Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Wyszukujesz frazę "PCR reaction" wg kryterium: Temat


Tytuł:
Detekcja oraz badanie koinfekcji wybranych patogenów odkleszczowych z zastosowaniem technik molekularnych
Detection and study of co-infections of selected tick-borne pathogens using molecular techniques
Autorzy:
Wypart-Pawul, Aleksandra
Grobelak, Anna
Piekutin, Janina
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/chapters/27315985.pdf
Data publikacji:
2023-07-19
Wydawca:
Politechnika Częstochowska. Wydawnictwo Politechniki Częstochowskiej
Tematy:
patogeny odkleszczowe
reakcja PCR
techniki molekularne
tick-borne pathogens
PCR reaction
molecular techniques
Opis:
Postęp technologii, coraz większa ingerencja człowieka w środowisko, masowy wzrost turystyki przyczyniły się do wzrostu znaczenia zoonoz. Wśród nich można wyróżnić kleszcze, które są drugimi, po komarach, wektorami przenoszącymi groźne patogeny chorobo¬twórcze, m.in. bakterie, wirusy oraz pierwotniaki. Kleszcze, kiedyś spotykane tylko w lasach, dziś uległy znacznej synantropizacji. Można je spotkać w parkach, przydomowych ogródkach, zielonych terenach rekreacyjnych w miastach. Diagnostyka chorób przenoszonych przez patogeny odkleszczowe powinna być szybka, a jednocześnie precyzyjna. Dzięki rozwojowi technik biologii molekularnej jest to możliwe. Reakcja łańcuchowej polimerazy (PCR) jest techniką pozwalającą na szybką i czułą detekcję patogenów odkleszczowych, jak np. Borrelia burgdorferi sensu lato czy Anaplasma phagocytophilum. Techniki molekularne mają tę przewagę nad tradycyjnymi metodami fenotypowymi, że nie są uzależnione od hodowli mikroorganizmów na podłożach mikrobiologicznych, co wymaga czasu. Techniki molekularne umożliwiają dodatkowo sprawne wykrywanie koinfekcji patogenów.
The advancement of technology, increasing human interference in the environment, and the massive increase in tourism contributed to the growing importance of zoonoses. Among them, we can distinguish ticks, which are the second, after mosquitoes, vectors that carry dangerous pathogens, including bacteria, viruses and protozoa. Ticks, once found only in forests, have now become synanthropized today. They can be found in parks, home gardens, green recreational areas in cities. The diagnosis of diseases transmitted by tick-borne pathogens should be quick and precise. The development of molecular biology techniques, gives this possibility. Polymerase chain reaction (PCR) is a technique that allows for quick and sensitive detection of tick-borne pathogens such as Borrelia burgdorferi sensu lato or Anaplasma phagocytophilum. Molecular techniques have the advantage over traditional phenotypic methods in that they do not rely on the cultivation of microorganisms on microbial media, which takes more time.
Źródło:
Inżynieria środowiska i biotechnologia. Wyzwania i nowe technologie; 346-356
9788371939013
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Najczęstsze zjawiska występujące podczas analizy profili DNA w multipleksowych systemach STR
Most frequent phenomena to come up during DNA profile analysis in multiplex STR systems
Autorzy:
Dąbrowska, Joanna
Makowska, Żanetta
Spólnicka, Magdalena
Szabłowska-Gnap, Emilia
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/499751.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Policji
Tematy:
multipleksowe systemy STR
artefakty reakcji PCR
profilowanie DNA
multiplex STR systems
PCR reaction artifacts
DNA profiling
Opis:
Obecnie niezmiernie ważna jest standaryzacja postępowania w interpretacji wyników badań genetycznych, która powinna uwzględniać jednolite reguły obowiązujące podczas analizy profili DNA. Narzędziami służącymi do tego są wytyczne i normy formułowane przez środowiska naukowe opisujące możliwie dokładnie istotne czynniki wpływające na wyniki badań genetycznych. Dlatego też w artykule przedstwaiono najczęściej pojawiające się zjawiska genetyczne (piki n i n + 1, amplifikację preferencyjną, stuttery, degradację DNA, efekt stochastyczny, nadmierną amplifikację, nakładanie się alleli, mutacje obszaru wiązania primerów, mutacje somatyczne, trisomie, translokacje iduplikacje), z jakimi mają do czynienia eksperci podczas kryminalistycznej analizy profili STR.
Presently, the standisation of operating procedures in interpretation of DNA analytical results is extremely important and it shall include a uniform set of principles to be followed during the analysis of DNA profiles. The tools utilized to this end involve guidelines and standards formulated by scientists who precisely describe essential factors influencing DNA analytical results. Therefore, the paper presents the most often DNA phenomena (n and n +1 peaks, preferential amplification, stutters, DNA degradation, stochastic effect, excessive amplification, alleles overall, primer binding sites mutation, somatic mutation, trisomy, translocation and duplication) to be encountered by experts during forensic analysis of STR profiles.
Źródło:
Problemy Kryminalistyki; 2013, 279; 45-52
0552-2153
Pojawia się w:
Problemy Kryminalistyki
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
The relationship between RAPD marker-by-marker interactions and quantitative traits of caraway (Carum carvi L.)
Autorzy:
Bocianowski, J.
Seidler-Łożykowska, K.
Nowosad, K.
Kuczyńska, A.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/12681131.pdf
Data publikacji:
2019
Wydawca:
Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie. Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Lublinie
Tematy:
plant cultivation
caraway
Carum carvi
herbal plant
spice plant
quantitative trait
molecular marker
RAPD marker
RAPD-PCR reaction
Opis:
Application of molecular markers makes the selection process much more effective. Marker assisted selection is an important tool for plant breeders to increase the efficiency of a breeding process, especially for multigenic traits, highly influenced by the environment. Epistasis is the interaction between alleles from two or more loci determining the complex traits, and thus plays an important role in the development of quantitative traits of crops. In this paper, the relationships between RAPD marker-by-marker interactions and 22 quantitative traits of caraway (Carum carvi L.) were analyzed. Significant associations of 116 epistatic markers with at least one trait in 2004 as well as 112 in 2005 were found on the basis of multivariate regression analysis. The proportion of total phenotypic variances of individual trait explained by the marker-by-marker interactions ranged from 25.3% to 96.0%.
Źródło:
Acta Scientiarum Polonorum. Hortorum Cultus; 2019, 18, 3; 53-69
1644-0692
Pojawia się w:
Acta Scientiarum Polonorum. Hortorum Cultus
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Principles and applications of Ligation Mediated PCR methods for DNA-based typing of microbial organisms
Autorzy:
Krawczyk, Beata
Kur, Józef
Stojowska-Swędrzyńska, Karolina
Śpibida, Marta
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1038839.pdf
Data publikacji:
2016
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
rapid methods
molecular epidemiology
genotyping
microbial phylogenetics
PCR (polymerase chain reaction)
Opis:
A significant number of DNA-based techniques has been introduced into the field of microorganisms' characterization and taxonomy. These genomic fingerprinting methods were developed to detect DNA sequence polymorphisms by using general principles, such as restriction endonuclease analysis, molecular hybridization, and PCR amplification. In recent years, some alternative techniques based on ligation of oligonucleotide adapters before DNA amplification by PCR, known as Ligation-Mediated PCR methods (LM PCR), have been successfully applied for the typing of microorganisms below the species level. These molecular methods include: Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), Amplification of DNA fragments Surrounding Rare Restriction Sites (ADSRRS), PCR Melting Profiles (PCR MP), Ligation Mediated PCR/Shifter (LM PCR/Shifter), Infrequent-Restriction-Site Amplification (IRS PCR), double digestion Ligation Mediated Suppression PCR (ddLMS PCR). These techniques are now applied more and more often because they involve less time, are comparably inexpensive, and require only standard lab equipment. Here, we present a general review of this group of methods showing their possibilities and limitations. We also identify questions and propose solutions which may be helpful in choosing a particular LM PCR method for the achievement of the required goal.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2016, 63, 1; 39-52
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Cacao swollen shoot virus detection and DNA barcoding of its vectors and putative vectors in Theobroma cacao L. by using polymerase chain reaction
Autorzy:
Obok, E.E.
Aikpokpodion, P.O.
Ani, O.C.
Allainguillaume, J.
Wetten, A.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2096411.pdf
Data publikacji:
2021
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
Cacao swollen shoot virus
COI – cytochrome c oxidase subunit I
DNA barcoding
Jack Beardsley
mealybug
PCR – polymerase chain reaction
Theobroma cacao
Opis:
Cacao swollen shoot virus (CSSV) is an endemic pathogen causing significant economic losses to cacao (Theobroma cacao L.) production in West Africa. There is limited updated report on the occurrence, spread, genetic diversity and species of CSSV and its mealybug vectors, especially in Nigeria. Nigeria is presently lagging behind in the search for resistance to CSSV and its vectors in T. cacao L. The present study aimed to map and screen for the presence of CSSV and its natural vectors – female mealybugs (Pseudococcidae: Hemiptera) in cacao plantations in Nigeria. Symptomatic and asymptomatic cacao leaves and whole female mealybug samples were collected from major cacao-growing areas in Nigeria – Abia, Akwa Ibom, Cross River, Edo, Ondo and Oyo States. A total of 2568 cacao leaves from 1052 cacao trees were screened with polymerase chain reaction (PCR) using an open reading frame 1 (ORF 1) CSSV-specific primer pair. PCR screening of the mealybug species was performed using the cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene. A combination of scanning electron microscopy (SEM) and histology for morphological identification and DNA barcoding enabled to characterise the female mealybug species. The results revealed that CSSV and its mealybug vectors are present in the major cacao-growing areas in Nigeria. Although CSSV and its vectors have been previously reported in Cross River, Ondo and Oyo States, our results present the first documented evidence of CSSV emergence and its mealybug vectors in Abia, Akwa Ibom and Edo States. We also present the first report of Pseudococcus jackbeardsleyi (Gimpel and Miller) mealybug species on cacao in Nigeria. In conclusion, it is pertinent to re-establish coordinated routine survey and monitoring of CSSV and its mealybug vector presence in T. cacao L. in Nigeria.
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2021, 102, 3; 229-244
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Vegetable oil plant wastewater treatment by bacterial isolates : a study in the city of Hila, Iraq
Autorzy:
Salim, Hanan Kareem
Al-Ahmed, Suad Ghali Kadhim
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2048496.pdf
Data publikacji:
2021
Wydawca:
Instytut Technologiczno-Przyrodniczy
Tematy:
biotreatment
polymerase chain reaction
PCR
sewage
vegetable oil plant
wastewater
Opis:
The present study was to reflect the use of some bacteria in the treatment and removal of pollutants in three selected wastewater sites, including a vegetable oil plant (viz. Al-Etihad Food Industries), the main wastewater treatment station in the city of Hila, and Al-Hila River water from October 2019 to January 2020. The bacterial isolates identified in these three sites were Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Enterobacteria cloacae, Pseudomonas aeruginosa, Thalasobacillus devorans, Acinetobacter baumannii, and Bacillus subtilis. The molecular study of the bacterial isolates involved the detection of bacterial genera using the polymerase chain reaction (PCR). The results showed that water had a variable nature, depending on the substances in it. It recorded varying chemical and physical property values, ranging between 6.36 and 7.82 for pH and from 2500 to 7100 mg∙dm-3 for total alkalinity. Additional values were 713–2051 μS∙cm-1 for electrical conductivity (EC), 5.90–9.80 mg∙dm-3 for chemical oxygen demand (COD), and 480–960 mg∙dm-3 for total hardness. The given values were also 0.20–0.65 μg∙dm-3, 0.03-0.23 μg∙dm-3, and 0–107 mg∙dm-3 for nitrite (NO2), phosphate (PO4) oils, respectively.
Źródło:
Journal of Water and Land Development; 2021, 51; 163-167
1429-7426
2083-4535
Pojawia się w:
Journal of Water and Land Development
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Improved method of isolation of total nucleic acids from hop plants and grapevine before the RT-PCR by addition of polyvinylpolypyrrolidone
Usprawniona metoda izolacji calkowitych kwasow nukleinowych z chmielu i winorosli przez RT-PCR przez dodanie poliwinylopolipirolidonu
Autorzy:
Cajza, M
Folkman, W.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/65582.pdf
Data publikacji:
2003
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
isolation
total nucleic acid
nucleic acid
hop plant
grapevine
RT-PCR method zob.reverse transcription polymerase chain reaction
addition
polyvinylpolypyrrolidone
reverse transcription polymerase chain reaction
polymerase chain reaction
Źródło:
Journal of Plant Protection Research; 2003, 43, 4; 375-380
1427-4345
Pojawia się w:
Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
A simple method for extracting DNA from rhododendron plants infected with Phytophthora spp. for use in PCR
Autorzy:
Trzewik, A.
Nowak, K.J.
Orlikowska, T.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/66480.pdf
Data publikacji:
2016
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
simple method
DNA extraction
rhododendron
leaf
plant infection
Phytophthora
polymerase chain reaction
detection
real-time PCR method
Opis:
Among the numerous protocols that describe the extraction of DNA, those relating to the isolation of DNA from infected plants, are rare. This study describes a rapid and reliable method of extracting a high quality and quantity of DNA from rhododendron leaves artificially infected with Phytophthora cactorum, P. cambivora, P. cinnamomi, P. citrophthora, and P. plurivora. The use of the modified Doyle and Doyle protocol (1987) allowed us to obtain high quantity and quality DNA (18.26 μg from 100 mg of the fresh weight of infected leaves at the ratios of A260/280 and A260/230 – 1.83 and 1.72, respectively), suitable for conventional polymerase chain reaction (PCR) and real-time PCR amplifications.
Źródło:
Journal of Plant Protection Research; 2016, 56, 1
1427-4345
Pojawia się w:
Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Comparison of PCR-DGGE and Nested-PCR-DGGE Approach for Ammonia Oxidizers Monitoring in Membrane Bioreactors’ Activated Sludge
zalety i wady wykorzystywania techniki nested-PCR w monitoringu bakterii utleniających amoniak w osadzie czynnym bioreaktora membranowego
Autorzy:
Ziembińska-Buczyńska, A.
Wiszniowski, J.
Ciesielski, S.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/204755.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
ammonia oxidizing bacteria
AOB
16S rRNA gene
Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis
PCR-DGGE
nested-PCR
utlenianie amoniaku
bakteria utleniająca amoniak
gen kodujący 16S rRNA
Opis:
Nitritation, the first stage of ammonia removal process is known to be limiting for total process performance. Ammonia oxidizing bacteria (AOB) which perform this process are obligatory activated sludge habitants, a mixture consisting of Bacteria, Protozoa and Metazoa used for biological wastewater treatment. Due to this fact they are an interesting bacterial group, from both the technological and ecological point of view. AOB changeability and biodiversity analyses both in wastewater treatment plants and lab-scale reactors are performed on the basis of 16S rRNA gene sequences using PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) as a molecular biology tool. AOB researches are usually led with nested PCR. Because the application of nested PCR is laborious and time consuming, we have attempted to check the possibility of using only first PCR round to obtain DGGE fingerprinting of microbial communities. In this work we are comparing the nested and non-nested PCR-DGGE monitoring of an AOB community and presenting advantages and disadvantages of both methods used. The experiment revealed that PCR technique is a very sensitive tool for the amplification of even a minute amount of DNA sample. But in the case of nested-PCR, the sensitivity is higher and the template amount could be even smaller. The nested PCR-DGGE seems to be a better tool for AOB community monitoring and complexity research in activated sludge, despite shorter fragments of DNA amplification which seems to be a disadvantage in the case of bacteria identification. It is recommended that the sort of analysis approach should be chosen according to the aim of the study: nested-PCR-DGGE for community complexity analysis, while PCR-DGGE for identification of the dominant bacteria.
Nitiritacja – pierwszy etap nitryfikacji, jest uznawany za krok limitujący przebieg całości procesu utleniania amoniaku. Bakterie utleniające amoniak (ang. ammonia oxidizing bacteria, AOB), które prowadzą ten proces są stałymi mieszkańcami osadu czynnego – mieszaniny bakterii, Protozoa i Metazoa, wykorzystywanych do biologicznego oczyszczania ścieków. Z tego powodu są one interesujące zarówno z punktu widzenia technologii, jak i ekologii mikroorganizmów. Analizy zmienności i bioróżnorodności bakterii utleniających amoniak, zarówno w oczyszczalni ścieków, jak i w reaktorach w skali laboratoryjnej, są prowadzone w oparciu o sekwencje genu kodującego 16S rRNA z użyciem metody biologii molekularnej, jaką jest PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Analizy te są zazwyczaj prowadzone techniką tzw. nested-PCR. Ze względu na fakt, że metoda ta wymaga większego nakładu pracy i czasu, niż tradycyjny jednoetapowy PCR (ang. non-nested PCR) podjęto próbę sprawdzenia możliwości zastosowania techniki jednoetapowego PCR do uzyskania wzorów prążkowych DGGE bakterii utleniających amoniak. W tej pracy zaprezentowano wyniki analizy PCR-DGGE z użyciem technik nested i non-nested PCR oraz podjęto próbę wykazania ich wad i zalet.
Źródło:
Archives of Environmental Protection; 2014, 40, 4; 31-38
2083-4772
2083-4810
Pojawia się w:
Archives of Environmental Protection
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies