- Tytuł:
-
The detection of Plasmodiophora brassicae using Loop-mediated isothermal DNA amplification
Wykrywanie Plasmodiophora brassicae przy zastosowaniu amplifikacji DNA w warunkach izotermicznych z wykorzystaniem starterów zapętlających (LAMP) - Autorzy:
-
Kaczmarek, J.
Irzykowski, W.
Burzynski, A.
Jedryczka, M. - Powiązania:
- https://bibliotekanauki.pl/articles/28420.pdf
- Data publikacji:
- 2014
- Wydawca:
- Polskie Towarzystwo Botaniczne
- Opis:
-
Plasmodiophora brassicae, the cause of clubroot, is a
very serious problem preventing from successful and profitable
cultivation of oilseed rape in Poland. The pathogen was found
in all main growing areas of oilseed rape; it also causes considerable
problems in growing of vegetable brassicas. The aim
of this work was to elaborate fast, cheap and reliable screening
method to detect P. brassicae. To achieve this aim the Loopmediated
isothermal DNA amplification (LAMP) technique
has been elaborated. The set of three primer pairs was designed
using LAMP software. The detection was performed with the
GspSSD polymerase, isolated from bacteria Geobacillus sp.,
with strand displacement activity. DNA extraction from clubbed
roots obtained from farmers’ fields of oilseed rape infected by
P. brassicae was done using a modified CTAB method. The
reaction was performed for 60 min at 62oC. The visual detection
was done using CFX96 Real Time PCR Detection System
(BioRad) or Gerie II Amplicatior (Optigen). The detection with
LAMP proved its usefulness; it was easy, fast and accurate and
independent of plant age. The detection limit was 5 spores per
1 μl of the spore suspension, so LAMP was less sensitive than
quantitative PCR tests reported in the literature. However, the
method is cheap and simple, so it is a good alternative, when it
comes to practical use and the assessment of numerous samples.
Plasmodiophora brassicae powoduje kiłę kapusty, chorobę obniżającą plonowanie i redukującą rentowność uprawy rzepaku. Patogen występuje we wszystkich głównych regionach jego uprawy, a także stanowi poważny problem dla producentów warzyw kapustowatych. Celem badań było opracowanie szybkiego, taniego i niezawodnego sposobu wykrywania P. brassicae. W tym celu opracowano metodę amplifikacji DNA w warunkach izotermicznych z wykorzystaniem starterów zapętlających (LAMP). Do detekcji wykorzystano polimerazę GspSSD, wyodrębnioną z bakterii Geobacillus sp., umożliwiającą zastępowanie nici DNA bez potrzeby zmiany profilu temperatury. Ekstrakcję DNA z wyrośli na korzeniach wykonano z zastosowaniem zmodyfikowanej metody CTAB. Reakcję prowadzono przez 60 minut w temperaturze 62oC. Wyniki zbierano przy zastosowaniu systemu CFX96 Real Time PCR Detection System (BioRad) lub Gerie II Amplificator (Optigene). Opracowana metoda była łatwa do wykonania, szybka, dokładna i niezależna od wieku badanej rośliny. LAMP był testem mniej czułym aniżeli opisane w literaturze metody ilościowego PCR; umożliwił wykrywanie 5000 zarodników w 1 mL zawiesiny. Jest to jednak metoda znacznie łatwiejsza do wykonania i zdecydowanie tańsza, co czyni ją przydatną do detekcji P. brassicae w przypadku konieczności oceny jego obecności w licznych próbach polowych. - Źródło:
-
Acta Agrobotanica; 2014, 67, 4
0065-0951
2300-357X - Pojawia się w:
- Acta Agrobotanica
- Dostawca treści:
- Biblioteka Nauki
Artykuł