Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Centralna Biblioteka Wojskowa Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaCentralna Biblioteka Wojskowa

Wyszukujesz frazę "proteomics" wg kryterium: Wszystkie pola

  Lista filtrów
Wyrównaj
Wyświetlanie 1-15 z 37
Tytuł:
New proteases of the chloroplast envelope – what do they do there?
Autorzy:
Adam, Z.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80681.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
conference
protease
chloroplast
thylakoid
proteomics
allene oxide synthase
jasmonic acid
serine protease
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 3
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Oxidative signalling in seed germination and dormancy
Autorzy:
Bailly, C.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/81220.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
conference
seed dormancy
germination
genetic background
environment condition
abscisic acid
gibberellin
reactive oxygen species
Arabidopsis
proteomics
transcriptomics
transduction
hormone signalling
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 2
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Proteomics in studies of Staphylococcus aureus virulence
Autorzy:
Bonar, Emilia
Wójcik, Iwona
Wladyka, Benedykt
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1038964.pdf
Data publikacji:
2015
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
Staphylococcus aureus
proteomics
virulence factors
secretome
surfacome
Opis:
Staphylococcus aureus is a widespread, opportunistic pathogen that causes community and hospital acquired infections. Its high pathogenicity is driven by multifactorial and complex mechanisms determined by the ability of the bacterium to express a wide variety of virulence factors. The proteome secreted into extracellular milieu is a rich reservoir of such factors which include mainly nonenzymatic toxins and enzymes. Simultaneously, membrane proteins, membrane-cell wall interface proteins and cell wall-associated proteins also strongly influence staphylococcal virulence. Proteomics shows a great potential in exploring the role of the extracellular proteome in cell physiology, including the pathogenic potential of particular strains of staphylococci. In turn, understanding the bacterial physiology including the interconnections of particular factors within the extracellular proteomes is a key to the development of the ever needed, novel antibacterial strategies. Here, we briefly overview the latest applications of gel-based and gel-free proteomic techniques in the identification of the virulence factors within S. aureus secretome and surfacome. Such studies are of utmost importance in understanding the host-pathogen interactions, analysis of the role of staphylococcal regulatory systems and also the detection of posttranslational modifications emerging as important modifiers of the infection process.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2015, 62, 3; 367-381
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Redox-mediated regulation of wheat seed dormancy revealed through modification-specific proteomics
Autorzy:
Bykova, N.
Hoehn, B.
Rampitsch, C.
Hu, J.
Fan, T.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/80787.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
conference
seed dormancy
wheat
Triticum aestivum
reactive oxygen species
hormonal balance
cysteine
proteomics
abiotic stress
biotic stress
Źródło:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2013, 94, 2
0860-7796
Pojawia się w:
BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
A short review on proteomics and its applications
Autorzy:
Chandrasekhar, K.
Dileep, A.
Lebonah, D.E.
Pramoda Kumari, J.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/11309.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Przedsiębiorstwo Wydawnictw Naukowych Darwin / Scientific Publishing House DARWIN
Tematy:
proteomics
application
protein function
protein structure
stress condition
metabolism
2-D electrophoresis
disease treatment
novel protein
Opis:
Proteomics is the large scale of study of proteins, particularly their function and structure. Proteomics is an excellent approach for studying changes in metabolism in response to different stress conditions. In the present review focused on different types of techniques for the analysis of expressed proteins. The techniques includes 2-D gel electrophoresis, MALDI-TOF/MS etc., play a vital role for the analysis of novel proteins and their role in disease maintenance and treatment. The review also concentrated on applicative perspective of proteomics in the fields of biomedical, agriculture and food.
Źródło:
International Letters of Natural Sciences; 2014, 12, 1
2300-9675
Pojawia się w:
International Letters of Natural Sciences
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Proteomics of E.coli Nissle 1917 in response to Cocos nucifera sap and wine
Autorzy:
Chandrasekhar, K
Pramoda Kumari, J.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/11862.pdf
Data publikacji:
2015
Wydawca:
Przedsiębiorstwo Wydawnictw Naukowych Darwin / Scientific Publishing House DARWIN
Tematy:
proteomics
Escherichia coli
plant response
coconut palm
Cocos nucifera
sap
wine
protein
probiotic
identification
scanning
Opis:
In the present study, we described the protein profile experimentally by 2D-PAGE and MALDI analysis to understand the stress mechanisms of cocoti sap and wine on E.coli Nissle 1917. We isolated one newly expressed protein from cocoti wine treated gel which is not present in both control and cocoti sap treated sample i.e. P21 prophage-derived head-stabilizing proteinVG03_ECOL6 (3n1) also called as Head protein gp3. This protein mainly activities related to the viral life cycle. It helps to attach the viral gene into host. The growth rate was delayed in cocoti wine treated E.coli Nissle 1917 when compared to control and cocoti sap treated samples. Stress mechanism induce many proteins they are involved in metabolic process, hydrolase activity, lyase activity, quinone binding, phosphotransferase system, carbohydrate metabolism, DNA binding, DNA repair, transferase activity, oxidoreductase, purine metabolism, transcription antitermination, transcription regulation and other related activities. We proved that the predicted protein structure quality, resolution, density and error plot values by QMEAN analysis. Based on these results, only two differentially expressed proteins under sap stress showed that the significant results, which were N-acetylgalactosamine-specific phosphotransferase enzyme IIB component 1, PTPB1_ECOLI and DinI-like protein Z3305/ECs2939 in prophage CP-933VDINI1_ECO57. In case of wine stress, the differentially expressed proteins were Transcription anti-termination protein RFAH- ECO57 NusA and PUR7- eco24- phosphoribosylamidazole-succinocarboxamide synthase showed significant results. ProtParam analysis indicating that the multiple physico-chemical characters of differentially expressed proteins were differed and compared. The phylogenetic tree represents the relationship in-between the differentially expressed proteins, were showed siblings (related) as well as monophytic clade.
Źródło:
International Letters of Natural Sciences; 2015, 41
2300-9675
Pojawia się w:
International Letters of Natural Sciences
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Urinary proteomic strategies in biomarkers discovery of renal diseases
Autorzy:
Ciechanowicz, A.K.
Ozgo, M .
Herosimczyk, A.
Kurpinska, A.
Klonowska, A.
Lepczynski, A.
Stanski, L.R.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/3155.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Instytut Medycyny Wsi
Tematy:
proteomics
biomarker discovery
human disease
renal disease
chromatography
electrophoresis
mass spectrometry
kidney
urine
Źródło:
Journal of Pre-Clinical and Clinical Research; 2011, 05, 1
1898-2395
Pojawia się w:
Journal of Pre-Clinical and Clinical Research
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
DIAGNOSTIC POTENTIAL OF SELECTED SALIVARY PROTEOMICS FOR AUTONOMIC NERVOUS SYSTEM ACTIVITY ASSESSMENT
Autorzy:
Dobrek, Lukasz
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2137800.pdf
Data publikacji:
2020-05-14
Wydawca:
Fundacja Edukacji Medycznej, Promocji Zdrowia, Sztuki i Kultury Ars Medica
Tematy:
saliva
vasoactive intestinal peptide
neuropeptide Y
chromogranin A
α-amylase
Opis:
The clinical assessment of autonomic nervous system (ANS) functioning, enabling the diagnosis of autonomic neuropathy present in the course of many diseases, is currently based on performing simple cardiovascular reflexes (Ewing tests), analyzing heart rate variability (HRV) or heart rate turbulence (HRT), examining skin sweating or recording neurophysiological tests (e.g. microneurography). Laboratory assessment of ANS function is very scarce and practically only includes the plasma assessment of noradrenaline as a surrogate for the biochemical indicator of sympathetic activity. Recently, the possibility of evaluation of selected compounds present in saliva as laboratory markers of not only oral diseases but also systemic diseases has been raised. This work focuses on a brief description of the anatomy and physiology of the salivary glands and describes the formation of saliva, its composition and the use of this bodily fluid in laboratory diagnostics. In addition, the paper specifically discusses the possibility of determining selected compounds that are considered to reflect autonomic activity. A review of the literature indicates primarily four proteomics: two neuropeptides (vasoactive intestinal peptide (VIP) and neuropeptide Y (NPY) that are co-transmitters in autonomic fibers, chromogranin A, a synaptic vesicle protein and α-amylase, a hydrolytic enzyme pre-digesting carbohydrates in the oral cavity. These are currently the most widely investigated agents for their usefulness as laboratory markers of ANS activity.
Źródło:
Acta Neuropsychologica; 2020, 18(2); 285-303
1730-7503
2084-4298
Pojawia się w:
Acta Neuropsychologica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Is stallion epididymal fluid phosphoproteome affected by the equine reproductive season?
Autorzy:
Dyrda, K.
Orzołek, A.
Ner-Kluza, J.
Wysocki, P.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2087138.pdf
Data publikacji:
2021
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
stallion
proteomics
epididymal fluid
phosphoproteins
Źródło:
Polish Journal of Veterinary Sciences; 2021, 24, 4; 487-495
1505-1773
Pojawia się w:
Polish Journal of Veterinary Sciences
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Modular structurality and emergent functionality within knowledge representation systems
Autorzy:
Fedyniuk, Adam
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/429209.pdf
Data publikacji:
2016
Wydawca:
Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie
Tematy:
metamodelling
ontology
proteomics
connectomics
centrality
philosophy of information
Opis:
There are various approaches to ontology metamodelling, and the notion of biologically inspired modular knowledge representation systems can provide insight in the workings of such phenomena as emergent properties of network structures. What is more relevant from knowledge engineering standpoint, such approach could provide innovation and enhancement of the level of expression as well as overall functionality of modular ontologies. To do so, one needs to find biological structures that would be the basis for modularity on different levels of hierarchy within the artificial system. Network analysis tools as well as systems biology and biocomputing provide a framework for research in this field.
Źródło:
Semina Scientiarum; 2016, 15
1644-3365
Pojawia się w:
Semina Scientiarum
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Transdziedzinowe aspekty struktur modularnych. O aplikacji modularyzacji w ramach inżynierii wiedzy i kognitywistyki.
Trans-Domain Aspects of Modular Structures. Applying Modularization in Knowledge Engineering and Cognitive Science.
Autorzy:
Fedyniuk, Adam
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/521718.pdf
Data publikacji:
2017
Wydawca:
Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
Tematy:
metamodelowanie
modularność
inżynieria wiedzy
konektomika
proteomika
centralność
teoria sieci,
ontologie
interdyscyplinarność
metamodeling
modularity
knowledge engineering connectomics, proteomics
centrality
network theory
ontologies
interdisciplinarity
Opis:
Zastosowanie struktury modularnej w ramach różnych rozwiązań: tak inżynieryjnych, jak i teoretycznych niesie ze sobą pewne ograniczenia. Problemy te są bardzo widoczne w obrębie dyskursu na temat projektowania modularnych ontologii oraz wdrażania technologii Semantic Web. Pomimo szerokiego zakresu problemów związanych z aplikacją modularności w inżynierii wiedzy, istnieje wciąż niewyczerpane źródło innowacji oraz nowoczesnych inspiracji dla przezwyciężania problemów z metamodelowaniem, projektowaniem oraz hybrydyzacją systemów reprezentacji wiedzy. Inspirowanie się naturalnymi przejawami struktur modularnych może stanowić źródło wielu innowacji oraz podłoże do opracowania nowych podejść tak w dziedzinie inżynierii wiedzy, jak kognitywistyki. Z uwagi na nawiązanie do obliczeniowego charakteru struktur modularnych obecnych w rozmaitych dziedzinach o charakterze interdyscyplinarnym, można dotrzeć do konkluzji, że pewne obserwowalne prawidłowości związane z organizacją sieci (np. stopniami i rodzajami centralności) są w istocie transdziedzinowe (tzn. wykraczają poza dziedzinę, w której zostały pierwotnie zastosowane, mając potencjał do wykorzystania w innej dziedzinie badającej struktury relacyjne różnego rodzaju) bądź przynajmniej mają charakter projekcyjny w odniesieniu do metamodelowania ontologii.
The application of modular structure in the context of various solutions, both engineering and theoretical, possesses certain limitations. The problems that arise are very salient amidst the discourse concerning the design of modular ontologies and implementation of Semantic Web technologies. Despite a wide array of obstacles related to aptly used modularity in knowledge engineering, there is still a never-ending source of inspiration for the solutions concerning metamodeling, designing and hybridizing knowledge representation systems. Being inspired by natural occurrences of modular structures can be a potent source of innovation and a foundation for developing new approaches both in the domain of knowledge engineering and cognitive science. Due to reference to the computational character of the modular structures present in various domains that are deemed interdisciplinary, one can arrive at the conclusion that certain observed regularities connected with network organisation (i.e., centrality types and measures) are in fact trans-domain (they go beyond their respective domain and have application in a different domain that concerns itself with studying relational structures of various forms) or they possess at least the projectional character in regard to ontology metamodeling.
Źródło:
Humanistyka i Przyrodoznawstwo; 2017, 23; 25-41
1234-4087
Pojawia się w:
Humanistyka i Przyrodoznawstwo
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Method for mass spectrometry spectrum deisotoping based on fuzzy inference systems
Autorzy:
Glodek, Anna
Polańska, Joanna
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/747419.pdf
Data publikacji:
2018
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Matematyczne
Tematy:
fuzzy logic, fuzzy inference systems, deisotoping, mass spectrometry, algorithms, proteomics, applied mathematics
fuzzy logic, fuzzy inference systems, deisotoping, mass spectrometry, algorithms, MALDI ToF
Opis:
Celem niniejszego artykułu jest omówienie zaproponowanego algorytmu do identyfikacji obwiedni izotopowych, opartego na teorii systemów rozmytych. Obecnie proteomika jest ściśle powiązana z chorobami nowotworowymi. Dlatego też bardzo ważne jest precyzyjne zidentyfikowanie białek znajdujących się w obszarze raka; stosowana jest w tym celu spektrometria masowa. Jedną z technik spektrometrii masowej jest MALDI. Otrzymane dane będące widmem masowym składają się ze stosunku masy do ładunku jonów oraz intensywnosci pików. W celu przetworzenia danych, usunięcia szumu, linii bazowej etc. stosuje się przetwarzanie wstępne. Identyfikacja obwiedni izotopowych jest częścią procesu przetwarzania wstępnego w proteomice. Polega ona na identyfikacji izotopów wchodzących w skład obwiedni izotopowej, a także pozwala na zredukowanie wymiaru danych. Istnieje wiele algorytmów do identyfikacji obwiedni izotopowej, jednak każdy z nich dedykowany jest dla innego rodzaju techniki spektrometrii masowej (MALDI, LC-MS, ESI, etc.) bądź dla konkretnego rodzaju cząsteczek. Dlatego też zaproponowany algorytm został oparty na teorii systemów rozmytych, a reguły wnioskowania zostały oparte na wieloletnich doświadczeniach eksperta w dziedzinie spektrometrii masowej. Przetestowany był on na danych uzyskanych z Instytutu Onkologii im. Marii Skłodowskiej-Curie w Gliwicach, pochodzących z badań nad rakiem głowy i szyi dla losowo wybranej grupy peptydów i lipidów. Wyniki autorskiego algorytmu do identyfikacji obwiedni izotopowych porównano z jedną z istniejących metod do identyfikacji obwiedni izotopowych.
Nowadays, mass spectrometry is widely used in proteomics for confident and precise identification of the protein. One of the most important steps in the signal analysis is deisotoping because some peaks in the spectrum are not the unique compound, but there are members of an isotopic envelope. Although the mass spectrometry is present in proteomics for a long time already, the problem of isotope peaks identification is not solved yet. The existing algorithms, usually designed for the particular type of spectrometer, are semi-supervised and do not give satisfactory results. We propose a new algorithm based on fuzzy inference systems that can accurately identify the isotopic envelopes in the spectrum of the complex structure.
Źródło:
Mathematica Applicanda; 2018, 46, 1
1730-2668
2299-4009
Pojawia się w:
Mathematica Applicanda
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Identyfikacja białek z wykorzystaniem techniki Peptide Mass. Część I - charakterystyka eksperymentu identyfikacji
The identification of proteins by Peptide Mass Fingerprinting (PMF). Part I - properties of the identification experiment
Autorzy:
Kamińska, H.
Podbielska, H.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/261316.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Politechnika Wrocławska. Wydział Podstawowych Problemów Techniki. Katedra Inżynierii Biomedycznej
Tematy:
proteomika
identyfikacja protein
spektrometria masowa
schematy scoringu
proteomics
identification of proteins
mass spectrometry
peptide mass fingerprinting
scoring schemes
Opis:
Wprowadzenie w spektrometrach jonizacji typu MALDI zrewolucjonizowało proces identyfikacji białek. Automatyzacja procesu identyfikacji oraz bezpośrednie połączenie analizy spektrometrem masowym z separacją białek dwuwymiarową elektroforezą żelową (2D-GE) pociągnęły za sobą znaczny rozwój proteomiki. Późniejszy rozrost proteomicznych baz danych pozwolił na zwiększenie dokładności identyfikacji, z wykorzystaniem pierwszej w historii techniki wydajnej identyfikacji białek – peptide mass fingerprinting, w skrócie: PMF. Metoda peptide mass fingerprinting pozwala identyfikować białka z widm masowych uzyskanych w wyniku analizy próbki spektrometrem masowym. Przez wzgląd na powszechność stosowania metody, jak i ciągle obserwowane jej ulepszenia, autorzy postanowili podsumować obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca została podzielona na dwie części: w pierwszej znajduje się opis historii powstania metody PMF wraz z charakterystyką części eksperymentalnej i opisem najpopularniejszych baz danych stosowanych przy identyfikacji, natomiast druga część pracy jest poświęcona zagadnieniom algorytmicznym, związanym z wyszukiwaniem w bazie danych protein najlepiej odzwierciedlających białko analizowane w próbce. Specyfikacja eksperymentu w pierwszej części pracy uwzględnia zarówno opis metody separacji, trawienia białek w próbce, jak i późniejszej ich analizy z wykorzystaniem spektrometru masowego. Eksperymentalne fazy metody PMF są opisane z uwzględnieniem ich cech biochemicznych, mających wpływ na dalsze etapy schematu identyfikacji.
The development of MALDI ionization method in mass spectrometers, had revolutionized the protein identification procedure. The automation of an identification procedure and the mass spectrometry direct connection to the protein separation with the two-dimensional gel electrophoresis (2D-GE) implicated the significant proteomics development. The later growth of the proteomics databases contributed to the enhancement of the identification accuracy, by using the first method of effective protein identification in the history: the peptide mass fingerprinting (PMF). The peptide mass fingerprinting enabled the protein identification from the mass spectra acquired by the mass spectrometry sample analysis. Due to the common use of method and its continuous improvements, the authors decided to summarize the current state of the knowledge in this field of science. The publication is divided into two parts. The first one is devoted to the origins of PMF scheme, the characteristics of its experimental part and a description of the most popular databases used in the identification procedure. The second part relates to the algorithmic issues of searching the database protein, which reflects the sample content in the best way. The experiment specification in the first part takes into the consideration the description of separation and sample digestion methods, as well as the later protein sample analysis by the mass spectrometer. The experimental steps of the PMF method are described according to their biochemical properties, having an impact for the later stages of the identification procedure.
Źródło:
Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna; 2011, 17, 2; 153-160
1234-5563
Pojawia się w:
Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Identyfikacja białek z wykorzystaniem techniki Peptide Mass Fingerprinting (PMF). Część II - algorytmy scoringu
The identification of proteins by Peptide Mass Fingerprinting (PMF). Part II - the scoring algorithms
Autorzy:
Kamińska, H.
Podbielska, H.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/261443.pdf
Data publikacji:
2011
Wydawca:
Politechnika Wrocławska. Wydział Podstawowych Problemów Techniki. Katedra Inżynierii Biomedycznej
Tematy:
proteomika
identyfikacja protein
spektrometria masowa
peptide mass fingerprinting
schematy scoringu
proteomics
identification of proteins
mass spectrometry
scoring schemes
Opis:
Postęp w dziedzinie komputerów oraz rozwój Internetu zrewolucjonizował, proces identyfikacji białek oraz przyczynił się do szybkiego wzrostu proteomicznych baz danych. Krótko po wprowadzeniu pierwszej technologii identyfikacji białek z widm spektrometrów masowych PMF (Peptide Mass Fingerprinting) okazało się, że algorytmy wykorzystywane do wyszukiwania w bazie danych protein odpowiadających wynikom eksperymentu mają kluczowe znaczenie dla wysokiej poprawności identyfikacji. Rozwój metody PMF był zatem uwarunkowany nie tylko przez usprawnienia techniczne schematu, ale przede wszystkim przez zastosowanie rozmaitych metod matematycznych i statystycznych (tzw. algorytmów scoringu) przy wyszukiwaniu poprawnych rozwiązań. Kolejnym krokiem w informatycznym usprawnieniu identyfikacji było opracowanie metod walidacji jej rezultatów na podstawie istniejących baz danych lub też symulacji. Walidacja rezultatów pozwoliła na wyeliminowanie większości błędów pierwszego rodzaju w identyfikacji metodą PMF. Przez wzgląd na powszechność stosowania metody, a także jej ulepszenia autorzy postanowili podsumować obecny stan wiedzy w tym zakresie. Praca została podzielona na dwie części: w pierwszej przedstawiono opis historii powstania metody PMF wraz z charakterystyką jej części eksperymentalnej i opisem najpopularniejszych baz danych stosowanych przy identyfikacji, natomiast druga część jest poświęcona zagadnieniom algorytmicznym związanym z wyszukiwaniem w bazie danych protein najlepiej odzwierciedlających białko analizowane w próbce. Bioinformatyczne ujęcie identyfikacji białek w drugiej części nawiązuje do specyfikacji eksperymentu, omówionej w części pierwszej publikacji. Druga część pracy w szczegółowy sposób opisuje główne aspekty porównywania mas teoretycznych i eksperymentalnych, tj. trawienie in silico, rozpoznawanie modyfikacji białek, dopasowywanie mas oraz kalibrację poprawnych dopasowań. Opisane zostały także sposoby budowania funkcji scoringowych oraz algorytmy walidacji ich wartości. Dodatkowo, w pracy przedstawiono najbardziej znane funkcje scoringowe oraz pełny przegląd oprogramowania do identyfikacji białek metodą PMF.
The internet and computer science progress have revolutionized the process of protein identification and contributed to the growth of proteomics databases. Just after discovering the first technology for protein identification from the mass spectra PMF (peptide mass fingerprinting), it appeared that the algorithms searching databases for proteins corresponding to experiment results have crucial meaning for the sensitivity and specificity of the identification procedure. Therefore, the development of PMF method was conditioned by both the technological improvements in the PMF scheme and the application of various mathematical and statistical methods (so called: scoring algorithms) to the searching of correct identifications. The next step in the development of an identification procedure was to work out the methods for identification results validation, according to the proteomics databases content or simulations. The results validation allowed to eliminate the most of unwanted false positives in the PMF identification. Regarding the method common use, as well as its improvements which are still present, the authors decide to summarize the current level of knowledge related to this topic. The publication is divided into two parts. The first one is devoted to the origins of PMF scheme, the characteristics of its experimental part and a description of the most popular databases used in the identification procedure. The second part relates to the algorithmic issues of searching the database protein, which reflects the sample content best. From the bioinformatics point of view the protein identification in the second part of publication refers to the experiment specification described in the first part. The second part of the publication describes in details the aspects of theoretical and experimental masses comparison, i.e. in silico digestion, the discrimination of protein modifications, the pairing of masses and the calibration of matches. Moreover, the scoring functions building manners and the algorithms for scoring functions values validation were also taken into the consideration. Additionally, we present the most known scoring schemes with the comprehensive review of the PMF protein identification software.
Źródło:
Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna; 2011, 17, 3; 239-247
1234-5563
Pojawia się w:
Acta Bio-Optica et Informatica Medica. Inżynieria Biomedyczna
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Mass spectrometry as a useful tool for identifying new therapeutic targets on the cell surface of pathogenic fungi from the genus Candida
Autorzy:
Karkowska-Kuleta, J.
Bocheńska, O.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/115505.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Fundacja na Rzecz Młodych Naukowców
Tematy:
proteomics
pathogenic fungi
candidiasis
mass spectrometry
Opis:
Mass spectrometry (MS) is a universal technique with a wide range of applications, including proteomic studies of different organisms, particularly the characterization and sequencing of proteins isolated from specific cellular compartments. It is used for the identification of elements exposed on the cell surface of microbial pathogens, which are involved in the initial contact with the human host, and then in the further development of infection. Given the increasing frequency of invasive fungal infections caused by pathogenic yeast from the genus Candida, especially among patients with severe immunological impairments, it appears advisable to study the diversity of cell wall proteins that arise during subsequent stages of infection and that are responsible for several important phenomena correlated with pathogenesis. This study employed a liquid chromatograph-coupled mass spectrometer equipped with an electrospray ionization source (ESI), and an ion trap analyser. For tandem mass spectrometry, two approaches for fragmentation of ions - collision-induced dissociation (CID) and electron transfer dissociation (ETD) - were used to analyse the mixtures of peptides generated after tryptic digestion of fungal cell wall proteins (i.e. the “bottom-up” approach). Several surface proteins from Candida spp. were identified which could be potential drug targets and candidates for vaccine development.
Źródło:
Challenges of Modern Technology; 2014, 5, 1; 7-14
2082-2863
2353-4419
Pojawia się w:
Challenges of Modern Technology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Wyświetlanie 1-15 z 37

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies