Temat: genomics - Katalog OPAC zbiorów

Skocz do pozycji: 1.

Tytuł:: DNA – a molecule that transformed science. A short history of research
Autorzy:: Gabryelska, Marta M.
Szymański, Maciej
Barciszewski, Jan
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/703398.pdf
Data publikacji:: 2009
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: DNA
molecular biology
genomics
genetics
Opis:: Deoxyribonucleic acid (DNA) was identified 140 years ago by a Swiss physician Friedrich Miescher. His discovery was fundamental for the development of biochemistry, genetics and molecular biology. Contemporary biology, biotechnology and medicine largely depends on our ability to analyze, synthesize and manipulate DNA. We present highlights of the history of DNA research from the very beginning to the sequencing of human genome.
Źródło:: Nauka; 2009, 2
1231-8515
Pojawia się w:: Nauka
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 2.

Tytuł:: DNA microarrays, a novel approach in studies of chromatin structure.
Autorzy:: Widłak, Piotr
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1043314.pdf
Data publikacji:: 2004
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:: chromatin
genomics
epigenomics
DNA microarray
nucleosomes
Opis:: The DNA microarray technology delivers an experimental tool that allows surveying expression of genetic information on a genome-wide scale at the level of single genes - for the new field termed functional genomics. Gene expression profiling - the primary application of DNA microarrays technology - generates monumental amounts of information concerning the functioning of genes, cells and organisms. However, the expression of genetic information is regulated by a number of factors that cannot be directly targeted by standard gene expression profiling. The genetic material of eukaryotic cells is packed into chromatin which provides the compaction and organization of DNA for replication, repair and recombination processes, and is the major epigenetic factor determining the expression of genetic information. Genomic DNA can be methylated and this modification modulates interactions with proteins which change the functional status of genes. Both chromatin structure and transcriptional activity are affected by the processes of replication, recombination and repair. Modified DNA microarray technology could be applied to genome-wide study of epigenetic factors and processes that modulate the expression of genetic information. Attempts to use DNA microarrays in studies of chromatin packing state, chromatin/DNA-binding protein distribution and DNA methylation pattern on a genome-wide scale are briefly reviewed in this paper.
Źródło:: Acta Biochimica Polonica; 2004, 51, 1; 1-8
0001-527X
Pojawia się w:: Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 3.

Tytuł:: On the application of compressive sampling techniques to high throughput data in computational genomics
Autorzy:: Hernández-Lemus, H.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/375726.pdf
Data publikacji:: 2011
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: compressive sampling
compressed sensing
computational genomics
Opis:: With the advent of high throughput experiments in genomics and proteomics, the researcher in computational data analysis is faced with new challenges, both with regards to the computational capacities and also in the probabilistic/statistical methodology fields; in order to handle such massive amounts of data in a systematic coherent way. In this paper we describe the basic aspects of the mathematical theory and the computational implications of a recently developed technique called Compressive Sampling, as well as some possible applications within the scope of Computational Genomics, and Computational Biology in general. The central idea behind this work is that most of the information sampled from the experiments turns out to be discarded (for being non-useful) in the final stages of biological analysis, hence it would be better if we could find an algorithm to remove selectively such information in order to get rid of the computational burden associated with processing and analyzing such huge amounts of data. Here we show that a possible algorithm for doing so it is precisely Compressive Sampling. As a working example, we will consider the data-analysis of whole-genome microarray gene expression for 1191 individuals within a breast cancer project.
Źródło:: Theoretical and Applied Informatics; 2011, 23, 3-4; 177-192
1896-5334
Pojawia się w:: Theoretical and Applied Informatics
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 4.

Tytuł:: Fungal genomes tell a story of ecological adaptations
Autorzy:: Muszewska, Anna
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/764966.pdf
Data publikacji:: 2014
Wydawca:: Uniwersytet Łódzki. Wydawnictwo Uniwersytetu Łódzkiego
Tematy:: fungal genomics
osmotroph
pathogenic fungi
mycorrhiza
symbiotic fungi
HGT
Opis:: Grzyby odgrywają zasadniczą rolę w ekosystemach jako patogeny, saprotrofy i symbionty. Ich wszechstronne zdolności metaboliczne czynią z nich kluczowe ogniwo w obiegu węgla w przyrodzie. Dla człowieka stanowią głównie źródło infekcji, ale również zyskują na znaczeniu w biotechnologii. Grzyby są obecne w naszym otoczeniu w formie zarodników, pełzaków, grzybni i owocników. Te same gatunki grzybów w zależności od warunków otoczenia mogą prezentować rożne formy morfologiczne i tworzyć różne relacje z otoczeniem, na przykład owadobójcze grzyby są często spotykane jako endosymbionty roślin. Całe to bogactwo znajduje odzwierciedlenie w genomach grzybów. Osmotroficzny tryb życia grzybów narzuca charakter interakcji grzybów z otoczeniem, która odbywa się przy pomocy wydzielanych na zewnątrz enzymów rozkładających pożywienie, białek efektorowych oraz toksyn wpływających na inne organizmy. Grzyby posiadają złożone kompozycje wydzielanych cząsteczek oraz transportery błonowe przystosowane do efektywnego przenoszenia związków chemicznych w obu kierunkach. Zdolność do rozkładania ligniny i celulozy odpowiada w dużej mierze za sukces ewolucyjny grzybów. Adaptacja organizmu do nowego ekosystemu zwykle przebiega poprzez duplikację genów z ich późniejszymi asymetrycznymi zmianami prowadzącymi do szybkiej zmiany specyficzności substratowej jednego z paralogów. Wielokrotne duplikacje jednej grupy genów prowadzą do rozrostu rodziny kodowanych przez nie białek i rozszerzenia zakresu możliwości np. rozkładanych przez nie wariantów substratów. Zwiększenie liczby genów związanych z metabolizowaniem danej grupy substratów jest jednym z podstawowych sposobów adaptacji do danej niszy ekologicznej widzianej z perspektywy genomu. Charakterystyczne więc dla grzybów związanych z roślinami będzie kodowanie licznych enzymów degradujących węglowodany, a dla dermatofitów – proteazy i lipazy. Kolejnym poziomem adaptacji patogenów/symbiontów jest zmiana profilu ekspresji genów i stały „wyścig zbrojeń” z gospodarzami. Ponadto geny te często sąsiadują z transpozonami, w obrębie szybciej ewoluującej części genomu. Geny związane z metabolizowaniem ksenobiotyków częściej ulegają też horyzontalnemu transferowi genów aniżeli geny metabolizmu podstawowego. Inna wyróżniającą grzyby cechą jest posiadanie różnorodnych modeli rozmnażania płciowego nawet pomiędzy spokrewnionymi gatunkami. Model rozmnażania jest jednym z ważniejszych sposobów dostosowania do trybu życia. Rozmnażanie jednopłciowe pojawiało się wielokrotnie w ewolucji grzybów i wydaje się być adaptacją do patogennego trybu życia.
One genome enables a fungus to have various lifestyles and strategies depending on environmental conditions and in the presence of specific counterparts. The nature of their interactions with other living and abiotic elements is a consequence of their osmotrophism. The ability to degrade complex compounds and especially plant biomass makes them a key component of the global carbon circulation cycle. Since the first fungal genomic sequence was published in 1996 mycology has benefited from the technolgical progress. The available data create an unprecedented opportunity to perform massive comparative studies with complex study design variants targeted at all cellular processes.
Źródło:: Acta Universitatis Lodziensis. Folia Biologica et Oecologica; 2014, 10; 9-17
1730-2366
2083-8484
Pojawia się w:: Acta Universitatis Lodziensis. Folia Biologica et Oecologica
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 5.

Tytuł:: Helicosporidia: a genomic snapshot of an early transition to parasitism
Autorzy:: Sun, Y.
Pombert, J.-F.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/58197.pdf
Data publikacji:: 2014
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Botaniczne
Tematy:: Helicosporidium
green alga
alga
comparative genomics
entomopathogen
parasitism
parasite
invertebrate
Opis:: Helicosporidia are gut parasites of invertebrates. These achlorophyllous, non-photosynthetic green algae are the first reported to infect insects. Helicosporidia are members of the green algal class Trebouxiophyceae and are further related to the photosynthetic and non-photosynthetic genera Auxenochlorella and Prototheca, respectively, the latter of which can also turn to parasitism under opportunistic conditions. Molecular analyses suggest that Helicosporidia diverged from other photosynthetic trebouxiophytes less than 200 million years ago and that its adaptation to parasitism is therefore recent. In this minireview, we summarize the current knowledge of helicosporidian genomics. Unlike many well-known parasitic lineages, the Helicosporidium sp. organelle and nuclear genomes have lost surprisingly little in terms of coding content aside from photosynthesis-related genes. While the small size of its nuclear genome compared to other sequenced trebouxiophycean representatives suggests that Helicosporidium is going through a streamlining process, this scenario cannot be ascertained at this stage. Genome expansions and contractions have occurred independently multiple times in the green algae, and the small size of the Helicosporidium genome may reflect a lack of expansion from a lean ancestor state rather than a tendency towards reduction.
Źródło:: Acta Societatis Botanicorum Poloniae; 2014, 83, 4
0001-6977
2083-9480
Pojawia się w:: Acta Societatis Botanicorum Poloniae
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 6.

Tytuł:: Plastid origin: who, when and why?
Autorzy:: Ku, Chuan
Roettger, M.
Zimorski, V.
Nelsen-Sathi, S.
Sousa, F.L.
Martin, W.F.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/59262.pdf
Data publikacji:: 2014
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Botaniczne
Tematy:: plastid
Cyanoprokaryota
endosymbiosis
evolution
gene transfer
genomics
organelle
photosynthesis
phylogenesis
Opis:: The origin of plastids is best explained by endosymbiotic theory, which dates back to the early 1900s. Three lines of evidence based on protein import machineries and molecular phylogenies of eukaryote (host) and cyanobacterial (endosymbiont) genes point to a single origin of primary plastids, a unique and important event that successfully transferred two photosystems and oxygenic photosynthesis from prokaryotes to eukaryotes. The nature of the cyanobacterial lineage from which plastids originated has been a topic of investigation. Recent studies have focused on the branching position of the plastid lineage in the phylogeny based on cyanobacterial core genes, that is, genes shared by all cyanobacteria and plastids. These studies have delivered conflicting results, however. In addition, the core genes represent only a very small portion of cyanobacterial genomes and may not be a good proxy for the rest of the ancestral plastid genome. Information in plant nuclear genomes, where most genes that entered the eukaryotic lineage through acquisition from the plastid ancestor reside, suggests that heterocyst-forming cyanobacteria in Stanier’s sections IV and V are most similar to the plastid ancestor in terms of gene complement and sequence conservation, which is in agreement with models suggesting an important role of nitrogen fixation in symbioses involving cyanobacteria. Plastid origin is an ancient event that involved a prokaryotic symbiont and a eukaryotic host, organisms with different histories and genome evolutionary processes. The different modes of genome evolution in prokaryotes and eukaryotes bear upon our interpretations of plastid phylogeny.
Źródło:: Acta Societatis Botanicorum Poloniae; 2014, 83, 4
0001-6977
2083-9480
Pojawia się w:: Acta Societatis Botanicorum Poloniae
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 7.

Tytuł:: A common cis-element in promoters of protein synthesis and cell cycle genes
Autorzy:: Wyrwicz, Lucjan
Gaj, Paweł
Hoffmann, Marcin
Rychlewski, Leszek
Ostrowski, Jerzy
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1041116.pdf
Data publikacji:: 2007
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:: gel shift assay
regulation of transcription
comparative genomics
gene expression
promoter
bioinformatics
Opis:: Gene promoters contain several classes of functional sequence elements (cis elements) recognized by protein agents, e.g. transcription factors and essential components of the transcription machinery. Here we describe a common DNA regulatory element (tandem TCTCGCGAGA motif) of human TATA-less promoters. A combination of bioinformatic and experimental methodology suggests that the element can be critical for expression of genes involved in enhanced protein synthesis and the G1/S transition in the cell cycle. The motif was identified in a substantial fraction of promoters of cell cycle genes, like cyclins (CCNC, CCNG1), as well as transcription regulators (TAF7, TAF13, KLF7, NCOA2), chromatin structure modulators (HDAC2, TAF6L), translation initiation factors (EIF5, EIF2S1, EIF4G2, EIF3S8, EIF4) and previously reported 18 ribosomal protein genes. Since the motif can define a subset of promoters with a distinct mechanism of activation involved in regulation of expression of about 5% of human genes, further investigation of this regulatory element is an emerging task.
Źródło:: Acta Biochimica Polonica; 2007, 54, 1; 89-98
0001-527X
Pojawia się w:: Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 8.

Tytuł:: Recent Advances in Application of Transcriptomics: Research on Heterotrophic and Autotrophic Protists
Autorzy:: Anderson, O. Roger
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/52001052.pdf
Data publikacji:: 2022
Wydawca:: Uniwersytet Jagielloński. Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego
Tematy:: Algae
autotrophy
ecology
ecosystems
functional groups
genomics
heterotrophic protists
metabolism
parasitism
physiology
Opis:: The application of molecular phylogenetics to research on protists has substantially transformed our understanding of their evolution and systematics. More recently, advances in molecular technology, including high throughput sequencing, has opened new avenues for genomic analyses that elucidate major aspects of protistan biology across all levels of biological organization from cellular to ecosystems. This is a review of recent advances (particularly in the last two decades) of transcriptomic research on heterotrophic and autotrophic protists within three major topics: (i) Physiology and metabolism, (ii) Development and life cycles, and (iii) Environmental and ecological studies. Emphasis is placed on selection of representative research that highlights findings across diverse taxonomic groups within each of the three topics. Examples are drawn from parasitic as well as free-living taxa to provide a broad overview of some of the research strategies, and major findings, that have emerged from application of transcriptomics and related techniques in advancing our understanding of protistan biology.
Źródło:: Acta Protozoologica; 2022, 61; 47-75
0065-1583
1689-0027
Pojawia się w:: Acta Protozoologica
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 9.

Tytuł:: Forest tree research in post genomic era. Introduction to systems biology of broadleaves
Autorzy:: Staszak, A.M.
Pawlowski, T.A.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/41059.pdf
Data publikacji:: 2012
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Instytut Dendrologii PAN
Tematy:: forest tree
tree
genomics
proteomics
woody plant
biology
broadleaf
plant reproduction
plant physiology
Opis:: Trees are long living organisms, rarely used in molecular experiments because of large size of the genome and long time of reproduction cycle. Sequencing data from Populus trichocarpa genome allowed for the development of research on the processes associated with tree biology such as secondary wood formation, long-term perennial growth, seasonal changes, biotic interactions, evolution etc. Reference data enable the investigation of non-model trees such as Quercus or Fagus, having ecological and economic significance. During projects scientists use genomic, transcriptomic, proteomic and metabolomic approaches which contribute to better understanding of the physiological processes regulating tree biology. Data collected from these multiple studies need to be integrated. The integration of data is the subject of the newly established field of science called systems biology. This review presents progress in tree research after finishing the sequencing project of Populus. It concentrates on modern trends in 'omics' and systems biology study of temperate broadleave trees during the last 10 years of studies.
Źródło:: Dendrobiology; 2012, 68
1641-1307
Pojawia się w:: Dendrobiology
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 10.

Tytuł:: Personal remarks on the future of protein crystallography and structural biology
Autorzy:: Jaskolski, Mariusz
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1040362.pdf
Data publikacji:: 2010
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:: high-throughput crystallography
single-particle imaging
synchrotron radiation
X-ray free-electron laser
structural genomics
Opis:: Protein crystallography, the main experimental method of structural biology, has undergone in the recent past three revolutionary changes leading to its unexpected renaissance. They were connected with (i) the introduction of synchrotron radiation sources for X-ray diffraction experiments, (ii) implementation of Se-Met multiwavelength anomalous diffraction (MAD) for phasing, and (iii) initiation of structural genomics (SG) programs. It can be foreseen that in the next 10-15 years protein crystallography will continue to be in this revolutionary phase. We can expect not only an avalanche of protein crystal structures from SG centers, but also attacking of more demanding projects, such as the structure of membrane proteins and of very large macromolecular complexes. On the technological front, the introduction of X-ray radiation from free-electron lasers will revolutionize the experimental possibilities, making feasible even the imaging of single molecules and of intact biological cells.
Źródło:: Acta Biochimica Polonica; 2010, 57, 3; 261-264
0001-527X
Pojawia się w:: Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Informacja

Wyszukujesz frazę "genomics" wg kryterium: Temat

Źródło danych

Dostawca treści

Kolekcja

Rok wydania

Wydawca

Temat

Autor

Typ dokumentu

Język