Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Centralna Biblioteka Wojskowa Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaCentralna Biblioteka Wojskowa

Wyszukujesz frazę "molecular orbital" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Wyrównaj
    Wyświetlanie 1-5 z 5
    Tytuł:
    Application of Fragment Molecular Orbital Method to investigate dopamine receptors
    Autorzy:
    Preikša, Jokūbas
    Śliwa, Paweł
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/93092.pdf
    Data publikacji:
    2019
    Wydawca:
    Państwowa Wyższa Szkoła Zawodowa w Tarnowie
    Tematy:
    Fragment Molecular Orbital
    molecular dynamic
    dopamine receptor
    Fragment Molecular Orbital (FMO)
    dynamika molekularna
    receptor dopaminowy
    Opis:
    GPCRs are a vast family of seven-domain transmembrane proteins. This family includes dopamine receptors (D1, D2, D3, D4, and D5), which mediate the variety of dopamine-controlled physiological functions in the brain and periphery. Ligands of dopamine receptors are used for managing several neuropsychiatric disorders, including bipolar disorder, schizophrenia, anxiety, and Parkinson’s disease. Recent studies have revealed that dopamine receptors could be part of multiple signaling cascades, rather than of a single signaling pathway. For these targets, a variety of experimental and computational drug design techniques are utilized. In this work, dopamine receptors D2, D3, and D4 were investigated using molecular dynamic method as well as computational ab initio Fragment Molecular Orbital method (FMO), which can reveal atomistic details about ligand binding. The results provided useful insights into the significances of amino acid residues in ligand binding sites. Moreover, similarities and differences between active-sites of three studied types of receptors were examined.
    Źródło:
    Science, Technology and Innovation; 2019, 6, 3; 24-32
    2544-9125
    Pojawia się w:
    Science, Technology and Innovation
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Molecular orbital estimation of reduced partition function ratios of lithium ions in ion exchanger phase of aqueous ion exchange systems
    Autorzy:
    Yanase, S.
    Oi, T.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/147007.pdf
    Data publikacji:
    2002
    Wydawca:
    Instytut Chemii i Techniki Jądrowej
    Tematy:
    ion exchange
    lithium
    lithium isotopes
    molecular orbital calculations
    ONIOM calculations
    Opis:
    Structures of Li+(H2O)5SO3 --R with -R representing the methyl and other groups modeling the lithium ion in the ion exchanger phase of aqueous ion exchange systems were optimized based on the molecular orbital theory and the reduced partition function ratios (RPFRs) for the 6Li/7Li isotope substitutions were estimated. The structure around the lithium ion was nearly unchanged by the substitutions of the methyl group by the other groups. Correspondingly, the RPFR value did not vary substantially, either; the maximum decrease of 0.0008 was observed for -R = -C(C2H5)3 from that of -CH3. It was indicated that the equilibrium constant of the lithium isotope exchange reaction between the ion exchanger and the external solution phases could change by ca. 0.001 without any substantial structural change around the lithium ion in the ion exchanger phase. It was also indicated the ONIOM calculation is effective when treating isotope effects of large molecules.
    Źródło:
    Nukleonika; 2002, 47,suppl.1; 75-79
    0029-5922
    1508-5791
    Pojawia się w:
    Nukleonika
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Ag+/S2O8 2– system for the degradation of aqueous flutriafol
    Autorzy:
    Yang, H.
    Zhou, W.
    Yang, L.
    Deng, J.
    Hu, Q.
    Wei, H.
    Au, C.
    Yi, B.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/207760.pdf
    Data publikacji:
    2018
    Wydawca:
    Politechnika Wrocławska. Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej
    Tematy:
    chemical analysis
    degradation
    free radicals
    metal ions
    molecular orbital
    transition metals
    analiza chemiczna
    degradacja
    wolne rodniki
    jony metali
    orbital molekularny
    metale przejściowe
    Opis:
    The degradation of flutriafol in aqueous persulfate (S2O82–) system in the presence of selected transition metal ions was investigated. In the presence of Ag+ or Fe2+, flutriafol degradation occurs, whereas in the presence of Mn2+, Co2+, Ni2+, Cu2+, Zn2+ and Bi3+ ions, the degradation is less than 15%. The Ag+/ S2O82– aqueous system being the most effective was adopted for experimental and theoretical investigations. It was confirmed that pH of 3.0 is the most suitable, and that both · SO4–and ·OH– radicals are the main active species to afford flutriafol degradation, with the former contributes more than the latter. To elucidate degradation mechanism, molecular orbital calculations were performed and reaction intermediates identified by GC/MS and HPLC/MS/MS analyses. Three degradation pathways are proposed that involve the cleavage of C–N and C–C bonds as a result of ·SO4– attack, as well as the formation of hydroxylated products due to · OH radicals.
    Źródło:
    Environment Protection Engineering; 2018, 44, 2; 57-72
    0324-8828
    Pojawia się w:
    Environment Protection Engineering
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Theoretical study of kinetic isotope effects on hydrogen abstraction reactions
    Autorzy:
    Kurosaki, Y.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/147000.pdf
    Data publikacji:
    2002
    Wydawca:
    Instytut Chemii i Techniki Jądrowej
    Tematy:
    ab initio molecular orbital method
    hyrogen abstraction reaction
    potential energy surface
    secondary isotope effect
    transition state theory
    tunneling
    Opis:
    Effects of isotopic substitutions of "spectator" hydrogens on rate constants have been theoretically examined for the CH3 + H2 ' CH4 + H (I) and C2H + H2 ' C2H2 + H (II) reactions using variational transition state theory with the multidimensional semiclassical tunneling correction. A small but significant secondary isotope effect was found for reaction (I) but almost no isotope effect was found for reaction (II). This is because the potential energy surface for reaction (II) has an "early" character.
    Źródło:
    Nukleonika; 2002, 47,suppl.1; 81-88
    0029-5922
    1508-5791
    Pojawia się w:
    Nukleonika
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    O wiązaniu chemicznym inaczej
    On the chemical bond differently
    Autorzy:
    Nalewajski, R.F.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/172051.pdf
    Data publikacji:
    2011
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Tematy:
    entropowe krotności wiązań
    kryteria lokalizacji elektronów i wiązań chemicznych
    kwadratowe rzędy wiązań
    molekularny układ komunikacyjny
    nieaddytywna informacja Fishera
    orbitalna teoria komunikacyjna
    pośredni mechanizm wiązań
    teoria informacji
    wiązanie chemiczne
    chemical bond
    entropic bond multiplicities
    localization criteria for electrons
    molecular communication channel
    non-additive Fisher information
    orbital communication theory
    quadratic bond orders
    indirect bonding mechanism
    information theory
    Opis:
    Artykuł podsumowuje alternatywne detektory struktury elektronowej i wiązań chemicznych cząsteczek niedawno sformułowane w ramach teorii informacji (IT). Redystrybucja elektronów towarzysząca tworzeniu wiązań, od wolnych atomów promolekuły (w pozycjach molekularnych) do związanych atomów cząsteczki (AIM), generuje stowarzyszone zmiany w rozkładach alternatywnych miar zawartości informacji w prawdopodobieństwach elektronowych. Te gęstości informacji stanowią czułe próbniki entropowej genezy oraz struktury/krotności wiązań chemicznych. Pokazano, że lokalne zmiany w molekularnej entropii Shannona i utraconej informacji (brakującej entropii) względem odniesienia promolekularnego dostarczają efektywnych narzędzi do wykrywania/lokalizowania wiązań chemicznych i monitorowania zmian w promocji/hybrydyzacji atomów związanych w otoczeniu molekularnym. Gęstość ujemnej nieaddytywnej informacji Fishera w rozdzielczości orbitali atomowych (AO ) podobnie generuje kryterium kontragradiencji (CG) efektywnej lokalizacji obszarów wiążących w układach molekularnych. Przedstawione będą ilustracyjne zastosowania tych nowych narzędzi w eksploracji struktury elektronowej i sieci wiązań chemicznych w wybranych cząsteczkach. Wprowadzona zostanie orbitalna teoria komunikacyjna (OCT) wiązania chemicznego, która może być zastosowana zarówno do rozpoznania sumarycznych/ zlokalizowanych rzędów wiązań jak też ich charakteru kowalencyjno-jonowego. W tym opisie cząsteczka jest treaktowana jako układ informacyjny, w którym propagowane są prawdopopodobieństwa („sygnały”) odpowiednich zdarzeń przynależności elektronów do funkcji bazowych. Ta molekularna sieć komunikacyjna generuje entropowe miary krotności wiązania chemicznego oraz jego komponent, kowalencyjnej (szumu komunikacyjnego) i jonowej (przepływu informacji), zarówno dla cząsteczki jako całości oraz jej fragmentów dwuatomowych. Prawdopodobieństwa warunkowe wyznaczające to rozpraszanie informacji w cząstecze lub jej wybranych fragmentach określa zasada superpozycji stanów mechaniki kwantowej zastosowana do podprzestrzeni wiązań chemicznych cząsteczki wyznaczonej przez jej zajęte orbitale molekularne (MO). Te prawdopodobieństwa są propoporcjonalne do kwadratów odpowiednich elementów macierzy gęstości, w standardowej teorii SCF LCAO MO znanej także pod nazwą macierzy ładunków i rzędów wiązań (CBO), związanych z indeksem Wiberga mierzącym krotność wiązania chemicznego. OCT stosuje typowe dla IT deskryptory rozpraszania prawdopodobieństw elektronowych w sieci komunikacyjnej generowanej przez wiązania chemiczne cząsteczki: średnia entropia warunkowa (molekularnego) „wyjścia” przy zadanym (molekularnym) „wejściu” mierzy szum komunikacyjny kanału na skutek delokalizacji elektronów, tym samym odzwierciedlając (w bitach) kowalencję wiązań chemicznych cząsteczki, podczas gdy komplementarny indeks wzajemnej informacji (promolekularnego) „wejścia” i molekularnego „wyjścia” (informacyjnej przepustowości) kanału wyznacza ich łączną jonowość. Przedstawiona zostanie argumentacja poglądu, że pojęcie wiązania chemicznego obejmuje wszystkie typy wzajemnych zależności między AO użytymi do reprezentacji podprzestrzeni wiązań chemicznych cząsteczki. W takiej uogólnionej perspektywie dddziaływanie między zadaną parą AO w układzie molekularnym obejmuje zarówno źródła bezpośrednie, od konstruktywnej interferencji zadanej pary AO w MO, oraz pośrednie, od uwikłanych zależości między tą parą AO w molekularnej podprzestrzeni wiązań chemicznych poprzez pozostałe funkcje bazy na skutek ich jednoczesnego uczestnictwa we wszystkich wiązaniach chemicznych układu. Tak więc przyczynki pośrednie (poprzez „mostek” orbitalny) uzupełniają znane wkłady bezpośrednie (poprzez „przestrzeń”) w wypadkowych miarach krotności wiązań chemicznych molekuł. Miary tych uwikłanych składowych wiązania chemicznego, realizowanych przez orbitalnych pośredników, można wyznaczyć zarówno w teorii SCF MO, stosując zmodyfikowane indeksy Wiberga, oraz w IT – poprzez entropowe deskryptory pośrednich (kaskadowych) systemów komunikacji. Jawne (bezpośrednie) i uwikłane (pośrednie) zależności między funkcjami bazy w podprzestrzeni wiązań chemicznych cząsteczki można wyrazić przez odpowiednie elementy macierzy CBO. Związane z nimi prawdopodobieństwa warunkowe, definiujące bezpośrednią i mostkową (kaskadową) propagację prawdopodobieństw elektronowych między AO , wyznaczają w ramach OCT odpowiednie deskryptory IT tych oddziaływań. Przedyskutowane zostaną ilustracyjne rezultaty otrzymane z teorii Hückela i obliczeń metodą Hartree-Focka (RHF) dla wybranych układów .-elektronowych oraz ze standardowych obliczeń SCF MO i Kohna-Shama (KS) dla butadienu, benzenu i reprezentacyjnych polimerów. Wypadkowe indeksy wiązań, łączące bezpośrednie i pośrednie przyczynki ich krotności, dają bardziej zrównoważoną perspektywę rozkładu wiązań w porównaniu do bardziej dychotomicznego obrazu wynikającego z oryginalnego ujęcia Wiberga, opartego wyłącznie na składowej bezpośredniej. Przykład liniowych polimerów demonstruje, że w przeciwieństwie do wiązań bezpośrednich, które mogą powstawać jedynie między wzajemnie nakładającymi się orbitalami na stosunkowo niewielkich odległościach, mechanizm pośredni efektywnie wydłuża ten zasięg na dalszych sąsiadów łańcucha polimeru.
    Alternative probes of the molecular electronic and bond structure recently derived in the Information-Theory (IT) are surveyed. The electron redistribution accompanying the bond formation, from the (molecularly placed) free atoms of the promolecule to the bonded Atoms-in-Molecules (AIM), generates the associated displacements in alternative measures of the information content of electronic probabilities. It is shown that these information densities represent sensitive probes into the entropic origins and the structure/multiplicity of chemical bonds. Local displacements in the molecular Shannon entropy and the missing information (entropy deficiency) relative to the promolecular reference provide efficient tools for detecting/localizing the chemical bonds and monitoring the promotion/hybridization changes the bonded atoms undergo in the molecular environment. The distribution of the negative non-additive Fisher information in the Atomic Orbital (AO ) resolution similarly generates the "Contra-Gradience" (CG) probe for localizing the bonding regions in molecules. Illustrative applications of these novel IT tools in exploring the electronic structure and patterns of chemical bonds in typical molecules are reported. The Orbital Communication Theory (OCT) of the chemical bond is introduced. It can be used to explore both the the overall/localized bond-orders and their covalent/ionic composition. In this description the molecule is treated as the information system which propagates the probabilities ("signals") of the underlying AO "events" of the electron allocations to basis functions. This molecular communication network generates the entropic measures of the chemical bond multiplicity and its covalent (communication noise) and ionic (information flow) components for both the molecule as a whole and its diatomic fragments. The conditional probabilities of this information scattering throughout the molecule or the subsystems of interest are generated from the superposition principle of quantum mechanics, applied in the bonding subspace of the molecule determined by the system occupied Molecular Orbitals (MO). They are proportional to the squares of the corresponding elements of the first-order density matrix, also known in the standard SCF LCAO MO MO theory as the Charge-and-Bond-Order (CBO) matrix, which are related to the quadratic (Wiberg) index of the chemical bond multiplicity. OCT uses the standard IT descriptors of the molecular information channel to characterize the scattering of electron probabilities throughout the communication network via to the system chemical bonds: the average conditional-entropy of the molecular "output" distribution given the molecular "input" signal measures the channel communication-noise due to electron delocalization and reflects the overall IT-covalency in the molecule, while the complementary descriptor of the network mutual-information (information-capacity) in the promolecular "input" and molecular "output" determines the system IT-ionicity. The diatomic bond multiplicities from OCT reproduce the Wiberg bond-order in diatomic molecules and generate efficient tools for indexing the connectivities between AIM, at the same time providing an adequate representation of the bond differentiation known from intuitive chemical considerations. It is argued that the chemical bond concept embodies all dependencies between AO used to construct the bonding subspace of the molecule. The interaction between the specified pair of AO in the molecule thus exhibits both of the direct and indirect sources: the former results from the constructive interference between the two basis functions, while the latter have their roots in the implicit dependencies between the given basis functions through their dependence upon remaining AO in the molecular bonding subspace, due to their joint participation in the chemical bond system. Therefore, the indirect (through-bridge) contributions complement the familiar direct (through-space) bonds in the resultant pattern of the bond multiplicities in molecules. These implicit bond components, realized via AO intermediates, can be probed using both the "quadratic" bond orders of Wiberg and the associated IT descriptors of the cascade communications between AO . The explicit and implicit dependencies between basis functions in the bonding subspace can be both expressed in terms of the relevant elements of the molecular CBO matrix. The conditional probabilities of the direct and bridge (cascade) propagations of electronic probabilities between AO then determine in OCT the associated IT descriptors of these interactions. Representative results from the Hückel theory for illustrative π-electron systems (benzene, butadiene and linear polyenes) and from the standard Hartree-Fock (RHF) and Kohn-Sham (KS) calculations on butadiene, benzene and selected linear polymers are discussed. The resultant bond indices, combining the direct and indirect multiplicity contributions, are shown to generate a more balanced bonding perspective, compared to that resulting from the direct (Wiberg) bondorder approach. As illustrated for linear polymers, the direct bonding can be realized at relatively short distances, while the indirect mechanism effectively extends this range to more distant neighbors in the polymer chain.
    Źródło:
    Wiadomości Chemiczne; 2011, 65, 9-10; 729-794
    0043-5104
    2300-0295
    Pojawia się w:
    Wiadomości Chemiczne
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
      Wyświetlanie 1-5 z 5

      Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies