- Tytuł:
-
Molecular docking studies on the phytoconstituents as therapeutic leads against SARS-CoV-2
Molekularne badania dokujące nad zastosowaniem fitoskładników w terapii przeciw SARS-CoV-2 - Autorzy:
-
Tiwari, Abhishek
Tiwari, Varsha
Verma, Navneet
Singh, Anita
Kumar, Manish
Saini, Vipin
Sahoo, Biswa Mohan
Kaushik, Deepak
Verma, Ravinder
Sagadevan, Suresh - Powiązania:
- https://bibliotekanauki.pl/articles/2202611.pdf
- Data publikacji:
- 2022
- Wydawca:
- Sieć Badawcza Łukasiewicz - Instytut Chemii Przemysłowej
- Tematy:
-
Covid-19
spike glycoprotein
AutoDock Vina
Mpro
docking
artemisinin
withaferin A
glikoproteina kolca
dokowanie
artemizynina
witaferyna A - Opis:
-
Because of the present pandemic researchers are seeking for phytocandidates that can inhibit or stop SARS-CoV-2. The main protease (Mpro) of SARS-CoV-2 and spike glycoprotein (S) are both suppressed by bioactive compounds found in plants that work by docking them together. The Mpro proteins 6LU7 (complex with an inhibitor N3) and 5C3N (space group C2221) were employed in docking research. PyRx and AutoDock Vina software were used as docking engine. 22 identified phytoconstituents were selected from IMPPAT, a manually curated database, on the basis of their antiviral effects. Docking studies showed that phytoconstituents β-amyrin (-8.4 kcal/mol), withaferin A (-8.3 kcal/mol), oleanolic acid (-7.8 kcal/mol), and patentiflorin A (-8.1 kcal/mol) had the best results against 5C3N Mpro protein whereas kuwanon L (-7.1 kcal/mol), β-amyrin (-6.9 kcal/mol), oleanolic acid (-6.8 kcal/mol), cucurbitacin D (-6.5 kcal/mol), and quercetin (-6.5 kcal/mol) against 6LU7 Mpro protein. All the compounds were examined for their ADMET characteristics using SwissDock. Present research reports that the phytoconstituents along with docking score will be helpful for future drug development against Covid-19.
W związku z pandemią prowadzone są badania mające na celu znalezienie fitosubstancji, które mogą hamować lub zatrzymywać rozwój SARS-CoV-2. Działanie głównych białek proteazy (Mpro) SARS-CoV-2 i glikoproteiny kolca (S) jest osłabiane przez związki bioaktywne występujące w roślinach poprzez proces dokowania. Do badań dokujących użyto białka Mpro 6LU7 (kompleks z inhibitorem N3) i 5C3N (grupa przestrzenna C2221). Jako silnik dokujący zastosowano PyRx i AutoDock Vina. Zidentyfikowano 22 fitoskładniki wybrane z bazy danych IMPPAT, z uwzględnieniem ich działania przeciwwirusowego. Najbardziej skuteczne w przypadku białka Mpro 5C3N okazały się fitoskładniki β-amyryna (-8,4 kcal/mol), witaferyna A (-8,3 kcal/mol), kwas oleanolowy (-7,8 kcal/mol) i patentifloryna A (-8,1 kcal/mol), a w przypadku białka Mpro 6LU7 kuwanon L (-7,1 kcal/mol), β-amyryna (-6,9 kcal/mol), kwas oleanolowy (-6,8 kcal/mol), kukurbitacyna D (-6,5 kcal/mol) i kwercetyna (-6,5 kcal/mol). Wszystkie substancje zbadano pod kątem ich właściwości ADMET przy użyciu SwissDock. Wykazano, że fitoskładniki mogą być pomocne w pracach nad lekami przeciwko Covid-19. - Źródło:
-
Polimery; 2022, 67, 7-8; 355---374
0032-2725 - Pojawia się w:
- Polimery
- Dostawca treści:
- Biblioteka Nauki
Artykuł