Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Wyszukujesz frazę "gene sequencing" wg kryterium: Temat


Wyświetlanie 1-4 z 4
Tytuł:
Biomolecular characterization of Fusarium poae strains isolated from durum wheat in central Italy.
Autorzy:
Alberti, I.
Prà, Dal M.
Tonti, S.
Montanari, M.
Prodi, A.
Pancaldi, D.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2199628.pdf
Data publikacji:
2011-12-20
Wydawca:
Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
Tematy:
durum wheat
FHB
F. poae
gene sequencing
mycotoxins
trichothecenes
Opis:
Fusarium Head Blight (FHB) is a worldwide disease affecting wheat, barley and other grains, reducing kernel weight and grain yield; infected seeds may contain a large number of mycotoxins, including trichothe- cenes of type A and B. These compounds have already been associated with human and animal toxicoses. Most common species causing the disease are F. graminearum, F. culmorum and F. avenaceum, but in the last few years a gradual increase in incidence of another species, F. poae, has been reported. In general terms, F. poae is a relatively weak pathogen, but its contribute to the increase of mycotoxins level still has to be clarified. Durum wheat is widely cultivated in the central part of Italy, however the effective incidence of F. poae in this area still has to be investigated. In order to monitor Fusarium risk, we collected dozens of F. poae strains on seeds and glumes of durum wheat coming from some of the most important cultivated areas of Central Italy. Every isolate was identified both by microscope observation and by PCR assay with the primer pair Fp82 F/R. Strains were therefore subjected to a more accurate molecular characterization by Translation Elongation Factor 1-alpha (TEF-1α) gene sequencing.  
Źródło:
Plant Breeding and Seed Science; 2011, 64; 153-161
1429-3862
2083-599X
Pojawia się w:
Plant Breeding and Seed Science
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Screening for genetic mutations in LDLR gene with familial hypercholesterolemia patients in the Saudi population
Autorzy:
Alharbi, Khalid
Kashour, Tarek
Al-Hussaini, Wejdan
Nbaheen, May
Hasanato, Rana
Mohamed, Sarar
Tamimi, Waleed
Khan, Imran
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1039005.pdf
Data publikacji:
2015
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
DNA sequencing
familial hypercholesterolemia
LDLR gene
Saudi population
Opis:
Familial hypercholesterolemia (FH) is caused by genetic defects involving the low density lipoprotein-receptor (LDL-R), predisposing affected people to premature atherosclerotic cardiovascular disease and death. The aim of the present study was to assess certain exons in the LDLR gene mutation detection analysis affecting in the Saudi population with FH. This case-control study was carried out with 200 subjects; 100 were FH cases and 100 were healthy controls. Five mL of venous blood samples were collected from all the subjects and used for biochemical and genetic analysis. DNA was extracted from 2 mL of the EDTA samples, and precise primers were designed for LDL-R gene which includes Exon 3, 4 and 8. PCR was followed by DNA sequencing. In our study, we found 25 mutations in cases in Exon-3 and 2 mutations in controls, however, we have found only 5 mutations in exon 4 and none of the mutations were identified in exon 8. We conclude that screening of FH among Saudi population is very important to identify individuals who are prone to develop the disease.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2015, 62, 3; 559-562
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
De novo sequencing and comparative transcriptome analysis of white petals and red labella in Phalaenopsis for discovery of genes related to flower color and floral differentiation
Autorzy:
Yang, Y.
Wang, J.
Ma, Z.
Sun, G.
Zhang, C.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/58306.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Botaniczne
Tematy:
sequencing
RNA sequence
transcriptome
Phalaenopsis
gene
flower
colour
floral differentiation
diversity
Opis:
Phalaenopsis is one of the world’s most popular and important epiphytic monopodial orchids. The extraordinary floral diversity of Phalaenopsis is a reflection of its evolutionary success. As a consequence of this diversity, and of the complexity of flower color development in Phalaenopsis, this species is a valuable research material for developmental biology studies. Nevertheless, research on the molecular mechanisms underlying flower color and floral organ formation in Phalaenopsis is still in the early phases. In this study, we generated large amounts of data from Phalaenopsis flowers by combining Illumina sequencing with differentially expressed gene (DEG) analysis. We obtained 37 723 and 34 020 unigenes from petals and labella, respectively. A total of 2736 DEGs were identified, and the functions of many DEGs were annotated by BLAST-searching against several public databases. We mapped 837 up-regulated DEGs (432 from petals and 405 from labella) to 102 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathways. Almost all pathways were represented in both petals (102 pathways) and labella (99 pathways). DEGs involved in energy metabolism were significantly differentially distributed between labella and petals, and various DEGs related to flower color and floral differentiation were found in the two organs. Interestingly, we also identified genes encoding several key enzymes involved in carotenoid synthesis. These genes were differentially expressed between petals and labella, suggesting that carotenoids may influence Phalaenopsis flower color. We thus conclude that a combination of anthocyanins and/or carotenoids determine flower color formation in Phalaenopsis. These results broaden our understanding of the mechanisms controlling flower color and floral organ differentiation in Phalaenopsis and other orchids.
Źródło:
Acta Societatis Botanicorum Poloniae; 2014, 83, 3
0001-6977
2083-9480
Pojawia się w:
Acta Societatis Botanicorum Poloniae
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Ocena zmian profilu ekspresji genów kandydujących w podkładkach jabłoni o odmiennym stopniu tolerancji mrozowej
Evaluation of changes in the expression profile of candidate genes in apple rootstockss with a different degree of frost tolerance .
Autorzy:
Keller-Przybyłkowicz, Sylwia
Lewandowski, Mariusz
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2199254.pdf
Data publikacji:
2020-12-09
Wydawca:
Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
Tematy:
adnotacja funkcjonalna genów
Malus domestica Borkh.
sekwencjonowanie
profil ekspresji
ilościowa reakcja amplifikacji
expression profile
gene annotation
new generation sequencing (NGS)
quantitative transcript level (qRT-PCR)
Opis:
Celem przeprowadzonych badań była identyfikacja genów sprzężonych z cechą mrozoodporności podkładek jabłoni. Ocenę zmian w poziomie ekspresji wyizolowanych genów przeprowadzono metodami RNAseq i qRT-PCR, dla podkładek zróżnicowanych po względem stopnia tolerancji mrozowej: P 66 (tolerancyjna) i M.9 (wrażliwa).W wyniku przeprowadzonych odczytów sekwencji RNA (sekwencjonowanie de novo w systemie Illumina Solid) dla w/w podkładek zidentyfikowano około 167 milionów odczytów unikatowych sekwencji, z których do wstępnych badań weryfikacyjnych wytypowano 15 o zróżnicowanym profilu ekspresji. Sekwencje poddano adnotacji funkcjonalnej. Wytypowane geny kodują: białka strukturalne i integralne błon komórkowych i wakuoli komórkowych, czynników transkrypcyjnych, białek regulujących transport międzykomórkowy i wewnątrzkomórkowy, białek hydrolizujących wiązania C-O i C-N oraz białek wiążących makro- i mikroelementy. Celem weryfikacji typu regulacji sekwencji transkryptomu uzyskanych z sekwencjonowania nowej generacji (NGS), dla tych samych prób przeprowadzono ilościową analizę transkryptu genów (qRT-PCR). Spośród badanych genów, trzy reprezentowały identyczny typ regulacji w badanych układach eksperymentalnych RNA-seq i qRT-PCR. Wytypowane geny stanowią potencjalne sekwencje kandydujące do sporządzenia markerów funkcjonalnych, umożliwiających wczesną selekcję podkładek jabłoni tolerancyjnych na mróz.
The aim of presented study was to identify putative candidate genes associated with apple rootstock winter hardiness. The assessment of changes in expression profile of isolated differentially expressed genes, was performed using two subsequent experiments: RNAseq (based on New Generation Sequencing, NGS) and qRT-PCR (Real Time transcript amplification). In terms of traits of interests two apple rootstocks P 66 (frost tolerant) and M.9 (frost sensitive) were evaluated. As a result of the RNA sequence readings (de novo sequencing, Illumina Solid system), approximately 167 million reads of unique sequences were identified. Finally, fifteen functionally annotated expressed tags, representing different expression profile, were chosen. Selected putative genes coding: structural and integral proteins of cell membranes and cellular vacuoles, transcription factors, proteins regulating intercellular and intracellular transport, C-O and C-N bonds hydrolyzes, and proteins binding macro- and microelements. In order to verify the type of regulation of the transcriptome sequences obtained in NGS technology, qRT-PCR tests were carried out for the same samples layout. Three of studied sequences, represented identical type of regulation in both RNA-seq and qRT-PCR experiments. The selected genes seems to represent potential candidate sequences (functional molecular markers), enabling the early selection of frost-tolerant apple rootstocks.
Źródło:
Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin; 2020, 291; 21-32
0373-7837
2657-8913
Pojawia się w:
Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
    Wyświetlanie 1-4 z 4

    Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies