Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Centralna Biblioteka Wojskowa Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaCentralna Biblioteka Wojskowa

Wyszukujesz frazę "protein sequence" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Wyrównaj
Wyświetlanie 1-15 z 20
Tytuł:
MIPS sequences: a promising molecular consideration in angiosperm phylogeny and systematics
Autorzy:
Hazra, A.
Nandy, P.
Sengupta, C.
Das, S.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80785.pdf
Data publikacji:
2018
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
myo-inositol-1-phosphate synthase
protein sequence
angiosperm
phylogenesis
maximum likelihood method
multiple sequence alignment
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2018, 99, 1
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Immunogenicity of recombinant bacterial antigens expressed as fusion proteins in transgenic rice seeds
Autorzy:
Zaman, S.
Islam, S.M.T.
Khan, M.K.
Alam, M.M.
Uddin, M.I.
Baby, N.I.
Islam, S.
Bhuiyan, T.R.
Qadri, F.
Seraj, Z.I.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80383.pdf
Data publikacji:
2017
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
rice seed
transgenic rice plant
gene sequence
fusion protein
tuberculosis
vaccine
oral vaccine
Ag85B antigen
cholera
bacterial antigen
immunogenicity
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2017, 98, 4
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
A novel approach for identifying DNA repair pathways proteins using an evolutionary approach: Plasmodium falciparum case study
Autorzy:
Milanowska, K.
Wojtczak, J.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80413.pdf
Data publikacji:
2016
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
DNA repair
pathway
ortholog
pipeline
Plasmodium falciparum
proteomics
protein
profile analysis
Hidden Markov model
multiple sequence alignment
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2016, 97, 4
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
An example of template based protein structure modeling by global optimization
Autorzy:
Joo, K.
Joung, I.
Lee, J.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1938628.pdf
Data publikacji:
2016
Wydawca:
Politechnika Gdańska
Tematy:
template based modeling
protein structure modeling
global optimization
casp
homology modeling
sequence alignment
fold recognition
Opis:
CASP (Critical Assessment of protein Structure Prediction) is a community-wide experiment for protein structure prediction taking place every two years since 1994. In CASP 11 held in 2014, according to the official CASP 11 assessment, our method named `nns' was ranked as the second best server method based on models ranked as first out of 81 targets. In `nns', we applied the powerful global optimization method of conformational space annealing to three stages of optimization, including multiple sequence-structure alignment, three-dimensional (3D) chain building, and side-chain remodeling. For the fold recognition, a new alignment method called CRF align was used. The good performance of the nns server method is attributed to the successful fold recognition carried out by combined methods including CRF align, and the current modeling formulation incorporating accurate structural aspects collected from multiple templates. In this article, we provide a successful example of `nns' predictions for T0776, for which all details of intermediate modeling data are provided.
Źródło:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 2016, 20, 4; 341-352
1428-6394
Pojawia się w:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Phylogenetic analysis of PDV movement protein compared to Bromoviridae members as justification of possible intercellular movement
Autorzy:
Koziel, E..
Otulak, K.
Garbaczewska, G.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/19748.pdf
Data publikacji:
2015
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
phylogenetic analysis
prune dwarf virus
protein
Bromoviridae
justification
movement protein
amino acid sequence
Źródło:
Acta Biologica Cracoviensia. Series Botanica; 2015, 57, 2
0001-5296
Pojawia się w:
Acta Biologica Cracoviensia. Series Botanica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Identification of amino acid sequences via X-ray crystallography: a mini review of case studies
Autorzy:
Pietrzyk, A.J.
Bujacz, A.
Jaskolski, M.
Bujacz, G.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80098.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
amino acid sequence
X-ray crystallography
cDNA sequence
protein sequence
protein 3D structure
liquid chromatography
electrospray ionization mass spectrometry
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 1
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Identification of miRNAs and their potential targets in halophyte plant Thellungiella halophila
Autorzy:
Panahi, B.
Mohammadi, S.A.
Ebrahimie, E.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/81192.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
microRNA
gene expression
halophytic plant
Thellungiella halophila
Expressed Sequence Tag programme
target protein
gene identification
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 3
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
In silico prediction and characterization of three-dimensional structure of actin-1 of Arabidopsis thaliana
Autorzy:
Sahu, M.
Dehury, B.
Sarmah, R.
Sahoo, S.
Sahu, J.
Sarma, K.
Sen, P.
Modi, M.K.
Barooah, M.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80321.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
actin-1
protein sequence
Arabidopsis thaliana
comparative modelling
three-dimensional structure
molecular dynamics simulation
Opis:
Actin-1 is a ubiquitous protein belonging to the reproductive class of Actin family in Arabidopsis thaliana . This protein is involved in the formation of filaments that are major components of the cytoskeleton. Despite the importance of this protein, very little information is available regarding its structure and function in plants. In this study, analysis of the protein sequence was done and comparative model of Actin-1 was constructed (UNIPROT ID: P0CJ46) from Arabidopsis thaliana using the crystal structure of Dictyostelium discoideum actin (PDB ID: 1NLV-A) as template employing Modeller version 9.9. The stable structure was generated by 5 nanosecond molecular dynamics simulation steps using GROMOS43A1 96 force field that characterized its structural and dynamic feature. The biochemical function of the final simulated structure was also investigated using PROFUNC. The molecular simulation study suggested that the modeled Actin-1 protein retain its stable conformation in aqueous solution. The predicted binding sites in the modeled Actin-1 protein are very informative for further protein-ligand interaction study.
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 4
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Inorganic pyrophosphatase (PPase) from a higher plant
Autorzy:
Grzechowiak, M.
Sikorski, M.
Jaskolski, M.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80714.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
inorganic pyrophosphatase
amino acid sequence
higher plant
Arabidopsis thaliana
chelating chromatography
homogenous protein
X-ray diffraction
synchrotron radiation
molecular replacement
crystal structure
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 1
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
The two faces of the proteins structure - Application of knowledge about intrinsically disordered proteins in rational drug design
Dwie twarze struktury przestrzennej białek – zastosowanie wiedzy o białkach samoistnie nieuporządkowanych w racjonalnym projektowaniu leków
Autorzy:
Górka, Adam
Bonarek, Piotr
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/41204476.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Uniwersytet Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy
Tematy:
elementy rozpoznawania molekularnego
oddziaływania białko białko
fałdowanie białek
cechy sekwencji aminokwasowej białek
molecular recognition features
protein protein interactions
protein folding
amino acid sequence properties of proteins
Opis:
Proteins are an essential component of living cells. Proper understanding of the properties of their structure is crucial to understanding their function in nature. The proteins and their fragments may exist in four states of structure organization: ordered, molten globule, pre molten globule and random coil. The particular function of proteins depend on any one of these states or a transition between them. A significant proportion of proteins in nature is composed of a mixture of ordered and intrinsically disordered regions, that fulfil important roles in the processes like signal transduction, cell cycle regulation and many others. The standard approach for rational drug design does not work for intrinsically disordered proteins (IDPs) and requires modified strategies. Furthermore, the majority of proteins with long intrinsically disordered regions (IDRs) use short molecular recognition elements (MoRFs), which undergo transition from disorder to order state and adopt various structures in numerous protein protein interactions. These interactions are an attractive therapeutic target for the pharmaceutical industry in the process of rational drug design.
Białka są podstawowymi składnikami żywych komórek. Prawidłowe rozumienie cech ich struktury przestrzennej jest kluczowe dla zrozumienia ich funkcjonowania w organizmach żywych. Białka mogą przebywać w czterech wyróżnionych stanach organizacji struktury przestrzennej: uporządkowanym, stopionej globuli, pre-stopionej globuli i kłębka statystycznego. Funkcje białek mogą być związane z każdym tych stanów, a co ważniejsze, z przejściami pomiędzy tymi stanami. Znacząca liczba białek w przyrodzie zbudowana jest z mieszaniny rejonów uporządkowanych oraz samoistnie nieuporządkowanych, które pełnią ważne role w procesach przekazu sygnału, regulacji cyklu komórkowego i wielu innych. Standardowe podejście do racjonalnego projektowania leków nie sprawdza się w przypadku białek samoistnie nieuporządkowanych (IDPs) i wymaga zmodyfikowanej strategii postępowania. Jednym z atrakcyjnych celów terapeutycznych dla przemysłu farmaceutycznego są krótkie fragmenty łańcucha aminokwasowego pełniące funkcje elementów rozpoznawania molekularnego (MoRFs), które porządkują swoją strukturę w różnorodnych i licznych oddziaływaniach z innymi białkami. Charakterystyczną cechą MoRFs-ów jest ich częste występowanie w rejonach samoistnie nieuporządkowanych łańcucha polipeptydowego.
Źródło:
Studia i Materiały Informatyki Stosowanej; 2013, 10; 7-12
1689-6300
Pojawia się w:
Studia i Materiały Informatyki Stosowanej
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Ancient history of X-ray crystal structure of B-DNA oligomers and its perspective
Autorzy:
Grzeskowiak, K.
Ohishi, H.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80367.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
ancient history
X-ray crystallography
crystal structure
DNA oligomer
DNA binding protein
DNA binding drug
nanotechnology
methylation
nanotube
antitumour agent
DNA restriction
DNA sequence
protein
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2011, 92, 3
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Beyond sequence similarity – the curious case of GW/WG protein domain
Autorzy:
Karlowski, W.M.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/79861.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
RNA silencing
gene expression
protein domain
amino acid sequence
Arabidopsis thaliana
Vitis vinifera
cysteine
phenylalanine
histidine
methionine
tyrosine
sequence similarity
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2011, 92, 4
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
On the mode of integration of the thylakoid membrane protein cytochrome b6 into cytoplasmic membrane of Escherichia coli
Autorzy:
Króliczewski, Jaroslaw
Gubernator, Beata
Rögner, Matthias
Szczepaniak, Andrzej
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1039882.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
membrane protein
signal sequence
integration/translocation
cytochrome b6
Opis:
In the stroma compartment, several pathways are used for integration/translocation of chloroplast proteins into or across the thylakoid membrane. In this study we investigated the mode of incorporation of the chloroplast-encoded cytochrome b6 into the bacterial membrane. Cytochrome b6 naturally comprises of four transmembrane helices (A,B,C,D) and contains two b-type hemes. In the present study, mature cytochrome b6 or constructed deletion mutants of cytochrome were expressed in E. coli cells. The membrane insertion of cytochrome b6 in this bacterial model system requires an artificially added presequence that directs the protein to use an E. coli membrane-insertion pathway. This could be accomplished by fusion to maltose-binding protein (MBP) or to the bacterial Sec-dependent signal peptide (SSpelB). The integration of mature cytochrome b6 into the bacterial cytoplasmic membrane by the Sec pathway has been reported previously by our group (Kroliczewski et al., 2005, Biochemistry, 44: 7570). The results presented here show that cytochrome b6 devoid of the first helix A can be inserted into the membrane, as can the entire ABCD. On the other hand, the construct devoid of helices A and B is translocated through the membrane into the periplasm without any effective insertion. This suggests the importance of the membrane-anchoring sequences that are likely to be present in only the A and B part, and it is consistent with the results of computational prediction which did not identify any membrane-anchoring sequences for the C or D helices. We also show that the incorporation of hemes into the truncated form of cytochrome b6 is possible, as long as the B and D helices bearing axial ligands to heme are present.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2011, 58, 3; 335-343
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Optimization algorithm for de novo analysis of tandem mass spectrometry data
Autorzy:
Kistowski, M.
Gambin, A,
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80400.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
algorithm
tandem mass spectrometry
analysis
protein identification
post-translational protein modification
amino acid sequence
genetic algorithm
mass spectrometry
liquid chromatography
mutation
crossing-over
Lutefisk algorithm
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2011, 92, 3
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Characterization of outer membrane proteins participating in iron transport in Pasteurella multocida serotype A3
Autorzy:
Puchalski, A
Dec, M.
Wernicki, A.
Urban-Chmiel, R.
Gieral, A.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/30100.pdf
Data publikacji:
2010
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
iron-regulated outer membrane protein
Pasteurella multocida
iron transport
iron ion
iron deficiency
protein
new protein
bacterial growth
standard condition
molecular weight
amino acid sequence
Opis:
Iron-regulated outer membrane proteins (IROMPs) of P. multocida serotype A3, which function as receptors for complexes containing iron ions, are induced by iron deficiency in the bacterial growth environment. Analysis of an electrophoresis image of proteins isolated from bacteria grown on medium supplemented with 2,2'-dipyridyl revealed expression of 16 new proteins that were not noted in the case of the bacteria grown in standard conditions, with molecular weights from 30 to 160 kDa. Induction of IROMP expression occurred within 30 minutes after restricted iron conditions were established. In immunoblotting, distinct reactions were noted for proteins of molecular weight ranges of 25-49 kDa, 61-95 kDa, and 108-214 kDa. Proteins of the molecular weight of 68, 75 and 86 kDa were analysed using mass spectrometry and matched with the highest probability to proteins in the NCBI data base. Several dozen different proteins with similar amino acid sequences were matched to each sample.
Źródło:
Polish Journal of Veterinary Sciences; 2010, 13, 1; 121-127
1505-1773
Pojawia się w:
Polish Journal of Veterinary Sciences
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Wyświetlanie 1-15 z 20

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies