Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Centralna Biblioteka Wojskowa Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaCentralna Biblioteka Wojskowa

Wyszukujesz frazę "conformational analysis" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Wyrównaj
    Wyświetlanie 1-5 z 5
    Tytuł:
    The ECEPP package for conformational analysis of polypeptides
    Autorzy:
    Ripoll, D. R.
    Liwo, A.
    Czaplewski, C.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1954519.pdf
    Data publikacji:
    1999
    Wydawca:
    Politechnika Gdańska
    Tematy:
    peptides
    proteins
    conformational analysis
    empirical force fields
    global optimization
    Opis:
    We present here the ECEPPAK (developed in the laboratory of prof. H.A. Scheraga, Cornell University) and ANALYZE packages for the conformational search of polypeptides that is based on the ECEPP/3 force field. The functions of the program include energy calculation and minimization and global conformational search using the Electrostatically Driven Monte Carlo (EDMC) method. The search can be constrained using experimental information e.g., the distance constraints from NMR measurements. The sister program, ANALYZE, allows the user to classify the conformations by means of cluster analysis and fit the statistical weights of the conformations to best fit the experimental observables. The package is extensively parallelized, which allows the user to carry out the conformational search even of comparatively large polypeptides in real time.
    Źródło:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 1999, 3, 3; 313-331
    1428-6394
    Pojawia się w:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Conformational Stability, TGA, and Molecular Docking Investigations of p-Coumaric Acid with Special Relevance to Anti-Cancer and Antibacterial Activity
    Autorzy:
    Sathish, M.
    Meenakshi, G.
    Xavier, S.
    Sebastian, S.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1032309.pdf
    Data publikacji:
    2017-06
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Instytut Fizyki PAN
    Tematy:
    conformational analysis
    molecular geometry
    molecular docking
    p-coumaric acid
    hydrogen bonding
    TGA
    Opis:
    In this work an attempt is made to analysis of the possible different conformers of p-coumaric acid (PCA) by using density functional method. The total energy of four possible conformers were calculated by using B3LYP/6-311G(d,p) method. Computational result identifies that the most stable conformer of PCA is C2. The formation of inter- and intra-molecular hydrogen bonding between -OH and -COOH group gave the evidence for dimer formation for PCA molecule. The highest occupied-lowest unoccupied molecular orbital analysis shows that the negative electrostatic region situated over the -COOH group and positive electrostatic potential region are localized on ring system and all hydrogen. The PCA has been screened to anti-microbial activity and found to exhibit anti-bacterial effects. Molecular docking results suggest that PCA may exhibit inhibitory activity against lung cancer protein and may act as potential against lung cancer.
    Źródło:
    Acta Physica Polonica A; 2017, 131, 6; 1512-1518
    0587-4246
    1898-794X
    Pojawia się w:
    Acta Physica Polonica A
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Conformational studies of tachykinin peptides using NMR spectroscopy
    Autorzy:
    Rodziewicz, S.
    Xiao-Fei, Qi.
    Rolka, K.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1954059.pdf
    Data publikacji:
    1998
    Wydawca:
    Politechnika Gdańska
    Tematy:
    conformational analysis
    tachykinin peptides
    NMR spectroscopy
    Scyliorhinin II
    molecular dynamics calculation methods
    DMSO
    Opis:
    Conformational analysis of two tachykinin family peptides: Scyliorhinin I (ScyI) and Scyliorhinin II (ScyII) was carried out by 1D- and 2D-NMR (DQF-COSY, TOCSY, HMQC, HMBC, NOESY and ROESY) and molecular dynamics calculation methods in water and DMSO. Scyliorhinin I is an equipotent agonist of NK-1 and NK-2 tachykinin receptors and Scyliorhinin II is a selective agonist of the NK-3 tachykinin receptor. In DMSO, two groups of conformations (major and minor) were obtained for both peptides based on the experimental data. The conformations proposed for ScyI represent a folded structure, which show certain similarities to the structures reported for other NK-1 and NK-2 tachykinin agonists. In water ScyII displays a flexible, extended structure, whereas in DMSO the structure is more compact and in the fragment from the centre to the C-terminus several beta -turns may be present.
    Źródło:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 1998, 2, 1; 47-53
    1428-6394
    Pojawia się w:
    TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Konformacyjne właściwości modyfikowanych reszt aminokwasowych
    Conformational properties of modified amino acid residues
    Autorzy:
    Wałęsa, R.
    Buczek, A.
    Broda, A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/143003.pdf
    Data publikacji:
    2014
    Wydawca:
    Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Przemysłu Chemicznego. Zakład Wydawniczy CHEMPRESS-SITPChem
    Tematy:
    dehydrofenyloalanina
    N-metylowanie
    analiza konformacyjna
    obliczenia DFT
    wpływ rozpuszczalnika
    dehydrophenylalanine
    N-methylation
    conformational analysis
    DFT calculations
    solvent impact
    Opis:
    Konformacyjnie usztywnione aminokwasy są szeroko stosowane przy konstruowaniu peptydowych analogów o lepszych właściwościach farmako-kinetycznych. Jednym z sposobów modyfikacji peptydów jest wprowadzenie reszt a,b-dehydroaminokwasowych w łańcuch peptydowy. Podwójne wiązanie Ca=Cb usztywnia łańcuch boczny i umożliwia występowanie izomerii geometrycznej Z/E. Innym rodzajem modyfikacji jest zastąpienie amidowej grupy –NH grupą –NCH3, czyli tzw. N-metylowanie. Autorzy określili wpływ tych dwóch modyfikacji strukturalnych na konformację łańcucha peptydowego. Przeprowadzone badania pozwoliły ustalić, że reszta a,b-dehydrofenyloalaniny aminokwasów konformacji H. Wykazano również, że polarny rozpuszczalnik zwiększa wyraźnie udział konfiguracji cis wiązania amidowego w N-metylowanych peptydach.
    Conformationally constrained amino acids are widely used in the design of peptide analogues with better pharmacokinetic properties. One of the methods of peptide modification is the introduction of a, b -dehydroamino acid residues into peptide chain. The double bond Ca=Cb constrains side chain and enables occurrence of geometrical isomerism Z/E. The other type of modification is the replacement of amide group –NH with group –NCH3, i.e. so called N-methylation. The Authors have determined the impact of these two structural modifications on peptide chain conformation. Conducted research has lead to the conclusion that -dehydrophenylalanine residue has the ability to exhibit atypical for standard amino acids H conformation. It has also been shown that polar solvent clearly increase percentage of cis configuration of amide bond in N-methylated peptides.
    Źródło:
    Chemik; 2014, 68, 4; 329-334
    0009-2886
    Pojawia się w:
    Chemik
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Elektrooptyczny efekt Kerra w chemii
    Electrooptic Kerr effect in chemistry
    Autorzy:
    Prezhdo, O.
    Olan, K.
    Zubkowa, W.
    Preżdo, W.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/171825.pdf
    Data publikacji:
    2011
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Tematy:
    elektrooptyczny efekt Kerra
    analiza konformacyjna
    wewnątrzcząsteczkowe oddziaływania
    oddziaływania wewnątrzcząsteczkowe
    oddziaływania międzycząsteczkowe
    polaryzowalność
    moment dipolowy
    stała Kerra
    electro-optical Kerr effect
    conformational analysis
    intra-molecular interactions
    intermolecular interactions
    polarizability
    dipole moment
    Kerr constant
    Opis:
    The electro-optical Kerr effect finds wide application in conformational analysis of molecules and molecular aggregates [1–5], particularly in cases where the standard X-ray and NMR techniques cannot be used. For instance, NMR allows to establish conformations of linear and cyclic unsaturated organic compounds. However, it is less effective in an analysis of molecular complexes, particularly of those that have several rotational symmetry axes. In such cases a combination of techniques based on molecular dipole moments, electro-optical Kerr effect, optical Kerr effect, IR spectroscopy, and Rayleigh scattering can be applied [6]. The foundations of conformational analysis of molecular complexes using several complementary physical approaches are developed in Ref. [7]. The electro-optical methods are particularly useful for an investigation of intramolecular interactions [8–18]. The strength, direction and other details of intramolecular interactions can be determined by analyzing the deviations of the experimental molar Kerr constant (mK) from its value calculated according to the tensor-additive scheme that operates with polarizability tensors of molecular cores and functional groups [19, 20]. For instance, using this approach it has been shown that weakening of conjugation in an electron donor-acceptor chain can lead to flattening of the molecular structure [21]. The Kerr constant is also very sensitive to intermolecular interactions [22–29]. In order to assess quantitatively an extent of the solvent effect on the mK values, both molecular and continuum models of solution structure have been used [30, 31]. The mK values are greatly affected by the mutual orientation of solvent and solute molecules, which interact by dispersive, inductive and dipole-dipole forces [32]. Hydrogen and donor-acceptor bonding have an even stronger influence on the mK values [33]. The equimolar mixtures approach developed in Ref. [34] allows to determine the molar Kerr constant (mK), dipole moment (m), equilibrium constant (K) and, ultimately, structure of a molecular complex based on measurements of the Kerr constant (B), dielectric permittivity (e), density (d) and refractive index (n) of a series of dilute solutions of the complex. Future trends in the development of the electro-optical methods in chemistry are discussed. Theories that relate the electric-optic proprieties of molecules with their reactivity are particularly important. Such theories should be able to predict the changes in the polarizabilities and dipole moments of bonds, molecules and molecular aggregates during the course of chemical reactions.
    Źródło:
    Wiadomości Chemiczne; 2011, 65, 1-2; 1-31
    0043-5104
    2300-0295
    Pojawia się w:
    Wiadomości Chemiczne
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
      Wyświetlanie 1-5 z 5

      Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies