Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Centralna Biblioteka Wojskowa Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaCentralna Biblioteka Wojskowa

Wyszukujesz frazę "dgge" wg kryterium: Wszystkie pola

  Lista filtrów
Wyrównaj
    Wyświetlanie 1-16 z 16
    Tytuł:
    Zastosowanie metody PCR-DGGE w mikrobiologii sądowej
    Use of the PCR-DGGE method in forensic microbiology
    Autorzy:
    Ziembińska-Buczyńska, Aleksandra
    Kraśnicki, Krzysztof
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2055013.pdf
    Data publikacji:
    2016
    Wydawca:
    Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Policji
    Tematy:
    metody biologii molekularnej
    PCR-DGGE
    DNA fingerprinting
    ślad mikrobiologiczny
    mikrobiom naskórka
    molecular biology methods
    microbiological trace
    epidermal microbiome
    Opis:
    W oparciu o najnowsze doniesienia mikrobiologii sądowej możliwe jest powiązanie sprawcy z dowodem w postępowaniu śledczym na podstawie analizy molekularnej materiału mikrobiologicznego. Wiadomo, że występujący na powierzchni naskórka człowieka mikrobiom jest nie tylko gatunkowo, ale i osobniczo specyficzny. Korzystając z tej informacji, można powiązać użytkownika danego przedmiotu (np. urządzenia elektronicznego) z takim sprzętem poprzez naniesiony w trakcie użytkowania, właściwy tylko danemu użytkownikowi, specyficzny mikrobiom. Korzystając z metod opartych na tzw. genetycznym odcisku palca (DNA fingerprinting) zbiorowiska bakterii, porównywano zgodności struktury zbiorowiska mikroorganizmów pobranych z naskórka dłoni oraz obudowy telefonu komórkowego u czternastu uczestników badania. W tym projekcie wykorzystano metodę łańcuchowej reakcji polimerazy z elektroforezą w gradiencie denaturacji PCR-DGGE (ang. Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Uzyskana analiza pozwoliła na otrzymanie wyników wskazujących na wysoką zbieżność struktury genotypowej próbek pochodzących od użytkownika z mikrobiomem pobranym z jego telefonu. Metoda PCR-DGGE może być wykorzystywana jako skriningowa, poprzedzająca dodatkowe analizy potwierdzające.
    The latest reports on the subject of forensic microbiology indicate that it is possible to link a perpetrator of an offence to the evidence, based on molecular analysis of microbiological material. The microbiome of human epidermis is known to be species- and individual-specific. This knowledge can be used towards finding a match between the object (e.g. electronic device) and the user, based on the individual-specific microbiome deposited onto the object’s surface. The DNA fingerprinting-based methods were used to compare similarities in the structures of bacterial communities collected from the epidermis of 14 study subjects and the housings of their mobile phones. This study was based on the Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gel Electrophoresis method. The results obtained revealed a high degree of similarity between the structure of bacterial genotypes present on the users’ epidermis and the microbiomes recovered from their mobile phones. PCR-DGGE can be used as the screening method, preceding the additional confirmatory analyses.
    Źródło:
    Problemy Kryminalistyki; 2016, 292; 15-21
    0552-2153
    Pojawia się w:
    Problemy Kryminalistyki
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Qualitative analysis of bacterial biocenoses in two sequencing batch reactors treating reject water under different technological conditions
    Autorzy:
    Karło, A.
    Ziembińska-Buczyńska, A.
    Cema, G.
    Surmacz-Górska, J.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/363132.pdf
    Data publikacji:
    2016
    Wydawca:
    Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
    Tematy:
    anammox
    CANON
    nitrification
    PCR-DGGE
    RT-PCR-DGGE
    nitryfikacja
    Opis:
    Complete nitrogen removal over nitrite (CANON) was used to treat reject water with ammonia concentrations ranging from 70 to 154mg·L-1. Two experimental sequential batch reactors, SBR_A and SBR_B, differed in the time of the reject water inflow (6h40min vs 40min), process temperature (25 vs 29°C), and the number of aeration periods per day (3 vs 6, respectively). Nitrogen removal efficiency was higher in SBR_B (50-90%) than in SBR_A (40-80%). Analysis of total (PCR-DGGE) and active (RT-PCR-DGGE) bacteria revealed that the biodiversity of the bacterial biocenoses, expressed as the Shannon-Wiener Biodiversity Index, was higher in SBR_B (2.75-3.10) than in SBR_A (1.80-2.75).
    Źródło:
    Environmental Biotechnology; 2016, 12, 1; 26-33
    1734-4964
    Pojawia się w:
    Environmental Biotechnology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Application of culture dependent methods and culture-independent methods (DGGE analysis) to study Lactic acid bacteria ecology of Ivorian fermented fish Adjuevan
    Autorzy:
    Clementine, K. A.
    Nguessan, K. F.
    Thomas, D. A.
    Dje, M. K.
    Montet, D.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/115772.pdf
    Data publikacji:
    2012
    Wydawca:
    Fundacja na Rzecz Młodych Naukowców
    Tematy:
    Adjuevan
    Fermented fish
    PCR-DGGE
    Ivory Coast
    Opis:
    The occurrence of lactic acid bacteria flora (LAB) was investigated on Ivorian fermented fish Adjuevan products produced with sea fish at different salt concentration (10, 15, 20, 25, 30%) according two traditional methods. LAB biodiversity was investigated using traditional culture-dependent method and culture-independent method (DGGE). LAB isolates were Lactobacillus fermentum 54%, Leuconostoc lactis subsp lactis 27%, Pediococcus pentosaceus 19% according method 1 and Pediococcus pentosaceus 61%, Lactococcus garviae 32%, Streptococcus diffi cilis 7% for method 2. The results of culture-independent method using DGGE patterns and sequencing of DNA bands revealed a higher number of lactic acid bacteria species even if the identification of several lactic acid bacteria species were not possible by traditional microbiological procedures. LAB were Lactobacillus delbrueckii subsp bulgaricus, Lactobacillus helveticus, Leuconostoc lactis, Lactococcus raffi nolactis. Microflora was influence by salt percentage and more by the method of fermentation used. The molecular method DGGE which used three primers Lac1, Lac2GC and Lac3 to study LAB biodiversity directly in the fermented fish matrix, have allowed us to get a more complete picture of the dominant lactic acid bacteria diversity in these fermented product Adjuevan.
    Źródło:
    Challenges of Modern Technology; 2012, 3, 1; 51-56
    2082-2863
    2353-4419
    Pojawia się w:
    Challenges of Modern Technology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Comparison of PCR-DGGE and Nested-PCR-DGGE Approach for Ammonia Oxidizers Monitoring in Membrane Bioreactors’ Activated Sludge
    zalety i wady wykorzystywania techniki nested-PCR w monitoringu bakterii utleniających amoniak w osadzie czynnym bioreaktora membranowego
    Autorzy:
    Ziembińska-Buczyńska, A.
    Wiszniowski, J.
    Ciesielski, S.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/204755.pdf
    Data publikacji:
    2014
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    ammonia oxidizing bacteria
    AOB
    16S rRNA gene
    Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis
    PCR-DGGE
    nested-PCR
    utlenianie amoniaku
    bakteria utleniająca amoniak
    gen kodujący 16S rRNA
    Opis:
    Nitritation, the first stage of ammonia removal process is known to be limiting for total process performance. Ammonia oxidizing bacteria (AOB) which perform this process are obligatory activated sludge habitants, a mixture consisting of Bacteria, Protozoa and Metazoa used for biological wastewater treatment. Due to this fact they are an interesting bacterial group, from both the technological and ecological point of view. AOB changeability and biodiversity analyses both in wastewater treatment plants and lab-scale reactors are performed on the basis of 16S rRNA gene sequences using PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) as a molecular biology tool. AOB researches are usually led with nested PCR. Because the application of nested PCR is laborious and time consuming, we have attempted to check the possibility of using only first PCR round to obtain DGGE fingerprinting of microbial communities. In this work we are comparing the nested and non-nested PCR-DGGE monitoring of an AOB community and presenting advantages and disadvantages of both methods used. The experiment revealed that PCR technique is a very sensitive tool for the amplification of even a minute amount of DNA sample. But in the case of nested-PCR, the sensitivity is higher and the template amount could be even smaller. The nested PCR-DGGE seems to be a better tool for AOB community monitoring and complexity research in activated sludge, despite shorter fragments of DNA amplification which seems to be a disadvantage in the case of bacteria identification. It is recommended that the sort of analysis approach should be chosen according to the aim of the study: nested-PCR-DGGE for community complexity analysis, while PCR-DGGE for identification of the dominant bacteria.
    Nitiritacja – pierwszy etap nitryfikacji, jest uznawany za krok limitujący przebieg całości procesu utleniania amoniaku. Bakterie utleniające amoniak (ang. ammonia oxidizing bacteria, AOB), które prowadzą ten proces są stałymi mieszkańcami osadu czynnego – mieszaniny bakterii, Protozoa i Metazoa, wykorzystywanych do biologicznego oczyszczania ścieków. Z tego powodu są one interesujące zarówno z punktu widzenia technologii, jak i ekologii mikroorganizmów. Analizy zmienności i bioróżnorodności bakterii utleniających amoniak, zarówno w oczyszczalni ścieków, jak i w reaktorach w skali laboratoryjnej, są prowadzone w oparciu o sekwencje genu kodującego 16S rRNA z użyciem metody biologii molekularnej, jaką jest PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Analizy te są zazwyczaj prowadzone techniką tzw. nested-PCR. Ze względu na fakt, że metoda ta wymaga większego nakładu pracy i czasu, niż tradycyjny jednoetapowy PCR (ang. non-nested PCR) podjęto próbę sprawdzenia możliwości zastosowania techniki jednoetapowego PCR do uzyskania wzorów prążkowych DGGE bakterii utleniających amoniak. W tej pracy zaprezentowano wyniki analizy PCR-DGGE z użyciem technik nested i non-nested PCR oraz podjęto próbę wykazania ich wad i zalet.
    Źródło:
    Archives of Environmental Protection; 2014, 40, 4; 31-38
    2083-4772
    2083-4810
    Pojawia się w:
    Archives of Environmental Protection
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Wykorzystanie metody PCR-DGGE do badania zmienności genotypowej bakterii zasiedlających złoże tarczowe oczyszczające modelowe ścieki koksownicze
    Application of PCR-DGGE to study genotypic variability of bacteria inhabiting rotating biological contactors treating synthetic coke wastewater
    Autorzy:
    Ziembińska-Buczyńska, A.
    Cema, G.
    Kalbarczyk, M.
    Żabczyński, S.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/237434.pdf
    Data publikacji:
    2014
    Wydawca:
    Polskie Zrzeszenie Inżynierów i Techników Sanitarnych
    Tematy:
    bakterie Anammox
    monitoring zmienności genotypowej
    ścieki przemysłowe
    Anammox bacteria
    genotypic monitoring
    industrial wastewater
    Opis:
    Ze względu na znaczny ładunek azotu amonowego, którym charakteryzują się ścieki koksownicze, dostrzeżono możliwość wykorzystania procesu beztlenowego utleniania amoniaku (Anammox) w procesie biologicznego oczyszczania tych ścieków. W czasie 8-miesięcznego eksperymentu zbadano bioróżnorodność i zmienność mikroorganizmów błony biologicznej w złożu tarczowym oczyszczającym modelowe ścieki koksownicze, ze szczególnym uwzględnieniem grupy bakterii Anammox. Wykorzystując metodę PCR-DGGE wykazano, że w biofilmie złoża tarczowego funkcjonują bakterie z grupy Anammox. Możliwe, że w trakcie trwania eksperymentu nieznany czynnik środowiskowy (prawdopodobnie nagromadzenie azotanów(III)) spowodował znaczne zubożenie biocenozy bakterii Anammox, powodując jednocześnie zmianę jakościową w strukturze całości konsorcjum bakterii. Pomimo zmian jakościowych poziom bioróżnorodności bakterii w trakcie trwania eksperymentu był względnie stały. W oparciu o uzyskane wyniki można przypuszczać, że polimerazy typu TAQ amplifikują cześć materiału DNA ze złoża tarczowego w sposób niespecyficzny, tj. nieulegający rozdziałowi w gradiencie czynnika denaturującego. Zakłada się konieczność wykorzystania innego typu polimerazy (np. proofreading) i/lub zmiany gradientu DGGE w celu rozwiązania tego problemu.
    High ammonia nitrogen load of coke plant wastewater provided an opportunity to use the Anammox (ANaerobic AMmonium OXidation) process for its biological treatment. Biodiversity and variability of microorganisms in rotating biological contactor (RBC) biofilm treating synthetic coke wastewater was analyzed in the eight-month experiment with the main focus on the Anammox bacteria. Using PCR-DGGE (polymerase chain reaction – denaturing gradient gel electrophoresis) it was shown that the RBC biofilm was populated by Anammox bacteria. Possibly, an unknown environmental factor (probably nitrate(III) build-up) caused significant decrease in Anammox bacteria number, leading to a qualitative change in the total bacterial community structure at the same time. However, despite qualitative changes the bacterial biodiversity level remained relatively constant during the course of the experiment. On the basis of the obtained results it may be assumed that TAQ polymerases amplify part of DNA material from the RBC in a non-specific manner and this material is not separated properly in denaturing gradient. Use of other type of polymerase (e.g. proofreading) and/or change of DGGE gradient is presumed necessary as a solution to this problem.
    Źródło:
    Ochrona Środowiska; 2014, 36, 1; 3-8
    1230-6169
    Pojawia się w:
    Ochrona Środowiska
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Substrate influence on the structure of methanogenic Archaea communities during anaerobic digestion
    Autorzy:
    Dąbrowska, D.
    Bułkowska, K.
    Ciesielski, S.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/363216.pdf
    Data publikacji:
    2015
    Wydawca:
    Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
    Tematy:
    anaerobic digestion
    Archaea community structure
    biogas
    PCR-DGGE
    fermentacja metanowa
    biogaz
    Opis:
    This study compares the diversity of methanogenic Archaeal communities that developed during biogas production in reactors fed with different substrates. Reactor I was fed with silages of maize and of alfalfa and timothy; and Reactor II was fed with these silages plus pig slurry and glycerol as co substrates. The Archaeal community structure was studied using polymerase chain reaction––denaturing gradient gel electrophoresis based on the 16S rRNA gene. In both reactors, Methanosphaerula palustris was most abundant, and species belonging to Methanolinea, Methanoculleus, and Methanotorris were present. Only Reactor I, where the ammonia concentration was lower, had species belonging to Methanospirillum and Methanosarcina. Thus, it appears that addition of pig slurry increased the ammonia concentration, which inhibited the growth of Methanospirillum and Methanosarcina.
    Źródło:
    Environmental Biotechnology; 2015, 11, 2; 41-47
    1734-4964
    Pojawia się w:
    Environmental Biotechnology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Screening for Mollicutes microorganisms in perinatal calf mortality cases in Polish dairy herds
    Autorzy:
    Szacawa, E.
    Jawor, P.
    Dudek, K.
    Bednarek, D.
    Stefaniak, T.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2087695.pdf
    Data publikacji:
    2018
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    perinatal mortality
    stillborn calves
    Mollicutes
    serology
    PCR/DGGE
    Źródło:
    Polish Journal of Veterinary Sciences; 2018, 21, 3; 441-444
    1505-1773
    Pojawia się w:
    Polish Journal of Veterinary Sciences
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Qualitative variability in microbial community of constructed wetlands used for purifying wastewater contaminated with pharmaceutical substances
    Autorzy:
    Nowrotek, Monika
    Ziembińska-Buczyńska, Aleksandra
    Miksch, Korneliusz
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1038946.pdf
    Data publikacji:
    2015
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Biochemiczne
    Tematy:
    bacterial biodiversity
    constructed wetlands
    pharmaceutical substances
    PCR-DGGE
    Opis:
    Pharmaceutical substances and their residues are increasingly present in the environment. Therefore, attempts at their removal are made by using different processes. Increasingly important among these processes are those modeled on natural phenomena which occur in wetland ecosystems, called technical scale constructed wetlands. Microbial degradation is an important process in these constructed wetlands. The biodegradation of chemicals often involves a complex series of biochemical reactions and usually varies with the microorganisms involved. The objectives of this study were to determine the impact of sulfamethoxazole and diclofenac on ammonia oxidizing bacteria and other parameters of wastewater in the microcosm of down-flow constructed wetlands. The Spearman correlation coefficient attained negative values in the case of comparison of the Shannon biodiversity index and the parameters of purified wastewater. This dependence was pronounced. In the case of pharmaceutical substances dosed with wastewater, the Spearman correlation coefficient assumed positive values. The highest value assumed by the Spearman correlation coefficient (0.9) was for the removal of diclofenac and Shannon index values for the planted columns, with a very high relationship. For unplanted columns, this value equaled 0.6. For sulfamethoxazole, the value for planted columns was 0.7, and for unplanted -0.7. The presence of plants did not have an impact on the Shannon biodiversity index.
    Źródło:
    Acta Biochimica Polonica; 2015, 62, 4; 929-934
    0001-527X
    Pojawia się w:
    Acta Biochimica Polonica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Effects of the Secondary Metabolite Producing Pseudomonas fluorescens CHA0 on Soil Protozoa and Bacteria
    Autorzy:
    Winding, Anne
    Oberender, Jana
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/763449.pdf
    Data publikacji:
    2012
    Wydawca:
    Uniwersytet Jagielloński. Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego
    Tematy:
    Effects, BCA, secondary metabolite, Pseudomonas fluorescens CHA0, soil, protozoa, bacteria, PCR-DGGE
    Opis:
    Bacteria producing secondary metabolites with antagonistic effects on fungal pathogens have received attention during the last decades as an alternative to chemical pesticides. They, however, might also have effects on indigenous soil organisms like bacteria and protozoa, the latter ones being among the most important grazers of bacteria in soil. The present study reports on the effect of the potential biocontrol agent Pseudomonas fluorescens CHA0 and its genetically modified derivative CHA0/pME3424 on indigenous soil bacteria and protozoa in a soil system. CHA0/pME3424 overproduces two of the secondary metabolites produced by CHA0: the polyketide antibiotics pyoluteorin (Plt) and 2,4-diacetylphloroglucinol (DAPG). P. fluorescens CHA0/gfp1 and CHA0/pME3424 both negatively affected the abundance of soil bacteria and protozoa and the genetic community structure of Kinetoplastida studied by PCR-DGGE. The negative effects were detectable after 14 days but were decreasing and are expected to be temporary. The overproducer of secondary metabolites did not differ in effect from the wild type. The soil respiration and bacterial genetic community structure were not significantly affected. The study shows the soil bacteria and protozoa to be temporary affected by bacteria producing secondary metabolites, which can have implications for nutrient-cycling in soil and environmental risks of biocontrol agents.
    Źródło:
    Acta Protozoologica; 2012, 51, 3
    1689-0027
    Pojawia się w:
    Acta Protozoologica
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Microbial communities and relationship with biofilm spatial distributions in subsurface wastewater infiltration systems
    Autorzy:
    Zhang, L.
    Yang, J.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/207883.pdf
    Data publikacji:
    2016
    Wydawca:
    Politechnika Wrocławska. Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej
    Tematy:
    water treatment
    wastewater infiltration system
    DGGE
    volatile suspended solids
    oczyszczanie ścieków oczyszczanie wody
    systemy infiltracji ścieków
    lotne zawiesiny
    Opis:
    A pilot-scale subsurface wastewater infiltration system (SWIS) was designed for the treatment of polluted river water. The components of microbial communities have been identified and characterized and their dependences on some indicators of biofilm formation in the SWIS have been determined. The average efficiencies of COD, TN and removal were 43.3%, 28.8% and 79.6%, respectively. According to the denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) profile, high intensity and uniform bands were generated, indicating an abundant microbial community in each layer of the SWIS. Furthermore, the Shannon index analysis showed high correlation to the spatial distribution of microbial communities as well as the quantity of biofilm in each sample, which were characterized by measuring volatile suspended solids (VSS), phospholipids, proteins and polysaccharides. Sequencing of partial 16S rRNA gene fragments revealed that the composition of the total bacterial communities was dominated by Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Deltaproteobacteria, Pseudomonas, Bacillus, Flavobacteriaceae, TM-7, and other uncultured bacteria. These bacteria may contribute to nutrient removal in SWIS. +4 NH –N
    Źródło:
    Environment Protection Engineering; 2016, 42, 3; 55-69
    0324-8828
    Pojawia się w:
    Environment Protection Engineering
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Microbial biodiversity in arable soils is affected by agricultural practices
    Autorzy:
    Wolińska, Agnieszka
    Górniak, Dorota
    Zielenkiewicz, Urszula
    Goryluk-Salmonowicz, Agata
    Kuźniar, Agnieszka
    Stępniewska, Zofia
    Błaszczyk, Mieczysław
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/972735.pdf
    Data publikacji:
    2017
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Instytut Agrofizyki PAN
    Tematy:
    dgge
    16s rrna gene
    simpson diversity
    bacterial communities
    arable soils
    Opis:
    The aim of the study was to examine the differences in microbial community structure as a result of agricultural practices. Sixteen samples of cultivated and the same number of non-cultivated soils were selected. Gel bands were identified using the GelCompar software to create the presence-absence matrix, where each band represented a bacterial operational taxonomic unit. The data were used for principal-component analysis and additionally, the Shannon-Weaver index of general diversity, Simpson index of dominance and Simpson index of diversity were calculated. Denaturing gradient gel electrophoresis profiles clearly indicated differentiation of tested samples into two clusters: cultivated and non-cultivated soils. Greater numbers of dominant operational taxonomic units (65) in non-cultivated soils were noted compared to cultivated soils (47 operational taxonomic units). This implies that there was a reduction of dominant bacterial operational taxonomic units by nearly 30% in cultivated soils. Simpson dominance index expressing the number of species weighted by their abundance amounted to 1.22 in cultivated soils, whereas a 3-fold higher value (3.38) was observed in non-cultivated soils. Land-use practices seemed to be a important factors affected on biodiversity, because more than soil type determined the clustering into groups.
    Źródło:
    International Agrophysics; 2017, 31, 2; 259-271
    0236-8722
    Pojawia się w:
    International Agrophysics
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Nowoczesne metody badania bioróżnorodności biocenoz bakteryjnych w środowisku
    Modern techniques used for biodiversity analysis in bacterial environmental communities
    Autorzy:
    Karło, A.
    Ziembińska, A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/142224.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Przemysłu Chemicznego. Zakład Wydawniczy CHEMPRESS-SITPChem
    Tematy:
    osad czynny
    FISH
    DGGE
    cytometria przepływowa
    bioróżnorodność bakterii
    activated sludge
    flow cytometry
    bacterial biodiversity
    Opis:
    W analizach biocenoz bakteryjnych coraz powszechniej wykorzystywane są techniki biologii molekularnej. Wśród nich można wyróżnić metodę FISH – fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ oraz jej modyfikacje (RING-FISH, Clone-FISH, CARDFISH i MAR-FISH). W artykule opisano też technikę elektroforezy w gradiencie denaturacji (DGGE), bazującą na bakteryjnym markerze molekularnym 16S rRNA oraz cystometrię przepływową. Ze względu na dużą przewagę tych metod nad klasycznymi metodami mikrobiologicznymi, wynikającą między innymi z możliwości analizowania próbek pobieranych bezpośrednio ze środowiska, są one stosowane w biotechnologii środowiskowej, np. w badaniach bakteryjnej biocenozy osadu czynnego, biorącej udział w biologicznym oczyszczaniu ścieków. Możliwe jest również użycie kilku metod, których rezultaty są komplementarne i pozwalają na stworzenie całościowego obrazu badanej biocenozy.
    Molecular techniques are very popular in microbial laboratories. Among them FISH- fluorescent in situ hybridization (with modifications like: CARD-FISH, MAR-FISH, RING-FISH, Clone- FISH), DGGE – denaturing gradient gel electrophoresis based on 16S rRNA molecular marker and flow cytometry, are the most popular. These analytical methods are commonly use in bacterial biodiversity research. The analysis can be performed directly on the environmental sample, so these procedures are simpler and faster that traditional ones. Therefore, molecular techniques can be used in aqueous bacterial biocenosis research, such as activated sludge, which takes part in biological wastewater treatment. It is also possible to use a set of molecular methods in order to obtain complimentary results to present total bacterial biocenosis picture.
    Źródło:
    Chemik; 2013, 67, 11; 1105-1114
    0009-2886
    Pojawia się w:
    Chemik
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Influence of application of attapulgite on the structure and composition of self-dynamic membrane in bioreactors
    Autorzy:
    Duan, W.
    Ling, C.
    Fu, D.
    Xu, X.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/207004.pdf
    Data publikacji:
    2016
    Wydawca:
    Politechnika Wrocławska. Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej
    Tematy:
    bioconversion
    electrophoresis
    polymerase chain reaction
    porosity
    bioreactor system
    DGGE
    extracellular polymeric substances
    biokonwersja
    elektroforeza
    reakcja łańcuchowa polimerazy
    porowatość
    system bioreaktorów
    zewnątrzkomórkowe substancje polimerowe
    Opis:
    The effect of application of attapulgite on the structure and composition of a dynamic membrane (DM) of a bioreactor was investigated by means of the electron microscopy, polymerase chain reaction (PCR) and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). A significant increase of microbial floc size in the bioreactors upon attapulgite application was observed. The content of cake layer in the hybrid dynamic membrane (HDM) and in the dynamic membrane (DM) in the corresponding bioreactor systems were 44.73 g/m2 and 38.12 g/m2 respectively, while the contents of mineral – 6.09 g/m2 and 5.34 g/m2, respectively. Further, with addition of attapulgite, the concentration of extracellular polymeric substances (EPS) in the HDM bioreactor system decreased, whereas the content of suspended particulate matter increased. Self-DM has a porous structure with high porosity. Mineral sub-stance, including O, Ka, Ca, P, S, Cl, Mg and Si, are the main elements in DM, but the main elements content exhibited an increase trend in DM with attapulgite administration. These results showed a positive correlation between the quantity of bacterial populations and biological removal improvement, which indicated that application of attapulgite could optimize the structure of self-DM in bioreactors.
    Źródło:
    Environment Protection Engineering; 2016, 42, 2; 171-182
    0324-8828
    Pojawia się w:
    Environment Protection Engineering
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Dynamika sezonowych zmian bioróżnorodności bakterii w jeziorach przymorskich: Łebsko i Sarbsko
    Dynamics of Seasonal Changes in Bacterial Biodiversity in Coastal Lakes: Łebsko and Sarbsko
    Autorzy:
    Jureczko, M.
    Ziembińska-Buczyńska, A.
    Glińska-Lewczuk, K.
    Burandt, P.
    Kobus, S.
    Lew, S.
    Obolewski, K.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1813789.pdf
    Data publikacji:
    2018
    Wydawca:
    Politechnika Koszalińska. Wydawnictwo Uczelniane
    Tematy:
    bakterie
    bioróżnorodność
    estuaria
    PCR-DGGE
    bacteria
    biodiversity
    estuaries
    Opis:
    Polskie pobrzeże jest bogate w jeziora słonawe o charakterze estuariów. Należą do nich jeziora Niziny Gardnieńsko-Łebskiej. Każdy z tych akwenów ma własną specyfikę hydrologiczno-ekologiczną, co skutkuje faktem, że wiedza na temat tych dynamicznych ekosystemów wodnych jest niepełna i wymaga rozszerzenia. W ramach eksperymentu badano bioróżnorodność bakteryjną w jeziorach Łebsko i Sarbsko w różnych porach roku. Materiał do badań stanowił materiał bakteriologiczny, pochodzący z przefiltrowania próbek wody tych jezior. W celu zbadania różnorodności biologicznej wykorzystano łańcuchową reakcję polimerazy – PCR (ang. Polymerase Chain Reaction), połączoną z elektroforezą w gradiencie czynnika denaturującego – DGGE (ang. Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Markerem molekularnym wykorzystanym w badaniach był fragmentu genu kodującego 16S rRNA. Różnorodność biologiczną badano ze względu na gradient zasoleniowy oraz inne zmiany fizyko-chemiczne i biologiczne, wywoływane następującymi po sobie porami roku, oraz występującymi w obrębie zbiornika w zależności od głębokości. Efekty eksperymentu udokumentowano w postaci zdjęć w świetle ultrafioletowym rozdziału w gradiencie czynnika denaturującego produktów PCR, na podstawie których wykonano analizę densytometryczną, obliczono współczynnik podobieństwa Dice’a, indeks bioróżnorodności Shannona oraz utworzono dendrogramy na podstawie algorytmu najbliższego sąsiada. Badania wykazały, że bioróżnorodność zbiorowiska w trakcie trwania eksperymentu nie była stała i wahała się od stosunkowo ubogiej do przeciętnie bogatej genotypowo. Najniższe wartości indeksu Shannona obserwowano latem, co miało związek z fluktuacjami zasolenia i wysoką temperaturą. O tej porze roku zaobserwowano także spadek współczynnika podobieństwa Dice’a w jeziorze Łebsko. Sytuacja taka nie miała miejsca w jeziorze Sarbsko. W projekcie wykazano, iż jezioro Sarbsko ma bardziej stałą różnorodność bakteryjną, na co wskazują mniejsze fluktuacje wartości indeksu bioróżnorodności Shannona. Zaobserwowano nieznaczną zmianę struktury genotypowej w cyklu sezonowym w jeziorze Sarbsko, co obrazują dendrogramy, na których widać stopniowe różnicowanie się zbiorowisk bakterii. Temperatura w różnych porach roku również wpłynęła na różnorodność biologiczną bakterii. Ponadto zaobserwowano związek między bioróżnorodnością i stężeniem tlenu. Podczas eksperymentu nie było zmian w poziomie pH, więc parametr ten nie miał wpływu na bakterie.
    The Polish shore of the Baltic Sea is rich in brackish lakes of estuarine character. One of them are lakes of the Gardnieńsko-Łebska Lowland. Each of these reservoirs has its own hydrological and ecological specificity, which results in the fact that knowledge about these dynamic water ecosystems is incomplete and requires further researches. The aim of this work was to study seasonal changes in bacterial diversity in coastal brackish lakes: Sarbsko and Łebsko. Biodiversity was studied for salinity gradient, as well as physicochemical and biological changes (caused by seasons and depth of the reservoir from which the test material was taken). To monitor the genotypic variation of individual microorganisms and estimate biodiversity of the bacterial community in the settlement and to estimate the genotype complexity of the samples PCR-DGGE method (polymerase chain reaction, combined with denaturing gradient gel electrophoresis) was used. The molecular marker used in the studies was a fragment of the 16S rRNA gene. The effects of the experiment were documented in the form of photos in the ultraviolet light of the PCR-DGGE products, on the basis of which densitometric analysis was performed, Dice similarity coefficient and Shannon biodiversity index was calculated, and dendrograms were created based on the nearest neighbor algorithm. The research showed that the biodiversity of the community during the experiment was not constant and ranged from relatively poor to average genotypically rich. The lowest values of the Shannon index were observed in the summer, which was related to salinity fluctuations and high temperature. In the summer, a decrease in the similarity of Dice in the Łebsko lake was also observed. Such a situation did not take place in Sarbsko. The project showed that Sarbsko has a more stable bacterial diversity, which is indicated by smaller fluctuations in the Shannon biodiversity index. It was observed that bacteria genotypic structure has changed slightly in seasonal cycle in tha Sarbsko lake, as dendrograms show. Temperature through the seasons also influence the bacterial biodiversity. What is more relation between biodiversity and oxygen concentration had been noticed. During the experiment there were no changes in pH level and this parameter has not got influence on bacteria.
    Źródło:
    Rocznik Ochrona Środowiska; 2018, Tom 20, cz. 2; 1830-1858
    1506-218X
    Pojawia się w:
    Rocznik Ochrona Środowiska
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Filtry biologiczne jako metoda ochrony siewek przed patogenami w szkółkach leśnych
    Slow Sand Filter as a method of protection forest plants against phytopathogens in forest nurseries
    Autorzy:
    Kubiak, K.
    Oszako, T.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/973901.pdf
    Data publikacji:
    2011
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Leśne
    Tematy:
    biofilmy
    bakterie
    oznaczanie
    oczyszczanie wody
    filtrowanie
    filtry piaskowe
    leśnictwo szkółki leśne
    woda użytkowa
    forest nursery
    biofilm
    Slowa Sand Filter SSF)
    Phytophthora
    DNA isolation
    DGGE
    PCR
    Opis:
    Slow sand filtration (SSF) is a low−cost method of water disinfestation that can be used as an alternative method of water irrigation treatment in nursery to control water−borne phytopathogens. Slow sand filtration relies on physical, chemical and biological activity in controlling plant pathogens. In a SSF, the filter bed is constructed of a medium−sand with the area which can be colonised by microorganisms – biofilm. This sand media also presents a physical barrier to fungal, bacterial and oomycetes plant pathogens. In the forest nursery Kiejsze an experimental slow sand filter was constructed to study the structure of a bacterial community suppressive to plant pathogens. The total bacterial community of an experimental SSF was analyzed by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of partial 16S rRNA gene PCR products. Sequence analysis of DGGE bands from the SSF column indicated that a range of bacteria were present, among them similar to groups such as alfa−Proteobacteria, delta−Proteobacteria, beta−Proteobacteria, Planctomycetes, Actinobacteria, Firmicutes, Bacilli and an uncharacterized environmental clone. This study describes the characterization of the microbial community of SSFs used for the treatment of irrigation water in the forest nursery. Using of natural SSF filters and manipulation of microorganisms in the biofilm may be a more reproducible control method of plant pathogens in the future.
    Źródło:
    Sylwan; 2011, 155, 04; 228-235
    0039-7660
    Pojawia się w:
    Sylwan
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Detection of antibiotic resistance genes in wastewater treatment plant : molecular and classical approach
    Wykrywanie genów oporności na antybiotyki w oczyszczalni ścieków : podejście klasyczne i biologii molekularnej
    Autorzy:
    Ziembińska-Buczyńska, A.
    Felis, E.
    Folkert, J.
    Meresta, A.
    Stawicka, D.
    Gnida, A.
    Surmacz-Górska, J.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/204828.pdf
    Data publikacji:
    2015
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    DGGE
    denaturing gradient gel electrophoresi
    PCR
    polymerase chain reaction
    sulfamethoxazole
    trimethoprim resistance
    erythromycin resistance
    WWTP
    wastewater treatment plant
    antybiotyki
    reakcja łańcuchowa polimerazy
    sulfametoksazol
    geny oporności
    odporność na trimetoprim
    odporność na erytromycynę
    oczyszczalnia ścieków
    Opis:
    Antibiotics are a group of substances potentially harmful to the environment. They can play a role in bacterial resistance transfer among pathogenic and non-pathogenic bacteria. In this experiment three representatives of medically important chemotherapeutics, confirmed to be present in high concentrations in wastewater treatment plants with HPLC analysis were used: erythromycin, sulfamethoxazole and trimethoprim. Erythromycin concentration in activated sludge was not higher than 20 ng L−1. N-acetylo-sulfamethoxazole concentration was 3349 ± 719 in winter and 2933 ± 429 ng L−1 in summer. Trimethoprim was present in wastewater at concentrations 400 ± 22 and 364 ± 60 ng L−1, respectively in winter and summer. Due to a wide variety of PCR-detectable resistance mechanisms towards these substances, the most common found in literature was chosen. For erythromycin: erm and mef genes, for sulfamethoxazole: sul1, sul2, sul3 genes, in the case of trimethoprim resistance dhfrA1 and dhfr14 were used in this study. The presence of resistance genes were analyzed in pure strains isolated from activated sludge and in the activated sludge sample itself. The research revealed that the value of minimal inhibitory concentration (MIC) did not correspond with the expected presence of more than one resistance mechanisms. Most of the isolates possessed only one of the genes responsible for a particular chemotherapeutic resistance. It was confirmed that it is possible to monitor the presence of resistance genes directly in activated sludge using PCR. Due to the limited isolates number used in the experiment these results should be regarded as preliminary.
    Antybiotyki to grupa związków potencjalnie szkodliwych dla środowiska. Odgrywają one rolę w procesach transferu antybiotykooporności pomiędzy patogenami i bakteriami niechorobotwórczymi. Wykorzystując metodę wysokosprawnej chromatografii cieczowej (HPLC) wykazano obecność erytromycyny, sulfametoksazolu i trimetoprimu w miejskiej oczyszczalni ścieków w następujących stężeniach: dla erytromycyny < 20 ng L−1, N-acetylo-sulfametoksazolu 3349 ± 719 i 2933 ± 429 ng L−1, a trimetoprimu 400 ± 22 i 364 ± 60 ng L−1, odpowiednio: zimą i latem. Ponieważ antybiotykooporność bakteryjna może być stymulowana obecnością antybiotyków w środowisku, istnieje możliwość pojawienia się wielu szlaków opornościowych u bakterii narażonych na działanie tych związków. Dlatego też podjęto próbę detekcji wybranych genów oporności na badane chemioterapeutyki metodą łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR). Obecność elementów genetycznych badano zarówno w szczepach bakteryjnych, u których udowodniono oporność na badany związek bakteriobójczy, jak i w próbce osadu czynnego, z którego te bakterie izolowano. Do badań wybrano najczęściej występujące geny oporności: dla erytromycyny erm i mef, dla sulfametoksazolu: sul1, sul2, sul3, a dla trimetoprimu dhfrA1 i dhfr14. Wykazano, że wartość minimalnego stężenia inhibitującego (MIC), nie koresponduje z obecnością większej liczby mechanizmów oporności. Większość szczepów opornych wykazywała tylko jeden z badanych mechanizmów oporności na antybiotyk niezależnie od wartości MIC. Potwierdzono również możliwość monitorowania obecności genów oporności na antybiotyki metodą PCR bezpośrednio w osadzie czynnym. Ze względu na ograniczona liczbę izolatów użytych w tym eksperymencie wyniki uzyskane w pracy powinny być traktowane jako wstęp do dalszych badań.
    Źródło:
    Archives of Environmental Protection; 2015, 41, 4; 23-32
    2083-4772
    2083-4810
    Pojawia się w:
    Archives of Environmental Protection
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
      Wyświetlanie 1-16 z 16

      Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies