scalability, we use Apache Spark, a modern framework that is becoming increasingly popular not only in the field of “big data” analysis but also in bioinformatics. This paper describes the algorithm in detail and demonstrates its performance on a large proteomic dataset. Experimental results indicate that SparkMS scales with the number of worker nodes and the increas-ing complexity of the search task. Furthermore, it exhibits a protein identification efficiency comparable to X!Tandem, a widely-used proteomic search engine.
    Źródło:
    Applied Computer Science; 2022, 18, 2; 16--27
    1895-3735
    Pojawia się w:
    Applied Computer Science
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Isolation and identification of zinc ions and heparin binding proteins in yellow fraction of the red deer Cervus Elaphus L. semen
    Autorzy:
    Orzołek, A.
    Dyrda, K.
    Rafalska, K.
    Wysocki, P.
    Kordan, W.
    Giżejewski, W.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2087223.pdf
    Data publikacji:
    2021
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    red deer
    yellow fraction
    ZnBPs
    HBPs
    proteomics
    Źródło:
    Polish Journal of Veterinary Sciences; 2021, 24, 1; 69-78
    1505-1773
    Pojawia się w:
    Polish Journal of Veterinary Sciences
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Proteomics in studies of Staphylococcus aureus virulence
    Autorzy:
    Bonar, Emilia
    Wójcik, Iwona
    Wladyka, Benedykt
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1038964.pdf
    Data publikacji:
    2015
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    Staphylococcus aureus
    proteomics
    virulence factors
    secretome
    surfacome
    Opis:
    Staphylococcus aureus is a widespread, opportunistic pathogen that causes community and hospital acquired infections. Its high pathogenicity is driven by multifactorial and complex mechanisms determined by the ability of the bacterium to express a wide variety of virulence factors. The proteome secreted into extracellular milieu is a rich reservoir of such factors which include mainly nonenzymatic toxins and enzymes. Simultaneously, membrane proteins, membrane-cell wall interface proteins and cell wall-associated proteins also strongly influence staphylococcal virulence. Proteomics shows a great potential in exploring the role of the extracellular proteome in cell physiology, including the pathogenic potential of particular strains of staphylococci. In turn, understanding the bacterial physiology including the interconnections of particular factors within the extracellular proteomes is a key to the development of the ever needed, novel antibacterial strategies. Here, we briefly overview the latest applications of gel-based and gel-free proteomic techniques in the identification of the virulence factors within S. aureus secretome and surfacome. Such studies are of utmost importance in understanding the host-pathogen interactions, analysis of the role of staphylococcal regulatory systems and also the detection of posttranslational modifications emerging as important modifiers of the infection process.
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2015, 62, 3; 367-381
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Immunogenic proteins in the somatic proteome of the adult cestode Hymenolepis diminuta - a proteomic approach
    Autorzy:
    Mlocicki, D.
    Bien, J.
    Salamatin, R.
    Sulima, A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/6559.pdf
    Data publikacji:
    2016
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Parazytologiczne
    Tematy:
    immunogenic protein
    cestode
    Hymenolepis diminuta
    parasite
    proteomics
    Źródło:
    Annals of Parasitology; 2016, 62, Suppl.
    0043-5163
    Pojawia się w:
    Annals of Parasitology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Cell wall proteome of pathogenic fungi
    Autorzy:
    Karkowska-Kuleta, Justyna
    Kozik, Andrzej
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1038959.pdf
    Data publikacji:
    2015
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    proteomics
    fungal pathogens
    cell wall
    Candida
    Aspergillus
    Cryptococcus
    Opis:
    A fast development of a wide variety of proteomic techniques supported by mass spectrometry coupled with high performance liquid chromatography has been observed in recent years. It significantly contributes to the progress in research on the cell wall, very important part of the cells of pathogenic fungi. This complicated structure composed of different polysaccharides, proteins, lipids and melanin, plays a key role in interactions with the host during infection. Changes in the set of the surface-exposed proteins under different environmental conditions provide an effective way for pathogens to respond, adapt and survive in the new niches of infection. This work summarizes the current state of knowledge on proteins, studied both qualitatively and quantitatively, and found within the cell wall of fungal pathogens for humans, including Candida albicans, Candida glabrata, Aspergillus fumigatus, Cryptococcus neoformans and other medically important fungi. The described proteomic studies involved the isolation and fractionation of particular sets of proteins of interest with various techniques, often based on differences in their linkages to the polysaccharide scaffold. Furthermore, the proteinaceous contents of extracellular vesicles ("virulence bags") of C. albicans, C. neoformans, Histoplasma capsulatum and Paracoccidioides brasiliensis are compared, because their production can partially explain the problem of non-classical protein secretion by fungi. The role assigned to surface-exposed proteins in pathogenesis of fungal infections is enormously high, thus justifying the need for further investigation of cell wall proteomes.
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2015, 62, 3; 339-351
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Modular structurality and emergent functionality within knowledge representation systems
    Autorzy:
    Fedyniuk, Adam
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/429209.pdf
    Data publikacji:
    2016
    Wydawca:
    Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie
    Tematy:
    metamodelling
    ontology
    proteomics
    connectomics
    centrality
    philosophy of information
    Opis:
    There are various approaches to ontology metamodelling, and the notion of biologically inspired modular knowledge representation systems can provide insight in the workings of such phenomena as emergent properties of network structures. What is more relevant from knowledge engineering standpoint, such approach could provide innovation and enhancement of the level of expression as well as overall functionality of modular ontologies. To do so, one needs to find biological structures that would be the basis for modularity on different levels of hierarchy within the artificial system. Network analysis tools as well as systems biology and biocomputing provide a framework for research in this field.
    Źródło:
    Semina Scientiarum; 2016, 15
    1644-3365
    Pojawia się w:
    Semina Scientiarum
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Identification of serum proteome components associated with progression of non-small cell lung cancer
    Autorzy:
    Pietrowska, Monika
    Jelonek, Karol
    Michalak, Malwina
    Roś, Małgorzata
    Rodziewicz, Paweł
    Chmielewska, Klaudia
    Polański, Krzysztof
    Polańska, Joanna
    Gdowicz-Kłosok, Agnieszka
    Giglok, Monika
    Suwiński, Rafał
    Tarnawski, Rafał
    Dziadziuszko, Rafał
    Rzyman, Witold
    Widłak, Piotr
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1039297.pdf
    Data publikacji:
    2014
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    cancer staging
    early detection
    lung cancer
    proteomics
    serum biomarkers
    Opis:
    The aim of the present study was to perform comparative analysis of serum from patients with different stages of non-small cell lung cancer (NSCLC) using the three complementary proteomic approaches to identify proteome components associated with the progression of cancer. Serum samples were collected before any treatment from 200 patients with NSCLC, including 103 early stage, 64 locally advanced and 33 metastatic cancer samples, and from 200 donors without malignancy. The low-molecular-weight fraction of serum proteome was MALDI-profiled in all samples. Serum proteins were characterized using 2D-PAGE and LC-MS/MS approaches in a representative group of 30 donors. Several significant differences were detected between serum samples collected from patients with early stage cancer and patients with locally advanced cancer, as well as between patients with metastatic cancer and patients with local disease. Of note, serum components discriminating samples from early stage cancer and healthy persons were also detected. In general, about 70 differentiating serum proteins were identified, including inflammatory and acute phase proteins already reported to be associated with the progression of lung cancer (serum amyloid A or haptoglobin). Several differentiating proteins, including apolipoprotein H or apolipoprotein A1, were not previously associated with NSCLC. No significant differences in patterns of serum proteome components were detected between patients with adenocarcinoma and squamous cell carcinoma. In conclusion, we identified the biomarker candidates with potential importance for molecular proteomic staging of NSCLC. Additionally, several serum proteome components revealed their potential applicability in early detection of the lung cancer.
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2014, 61, 2; 325-331
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Surfaceome of pathogenic yeasts, Candida parapsilosis and Candida tropicalis, revealed with the use of cell surface shaving method and shotgun proteomic approach
    Autorzy:
    Karkowska-Kuleta, Justyna
    Zajac, Dorota
    Bochenska, Oliwia
    Kozik, Andrzej
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1038923.pdf
    Data publikacji:
    2015
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    cell surface shaving
    proteomics
    fungal pathogens
    cell wall
    Candida
    Opis:
    In the course of infections caused by pathogenic yeasts from the genus Candida, the fungal cell surface is the first line of contact with the human host. As the surface-exposed proteins are the key players in these interactions, their identification can significantly contribute to discovering the mechanisms of pathogenesis of two emerging pathogens from this genus, C. parapsilosis and C. tropicalis. Therefore, the aim of the present study was to identify the cell wall-attached proteins of these two species with the use of cell surface shaving and a shotgun proteomic approach. Different morphological forms of C. parapsilosis and C. tropicalis cells obtained after growth under various conditions were subjected to this treatment. This allowed to indicate the most abundant cell surface proteins on the basis of the normalized spectral abundance factors. In case of yeast-like forms these were, among others, proteins similar to a chitinase, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase and an inducible acid phosphatase for C. parapsilosis, and a constitutive acid phosphatase, pyruvate decarboxylase and glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase for C. tropicalis. In case of pseudohyphal forms, proteins similar to a cell surface mannoprotein Mp65, chitinase and glycosylphosphatidylinositol-anchored transglycosylase Crh11 were identified at the cell surface of C. parapsilosis. The Rbt1 cell wall protein, a hyphally regulated cell wall protein and proteins from agglutinin-like sequence protein family were found as the most abundant on C. tropicalis pseudohyphae. Apart from the abovementioned proteins, several additional covalently bound and atypical cell wall proteins were also identified. These results extend the current knowledge regarding the molecular basis of virulence of these two non-albicans Candida species.
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2015, 62, 4; 807-819
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Proteomics profiles reveal the potential roles of proteins involved in chicken macrophages stimulated by Lipopolysaccharide
    Autorzy:
    Li, S.
    Chen, Y.
    Xue, W.
    Wang, Q.
    Huai, Z.
    An, C.
    Wang, Y.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/16647586.pdf
    Data publikacji:
    2023
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czasopisma i Monografie PAN
    Tematy:
    chicken macrophage (HD11)
    immune response
    lipopolysaccharide (LPS)
    proteomics
    Opis:
    Lipopolysaccharide (LPS), a core part of gram-negative bacteria, is crucial for inducing an inflammatory response in living things. In the current study, we used LPS from Salmonella to stimulate chicken macrophages (HD11). Proteomics was used to investigate immune-related proteins and their roles further. Proteomics investigation revealed 31 differential expression proteins (DEPs) after 4 hours of LPS infection. 24 DEPs expressions were up-regulated, while seven were down-regulated. In this investigation, ten DEPs were mainly enriched in S. aureus infection, complement, and coagulation cascades, which were all implicated in the inflammatory response and clearance of foreign pathogens. Notably, complement C3 was shown to be up-regulated in all immune-related pathways, indicating that it is a potential protein in this study. This work contributes to a better understanding and clarification of the processes of Salmonella infection in chickens. It might bring up new possibilities for treating and breeding Salmonella-infected chickens.
    Źródło:
    Polish Journal of Veterinary Sciences; 2023, 26, 2; 265-274
    1505-1773
    Pojawia się w:
    Polish Journal of Veterinary Sciences
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Desorption/ionization on silicon for small molecules: a promising alternative to MALDI TOF.
    Autorzy:
    Kraj, Agnieszka
    Dylag, Tomasz
    Gorecka-Drzazga, Anna
    Bargiel, Sylwester
    Dziuban, Jan
    Silberring, Jerzy
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1043452.pdf
    Data publikacji:
    2003
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    proteomics
    porous silicon
    catecholamines
    peptides
    DIOS
    mass spectrometry
    desorption/ionization
    MALDI TOF
    Opis:
    A method has been developed for laser desorption/ionization of catecholamines from porous silicon. This methodology is particularly attractive for analysis of small molecules. MALDI TOF mass spectrometry, although a very sensitive technique, utilizes matrices that need to be mixed with the sample prior to their analysis. Each matrix produces its own background, particularly in the low-molecular mass region. Therefore, detection and identification of molecules below 400 Da can be difficult. Desorption/ionization of samples deposited on porous silicon does not require addition of a matrix, thus, spectra in the low-molecular mass region can be clearly readable. Here, we describe a method for the analysis of catecholamines. While MALDI TOF is superior for proteomics/peptidomics, desorption/ionization from porous silicon can extend the operating range of a mass spectrometer for studies on metabolomics (small organic molecules and their metabolites, such as chemical neurotransmitters, prostaglandins, steroids, etc.).
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2003, 50, 3; 783-787
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    New proteases of the chloroplast envelope – what do they do there?
    Autorzy:
    Adam, Z.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/80681.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    conference
    protease
    chloroplast
    thylakoid
    proteomics
    allene oxide synthase
    jasmonic acid
    serine protease
    Źródło:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 3
    0860-7796
    Pojawia się w:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Sperm mitochondrial dysfunction and oxidative stress as possible reasons for isolated asthenozoospermia
    Autorzy:
    Nowicka-Bauer, K.
    Lepczynski, A.
    Ozgo, M.
    Kamieniczna, M.
    Fraczek, M.
    Stanski, L.
    Olszewska, M.
    Malcher, A.
    Skrzypczak, W.
    Kurpisz, M.K.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/70952.pdf
    Data publikacji:
    2018
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Fizjologiczne
    Tematy:
    sperm motility
    mitochondrial dysfunction
    asthenozoospermia
    oxidative stress
    reactive oxygen species
    proteomics
    patient
    Źródło:
    Journal of Physiology and Pharmacology; 2018, 69, 3
    0867-5910
    Pojawia się w:
    Journal of Physiology and Pharmacology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Transcriptome and proteome changes accompanying increased vigor of osmoprimed rape (Brassica napus L.) seeds
    Autorzy:
    Kubala, S.
    Lechowska, K.
    Wojtyla, L.
    Kosmala, A.
    Quinet, M.
    Lutts, S.
    Garnczarska, M.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/81285.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    conference
    osmopriming
    seed germination
    stress tolerance
    Brassica napus
    rapeseed
    transcriptome
    proteomics
    gene encoding
    Źródło:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 3
    0860-7796
    Pojawia się w:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Urinary proteomic strategies in biomarkers discovery of renal diseases
    Autorzy:
    Ciechanowicz, A.K.
    Ozgo, M .
    Herosimczyk, A.
    Kurpinska, A.
    Klonowska, A.
    Lepczynski, A.
    Stanski, L.R.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/3155.pdf
    Data publikacji:
    2011
    Wydawca:
    Instytut Medycyny Wsi
    Tematy:
    proteomics
    biomarker discovery
    human disease
    renal disease
    chromatography
    electrophoresis
    mass spectrometry
    kidney
    urine
    Źródło:
    Journal of Pre-Clinical and Clinical Research; 2011, 05, 1
    1898-2395
    Pojawia się w:
    Journal of Pre-Clinical and Clinical Research
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Identification of mare colostrum proteins
    Identyfikacja bialek siary klaczy – badania wstępne
    Autorzy:
    Medeńska, W.
    Dratwa-Chałupnik, A.
    Ożgo, M.
    Cichy, A.
    Pikuła, R.
    Bobik, J.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/3131472.pdf
    Data publikacji:
    2020
    Wydawca:
    Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie. Wydawnictwo Uczelniane ZUT w Szczecinie
    Tematy:
    colostrum
    mare
    proteomics
    animal feeding
    functional protein
    foal growth
    development
    two-dimensional electrophoresis
    Źródło:
    Acta Scientiarum Polonorum. Zootechnica; 2020, 19, 4; 25-31
    1644-0714
    Pojawia się w:
    Acta Scientiarum Polonorum. Zootechnica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Forest tree research in post genomic era. Introduction to systems biology of broadleaves
    Autorzy:
    Staszak, A.M.
    Pawlowski, T.A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/41059.pdf
    Data publikacji:
    2012
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Instytut Dendrologii PAN
    Tematy:
    forest tree
    tree
    genomics
    proteomics
    woody plant
    biology
    broadleaf
    plant reproduction
    plant physiology
    Opis:
    Trees are long living organisms, rarely used in molecular experiments because of large size of the genome and long time of reproduction cycle. Sequencing data from Populus trichocarpa genome allowed for the development of research on the processes associated with tree biology such as secondary wood formation, long-term perennial growth, seasonal changes, biotic interactions, evolution etc. Reference data enable the investigation of non-model trees such as Quercus or Fagus, having ecological and economic significance. During projects scientists use genomic, transcriptomic, proteomic and metabolomic approaches which contribute to better understanding of the physiological processes regulating tree biology. Data collected from these multiple studies need to be integrated. The integration of data is the subject of the newly established field of science called systems biology. This review presents progress in tree research after finishing the sequencing project of Populus. It concentrates on modern trends in 'omics' and systems biology study of temperate broadleave trees during the last 10 years of studies.
    Źródło:
    Dendrobiology; 2012, 68
    1641-1307
    Pojawia się w:
    Dendrobiology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Electronegativity and intrinsic disorder of preeclampsia-related proteins
    Autorzy:
    Polanco, Carlos
    Castañón-González, Jorge
    Uversky, Vladimir
    Buhse, Thomas
    Samaniego Mendoza, José
    Calva, Juan
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1038693.pdf
    Data publikacji:
    2017
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    preeclampsia
    intrinsically disordered proteins
    structural proteomics
    bioinformatics
    antimicrobial peptides
    polarity index method
    lipoproteins
    angiogenesis proteins
    Opis:
    Preeclampsia, hemorrhage, and infection are the leading causes of maternal death in underdeveloped countries. Since several proteins associated with preeclampsia are known, we conducted a computational study which evaluated the commonness and potential functionality of intrinsic disorder of these proteins and also made an attempt to characterize their origin. The origin of the preeclampsia-related proteins was assessed with a supervised technique, a Polarity Index Method (PIM), which evaluates the electronegativity of proteins based solely on their sequence. The commonness of intrinsic disorder was evaluated using several disorder predictors from the PONDR family, the charge-hydropathy plot (CH-plot) and cumulative distribution function (CDF) analyses, and using the MobiDB web-based tool, whereas potential functionality of intrinsic disorder was studied with the D2P2 resource and ANCHOR predictor of disorder-based binding sites, and the STRING tool was used to build the interactivity networks of the preeclampsia-related proteins. Peculiarities of the PIM-derived polar profile of the group of preeclampsia-related proteins were then compared with profiles of a group of lipoproteins, antimicrobial peptides, angiogenesis-related proteins, and the intrinsically disordered proteins. Our results showed a high graphical correlation between preeclampsia proteins, lipoproteins, and the angiogenesis proteins. We also showed that many preeclampsia-related proteins contain numerous functional disordered regions. Therefore, these bioinformatics results led us to assume that the preeclampsia proteins are highly associated with the lipoproteins group, and that some preeclampsia-related proteins contain significant amounts of functional disorders.
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2017, 64, 1; 99-111
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Renal function during metabolic acidosis
    Autorzy:
    Kurpinska, A.K.
    Skrzypczak, W.F.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/3008.pdf
    Data publikacji:
    2010
    Wydawca:
    Instytut Medycyny Wsi
    Tematy:
    renal function
    metabolic acidosis
    acid-case imbalance
    acid-base homeostasis
    renal tubule
    excretion
    reabsorption
    proteomics
    Źródło:
    Journal of Pre-Clinical and Clinical Research; 2010, 04, 1
    1898-2395
    Pojawia się w:
    Journal of Pre-Clinical and Clinical Research
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Mass spectrometry approaches in proteomic and metabolomic studies
    Autorzy:
    Rodziewicz, P.
    Swarcewicz, B.
    Chmielewska, K.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/80650.pdf
    Data publikacji:
    2014
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    proteomics
    metabolomics
    genomic DNA
    nuclear magnetic resonance
    mass spectrometry
    Fourier transform infrared spectroscopy
    Raman spectroscopy
    Źródło:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2014, 95, 3
    0860-7796
    Pojawia się w:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Proteomics of E.coli Nissle 1917 in response to Cocos nucifera sap and wine
    Autorzy:
    Chandrasekhar, K
    Pramoda Kumari, J.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/11862.pdf
    Data publikacji:
    2015
    Wydawca:
    Przedsiębiorstwo Wydawnictw Naukowych Darwin / Scientific Publishing House DARWIN
    Tematy:
    proteomics
    Escherichia coli
    plant response
    coconut palm
    Cocos nucifera
    sap
    wine
    protein
    probiotic
    identification
    scanning
    Opis:
    In the present study, we described the protein profile experimentally by 2D-PAGE and MALDI analysis to understand the stress mechanisms of cocoti sap and wine on E.coli Nissle 1917. We isolated one newly expressed protein from cocoti wine treated gel which is not present in both control and cocoti sap treated sample i.e. P21 prophage-derived head-stabilizing proteinVG03_ECOL6 (3n1) also called as Head protein gp3. This protein mainly activities related to the viral life cycle. It helps to attach the viral gene into host. The growth rate was delayed in cocoti wine treated E.coli Nissle 1917 when compared to control and cocoti sap treated samples. Stress mechanism induce many proteins they are involved in metabolic process, hydrolase activity, lyase activity, quinone binding, phosphotransferase system, carbohydrate metabolism, DNA binding, DNA repair, transferase activity, oxidoreductase, purine metabolism, transcription antitermination, transcription regulation and other related activities. We proved that the predicted protein structure quality, resolution, density and error plot values by QMEAN analysis. Based on these results, only two differentially expressed proteins under sap stress showed that the significant results, which were N-acetylgalactosamine-specific phosphotransferase enzyme IIB component 1, PTPB1_ECOLI and DinI-like protein Z3305/ECs2939 in prophage CP-933VDINI1_ECO57. In case of wine stress, the differentially expressed proteins were Transcription anti-termination protein RFAH- ECO57 NusA and PUR7- eco24- phosphoribosylamidazole-succinocarboxamide synthase showed significant results. ProtParam analysis indicating that the multiple physico-chemical characters of differentially expressed proteins were differed and compared. The phylogenetic tree represents the relationship in-between the differentially expressed proteins, were showed siblings (related) as well as monophytic clade.
    Źródło:
    International Letters of Natural Sciences; 2015, 41
    2300-9675
    Pojawia się w:
    International Letters of Natural Sciences
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    A short review on proteomics and its applications
    Autorzy:
    Chandrasekhar, K.
    Dileep, A.
    Lebonah, D.E.
    Pramoda Kumari, J.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/11309.pdf
    Data publikacji:
    2014
    Wydawca:
    Przedsiębiorstwo Wydawnictw Naukowych Darwin / Scientific Publishing House DARWIN
    Tematy:
    proteomics
    application
    protein function
    protein structure
    stress condition
    metabolism
    2-D electrophoresis
    disease treatment
    novel protein
    Opis:
    Proteomics is the large scale of study of proteins, particularly their function and structure. Proteomics is an excellent approach for studying changes in metabolism in response to different stress conditions. In the present review focused on different types of techniques for the analysis of expressed proteins. The techniques includes 2-D gel electrophoresis, MALDI-TOF/MS etc., play a vital role for the analysis of novel proteins and their role in disease maintenance and treatment. The review also concentrated on applicative perspective of proteomics in the fields of biomedical, agriculture and food.
    Źródło:
    International Letters of Natural Sciences; 2014, 12, 1
    2300-9675
    Pojawia się w:
    International Letters of Natural Sciences
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Redox-mediated regulation of wheat seed dormancy revealed through modification-specific proteomics
    Autorzy:
    Bykova, N.
    Hoehn, B.
    Rampitsch, C.
    Hu, J.
    Fan, T.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/80787.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    conference
    seed dormancy
    wheat
    Triticum aestivum
    reactive oxygen species
    hormonal balance
    cysteine
    proteomics
    abiotic stress
    biotic stress
    Źródło:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 2
    0860-7796
    Pojawia się w:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    A novel approach for identifying DNA repair pathways proteins using an evolutionary approach: Plasmodium falciparum case study
    Autorzy:
    Milanowska, K.
    Wojtczak, J.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/80413.pdf
    Data publikacji:
    2016
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    DNA repair
    pathway
    ortholog
    pipeline
    Plasmodium falciparum
    proteomics
    protein
    profile analysis
    Hidden Markov model
    multiple sequence alignment
    Źródło:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2016, 97, 4
    0860-7796
    Pojawia się w:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Identyfikacja białek z wykorzystaniem techniki Peptide Mass. Część I - charakterystyka eksperymentu identyfikacji
    The identification of proteins by Peptide Mass Fingerprinting (PMF). Part I - properties of the identification experiment
    Autorzy:
    Kamińska, H.
    Podbielska, H.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/261316.pdf
    Data publikacji:
    2011
    Wydawca:
    Politechnika Wrocławska. Wydział Podstawowych Problemów Techniki. Katedra Inżynierii Biomedycznej
    Tematy:
    proteomika
    identyfikacja protein
    spektrometria masowa
    schematy scoringu
    proteomics
    identification of proteins
    mass spectrometry
    peptide mass fingerprinting
    scoring schemes
    Opis:
    Wprowadzenie w spektrometrach jonizacji typu MALDI zrewolucjonizowało proces identyfikacji białek. Automatyzacja procesu identyfikacji oraz bezpośrednie połączenie analizy spektrometrem masowym z separacją białek dwuwymiarową elektroforezą żelową (2D-GE) pociągnęły za sobą znaczny rozwój proteomiki. Późniejszy rozrost proteomicznych baz danych pozwolił na zwiększenie dokładności identyfikacji, z wykorzystaniem pierwszej w historii techniki wydajnej identyfikacji białek – peptide mass fingerprinting, w skrócie: PMF. Metoda peptide mass fingerprinting pozwala identyfikować białka z widm masowych uzyskanych w wyniku analizy próbki spektrometrem masowym. Przez wzgląd na powszechność stosowania metody, jak i ciągle obserwowane jej ulepszenia, autorzy postanowili podsumować obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca została podzielona na dwie części: w pierwszej znajduje się opis historii powstania metody PMF wraz z charakterystyką części eksperymentalnej i opisem najpopularniejszych baz danych stosowanych przy identyfikacji, natomiast druga część pracy jest poświęcona zagadnieniom algorytmicznym, związanym z wyszukiwaniem w bazie danych protein najlepiej odzwierciedlających białko analizowane w próbce. Specyfikacja eksperymentu w pierwszej części pracy uwzględnia zarówno opis metody separacji, trawienia białek w próbce, jak i późniejszej ich analizy z wykorzystaniem spektrometru masowego. Eksperymentalne fazy metody PMF są opisane z uwzględnieniem ich cech biochemicznych, mających wpływ na dalsze etapy schematu identyfikacji.
    The development of MALDI ionization method in mass spectrometers, had revolutionized the protein identification procedure. The automation of an identification procedure and the mass spectrometry direct connection to the protein separation with the two-dimensional gel electrophoresis (2D-GE) implicated the significant proteomics development. The later growth of the proteomics databases contributed to the enhancement of the identification accuracy, by using the first method of effective protein identification in the history: the peptide mass fingerprinting (PMF). The peptide mass fingerprinting enabled the protein identification from the mass spectra acquired by the mass spectrometry sample analysis. Due to the common use of method and its continuous improvements, the authors decided to summarize the current state of the knowledge in this field of science. The publication is divided into two parts. The first one is devoted to the origins of PMF scheme, the characteristics of its experimental part and a description of the most popular databases used in the identification procedure. The second part relates to the algorithmic issues of searching the database protein, which reflects the sample content in the best way. The experiment specification in the first part takes into the consideration the description of separation and sample digestion methods, as well as the later protein sample analysis by the mass spectrometer. The experimental steps of the PMF method are described according to their biochemical properties, having an impact for the later stages of the identification procedure.
    Źródło:
    Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna; 2011, 17, 2; 153-160
    1234-5563
    Pojawia się w:
    Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Identyfikacja białek z wykorzystaniem techniki Peptide Mass Fingerprinting (PMF). Część II - algorytmy scoringu
    The identification of proteins by Peptide Mass Fingerprinting (PMF). Part II - the scoring algorithms
    Autorzy:
    Kamińska, H.
    Podbielska, H.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/261443.pdf
    Data publikacji:
    2011
    Wydawca:
    Politechnika Wrocławska. Wydział Podstawowych Problemów Techniki. Katedra Inżynierii Biomedycznej
    Tematy:
    proteomika
    identyfikacja protein
    spektrometria masowa
    peptide mass fingerprinting
    schematy scoringu
    proteomics
    identification of proteins
    mass spectrometry
    scoring schemes
    Opis:
    Postęp w dziedzinie komputerów oraz rozwój Internetu zrewolucjonizował, proces identyfikacji białek oraz przyczynił się do szybkiego wzrostu proteomicznych baz danych. Krótko po wprowadzeniu pierwszej technologii identyfikacji białek z widm spektrometrów masowych PMF (Peptide Mass Fingerprinting) okazało się, że algorytmy wykorzystywane do wyszukiwania w bazie danych protein odpowiadających wynikom eksperymentu mają kluczowe znaczenie dla wysokiej poprawności identyfikacji. Rozwój metody PMF był zatem uwarunkowany nie tylko przez usprawnienia techniczne schematu, ale przede wszystkim przez zastosowanie rozmaitych metod matematycznych i statystycznych (tzw. algorytmów scoringu) przy wyszukiwaniu poprawnych rozwiązań. Kolejnym krokiem w informatycznym usprawnieniu identyfikacji było opracowanie metod walidacji jej rezultatów na podstawie istniejących baz danych lub też symulacji. Walidacja rezultatów pozwoliła na wyeliminowanie większości błędów pierwszego rodzaju w identyfikacji metodą PMF. Przez wzgląd na powszechność stosowania metody, a także jej ulepszenia autorzy postanowili podsumować obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca została podzielona na dwie części: w pierwszej przedstawiono opis historii powstania metody PMF wraz z charakterystyką jej części eksperymentalnej i opisem najpopularniejszych baz danych stosowanych przy identyfikacji, natomiast druga część jest poświęcona zagadnieniom algorytmicznym związanym z wyszukiwaniem w bazie danych protein najlepiej odzwierciedlających białko analizowane w próbce. Bioinformatyczne ujęcie identyfikacji białek w drugiej części nawiązuje do specyfikacji eksperymentu, omówionej w części pierwszej publikacji. Druga część pracy w szczegółowy sposób opisuje główne aspekty porównywania mas teoretycznych i eksperymentalnych, tj. trawienie in silico, rozpoznawanie modyfikacji białek, dopasowywanie mas oraz kalibrację poprawnych dopasowań. Opisane zostały także sposoby budowania funkcji scoringowych oraz algorytmy walidacji ich wartości. Dodatkowo, w pracy przedstawiono najbardziej znane funkcje scoringowe oraz pełny przegląd oprogramowania do identyfikacji białek metodą PMF.
    The internet and computer science progress have revolutionized the process of protein identification and contributed to the growth of proteomics databases. Just after discovering the first technology for protein identification from the mass spectra PMF (peptide mass fingerprinting), it appeared that the algorithms searching databases for proteins corresponding to experiment results have crucial meaning for the sensitivity and specificity of the identification procedure. Therefore, the development of PMF method was conditioned by both the technological improvements in the PMF scheme and the application of various mathematical and statistical methods (so called: scoring algorithms) to the searching of correct identifications. The next step in the development of an identification procedure was to work out the methods for identification results validation, according to the proteomics databases content or simulations. The results validation allowed to eliminate the most of unwanted false positives in the PMF identification. Regarding the method common use, as well as its improvements which are still present, the authors decide to summarize the current level of knowledge related to this topic. The publication is divided into two parts. The first one is devoted to the origins of PMF scheme, the characteristics of its experimental part and a description of the most popular databases used in the identification procedure. The second part relates to the algorithmic issues of searching the database protein, which reflects the sample content best. From the bioinformatics point of view the protein identification in the second part of publication refers to the experiment specification described in the first part. The second part of the publication describes in details the aspects of theoretical and experimental masses comparison, i.e. in silico digestion, the discrimination of protein modifications, the pairing of masses and the calibration of matches. Moreover, the scoring functions building manners and the algorithms for scoring functions values validation were also taken into the consideration. Additionally, we present the most known scoring schemes with the comprehensive review of the PMF protein identification software.
    Źródło:
    Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna; 2011, 17, 3; 239-247
    1234-5563
    Pojawia się w:
    Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Oxidative signalling in seed germination and dormancy
    Autorzy:
    Bailly, C.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/81220.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    conference
    seed dormancy
    germination
    genetic background
    environment condition
    abscisic acid
    gibberellin
    reactive oxygen species
    Arabidopsis
    proteomics
    transcriptomics
    transduction
    hormone signalling
    Źródło:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 2
    0860-7796
    Pojawia się w:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Transdziedzinowe aspekty struktur modularnych. O aplikacji modularyzacji w ramach inżynierii wiedzy i kognitywistyki.
    Trans-Domain Aspects of Modular Structures. Applying Modularization in Knowledge Engineering and Cognitive Science.
    Autorzy:
    Fedyniuk, Adam
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/521718.pdf
    Data publikacji:
    2017
    Wydawca:
    Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
    Tematy:
    metamodelowanie
    modularność
    inżynieria wiedzy
    konektomika
    proteomika
    centralność
    teoria sieci,
    ontologie
    interdyscyplinarność
    metamodeling
    modularity
    knowledge engineering connectomics, proteomics
    centrality
    network theory
    ontologies
    interdisciplinarity
    Opis:
    Zastosowanie struktury modularnej w ramach różnych rozwiązań: tak inżynieryjnych, jak i teoretycznych niesie ze sobą pewne ograniczenia. Problemy te są bardzo widoczne w obrębie dyskursu na temat projektowania modularnych ontologii oraz wdrażania technologii Semantic Web. Pomimo szerokiego zakresu problemów związanych z aplikacją modularności w inżynierii wiedzy, istnieje wciąż niewyczerpane źródło innowacji oraz nowoczesnych inspiracji dla przezwyciężania problemów z metamodelowaniem, projektowaniem oraz hybrydyzacją systemów reprezentacji wiedzy. Inspirowanie się naturalnymi przejawami struktur modularnych może stanowić źródło wielu innowacji oraz podłoże do opracowania nowych podejść tak w dziedzinie inżynierii wiedzy, jak kognitywistyki. Z uwagi na nawiązanie do obliczeniowego charakteru struktur modularnych obecnych w rozmaitych dziedzinach o charakterze interdyscyplinarnym, można dotrzeć do konkluzji, że pewne obserwowalne prawidłowości związane z organizacją sieci (np. stopniami i rodzajami centralności) są w istocie transdziedzinowe (tzn. wykraczają poza dziedzinę, w której zostały pierwotnie zastosowane, mając potencjał do wykorzystania w innej dziedzinie badającej struktury relacyjne różnego rodzaju) bądź przynajmniej mają charakter projekcyjny w odniesieniu do metamodelowania ontologii.
    The application of modular structure in the context of various solutions, both engineering and theoretical, possesses certain limitations. The problems that arise are very salient amidst the discourse concerning the design of modular ontologies and implementation of Semantic Web technologies. Despite a wide array of obstacles related to aptly used modularity in knowledge engineering, there is still a never-ending source of inspiration for the solutions concerning metamodeling, designing and hybridizing knowledge representation systems. Being inspired by natural occurrences of modular structures can be a potent source of innovation and a foundation for developing new approaches both in the domain of knowledge engineering and cognitive science. Due to reference to the computational character of the modular structures present in various domains that are deemed interdisciplinary, one can arrive at the conclusion that certain observed regularities connected with network organisation (i.e., centrality types and measures) are in fact trans-domain (they go beyond their respective domain and have application in a different domain that concerns itself with studying relational structures of various forms) or they possess at least the projectional character in regard to ontology metamodeling.
    Źródło:
    Humanistyka i Przyrodoznawstwo; 2017, 23; 25-41
    1234-4087
    Pojawia się w:
    Humanistyka i Przyrodoznawstwo
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    High throughput protein production
    Autorzy:
    Tworak, A.
    Podkowinski, J.
    Figlerowicz, M.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/80317.pdf
    Data publikacji:
    2011
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    activity
    cloning
    DNA sequencing
    expression
    high throughput
    human genome
    Human Genome Project
    large scale proteomics
    new technology
    protein folding
    protein production
    purification
    Źródło:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2011, 92, 2
    0860-7796
    Pojawia się w:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Method for mass spectrometry spectrum deisotoping based on fuzzy inference systems
    Autorzy:
    Glodek, Anna
    Polańska, Joanna
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/747419.pdf
    Data publikacji:
    2018
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Matematyczne
    Tematy:
    fuzzy logic, fuzzy inference systems, deisotoping, mass spectrometry, algorithms, proteomics, applied mathematics
    fuzzy logic, fuzzy inference systems, deisotoping, mass spectrometry, algorithms, MALDI ToF
    Opis:
    Celem niniejszego artykułu jest omówienie zaproponowanego algorytmu do identyfikacji obwiedni izotopowych, opartego na teorii systemów rozmytych. Obecnie proteomika jest ściśle powiązana z chorobami nowotworowymi. Dlatego też bardzo ważne jest precyzyjne zidentyfikowanie białek znajdujących się w obszarze raka; stosowana jest w tym celu spektrometria masowa. Jedną z technik spektrometrii masowej jest MALDI. Otrzymane dane będące widmem masowym składają się ze stosunku masy do ładunku jonów oraz intensywnosci pików. W celu przetworzenia danych, usunięcia szumu, linii bazowej etc. stosuje się przetwarzanie wstępne. Identyfikacja obwiedni izotopowych jest częścią procesu przetwarzania wstępnego w proteomice. Polega ona na identyfikacji izotopów wchodzących w skład obwiedni izotopowej, a także pozwala na zredukowanie wymiaru danych. Istnieje wiele algorytmów do identyfikacji obwiedni izotopowej, jednak każdy z nich dedykowany jest dla innego rodzaju techniki spektrometrii masowej (MALDI, LC-MS, ESI, etc.) bądź dla konkretnego rodzaju cząsteczek. Dlatego też zaproponowany algorytm został oparty na teorii systemów rozmytych, a reguły wnioskowania zostały oparte na wieloletnich doświadczeniach eksperta w dziedzinie spektrometrii masowej. Przetestowany był on na danych uzyskanych z Instytutu Onkologii im. Marii Skłodowskiej-Curie w Gliwicach, pochodzących z badań nad rakiem głowy i szyi dla losowo wybranej grupy peptydów i lipidów. Wyniki autorskiego algorytmu do identyfikacji obwiedni izotopowych porównano z jedną z istniejących metod do identyfikacji obwiedni izotopowych.
    Nowadays, mass spectrometry is widely used in proteomics for confident and precise identification of the protein. One of the most important steps in the signal analysis is deisotoping because some peaks in the spectrum are not the unique compound, but there are members of an isotopic envelope. Although the mass spectrometry is present in proteomics for a long time already, the problem of isotope peaks identification is not solved yet. The existing algorithms, usually designed for the particular type of spectrometer, are semi-supervised and do not give satisfactory results. We propose a new algorithm based on fuzzy inference systems that can accurately identify the isotopic envelopes in the spectrum of the complex structure.
    Źródło:
    Mathematica Applicanda; 2018, 46, 1
    1730-2668
    2299-4009
    Pojawia się w:
    Mathematica Applicanda
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
      Wyświetlanie 1-32 z 32

      Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies