Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Wyszukujesz frazę "proteomics" wg kryterium: Wszystkie pola


Tytuł:
Desorption/ionization on silicon for small molecules: a promising alternative to MALDI TOF.
Autorzy:
Kraj, Agnieszka
Dylag, Tomasz
Gorecka-Drzazga, Anna
Bargiel, Sylwester
Dziuban, Jan
Silberring, Jerzy
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1043452.pdf
Data publikacji:
2003
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
proteomics
porous silicon
catecholamines
peptides
DIOS
mass spectrometry
desorption/ionization
MALDI TOF
Opis:
A method has been developed for laser desorption/ionization of catecholamines from porous silicon. This methodology is particularly attractive for analysis of small molecules. MALDI TOF mass spectrometry, although a very sensitive technique, utilizes matrices that need to be mixed with the sample prior to their analysis. Each matrix produces its own background, particularly in the low-molecular mass region. Therefore, detection and identification of molecules below 400 Da can be difficult. Desorption/ionization of samples deposited on porous silicon does not require addition of a matrix, thus, spectra in the low-molecular mass region can be clearly readable. Here, we describe a method for the analysis of catecholamines. While MALDI TOF is superior for proteomics/peptidomics, desorption/ionization from porous silicon can extend the operating range of a mass spectrometer for studies on metabolomics (small organic molecules and their metabolites, such as chemical neurotransmitters, prostaglandins, steroids, etc.).
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2003, 50, 3; 783-787
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Corpora amylacea from multiple sclerosis brain tissue consists of aggregated neuronal cells
Autorzy:
Selmaj, Krzysztof
Pawłowska, Zofia
Walczak, Agata
Koziołkiewicz, Wiktor
Raine, Cedric
Cierniewski, Czesław
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1040812.pdf
Data publikacji:
2008
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
proteomics
neuronal aggregates
corpora amylacea
multiple sclerosis
Opis:
In this report, we describe proteomic analysis of corpora amylacea collected by postmortem laser microdissection from multiple sclerosis (MS) brain lesions. Using low level protein loads (about 30 µg), a combination of two-dimensional electrophoresis with matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry and database interrogations we identified 24 proteins of suspected neuronal origin. In addition to major cytoskeletal proteins like actin, tubulin, and vimentin, we identified a variety of proteins implicated specifically in cellular motility and plasticity (F-actin capping protein), regulation of apoptosis and senescence (tumor rejection antigen-1, heat shock proteins, valosin-containing protein, and ubiquitin-activating enzyme E1), and enzymatic pathways (glyceraldehyde-3-dehydrogenase, protein disulfide isomerase, protein disulfide isomerase related protein 5, lactate dehydrogenase). Samples taken from regions in the vicinity of corpora amylacea showed only traces of cellular proteins suggesting that these bodies may represent remnants of neuronal aggregates with highly polymerized cytoskeletal material. Our data provide evidence supporting the concept that biogenesis of corpora amylacea involves degeneration and aggregation of cells of neuronal origin.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2008, 55, 1; 43-50
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Renal function during metabolic acidosis
Autorzy:
Kurpinska, A.K.
Skrzypczak, W.F.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/3008.pdf
Data publikacji:
2010
Wydawca:
Instytut Medycyny Wsi
Tematy:
renal function
metabolic acidosis
acid-case imbalance
acid-base homeostasis
renal tubule
excretion
reabsorption
proteomics
Źródło:
Journal of Pre-Clinical and Clinical Research; 2010, 04, 1
1898-2395
Pojawia się w:
Journal of Pre-Clinical and Clinical Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
High throughput protein production
Autorzy:
Tworak, A.
Podkowinski, J.
Figlerowicz, M.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80317.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
activity
cloning
DNA sequencing
expression
high throughput
human genome
Human Genome Project
large scale proteomics
new technology
protein folding
protein production
purification
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2011, 92, 2
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Identyfikacja białek z wykorzystaniem techniki Peptide Mass. Część I - charakterystyka eksperymentu identyfikacji
The identification of proteins by Peptide Mass Fingerprinting (PMF). Part I - properties of the identification experiment
Autorzy:
Kamińska, H.
Podbielska, H.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/261316.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Politechnika Wrocławska. Wydział Podstawowych Problemów Techniki. Katedra Inżynierii Biomedycznej
Tematy:
proteomika
identyfikacja protein
spektrometria masowa
schematy scoringu
proteomics
identification of proteins
mass spectrometry
peptide mass fingerprinting
scoring schemes
Opis:
Wprowadzenie w spektrometrach jonizacji typu MALDI zrewolucjonizowało proces identyfikacji białek. Automatyzacja procesu identyfikacji oraz bezpośrednie połączenie analizy spektrometrem masowym z separacją białek dwuwymiarową elektroforezą żelową (2D-GE) pociągnęły za sobą znaczny rozwój proteomiki. Późniejszy rozrost proteomicznych baz danych pozwolił na zwiększenie dokładności identyfikacji, z wykorzystaniem pierwszej w historii techniki wydajnej identyfikacji białek – peptide mass fingerprinting, w skrócie: PMF. Metoda peptide mass fingerprinting pozwala identyfikować białka z widm masowych uzyskanych w wyniku analizy próbki spektrometrem masowym. Przez wzgląd na powszechność stosowania metody, jak i ciągle obserwowane jej ulepszenia, autorzy postanowili podsumować obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca została podzielona na dwie części: w pierwszej znajduje się opis historii powstania metody PMF wraz z charakterystyką części eksperymentalnej i opisem najpopularniejszych baz danych stosowanych przy identyfikacji, natomiast druga część pracy jest poświęcona zagadnieniom algorytmicznym, związanym z wyszukiwaniem w bazie danych protein najlepiej odzwierciedlających białko analizowane w próbce. Specyfikacja eksperymentu w pierwszej części pracy uwzględnia zarówno opis metody separacji, trawienia białek w próbce, jak i późniejszej ich analizy z wykorzystaniem spektrometru masowego. Eksperymentalne fazy metody PMF są opisane z uwzględnieniem ich cech biochemicznych, mających wpływ na dalsze etapy schematu identyfikacji.
The development of MALDI ionization method in mass spectrometers, had revolutionized the protein identification procedure. The automation of an identification procedure and the mass spectrometry direct connection to the protein separation with the two-dimensional gel electrophoresis (2D-GE) implicated the significant proteomics development. The later growth of the proteomics databases contributed to the enhancement of the identification accuracy, by using the first method of effective protein identification in the history: the peptide mass fingerprinting (PMF). The peptide mass fingerprinting enabled the protein identification from the mass spectra acquired by the mass spectrometry sample analysis. Due to the common use of method and its continuous improvements, the authors decided to summarize the current state of the knowledge in this field of science. The publication is divided into two parts. The first one is devoted to the origins of PMF scheme, the characteristics of its experimental part and a description of the most popular databases used in the identification procedure. The second part relates to the algorithmic issues of searching the database protein, which reflects the sample content in the best way. The experiment specification in the first part takes into the consideration the description of separation and sample digestion methods, as well as the later protein sample analysis by the mass spectrometer. The experimental steps of the PMF method are described according to their biochemical properties, having an impact for the later stages of the identification procedure.
Źródło:
Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna; 2011, 17, 2; 153-160
1234-5563
Pojawia się w:
Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Identyfikacja białek z wykorzystaniem techniki Peptide Mass Fingerprinting (PMF). Część II - algorytmy scoringu
The identification of proteins by Peptide Mass Fingerprinting (PMF). Part II - the scoring algorithms
Autorzy:
Kamińska, H.
Podbielska, H.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/261443.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Politechnika Wrocławska. Wydział Podstawowych Problemów Techniki. Katedra Inżynierii Biomedycznej
Tematy:
proteomika
identyfikacja protein
spektrometria masowa
peptide mass fingerprinting
schematy scoringu
proteomics
identification of proteins
mass spectrometry
scoring schemes
Opis:
Postęp w dziedzinie komputerów oraz rozwój Internetu zrewolucjonizował, proces identyfikacji białek oraz przyczynił się do szybkiego wzrostu proteomicznych baz danych. Krótko po wprowadzeniu pierwszej technologii identyfikacji białek z widm spektrometrów masowych PMF (Peptide Mass Fingerprinting) okazało się, że algorytmy wykorzystywane do wyszukiwania w bazie danych protein odpowiadających wynikom eksperymentu mają kluczowe znaczenie dla wysokiej poprawności identyfikacji. Rozwój metody PMF był zatem uwarunkowany nie tylko przez usprawnienia techniczne schematu, ale przede wszystkim przez zastosowanie rozmaitych metod matematycznych i statystycznych (tzw. algorytmów scoringu) przy wyszukiwaniu poprawnych rozwiązań. Kolejnym krokiem w informatycznym usprawnieniu identyfikacji było opracowanie metod walidacji jej rezultatów na podstawie istniejących baz danych lub też symulacji. Walidacja rezultatów pozwoliła na wyeliminowanie większości błędów pierwszego rodzaju w identyfikacji metodą PMF. Przez wzgląd na powszechność stosowania metody, a także jej ulepszenia autorzy postanowili podsumować obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca została podzielona na dwie części: w pierwszej przedstawiono opis historii powstania metody PMF wraz z charakterystyką jej części eksperymentalnej i opisem najpopularniejszych baz danych stosowanych przy identyfikacji, natomiast druga część jest poświęcona zagadnieniom algorytmicznym związanym z wyszukiwaniem w bazie danych protein najlepiej odzwierciedlających białko analizowane w próbce. Bioinformatyczne ujęcie identyfikacji białek w drugiej części nawiązuje do specyfikacji eksperymentu, omówionej w części pierwszej publikacji. Druga część pracy w szczegółowy sposób opisuje główne aspekty porównywania mas teoretycznych i eksperymentalnych, tj. trawienie in silico, rozpoznawanie modyfikacji białek, dopasowywanie mas oraz kalibrację poprawnych dopasowań. Opisane zostały także sposoby budowania funkcji scoringowych oraz algorytmy walidacji ich wartości. Dodatkowo, w pracy przedstawiono najbardziej znane funkcje scoringowe oraz pełny przegląd oprogramowania do identyfikacji białek metodą PMF.
The internet and computer science progress have revolutionized the process of protein identification and contributed to the growth of proteomics databases. Just after discovering the first technology for protein identification from the mass spectra PMF (peptide mass fingerprinting), it appeared that the algorithms searching databases for proteins corresponding to experiment results have crucial meaning for the sensitivity and specificity of the identification procedure. Therefore, the development of PMF method was conditioned by both the technological improvements in the PMF scheme and the application of various mathematical and statistical methods (so called: scoring algorithms) to the searching of correct identifications. The next step in the development of an identification procedure was to work out the methods for identification results validation, according to the proteomics databases content or simulations. The results validation allowed to eliminate the most of unwanted false positives in the PMF identification. Regarding the method common use, as well as its improvements which are still present, the authors decide to summarize the current level of knowledge related to this topic. The publication is divided into two parts. The first one is devoted to the origins of PMF scheme, the characteristics of its experimental part and a description of the most popular databases used in the identification procedure. The second part relates to the algorithmic issues of searching the database protein, which reflects the sample content best. From the bioinformatics point of view the protein identification in the second part of publication refers to the experiment specification described in the first part. The second part of the publication describes in details the aspects of theoretical and experimental masses comparison, i.e. in silico digestion, the discrimination of protein modifications, the pairing of masses and the calibration of matches. Moreover, the scoring functions building manners and the algorithms for scoring functions values validation were also taken into the consideration. Additionally, we present the most known scoring schemes with the comprehensive review of the PMF protein identification software.
Źródło:
Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna; 2011, 17, 3; 239-247
1234-5563
Pojawia się w:
Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Urinary proteomic strategies in biomarkers discovery of renal diseases
Autorzy:
Ciechanowicz, A.K.
Ozgo, M .
Herosimczyk, A.
Kurpinska, A.
Klonowska, A.
Lepczynski, A.
Stanski, L.R.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/3155.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Instytut Medycyny Wsi
Tematy:
proteomics
biomarker discovery
human disease
renal disease
chromatography
electrophoresis
mass spectrometry
kidney
urine
Źródło:
Journal of Pre-Clinical and Clinical Research; 2011, 05, 1
1898-2395
Pojawia się w:
Journal of Pre-Clinical and Clinical Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Forest tree research in post genomic era. Introduction to systems biology of broadleaves
Autorzy:
Staszak, A.M.
Pawlowski, T.A.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/41059.pdf
Data publikacji:
2012
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Instytut Dendrologii PAN
Tematy:
forest tree
tree
genomics
proteomics
woody plant
biology
broadleaf
plant reproduction
plant physiology
Opis:
Trees are long living organisms, rarely used in molecular experiments because of large size of the genome and long time of reproduction cycle. Sequencing data from Populus trichocarpa genome allowed for the development of research on the processes associated with tree biology such as secondary wood formation, long-term perennial growth, seasonal changes, biotic interactions, evolution etc. Reference data enable the investigation of non-model trees such as Quercus or Fagus, having ecological and economic significance. During projects scientists use genomic, transcriptomic, proteomic and metabolomic approaches which contribute to better understanding of the physiological processes regulating tree biology. Data collected from these multiple studies need to be integrated. The integration of data is the subject of the newly established field of science called systems biology. This review presents progress in tree research after finishing the sequencing project of Populus. It concentrates on modern trends in 'omics' and systems biology study of temperate broadleave trees during the last 10 years of studies.
Źródło:
Dendrobiology; 2012, 68
1641-1307
Pojawia się w:
Dendrobiology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Carbonylation-targeted proteomics of NaCl-stressed plants revealing early oxidative events in various cellular compartments
Autorzy:
Mano, J.
Nagata, M.
Okamura, S.
Shiraya, T.
Mitsui, T.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80594.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
conference
lipid peroxide
reactive carbonyl species
reactive oxygen species
plant environment
stress response
Arabidopsis thaliana
4-hydroxynonenal
immunoblotting
sodium chloride stress
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 2
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
New proteases of the chloroplast envelope – what do they do there?
Autorzy:
Adam, Z.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80681.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
conference
protease
chloroplast
thylakoid
proteomics
allene oxide synthase
jasmonic acid
serine protease
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 3
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Oxidative signalling in seed germination and dormancy
Autorzy:
Bailly, C.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/81220.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
conference
seed dormancy
germination
genetic background
environment condition
abscisic acid
gibberellin
reactive oxygen species
Arabidopsis
proteomics
transcriptomics
transduction
hormone signalling
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 2
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Redox-mediated regulation of wheat seed dormancy revealed through modification-specific proteomics
Autorzy:
Bykova, N.
Hoehn, B.
Rampitsch, C.
Hu, J.
Fan, T.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80787.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
conference
seed dormancy
wheat
Triticum aestivum
reactive oxygen species
hormonal balance
cysteine
proteomics
abiotic stress
biotic stress
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 2
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Transcriptome and proteome changes accompanying increased vigor of osmoprimed rape (Brassica napus L.) seeds
Autorzy:
Kubala, S.
Lechowska, K.
Wojtyla, L.
Kosmala, A.
Quinet, M.
Lutts, S.
Garnczarska, M.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/81285.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
conference
osmopriming
seed germination
stress tolerance
Brassica napus
rapeseed
transcriptome
proteomics
gene encoding
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 3
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
A proteomics approach to identify the differential protein level in cardiac muscle of diabetic rat
Autorzy:
Karthik, Dhanaraj
Vijayakumar, Ravichandran
Pazhanichamy, Kalailingam
Ravikumar, Sivanesan
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1039290.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
diabetes mellitus
cardiac muscle proteome
2D electrophoresis
MALDI-TOF-MS
phylogenetic analysis
Opis:
Background: Cardiovascular proteomics investigation reveals the characterization and elucidation of the novel therapeutic targets and strategies to prevent the development of heart failure associated diabetic complication by using 2DE and MS. Methods: The experimental animals were made diabetic with a single intraperitoneal injection of alloxan (150 mg/kg of bw). Albino rats were randomly divided into four individual groups: Group-I control (n=6), group-II alloxan-induced diabetic rats, untreated (n=6), group-III (n=6) and group-IV (n=6) alloxan-induced diabetic rats were treated with aqueous and ethanolic extracts of Cynodon dactylon for 15 days, respectively. Animals were euthanized to collect the heart tissues and blood samples. 2DE sample preparation, gel running and staining (n=6: each groups) were performed at the same time to avoid variation. The result of six gel images from each group were analyzed and evaluated as one match set with 2D software (P<0.05). Results: The above experiment revealed two up-regulated proteins in group-II i.e. NTF4 and ETFB. Conclusions: NTF4 is a neuro-protective agent for neuro-degenerative diseases. It will prevent diabetic secondary complications, such as diabetic polyneuropathy and cardiomyopathy. ETFB is active in the mitochondria, the energy-producing centres in cells. It is clear from the experiment that because of up-regulation of ETFB more energy is availabile and the electron transfer for heart during diabetes is possible, what leads to reduce the oxidative stress and free-radical formation. The up-regulated proteins reduced CVD that occurred just before overt hyperglycaemia due to administration of C. dactylon. This approach established the preliminary reference map for decoding cellular mechanisms linked between pathogenesis CVD and diabetes.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2014, 61, 2; 285-293
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
A short review on proteomics and its applications
Autorzy:
Chandrasekhar, K.
Dileep, A.
Lebonah, D.E.
Pramoda Kumari, J.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/11309.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Przedsiębiorstwo Wydawnictw Naukowych Darwin / Scientific Publishing House DARWIN
Tematy:
proteomics
application
protein function
protein structure
stress condition
metabolism
2-D electrophoresis
disease treatment
novel protein
Opis:
Proteomics is the large scale of study of proteins, particularly their function and structure. Proteomics is an excellent approach for studying changes in metabolism in response to different stress conditions. In the present review focused on different types of techniques for the analysis of expressed proteins. The techniques includes 2-D gel electrophoresis, MALDI-TOF/MS etc., play a vital role for the analysis of novel proteins and their role in disease maintenance and treatment. The review also concentrated on applicative perspective of proteomics in the fields of biomedical, agriculture and food.
Źródło:
International Letters of Natural Sciences; 2014, 12, 1
2300-9675
Pojawia się w:
International Letters of Natural Sciences
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies