Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Wyszukujesz frazę "BED annotation" wg kryterium: Temat


Wyświetlanie 1-1 z 1
Tytuł:
Annogene: Restful Web Service for Annotating Genomic Features
Autorzy:
Tomski, A.
Piechota, M.
Przewłocki, R.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/108641.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Społeczna Akademia Nauk w Łodzi
Tematy:
BED annotation
RESTful web service
ChIP-seq peaks
Opis:
Modern high-throughput sequencing techniques generate a constantly increasing amount of genomic data from eukaryotes. The main problem is quickly identifying the data that may provide information about the nature of intracellular processes, such as the targeting of transcription factor-binding sites. Typically, thousands of peaks or signals are found across the genome and the nearby genes must be annotated. We introduce AnnoGene - a web service for annotating genomic features. AnnoGene was implemented in a representational state transfer (REST) architectural style. The program searches for the gene nearest to the center of a genomic position. Subsequently, the location and annotationsof the gene are shown. The tool can be downloaded and run on a local computer, but it was designed to be a web service. AnnoGene is freely available through a web browser. Moreover, our paper covers examples of the REST clients written in the Python, R and Java programming languages. AnnoGene only requires genomic positions from the user. Even when annotating several thousand positions, the output is typically ready in a few seconds. Moreover, this tool supports Seqinspector – a web tool for finding regulators of the genes.
Źródło:
Journal of Applied Computer Science Methods; 2014, 6 No. 2; 101-110
1689-9636
Pojawia się w:
Journal of Applied Computer Science Methods
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
    Wyświetlanie 1-1 z 1

    Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies