Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Centralna Biblioteka Wojskowa Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaCentralna Biblioteka Wojskowa

Wyszukujesz frazę "Comet image analysis" wg kryterium: Wszystkie pola

  Lista filtrów
Wyrównaj
    Wyświetlanie 1-4 z 4
    Tytuł:
    Cell Profiler software: An easy screening tool for DNA damage estimation in fish erythrocytes from comet assay image
    Autorzy:
    Palit, Amitra
    Talukdar, Partha
    Gupta, Kaushik
    Talapatra, Soumendra Nath
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1192589.pdf
    Data publikacji:
    2016
    Wydawca:
    Przedsiębiorstwo Wydawnictw Naukowych Darwin / Scientific Publishing House DARWIN
    Tematy:
    Peripheral fish erythrocytes
    Comet image analysis
    DNA damages scoring
    Comet morphology measurement
    Image analysis software
    CellProfiler software
    Opis:
    DNA fragmentation by single strand breaks (SSBs) or double strand breaks (DSBs) is major concern in genotoxicity research. DNA damages can be easily known through comet assay or single cell gel electrophoresis (SCGE). Since decades, scoring through software for DNA damages in images have been developed by researchers. These softwares depend upon manual scoring on individual comet in a particular interface. The evaluation under software may have biasness and error during scoring by each researcher and few softwares are unable to access easily because many of these are commercial products. However, CellProfiler (CP) image analysis software (Version 2.1.0) is free, easy operation, faster and automated screening by computer itself. An attempt was made to detect DNA damages mainly comet scoring through CP software as whole comet, comet head and comet tail from image of previously studied single cell gel electrophoresis (SCGE) in the peripheral erythrocytes of fish exposed to benzene as experimental image. The results particularly on length and area of whole comet, head and tail were obtained after automated analysis in the CP software. The image processing study was done of the objects present in fluorescence microscopy image to know maximum DNA damage at each cell level for the fish erythrocytes. It was concluded that the present study of image based screening for DNA damages as details of comet and its head and tail evaluation by shape and area in the fish erythrocytes can be a suitable tool for genotoxicity prediction along with risk assessment at DNA level. The shape descriptor as Zernike moments order 0 to 9 can also be suitable parameters to know accuracy of the shape of comet and its head and tail in the image. Finally, high-throughput automated screening of comet test can help in disease diagnosis and repair mechanisms as well as environmental monitoring of genotoxin(s) within short period of time.
    Źródło:
    World Scientific News; 2016, 55; 1-14
    2392-2192
    Pojawia się w:
    World Scientific News
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Wybrane metody poprawy wyników segmentacji obiektów w postaci skupisk na przykładzie obrazów kometowych
    Selected methods for improvement of image segmentation of cluster-structured objects on an example of comet assay images
    Autorzy:
    Bal, A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/158425.pdf
    Data publikacji:
    2014
    Wydawca:
    Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Mechaników Polskich
    Tematy:
    analiza obrazów
    segmentacja obrazów
    binaryzacja obrazu
    filtracja obrazów
    operacje morfologiczne
    obrazy kometowe
    image analysis
    image segmentation
    image binarization
    image filtering
    morphological operations
    comet assay images
    Opis:
    W pracy przedstawiono metody poprawy wyników segmentacji obiektów w postaci skupisk. Poprawa jakości segmentacji dla takich obiektów może być uzyskana m.in. poprzez odpowiednie połączenie filtracji dolnoprzepustowej (np. filtracji medianowej) z metodami pozwalającymi na określenie przynależności poszczególnych obszarów uzyskanych po segmentacji wybraną metodą do obszarów wynikowych reprezentujących obiekty interesujące z punktu widzenia celu segmentacji (w pracy zastosowano w tym celu operację morfologicznego zamknięcia oraz metodę grafową wykorzystującą koncepcję minimalnego drzewa rozpinającego). W pracy zwrócono także uwagę na możliwość poprawy wyników segmentacji poprzez wyznaczenie otoczki wypukłej rozpiętej na obszarach spełniających określone wymagania. Wyniki działania opisanych metod przedstawiono na przykładzie poprawy wyników segmentacji obrazów otrzymanych w wyniku jednokomórkowej elektroforezy żelowej.
    This paper deals with the problem of segmentation of cluster-structured objects, that is the objects which are formed by a set of unconnected elements smaller than the object. Images representing such objects are very difficult for segmentation. A good example of cluster-structured objects are “comet” images from Single Cell Gel Electrophoresis (comet assay). In the analysis of comet assay images a pivotal role plays the detection of comet regions - the comet region is formed by unconnected fragments of DNA (Fig. 1) which originate from the same cell nucleus. Because those regions are not solid, the usage of standard segmentation methods leads to poor results (Fig. 2). Pre- and post-processing methods can be used for improvement of segmentation results. Some of them are presented in the paper. The aim of the work was not the selection of the best improvement method of the comet assay segmentation results but the presentation of different approaches which could be used in the case of segmentation of this kind of objects. The first presented method is based on the idea of artificial removing of connectivity lack - this is done by the usage of a low-pass filter with large window before segmentation (Fig. 3). The next method uses the morphological closing for assignment of regions ri to the metaregion Rk which represent one comet (Fig. 4). For improving Rk shape the idea of convex hull spanned on ri ∈ Rk is used (Fig. 5). In this method the assignment condition is enclosed in structuring elements - because of limitations of the discrete space, in which the structuring element is defined, there are also some limitations of conditions which can be used. This drawback does not exist in the last of the presented method which uses the conception of the minimum spanning tree for assignment of regions ri to Rk. In this method the segmentation result is represented by graph G, whose vertexes vi represent regions ri, and length dij of edge eij between vertexes vi, and vj is equal to the closest distance between pixels of ri and rj (distances dij in general case can be variously defined). In G the minimum spanning trees Tk are searched, such that ∀eij ∈ Tk : dij ≤ ε, then for each Tk its convex hull is created - it defines the region of comet Kp (Fig. 6).
    Źródło:
    Pomiary Automatyka Kontrola; 2014, R. 60, nr 5, 5; 288-289
    0032-4140
    Pojawia się w:
    Pomiary Automatyka Kontrola
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Grafowa metoda segmentacji obiektów w postaci skupisk na przykładzie obrazów kometowych
    Graph-based aggregate object image segmentation method on example of comet assay images
    Autorzy:
    Bal, A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/154889.pdf
    Data publikacji:
    2012
    Wydawca:
    Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Mechaników Polskich
    Tematy:
    analiza obrazów
    obiekty w postaci skupisk
    minimalne drzewo rozpinające
    test kometowy
    jednokomórkowa elektroforeza żelowa
    image analysis
    image segmentation
    aggregate objects
    minimum spanning tree
    comet assay
    single cell gel electrophoresis
    Opis:
    W pracy przedstawiono propozycję metody segmentacji obiektów będących skupiskami - przykładem takich obiektów są tzw. komety, które są wynikiem jednokomórkowej elektroforezy żelowej. Opracowana metoda działa dwuetapowo: etap 1. to segmentacja służąca wyznaczeniu elementów składowych należących do obiektów, etap 2 wykorzystuje minimalne drzewo rozpinające do określenia zbioru elementów tworzących poszczególne obiekty, obszar poszczególnych obiektów wyznaczany jest jako otoczka wypukła odpowiedniego drzewa rozpinającego.
    This paper deals with a problem of segmentation of aggregate objects, that is objects which are formed by a set of unconnected elements smaller than the object itself. Images of such a type of objects are very difficult for segmentation. An example of this type of objects are "comets" (Fig. 1, left column) from Single Cell Gel Electrophoresis images (also called comet assay images). In comet assay images the comet region is formed by unconnected fragments of DNA. Because of not satisfying results of comet segmentation with use of the standard methods, a new method for segmentation of such images was developed. The new method works in two stages. The first stage is the image segmentation-for comets the Bernsen binarization method (Eqs. (1) and (2)) with median filtering of the obtained results was chosen-the result of this stage is a set of comet elements ei which represent DNA fragments (Fig. 1, the 2nd column). In the second stage the minimum spanning trees Tp are created (Fig. 1, 3th column)-graph vertexes vi represent elements ei, and length dij of edge eij between vertexes vi and vj is equal to the closest distance between pixels of elements ei and ej-then for each connected tree Tp its convex hull which defines the region of comet Kp (Fig. 1, the 4th column) is created. In case of defects appearing in comet images, the incorrect region can be rejected e.g. by use of geometrical or photometrical features of the regions.
    Źródło:
    Pomiary Automatyka Kontrola; 2012, R. 58, nr 4, 4; 313-315
    0032-4140
    Pojawia się w:
    Pomiary Automatyka Kontrola
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Segmentacja obrazów obiektów w postaci skupisk na przykładzie obrazów kometowych
    Aggregate object image segmentation on example of comet assay images
    Autorzy:
    Bal, A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/156350.pdf
    Data publikacji:
    2012
    Wydawca:
    Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Mechaników Polskich
    Tematy:
    analiza obrazów
    segmentacja obrazów
    binaryzacja obrazu
    obiekty w postaci skupisk
    minimalne drzewo rozpinające
    image analysis
    image segmentation
    image binarization
    aggregate objects
    minimum spanning tree
    Opis:
    W pracy przedstawiono propozycję metody segmentacji obiektów będących skupiskami, przykładem takich obiektów są tzw. komety będące wynikiem jednokomórkowej elektroforezy żelowej. Prezentacja nowej metody została poprzedzona przedstawieniem wyników segmentacji tych obrazów metodami standardowymi. Opracowana metoda działa dwuetapowo: etap 1. to segmentacja służąca wyznaczeniu fragmentów składowych obiektów, etap 2 wykorzystuje minimalne drzewo rozpinające do określenia zbioru fragmentów tworzących poszczególne obiekty.
    This paper deals with the problem of segmentation of aggregate objects i.e. objects which are formed by the set of unconnected elements smaller than the object. Images of such objects are very difficult to be segmented. An example of this type of objects are "comet" from Single Cell Gel Electrophoresis images (also called comet assay images). In comet assay images the comet region is formed by unconnected fragments of DNA (Fig. 1). Due to unsatisfying results of comet segmentation by stan-dard methods (Figs. 2and 3) a new, two-stage method for segmentation of such images has been developed. The first stage is image segmentation whose result is a set of comet elements ei representing DNA fragments. In the second stage the minimum spanning trees Tp are created - graph vertexes vi represent elements ei, while length dij of edge eij between vertexes vi and vj is equal to the minimum distance between pixels of elements ei and ei. Then for each connected tree Tp its convex hull defining the region of comet Kp (Fig. 4) is created. In case of defects appearing in comet images (Fig. 5) the incorrect region can be rejected e.g. by use of geometrical features describing regions.
    Źródło:
    Pomiary Automatyka Kontrola; 2012, R. 58, nr 1, 1; 55-58
    0032-4140
    Pojawia się w:
    Pomiary Automatyka Kontrola
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
      Wyświetlanie 1-4 z 4

      Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies