Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Wyszukujesz frazę "profil ekspresji genów" wg kryterium: Temat


Wyświetlanie 1-2 z 2
Tytuł:
Profil ekspresji genów w gwiaździakach włosowatokomórkowych wieku dziecięcego w odniesieniu do lokalizacji, obrazu radiologiczno‑morfologicznego i przebiegu klinicznego choroby
Gene expression profiles of pilocytic astrocytoma in relation to the location, radiological features and clinical course of the disease
Autorzy:
Zakrzewska, Magdalena
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1058003.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Medical Communications
Tematy:
dzieci
gwiaździak włosowatokomórkowy
lokalizacja
obraz radiologiczny
profil ekspresji genów
przebieg
choroby
children
gene expression profiling
location
outcome
pilocytic astrocytoma
radiology
Opis:
Pilocytic astrocytoma (PA) is the most common type of brain tumour in paediatric population connected with favourable prognosis although in numbered cases recurrence or dissemination could be observed. PA accounts for 30% of all brain tumours occurring in children. The tumours affect various anatomical structures and show different radiological appearance. Genetics of this tumour as well as the plausible correlations between molecular profile and clinical course of the disease and/or radiological features are still undefined. The purpose of our research was the identification of gene expression profiles related to localization and radiological features of pilocytic astrocytomas and clinical course of the disease. Eighty six children with PAs, operated on in the Department of Neurosurgery, Polish Mother’s Memorial Hospital Research Institute, were included in this study. The group was comprised of 55 males and 31 females. The mean age of patients at the time of diagnosis was 7 years (ranging from 1 to 17 years). All specimens were diagnosed at the Department of Molecular Pathology and Neuropathology Medical University of Lodz, according to the WHO criteria. The analysis was done by high density oligonucleotide microarrays (GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0) in 50 snap‑frozen tissue samples diversified in terms of localization (28 cerebellar tumours, 11 optic tracts and hypothalamic tumours, 9 hemispheric tumours, 2 brain stem tumours), radiological appearance (27 solid or mainly solid tumours, 10 cystic tumours where the mural nodule and the cyst wall were enhanced, 8 cystic tumours where only the mural nodule was enhanced, 5 largely necrotic tumours) and clinical course (5 cases of progressive disease after subtotal resection, 2 cases connected with neurofibromatosis type 1). Bioinformatic analyses with using Bioconductor packages were done after normalization of data with using GC‑RMA algorithm. Gene expression profile of pilocytic astrocytomas highly depends on the tumour localization. This correlation reach statistical significance (p=0.001). Eight hundred sixty‑two probesets differentiated tumours of different localization with high significance of global test. Most prominent differences were noted for IRX2, PAX3, CXCL14, LHX2, SIX6, CNTN1 and SIX1 genes. Analysis of the genes differentiating between radiological features showed much weaker transcriptome differences, with the borderline significance in the global test of association (p=0.88). No genes showed significant association with the tendency to progression in univariate analysis (p=0.83). The results of microarray analysis were confirmed by QRT‑PCR. In the conclusion we showed that gene expression profile in pilocytic astrocytomas is connected with tumour localization and such relationship suggest different origin of PA arising within various anatomical brain structures. Morphological and radiological features as well as clinical course of disease seem not to be associated with different gene expression pattern.
Gwiaździak włosowatokomórkowy (pilocytic astrocytoma, PA) jest najczęstszym nowotworem mózgu występującym u dzieci, u których stanowi około 30% wszystkich nowotworów ośrodkowego układu nerwowego. Biologia molekularna tego nowotworu, pomimo jego częstego występowania w populacji dziecięcej, nie została dotąd wystarczająco poznana, a ewentualnego związku pomiędzy obecnością zaburzeń molekularnych a parametrami klinicznymi nie zdefiniowano na poziomie pozwalającym wykorzystać wyniki badań genetycznych w sferze działań klinicznych. Celem projektu było ustalenie profili ekspresji genów różnicujących gwiaździaka włosowatokomórkowego wieku dziecięcego w zależności od jego umiejscowienia, obrazu radiologiczno‑morfologicznego oraz przebiegu klinicznego choroby. Do badań zakwalifikowano nowotworowy materiał tkankowy pochodzący od 86 dzieci (55 chłopców, 31 dziewcząt) w wieku od 1 do 17 lat (mediana 7 lat). Wszystkie przypadki zostały zdiagnozowane w Zakładzie Patologii Molekularnej i Neuropatologii Uniwersytetu Medycznego w Łodzi w oparciu o kryteria bieżącej klasyfikacji nowotworów ośrodkowego układu nerwowego według WHO. Badania mające na celu identyfikację istotnych biologicznie odchyleń w ekspresji genów przeprowadzono przy użyciu mikromacierzy wysokiej gęstości Human Genome U133 Plus 2.0 (Affymetrix) w 50 przypadkach gwiaździaków włosowatokomórkowych. Badana grupa była zróżnicowana pod względem lokalizacji (28 nowotworów móżdżku i komory IV, 11 nowotworów dróg wzrokowych i podwzgórza, 9 nowotworów półkul mózgu, 2 nowotwory pnia mózgu), obrazu radiologiczno‑morfologicznego (27 nowotworów litych, 10 nowotworów torbielowatych, w których wzmocnieniu kontrastowemu ulegały ściana torbieli i guzek przyścienny, 8 nowotworów torbielowatych z guzkiem przyściennym, w których wzmocnieniu kontrastowemu ulegał tylko guzek przyścienny, 5 nowotworów z obecnymi cechami martwicy centralnej) i przebiegu klinicznego choroby (5 przypadków z cechami klinicznymi progresji choroby po resekcji subtotalnej, 2 przypadki rozwijające się w przebiegu neurofibromatozy typu 1.). Po normalizacji wyników przy użyciu algorytmu GC‑RMA przeprowadzono analizy bioinformatyczne wykorzystujące przede wszystkim pakiet Bioconductor. Wyselekcjonowano 862 geny różnicujące gwiaździaki włosowatokomórkowe pod względem umiejscowienia anatomicznego i wykazano obecność istotnej zależności statystycznej pomiędzy profilem ekspresji genów w odniesieniu do lokalizacji zmiany (p=0,001). Na podstawie uzyskanych wyników dokonano wyboru genów będących markerami molekularnymi dla nowotworów rozwijających się w poszczególnych lokalizacjach (IRX2, PAX3, CXCL14, LHX2, SIX6, CNTN1, SIX1). Nie wykazano możliwości zróżnicowania badanej grupy w zależności od obrazu radiologiczno‑morfologicznego. Geny najlepiej różnicujące badaną grupę cechowały się małą amplitudą zmian i brakiem znamienności statystycznej (p=0,88). Podobnie progresja choroby nie była związana z profilem ekspresji genów (p=0,83). Walidację uzyskanych wyników przeprowadzono w oparciu o QRT‑PCR. Przeprowadzone analizy pozwoliły stwierdzić, że gwiaździakiwłosowatokomórkowe w zależności od lokalizacji anatomicznej posiadają charakterystyczny profil ekspresji genów, sugerujący ich różne pochodzenie. Z kolei obraz radiologiczno‑morfologiczny oraz przebieg kliniczny choroby nie mają związku z całkowitym profilem ekspresji genów.
Źródło:
Aktualności Neurologiczne; 2011, 11, 3; 135-198
1641-9227
2451-0696
Pojawia się w:
Aktualności Neurologiczne
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Ocena zmian profilu ekspresji genów kandydujących w podkładkach jabłoni o odmiennym stopniu tolerancji mrozowej
Evaluation of changes in the expression profile of candidate genes in apple rootstockss with a different degree of frost tolerance .
Autorzy:
Keller-Przybyłkowicz, Sylwia
Lewandowski, Mariusz
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2199254.pdf
Data publikacji:
2020-12-09
Wydawca:
Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
Tematy:
adnotacja funkcjonalna genów
Malus domestica Borkh.
sekwencjonowanie
profil ekspresji
ilościowa reakcja amplifikacji
expression profile
gene annotation
new generation sequencing (NGS)
quantitative transcript level (qRT-PCR)
Opis:
Celem przeprowadzonych badań była identyfikacja genów sprzężonych z cechą mrozoodporności podkładek jabłoni. Ocenę zmian w poziomie ekspresji wyizolowanych genów przeprowadzono metodami RNAseq i qRT-PCR, dla podkładek zróżnicowanych po względem stopnia tolerancji mrozowej: P 66 (tolerancyjna) i M.9 (wrażliwa).W wyniku przeprowadzonych odczytów sekwencji RNA (sekwencjonowanie de novo w systemie Illumina Solid) dla w/w podkładek zidentyfikowano około 167 milionów odczytów unikatowych sekwencji, z których do wstępnych badań weryfikacyjnych wytypowano 15 o zróżnicowanym profilu ekspresji. Sekwencje poddano adnotacji funkcjonalnej. Wytypowane geny kodują: białka strukturalne i integralne błon komórkowych i wakuoli komórkowych, czynników transkrypcyjnych, białek regulujących transport międzykomórkowy i wewnątrzkomórkowy, białek hydrolizujących wiązania C-O i C-N oraz białek wiążących makro- i mikroelementy. Celem weryfikacji typu regulacji sekwencji transkryptomu uzyskanych z sekwencjonowania nowej generacji (NGS), dla tych samych prób przeprowadzono ilościową analizę transkryptu genów (qRT-PCR). Spośród badanych genów, trzy reprezentowały identyczny typ regulacji w badanych układach eksperymentalnych RNA-seq i qRT-PCR. Wytypowane geny stanowią potencjalne sekwencje kandydujące do sporządzenia markerów funkcjonalnych, umożliwiających wczesną selekcję podkładek jabłoni tolerancyjnych na mróz.
The aim of presented study was to identify putative candidate genes associated with apple rootstock winter hardiness. The assessment of changes in expression profile of isolated differentially expressed genes, was performed using two subsequent experiments: RNAseq (based on New Generation Sequencing, NGS) and qRT-PCR (Real Time transcript amplification). In terms of traits of interests two apple rootstocks P 66 (frost tolerant) and M.9 (frost sensitive) were evaluated. As a result of the RNA sequence readings (de novo sequencing, Illumina Solid system), approximately 167 million reads of unique sequences were identified. Finally, fifteen functionally annotated expressed tags, representing different expression profile, were chosen. Selected putative genes coding: structural and integral proteins of cell membranes and cellular vacuoles, transcription factors, proteins regulating intercellular and intracellular transport, C-O and C-N bonds hydrolyzes, and proteins binding macro- and microelements. In order to verify the type of regulation of the transcriptome sequences obtained in NGS technology, qRT-PCR tests were carried out for the same samples layout. Three of studied sequences, represented identical type of regulation in both RNA-seq and qRT-PCR experiments. The selected genes seems to represent potential candidate sequences (functional molecular markers), enabling the early selection of frost-tolerant apple rootstocks.
Źródło:
Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin; 2020, 291; 21-32
0373-7837
2657-8913
Pojawia się w:
Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
    Wyświetlanie 1-2 z 2

    Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies