Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Wyszukujesz frazę "DNA polymerase" wg kryterium: Temat


Tytuł:
Mutations in DNA polymerase gamma cause error prone DNA synthesis in human mitochondrial disorders
Autorzy:
Copeland, William
Ponamarev, Mikhail
Nguyen, Dinh
Kunkel, Thomas
Longley, Matthew
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1043659.pdf
Data publikacji:
2003
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
aging
DNA replication
mitochondria
DNA repair
DNA polymerase
Opis:
This paper summarizes recent advances in understanding the links between the cell's ability to maintain integrity of its mitochondrial genome and mitochondrial genetic diseases. Human mitochondrial DNA is replicated by the two-subunit DNA polymerase γ (pol γ). We investigated the fidelity of DNA replication by pol γ with and without exonucleolytic proofreading and its p55 accessory subunit. Pol γ has high base substitution fidelity due to efficient base selection and exonucleolytic proofreading, but low frameshift fidelity when copying homopolymeric sequences longer than four nucleotides. Progressive external ophthalmoplegia (PEO) is a rare disease characterized by the accumulation of large deletions in mitochondrial DNA. Recently, several mutations in the polymerase and exonuclease domains of the human pol γ have been shown to be associated with PEO. We are analyzing the effect of these mutations on the human pol γ enzyme. In particular, three autosomal dominant mutations alter amino acids located within polymerase motif B of pol γ. These residues are highly conserved among family A DNA polymerases, which include T7 DNA polymerase and E. coli pol I. These PEO mutations have been generated in pol γ to analyze their effects on overall polymerase function as well as the effects on the fidelity of DNA synthesis. One mutation in particular, Y955C, was found in several families throughout Europe, including one Belgian family and five unrelated Italian families. The Y955C mutant pol γ retains a wild-type catalytic rate but suffers a 45-fold decrease in apparent binding affinity for the incoming dNTP. The Y955C derivative is also much less accurate than is wild-type pol γ, with error rates for certain mismatches elevated by 10- to 100-fold. The error prone DNA synthesis observed for the Y955C pol γ is consistent with the accumulation of mtDNA mutations in patients with PEO. The effects of other pol γ mutations associated with PEO are discussed.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2003, 50, 1; 155-167
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
The expression of UVR3 and two putative photolyases, PHR2 and At4g25290, is regulated by light
Autorzy:
Sztatelman, O.
Labuz, J.
Banas, A.K.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80793.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
conference
DNA strand
RNA polymerase
DNA polymerase
replication
transcription
light regulation
putative photolyase
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 3
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Epi-genes potentiate plant biodiversity
Autorzy:
Szopa, J.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/951285.pdf
Data publikacji:
2015
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
biodiversity
oligonucleotide
DNA methylation
gene expression
protein
methylase
polymerase
RNA polymerase
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2015, 96, 1
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Application of polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (RFLP-PCR) in the analysis of single nucleotide polymorphisms (SNPs)
Autorzy:
Tarach, Piotr
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1830648.pdf
Data publikacji:
2021-09-29
Wydawca:
Uniwersytet Łódzki. Wydawnictwo Uniwersytetu Łódzkiego
Tematy:
nucleotide polymorphisms
DNA analysis
polymerase chain reaction
Opis:
Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (RFLP-PCR) is a technique used to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) based on the recognition of restriction sites by restriction enzymes. RFLP-PCR is an easy-to-perform and inexpensive tool for initial analysis of SNPs potentially associated with some monogenic diseases, as well as in genotyping, genetic mapping, lineage screening, forensics and ancient DNA analysis. The RFLP-PCR method employs four steps: (1) isolation of genetic material and PCR; (2) restriction digestion of amplicons; (3) electrophoresis of digested fragments; and (4) visualisation. Despite its obsolescence and the presence of high-throughput DNA analysis techniques, it is still applied in the analysis of SNPs associated with disease entities and in the analysis of genetic variation of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). RFLP-PCR is a low-cost and low-throughput research method allowing for the analysis of SNPs in the absence of specialised equipment, and it is useful when there is a limited budget.
Źródło:
Acta Universitatis Lodziensis. Folia Biologica et Oecologica; 2021, 17; 48-53
1730-2366
2083-8484
Pojawia się w:
Acta Universitatis Lodziensis. Folia Biologica et Oecologica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Adaptor-mediated amplification of minute amounts of severely fragmented ancient nucleic acids
Autorzy:
Pusch, C M
Blin, N.
Broghammer, M.
Nicholson, G.J.
Scholz, M.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2042022.pdf
Data publikacji:
2001
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
mitochondrial DNA
genetics
nucleic acid
ancient DNA
polymerase chain reaction
DNA
cDNA
sex typing
Źródło:
Journal of Applied Genetics; 2000, 41, 4; 303-315
1234-1983
Pojawia się w:
Journal of Applied Genetics
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Isolation of the DNA fragment reflecting the open reading frame II of the I-18 C gene of Chironomus tentans by the polymerase chain reaction. III. The DNA amplification technology
Autorzy:
Borowicz, B P
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/66760.pdf
Data publikacji:
1997
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
gene expression
I-18 C gene
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
DNA amplification
Opis:
The technology used to amplify and isolate the DNA fragment reflecting the Open Reading Frame II of the I-18 C gene of Chironomus tentans is described i.e. the Polymerase Chain Reactioin and the agarose gel electrophoresis of this reaction product, as well as the blunting reaction of the product and its isolation.
Opisano technologię zastosowaną do powielenia i izolacji fragmentu DNA odpowiadającego Otwartej Ramie Odczytu II genu I-18 C Chironomus tentans, tj. Reakcję Łańcuchową Polimerazy (PCR) oraz elektroforezę w żelu agarozowym produktu tej reakcji jak również reakcję tzw. Stępiania końców wyżej wymienionego produktu i ostatecznie jego izolację .
Źródło:
Journal of Plant Protection Research; 1997, 37, 1-2
1427-4345
Pojawia się w:
Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
DNA isolation from Cryptosporidium oocysts directly from stool samples for diagnostic goals using PCR
Autorzy:
Sulima, P.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/840154.pdf
Data publikacji:
1998
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Parazytologiczne
Tematy:
diagnostic goal
stool
polymerase chain reaction
Cryptosporidium
DNA
oocyst
Źródło:
Annals of Parasitology; 1998, 44, 3
0043-5163
Pojawia się w:
Annals of Parasitology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Application of DNA markers against illegal logging as a new tool for the Forest Guard Service
Autorzy:
Nowakowska, J.A.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/38611.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Instytut Badawczy Leśnictwa
Tematy:
application
DNA marker
DNA structure
wood
molecular identification
Forest Guard Service
tree species
determination
DNA profile
polymerase chain reaction
Opis:
DNA markers are currently the most precise tool for forest tree species identification and can be used for comparative analyses of plant material. Molecular diagnosis of evidence and reference material is based on comparing the structure of DNA markers duplicated in the PCR reaction and estimation of the DNA profiles obtained in studied wood samples. For this purpose, the microsatellite DNA markers are the most suitable tool because of their high polymorphism and accurate detection of structural changes in the genome. The analysis of tree stump DNA profiles let avoid timely collection of data such as tree age, diameter, height and thickness, although such a piece of information may advantageous in wood identification process. For each examined tree species, i.e. Pinus sylvestris L., Picea abies (L.) Karst., Quercus robur L. and Q. petraea (Matt.) Liebl., Fagus sylvatica L., Betula pendula L., and Alnus glutinosa L., wood identification was possible via the DNA profiles established on a basis of minimum 4 microsatellite nuclear DNA loci, and at least one cytoplasmatic (mitochondrial or chloroplast) DNA marker. Determination of the DNA profiles provided fast and reliable comparison of genetic similarity between material of evidence (wood, needles, leaves, seeds) and material of reference (tree stumps) in the forest. This was done with high probability (approximately 98– 99%).
Źródło:
Folia Forestalia Polonica. Series A . Forestry; 2011, 53, 2
0071-6677
Pojawia się w:
Folia Forestalia Polonica. Series A . Forestry
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Cloning of the DNA fragments reflecting the open reading frame I and II of the I-18 C gene of Chironomus tentans. VI. The DNA sequencing of the cloned inserts
Autorzy:
Borowicz, B P
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/66720.pdf
Data publikacji:
1999
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
DNA sequence
pET-3a vector
promoter system
cloning
I-18 C gene
T7 RNA polymerase
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
expression
DNA fragment
Opis:
The technology used for the cloning of the open reading frame (ORF) I and II reflecting DNA fragments in regard to the DNA sequencing of the cloned inserts, is presented. The object of the DNA sequencing of the cloned inserts, was to finally confirm and prove the sequence of the inserts as the sequence of the ORF I and II reflecting DNA fragments of the I-18 C gene of Chironomus tentans.
Przedstawiono technologię, zastosowaną do klonowania fragmentów DNA odzwierciedlających otwartą ramę odczytu I i II genu I-18 C Chironomus tentans w zakresie sekwencjonowania sklonowanych wstawek. Celem sekwencjonowania DNA sklonowanych wstawek było ostateczne potwierdzenie i udowodnienie, że sekwencje wklonowanych wstawek były sekwencjami fragmentów DNA odzwierciedlających otwartą ramę odczytu I i II genu I-18 C Chironomus tentans.
Źródło:
Journal of Plant Protection Research; 1999, 39, 1
1427-4345
Pojawia się w:
Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Isolation of the DNA fragment reflecting the open reading frame II of the I-18 C gene of Chironomus tentans by the polymerase chain reaction. IV. The product of the applied technologies
Autorzy:
Borowicz, B P
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/65915.pdf
Data publikacji:
1997
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
I-18 C gene
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
Opis:
The Polymerase Chain Reaction and other molecular technologies were applied to isolate the DNA fragment reflecting the Open Reading Frame II of the I-18 C gene. This research object was realized and the importance of this result has been discussed in view of the mechanisms of the regulation of gene expression.
Reakcja Łańcuchowa Polimerazy i inne technologie molekularne zostały zastosowane w celu izolacji fragmentu DNA odpowiadającego Otwartej Ramie Odczytu II genu I-18 C. Cel badawczy został zrealizowany i omówiono znaczenie tego wyniku w świetle mechanizmów regulacji ekspresji genu.
Źródło:
Journal of Plant Protection Research; 1997, 37, 1-2
1427-4345
Pojawia się w:
Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Cloning and expression of the two DNA fragments of the I-18 C region of Chironomus tentans. II. The effects of the applied technology
Autorzy:
Borowicz, B P
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/66157.pdf
Data publikacji:
1998
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
promoter system
cloning
I-18 C gene
T7 RNA polymerase
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
Opis:
The chromosomal I-18 C region of Chironomus tentans contains the I-18 C gene. Two different open reading frames (i.e. the ORF I and II) of two different transcripts (i.e. the 1.8 kb and 4.6 kb RNA) of the I-18 C gene of Chironomus tentans were isolated, at the DNA level, by the Polymerase Chain Reaction, then were cloned into the bluescript vector and finally were cloned into the pET-3a vector in order to translate them in T7 RNA polymerase / promoter system of E. coli. It was possible to obtain the ORF I overexpressed. In a case of the ORF II the low molecular weight polypeptide was detected, however it was not overexpressed, but still this polypeptide was strongly visible on the SDS-polyacrylamide gel.
Region chromosomalny I-18 C Chironomus tentans zawiera gen I-18 C. Dwie odrębne otwarte ramy odczytu (tj. ORF I i II) genu I-18 C Chironomus tentans zostały wyizolowane, na poziomie DNA, przy użyciu Reakcji Łańcuchowej Polimerazy (PCR), a następnie zostały wklonowane do wektora blueskrypt i ostatecznie zostały wklonowane do wektora pET-3a w celu ich translacji w systemie promotora T7 RNA polimerazy w E. coli. Uzyskano bardzo dużą ekspresję ORF I. W przypadku ORF II wykryto obecność polipeptydu o niskiej masie cząsteczkowej i chociaż nie uzyskano jego bardzo dużej ekspresji, tym niemniej polipeptyd ten był silnie widoczny w żelu poliakryloamidowym z SDS.
Źródło:
Journal of Plant Protection Research; 1998, 38, 1
1427-4345
Pojawia się w:
Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Virulence and antibiotic resistance of Escherichia coli isolated from rooks
Autorzy:
Kmet, V.
Drugdova, Z.
Kmetova, M.
Stanko, M.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/51141.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Instytut Medycyny Wsi
Tematy:
virulence
antibiotic resistance
Escherichia coli
isolation
rook
polymerase chain reaction
DNA microarray
Opis:
With regard to antibiotic resistance studies in various model animals in the urban environment, the presented study focused on the rook, many behavioural and ecological aspects of which are important from an epidemiological point of view. A total of 130 Escherichia coli strains isolated from rook faeces during a two-year period (2011–2012) were investigated for antibiotic resistance and virulence. Resistance to ampicillin (60%) and streptomycin (40%) were the most frequent, followed by resistance to fluoroquinolones (ciprofloxacin-22% and enrofloxacin-24%), tetracycline (18%), cotrimoxazol (17%) and florfenicol (14%). Ceftiofur resistance occured in 10.7 % of strains and cefquinom resistance in 1.5 % of strains. Twenty-five E.coli strains with a higher level of MICs of cephalosporins (over 2mg/L of ceftazidime and ceftriaxon) and fluoroquinolones were selected for detection of betalactamase genes (CTX-M, CMY), plasmid-mediated quinolone resistance qnrS, integrase 1, and for APEC (avian pathogenic E.coli) virulence factors (iutA, cvaC, iss, tsh, ibeA, papC, kpsII). Genes of CTX-M1, CMY-2, integrase 1, papC, cvaC, iutA were detected in one strain of E.coli, and qnrS, integrase 1, iss, cvaC, tsh were detected in another E.coli. DNA microarray revealed the absence of verotoxin and enterotoxin genes and pathogenicity islands. The results show that rooks can serve as a reservoir of antibiotic-resistant E. coli with avian pathogenic virulence factors for the human population, and potentially transmit such E.coli over long distances.
Źródło:
Annals of Agricultural and Environmental Medicine; 2013, 20, 2
1232-1966
Pojawia się w:
Annals of Agricultural and Environmental Medicine
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Segmented hybridization probes: modulating target affinity and base pairing selectivity
Autorzy:
Egetenmeyer, S.
Geiger, E.
Richert, C.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/81071.pdf
Data publikacji:
2012
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
oligonucleotide
DNA
RNA
hybridization
base pairing
molecular biology
polymerase chain reaction
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2012, 93, 3
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Polymorphism of DNA in nematodes of genus Trichinella Railliet, 1895 according to the data of polymerase chain reaction
Autorzy:
Shendrick, A.
Benedictov, I.
Bessonov, A.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/838885.pdf
Data publikacji:
1998
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Parazytologiczne
Tematy:
polymorphism
Trichinella pseudospiralis
Trichinella
nematode
polymerase chain reaction
DNA
Trichinella spiralis
Źródło:
Annals of Parasitology; 1998, 44, 3
0043-5163
Pojawia się w:
Annals of Parasitology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Comparison between two approaches to modeling microsatellite DNA repeats: infinite dimensional model and its n-dimensional
Autorzy:
Białka, M.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/229939.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
infinite-dimensional systems
asymptotic stability
chain systems
microsatellites DNA repeats
polymerase slippage
Opis:
Two approaches to modeling microsatellite DNA repeats are considered. The former is an infinite dimensional system based on the theory of branching random walks which dynamic properties are characterized using Laplace transforms and Laplace asymptotic techniques. The latter is an n-dimensional approximation where microsatellite DNA repeats model is the example of a chain system. Both models were the subject of many numerical calculations using the MATLAB software. The results allow us to evaluate the asymptotic behavior and determine the effect of the system parameters on the run of the solution and the state variables.
Źródło:
Archives of Control Sciences; 2011, 21, 4; 419-441
1230-2384
Pojawia się w:
Archives of Control Sciences
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
DNA polymorphism in locus D1S80 in Poland. DNA profiling and detection of new alleles by heteroduplex formation between alleles of the same size
Autorzy:
Kwiatkowska, J
Dziechciowska, K
Lisiecka, D
Slomski, R
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2046677.pdf
Data publikacji:
1997
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
DNA sequence
polymorphism
Polska
hybridization
Polish population
heteroduplex formation
DNA polymorphism
same size
polymerase chain reaction
allele
distribution
Opis:
We have analysed allele distribution at the highly polymorphic variable number of tandem repeats (VNTR) locus D1S80 (pMCT118) in the Polish population using the, polymerase chain reaction (PCR) technique. Characteristics of the D1S80 locus makes it a very useful marker for population genetic research, genetic linkage studies and forensic identification of individuals. During our routine application of the D1S80 marker to paternity testing in several cases of homozygosity detected by polyacrylamide gel electrophoresis, heteroduplex formation for alleles 18 and 24 was also observed. Direct sequencing of PCR products revealed that alleles 18 and 24 of locus D1S80 actually represent a mixture composed of different sequences. Our observations indicate that identification of some 18 and 24 VNTR alleles based only on size estimated in electrophoretic analyses could lead to errors in paternity testing and DNA profiling.
Źródło:
Journal of Applied Genetics; 1997, 38, 3; 335-341
1234-1983
Pojawia się w:
Journal of Applied Genetics
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Effects of distortions by A-tracts of promoter B-DNA spacer region on the kinetics of open complex formation by Escherichia coli RNA polymerase.
Autorzy:
Kolasa, Iwona
Łoziński, Tomasz
Wierzchowski, Kazimierz
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1043363.pdf
Data publikacji:
2003
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
RNA polymerase-promoter interaction
A-tract
DNA bending
kinetics of open complex formation
promoter spacer region
Escherichia coli RNA polymerase
Opis:
A-tracts in DNA due to their structural morphology distinctly different from the canonical B-DNA form play an important role in specific recognition of bacterial upstream promoter elements by the carboxyl terminal domain of RNA polymerase α subunit and, in turn, in the process of transcription initiation. They are only rarely found in the spacer promoter regions separating the -35 and -10 recognition hexamers. At present, the nature of the protein-DNA contacts formed between RNA polymerase and promoter DNA in transcription initiation can only be inferred from low resolution structural data and mutational and crosslinking experiments. To probe these contacts further, we constructed derivatives of a model Pa promoter bearing in the spacer region one or two An (n = 5 or 6) tracts, in phase with the DNA helical repeat, and studied the effects of thereby induced perturbation of promoter DNA structure on the kinetics of open complex (RPo) formation in vitro by Escherichia coli RNA polymerase. We found that the overall second-order rate constant ka of RPo formation, relative to that at the control promoter, was strongly reduced by one to two orders of magnitude only when the A-tracts were located in the nontemplate strand. A particularly strong 30-fold down effect on ka was exerted by nontemplate A-tracts in the -10 extended promoter region, where an involvement of nontemplate TG (-14, -15) sequence in a specific interaction with region 3 of σ-subunit is postulated. A-tracts in the latter location caused also 3-fold slower isomerization of the first closed transcription complex into the intermediate one that precedes formation of RPo, and led to two-fold faster dissociation of the latter. All these findings are discussed in relation to recent structural and kinetic models of RPo formation.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2003, 50, 4; 909-920
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Isolation of the DNA fragment reflecting the open reading frame II of the I-18 C gene of Chironomus tentans by the polymerase chain reaction. II. The technology for the preparation of the template
Autorzy:
Borowicz, B P
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/65476.pdf
Data publikacji:
1997
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
gene expression
I-18 C gene
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
Opis:
The technology for the preparation of the template in the research aimed to isolate the DNA fragment reflecting the Open Reading Frame II of the I-18 C gene is presented i.e. the linearisation of the template by Bam H I digestion, the purification of the template and the estimation of the template concentration.
Przedstawiono technologię przygotowywania matrycy DNA w badaniach zmierzających do izolacji Otwartej Ramy Odczytu II genu I-18 C Chironomus tentans. Technologia ta obejmowała linearyzację DNA matrycy poprzez trawienie Bam H I oraz oczyszczenie matrycy i oznaczenie stężenia matrycowego DNA.
Źródło:
Journal of Plant Protection Research; 1997, 37, 1-2
1427-4345
Pojawia się w:
Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Cloning of the DNA fragments reflecting the open reading frame I and II of the I-18 C gene of Chironomus tentans. II. Preparation of the intermediate vector - bluescript plasmid for ligation with the inserts
Autorzy:
Borowicz, B P
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/66467.pdf
Data publikacji:
1999
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
cloning
I-18 C gene
plasmid
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
Opis:
The technology used for the cloning of the open reading frame (ORF) I and II reflecting DNA fragments of the I-18 C gene in regard to the preparation of the intermediate vector i.e. the bluescript for the ligation with the ORF I and II reflecting DNA fragments, is presented. The main steps include the Eco RV digestion of the bluescript plasmid, the phenol / methylene chloride extraction of the plasmid, dephosphorylation of the bluescript plasmid and finally its extraction with the phenol and ethanol precipitation.
Przedstawiono technologię, którą zastosowano do klonowania fragmentów DNA odzwierciedlających translacyjną otwartą ramę odczytu I i II genu I-18 C Chironomus tentans w zakresie: przygotowania wektora pośredniego - plazmidu blueskrypt do ligacji z wymienionymi sekwencjami wstawek. Główne etapy obejmują: trawienie plazmidu blueskrypt enzymem Eco RV, ekstrakcję plazmidu fenolem/ chlorkiem metylenu, defosforylację plazmidu blueskrypt, ostatecznie jego oczyszczenie poprzez ekstrakcję fenolową i precypitację etanolem.
Źródło:
Journal of Plant Protection Research; 1999, 39, 1
1427-4345
Pojawia się w:
Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Cloning and expression of two DNA fregments of the I-18 C region of Chironomus tentans. I. The scheme of the performed experiments and the applied technology
Autorzy:
Borowicz, B P
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/65883.pdf
Data publikacji:
1998
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
promoter system
cloning
I-18 C gene
T7 RNA polymerase
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
expression
pET vector
DNA fragment
Opis:
The I-18 C region of the polytenic chromosome of Chironomus tentans contains the I-18 C gene. Two DNA fragments, reflecting two different open reading frames (i.e.ORF I and II) of two different transcripts (i.e. 1.8 and 4.6 kb RNA) of the I-18 C gene were isolated, then were cloned into the intermediate vector and next to the final vector in order to translate them in T7 RNA polymerase / promoter system. The translation of the ORF I and II was performed to obtain the polypeptides of these ORFs for further study. Here, the scheme of the performed experiments and the applied technology that were necessary to realize the goal of this research, are presented.
Region i-18 C chromosomu politenicznego Chironomus tentans zawiera gen I-18 C. Dwa fragmenty DNA, odzwierciedlające dwie różne otwarte ramy odczytu (tj. ORF I i ORF II) dwóch różnych transkryptów (tj. 1.8 i 4.6 kpz RNA) genu I-18 C, zostały wyizolowane i następnie wklonowane do wektora pośredniego, a potem do wektora końcowego, w celu ich translacji w systemie promotora T7 RNA polimerazy. Translacja ORF I i ORF II była wykonana w celu uzyskania polipeptydów określonych przez te ORF do dalszych badań. W niniejszej pracy przedstawiono schemat wykonanych eksperymentów i zastosowaną technologię, która była potrzebna do zrealizowania celu badań.
Źródło:
Journal of Plant Protection Research; 1998, 38, 1
1427-4345
Pojawia się w:
Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Isolation of the DNA fragment reflecting the open reading frame II of the I-18 C gene of Chironomus tentans by the polymerase chain reaction. V. Different mechanisms of regulation regarding the open reading frames
Autorzy:
Borowicz, B P
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/64980.pdf
Data publikacji:
1997
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
regulation mechanism
gene expression
I-18 C gene
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
Opis:
Different mechanisms of regulation regarding the Open Reading Frames (ORFs) have been discussed to have a broader perspective that is necessary to evaluate the role of the ORFs of the I-18 C gene. This consideration includes the ORF II of the I-18 C gene which is the object of the presented research.
Omówiono różnorodne mechanizmy regulacji dotyczące Otwartych Ram Odczytu, w celu wytworzenia szerszego spojrzenia na to zagadnienie, które jest potrzebne do oceny roli poszczególnych Otwartych Ram Odczytu (ORF) genu I-18 C. Omówienie to dotyczy również ORF II genu I-18 C, co było przedmiotem zaprezentowanych badań.
Źródło:
Journal of Plant Protection Research; 1997, 37, 1-2
1427-4345
Pojawia się w:
Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
The use reverse transcription and polymerase chain reaction [RT-PCR] for the detection of hop latent viroid [HLVd]
Autorzy:
Cajza, M
Wypijewski, K.
Pospieszny, H.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/65773.pdf
Data publikacji:
1997
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
hop latent viroid
reverse transcription
viroid
hop
plant pathogen
polymerase chain reaction
detection
DNA amplification
Opis:
The simple method of nucleic acids extraction, based on guanidine thiocyanate extraction buffer, was sufficient for obtaining a good templates for RT-PCR. The RT-PCR reactions were performer from the start to the end (both the reverse transcription and the HLVd-cDNA amplification) in the same reaction mixture and in the very small volume of reaction (10 μI). Both pairs of primers designed by authors were good for reverse transcription and later for amplification of the HLVd-cDNA. The presence of gelatin as a stabilizer of DNA polymerase was indispensable for successful performance of RT-PCR.
Wiroidy, najmniejsze obecnie znane patogeny roślin, zbudowane z pojedynczej nici kolistego RNA, nie zawierające w swej budowie i nie kodujące żadnych białek, są groźnymi patogenami roślin wyższych, rozpowszechnionymi we wszystkich rejonach świata, szczególnie w uprawach roślin rozmnażanych wegetatywnie. Wiroid latentny chmielu (ang. hop latent viroid - HLVd) został wykryty dopiero w 1988 roku w chmielu. Do tej pory odnotowano go w rejonach uprawy chmielu na całym świecie. Chmiel, jedyny znany żywiciel tego patogena, ulega tylko infekcjom utajonym (latentnym). HLVd powoduje zarówno spadek masy plonu szyszek jak i zawartości alfa-kwasów w szyszkach. Bezobjawowe infekcje oraz brak białek strukturalnych i innych produktów translacji powodują, że obecnie patogena tego można wykrywać tylko przy pomocy elektroforezy (metoda bardzo zawodna, wymagająca wysokiego stężenia RNA patogena w tkance), sond hybrydyzacyjnych i rozwijanej w ostatnich latach metody RT-PCR. Podczas opracowywania RT-PCR do wykrywania HLVd w ekstraktach kwasów nukleinowych wykorzystywano dwie pary primerów specyficznych dla sekwencji nukleotydowej HLVd, charakteryzujących się różnymi temperaturami topnienia produktu. Wiroida wykrywano w ekstraktach kwasów nukleinowych z blaszek liściowych i z ogonków liściowych chmielu. Uproszczona metoda guanidynowa do izolacji totalnych kwasów nukleinowych okazała się wystarczająca do przeprowadzenia reakcji RT-PCR. Opracowana metoda charakteryzowała się bardzo dużą czułością, specyficznością (produkty amplifikacji cDNA-HLVd uzyskiwano tylko z próbek materiału roślinnego pochodzącego z roślin zawierających tego wiroida) i szybkością wykonania (dwa dni łącznie z ekstrakcją kwasów nukleinowych). Ponadto w zastosowanej metodzie opracowano warunki do przeprowadzenia zarówno odwrotnej transkrypcji i następnie amplifikacji powstałego cDNA wiroida w jednej probówce, w tej samej mieszaninie reakcyjnej . Oprócz tego wszystkie reakcje RT-PCR prowadzono w bardzo małej objętości równej 10 μl (2 μl zawiesiny kwasów nukleinowych i 8 μl mieszaniny reakcji RT-PCR). Maksymalne uproszczenie metody, wielokrotne obniżenie kosztów reakcji oraz charakterystyczna dla RT-PCR czułość, specyficzność i szybkość przeprowadzenia testu sprawiają, że może być ona wykorzystywana do rutynowego wykrywania nie tylko HLVd ale również innych wiroidów, wirusoidów i wirusów RNA.
Źródło:
Journal of Plant Protection Research; 1997, 37, 1-2
1427-4345
Pojawia się w:
Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Use of random amplified polymorphic DNA [RAPD] assay for differentiation among isolates of Stagonospora spp. and Septoria tritici
Autorzy:
Czembor, P C
Arseniuk, E
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2047271.pdf
Data publikacji:
1996
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
Stagonospora
Stagonospora avenae
Septoria tritici
random amplified polymorphic DNA
pathogen
polymerase chain reaction
DNA
molecular marker
fungal isolate
Stagonospora nodorum
genetic variation
Opis:
The genetic similarity of three species: Septoria tritici, Stagonospora nodorum and Stagonospora avenae f. sp. triticea - important pathogens in many cereal production areas worldwide was assessed by random amplified polymorphic DNA (RAPD) assay. In preliminary research DNA of 14, 9, and 7 monopyenidios- pore isolates of S. nodorum, S. tritici, and S. a. tritícea, respectively, were amplified by PCR with four primers. Afterwards the research was focused on three mono- pyenidiospore isolates from each species studied. The isolates of each species selected for the study varied in pathogenicity and were diverse geographically. PCR with the set of 14 selected primers resulted in 99 different bands, ranged from 180 to 2500 base pairs in length. Most primers in PCR (especially RAD11, RAD31, RAD32, RAD33) revealed uniform bands for isolates of S. a. tritícea, that allow to identify this species among the others. The cluster analysis using Unweighed Pair-Group Method with Averaging (UPGMA) revealed interspecies disagreement among the isolates ranging from 32 to 53%. The intraspecies disagreement ranges were 17-20%, 38-43%, 42-44% for S. avenae f. sp. triticea, S. nodorum and S. tritici, respectively. Cluster analysis classified isolates into three homogeneous clusters. Each cluster grouped isolates of one species according to their current taxonomie ranks based on spore size, colony morphology and host ranges. In addition, two of the clusters represented by isolates of S. nodorum and S. a. tritícea were distinctly separated at a lower linkage distance from the third one comprising isolates of S. tritici. A slight inconsistency found in grouping some isolates indicates that such groupings should be done with caution. The present study indicates that the PCR- RAPD assay is of a potential use in taxonomy of Stagonospora spp. and Septoria tritici as well as in molecular identification of casual disease agents.
Źródło:
Journal of Applied Genetics; 1996, 37, 3; 239-251
1234-1983
Pojawia się w:
Journal of Applied Genetics
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Cloning of the DNA fragments reflecting the open reading frame I and II of the I-18 C gene of Chironomus tentans. V. Identification of the bacterial colonies, containing the recombinant bluescript plasmids
Autorzy:
Borowicz, B P
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/65003.pdf
Data publikacji:
1999
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
pET-3a vector
promoter system
cloning
I-18 C gene
T7 RNA polymerase
plasmid
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
identification
Opis:
The technology applied for the cloning of the open reading frame (ORF) I and II reflecting DNA fragments in regard to the identification of the bacterial colonies, of E. coli XL-1 strain, containing the recombinant bluescript plasmids, is described. The particular steps include: the α-complementation test, growing of the preliminary selected bacterial colonies in culture, isolation of the plasmids from these colonies, the Nde I and Bam HI digestion of the plamids mini-preparations, analysis of the digestion products and the identification of the bacterial colonies, containing the bluescript plasmids with the cloned inserts by the agarose gel electrophoresis (2% gel, 1 x TBE buffer).
Opisano technologię zastosowaną do klonowania fragmentów DNA odzwierciedlających otwartą ramę odczytu I i II genu I-18 C Chironomus tentans, w zakresie: identyfikacji kolonii bakteryjnych szczepu XL-1, zawierających zrekombinowane plazmidy blueskrypt. Poszczególne etapy obejmowały: test α-komplementacji, hodowlę wstępnie wybranych kolonii bakteryjnych, izolację plazmidów bakteryjnych poszczególnych kolonii z tych hodowli, trawienie mini-izolatów plazmidów Nde I i Bam HI, analizę produktów trawienia i identyfikację kolonii bakteryjnych, zawierających plazmidy blueskrypt z wklonowanymi wstawkami przy zastosowaniu elektroforezy w żelu agarozowym (2% żel, 1 x stężony bufor TBE).
Źródło:
Journal of Plant Protection Research; 1999, 39, 1
1427-4345
Pojawia się w:
Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Isolation of the DNA fragment reflecting the open reading frame II of the I-18 C gene of Chironomus tentans by the polymerase chain reaction. I. The technology for the preparation of the primers
Autorzy:
Borowicz, B P
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/65836.pdf
Data publikacji:
1997
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
phosphorylation
plant protection
I-18 C gene
purification
Chironomus tentans
polymerase chain reaction
DNA fragment
oligonucleotide
Opis:
The above mentioned technology in a case of the DNA fragment reflecting the Open Reading Frame II of the I-18 C gene is described i.e. the primers design, purification and phosphorylation of the oligonucleotide primers.
Dla określonego w tytule pracy, celu badań przedstawiono technologię przygotowywania starterów, w przypadku DNA odpowiadającego Otwartej Ramie Odczytu II genu I-18 C Chironomus tentans. Technologia ta obejmowała zaprojektowanie starterów dla PCR oraz oczyszczenie i fosforylację zsyntetyzowanych oligonukleotydowych starterów.
Źródło:
Journal of Plant Protection Research; 1997, 37, 1-2
1427-4345
Pojawia się w:
Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies