Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Wyszukujesz frazę "structure refinement" wg kryterium: Temat


Wyświetlanie 1-7 z 7
Tytuł:
Improving protein structure prediction, refinement and quality assessment techniques
Autorzy:
Leelananda, S. P.
Pawłowski, M.
Faraggi, E.
Kloczkowski, A.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1954426.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Politechnika Gdańska
Tematy:
protein structure prediction
model quality assessment
structure refinement
Opis:
Several novel techniques have been combined to improve protein structure prediction, structural refinement and quality assessment of protein models. We discuss in brief the development of four-body potentials that take into account dense packing and cooperativity of interactions of proteins, and its success. We have developed a method that uses whole protein information filtered through machine learning to score protein models based on their likeness to native structure. Here we consider electrostatic interactions and residue depth, and use these for structure prediction. These potentials were tested to be successful in CASP9 and CASP10. We have also developed a Quality Assessment technique, MQAP single, which is a quasi-single-model MQAP, by combining advantages of both “pure” single-model MQAPs and clustering MQAP s. This technique can be used in ranking and assessing the absolute global quality of single protein models. This model (Pawlowski-Kloczkowski) was ranked 3rd in Model Quality Assessment in CASP 10. Consideration of protein flexibility and its fluctuation dynamics improves protein structure prediction and leads to better refinement of computational models of proteins. Here we also discuss how Anisotropic Network Model (ANM) of protein fluctuation dynamics and Go-like model of energy score can be used for novel protein structure refinement.
Źródło:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 2014, 18, 3; 231--243
1428-6394
Pojawia się w:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Computer simulations of protein folding with a small number of distance restraints.
Autorzy:
Sikorski, Andrzej
Kolinski, Andrzej
Skolnick, Jeffrey
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1043733.pdf
Data publikacji:
2002
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
lattice models
NMR structure refinement
Monte Carlo method
reduced protein models
protein folding
Opis:
A high coordination lattice model was used to represent the protein chain. Lattice points correspond to amino-acid side groups. A complicated force field was designed in order to reproduce a protein-like behavior of the chain. Long-distance tertiary restraints were also introduced into the model. The Replica Exchange Monte Carlo method was applied to find the lowest energy states of the folded chain and to solve the problem of multiple minima. In this method, a set of replicas of the model chain was simulated independently in different temperatures with the exchanges of replicas allowed. The model chains, which consisted of up to 100 residues, were folded to structures whose root-mean-square deviation (RMSD) from their native state was between 2.5 and 5 Å. Introduction of restrain based on the positions of the backbone hydrogen atoms led to an improvement in the number of successful simulation runs. A small improvement (about 0.5 Å) was also achieved in the RMSD of the folds. The proposed method can be used for the refinement of structures determined experimentally from NMR data.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2002, 49, 3; 683-692
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Nowe metody w badaniach struktur polikryształów
New methods in investigations of polycrystalline materials
Autorzy:
Łasocha, W.
Luberda-Durnaś, K.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/172430.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Chemiczne
Tematy:
dyfraktometria proszkowa
wskaźnikowanie obrazów dyfrakcyjnych
rozkład obrazu dyfrakcyjnego na intensywności
uściślanie struktur metodą Rietvelda
metoda badań strukturalnych
powder diffractometry
indexing of diffraction patterns
powder diffraction pattern decomposition
structure refinement using the Rietveld method
methods of structural studies
Opis:
In this chapter, information on good laboratory practice in the field of structural powder diffractometry has been collected. The authors attempt to describe how to plan a measurement, how to find the cell parameters, how to build a model of the structure, and how to refine and verify it. There are many methods and procedures which lead to solving a crystal structure. However, the experience of recent years shows that, in the case of many materials, an investigator has to attempt the problem of structure solution using many different methods. The software is easily available (from ‘trial and error’ or classic to sophisticated modern approaches), as is a lot of good equipment. On the other hand, the complexity of the structures studied using powder diffraction methods is continually increasing. No description of any methods of research other than diffraction techniques is presented. We have also focused on polycrystalline materials. Amorphous substances and methods using the formalism of ‘pair distribution functions’ are beyond the scope of this paper. New methods of structural studies (including algorithms from research described in the literature, even if their applicability has been relatively slight) were treated with particular attention. In addition to the description of methods, we also collected some useful (in our opinion) information about available software and crystallographic databases.
Źródło:
Wiadomości Chemiczne; 2014, 68, 5-6; 507-543
0043-5104
2300-0295
Pojawia się w:
Wiadomości Chemiczne
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
The Effect of Rare Earth Addition on Microstructure and Mechanical Properties of the Rapidly Solidified Al-Si and Al-Si-Ni Alloys
Autorzy:
Kapinos, D.
Szymanek, M.
Augustyn, B.
Boczkal, S.
Szymański, W.
Tokarski, T.
Lelito, J.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/353569.pdf
Data publikacji:
2020
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
aluminium alloy
rapid solidification
grain refinement
ultrafine structure
Opis:
The article presents research aimed at determining the effect of adding rare earth elements to near-eutectic Al-Si and Al-Si-Ni alloys on the microstructure and mechanical properties of the obtained products. Material for the research was prepared using a melt spinner - a device used for rapid crystallization, casting thin ribbons, which were then subjected in subsequent stages to fragmentation, consolidation and plastic working. The ribbons and extruded rods cast were described in terms of their structure and their strength properties were determined at different measurement temperatures. It was shown that the lightweight materials produced from aluminium alloys using the rapid solidification process have an ultra-fine structure and good strength properties. Analysis under a microscope confirmed that the addition of rare earth alloys Al-Si and Al-Si-Ni causes fragmentation of the microstructure in the tapes produced. The presence of rare earth elements in the alloys tested has an impact on the type and the morphology of the particles of the microstructure’s individual components. In addition to the change in particle morphology, the phenomenon of the separation of numerous nanometric particles of intermetallic phases containing rare earth elements was also observed. The change in microstructure caused by the addition of rare earth elements in the form of a mischmetal increases the mechanical properties.
Źródło:
Archives of Metallurgy and Materials; 2020, 65, 1; 185-192
1733-3490
Pojawia się w:
Archives of Metallurgy and Materials
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Al-Si-Re Alloys Cast by the Rapid Solidification Process
Stopy Al-Si-Re odlewane metodą rapid solidification
Autorzy:
Szymanek, M.
Augustyn, B.
Kapinos, D.
Żelechowski, J.
Bigaj, M.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/356571.pdf
Data publikacji:
2015
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
aluminium alloy
rapid solidification
grain refinement
ultrafine structure
stop aluminium
szybka krystalizacja
rozdrobnienie ziarna
rozdrobnienie struktury
Opis:
The aim of the studies described in this article was to present the effect of rare earth elements on aluminium alloys produced by an unconventional casting technique. The article gives characteristics of the thin strip of Al-Si-RE alloy produced by Rapid Solidification (RS). The effect of rare earth elements on structure refinement, i.e. on the size of near-eutectic crystallites in an aluminium–silicon alloy, was discussed. To determine the size of crystallites, the Scherrer X-ray diffraction method was used. The results presented capture relationships showing the effect of variable casting parameters and chemical composition on microstructure of the examined alloys. Rapid Solidification applied to Al-Si alloys with the addition of mischmetal (Ce, La, Ne, Pr) refines their structure.
Celem badań opisanych w artykule było przedstawienie wpływu pierwiastków metali ziem rzadkich na stopy aluminium otrzymywane niekonwencjonalną metodą odlewniczą. W artykule scharakteryzowano cienką taśmę ze stopu Al-Si-RE wytworzoną metodą szybkiej krystalizacji (Rapid Solidification). Przedstawiono wpływ pierwiastków metali ziem rzadkich na rozdrobnienie struktury - wielkość krystalitów okołoeutektycznego stopu aluminium - krzem. Do oznaczenia wielkości krystalitów wykorzystano rentgenowską dyfrakcyjną metodę Scherrera. Zaprezentowane wyniki ujmują zależności zmiennych parametrów odlewania i składu chemicznego na mikrostrukturę badanych stopów. Zastosowanie szybkiej krystalizacji dla stopów Al-Si z dodatkiem miszmetalu (Ce, La, Ne, Pr) powoduje rozdrobnienie ich struktury.
Źródło:
Archives of Metallurgy and Materials; 2015, 60, 4; 3057-3062
1733-3490
Pojawia się w:
Archives of Metallurgy and Materials
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Influence of Low-Alloy Cast Steel Modification on Primary Structure Refinement, Type and Shape of Non-Metallic Inclusions
Wpływ modyfikacji niskostopowego staliwa na rozdrobnienie struktury pierwotnej, rodzaj i kształt wtrąceń niemetalicznych
Autorzy:
Bartocha, D.
Suchoń, J.
Baron, C.
Szajnar, J.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/353897.pdf
Data publikacji:
2015
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
steel cast
primary structure
non-metallic inclusions
modification
grain refinement
stal odlewnicza
struktura pierwotna
wtrącenia niemetaliczne
modyfikacja
rozdrobnienie ziarna
Opis:
In the article there are presented methods and results of investigation which main aim were determination of influence of melting technology (gas extraction, vacuum refining, slag refining and extraction, deoxidation and degassing) and type of used modifiers on the type and shape of non-metallic inclusions and the primary structure refining. Low alloy cast steel melted in laboratory conditions, in an inductive furnace was investigated. Additions of FeNb, FeV, FeTi and FeZr modifiers were applied. The contents of oxygen and nitrogen in obtained cast steel were determined. The most advantageous impact on refining of the primary structure of has been found for the modifiers FeTi+FeZr. In cast steel with the addition of Zr the conglomerates from a different non -metallic inclusions have been observed. Zirconium probably plays role of the nucleus - creating for other inclusions present in the conglomerates. Clusters of inclusions due to their size affect the crystallization and grain growth processes reducing grain size of the primary structure.
W pracy przedstawiono założenia, metodykę i wyniki badań, których celem było określenie wpływu technologii wytopu (ekstrakcji gazowej, rafinacji próżniowej, rafinacji i ekstrakcji żużlowej, odtleniania i odgazowania) i rodzajów zastosowanych modyfikatorów na postać i rodzaj wtrąceń niemetalicznych oraz rozdrobnienie struktury pierwotnej. Analizie poddano nisko-stopowe staliwo wytopione w warunkach laboratoryjnych w piecu indukcyjnym. Zastosowano dodatek modyfikatorów FeNb, FeV, FeTi i FeZr. W uzyskanym staliwie określono zawartość O i N oraz jego skład chemiczny. Stwierdzono najkorzystniejsze, ze względu na rozdrobnienie struktury pierwotnej, oddziaływanie modyfikatora FeTi+FeZr. Zaobserwowano występowanie konglomeratów różnych wtrąceń niemetalicznych w staliwach z dodatkiem Zr, który prawdopodobnie działa zarodkotwórczo na pozostałe wtrącenia wchodzące w skład konglomeratów. Skupiska wtrąceń ze względu na swoje rozmiary wpływały na krystalizację i wzrost ziaren staliwa rozdrabniając jego strukturę pierwotną.
Źródło:
Archives of Metallurgy and Materials; 2015, 60, 1; 77-83
1733-3490
Pojawia się w:
Archives of Metallurgy and Materials
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Microstructure and Mechanical Properties of AA5483 after Combination of ECAP and Hydrostatic Extrusion SPD Processes
Mikrostruktura i właściwości mechaniczne stopu AA5483 po kombinacji procesów ECAP oraz wyciskania hydrostatycznego
Autorzy:
Kulczyk, M.
Skiba, J
Pachla, W.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/352170.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
severe plastic deformation
hydrostatic extrusion
nanocrystalline structure
grain refinement
aluminum alloy
duże odkształcenie plastyczne
wyciskanie hydrostatyczne
struktura nanokrystaliczna
rozdrobnienie ziarna
stop aluminium
Opis:
Al-Mg alloys of the 5xxx series are strain hardenable and have moderately high strength, excellent corrosion resistance even in salt water, and very high toughness even at cryogenic temperatures to near absolute zero, which makes them attractive for a variety of applications, e.g. in systems exploited at temperatures as low as -270°C, and marine applications. The present study is concerned with the effect of a combination of 2 processes, which generate serve plastic deformation (SPD), equal channel angular pressing (ECAP) and hydrostatic extrusion (HE), on the microstructure and mechanical properties of an alloy that contain Al and Mg. The alloy was subjected to multi-pass ECAP followed by cumulative HE with a total true strain of 5.9. The microstructure of SPD samples was evaluated by transmission and scanning electron microscopy. The mechanical properties were determined by tensile tests and microhardness measurements. The combination of the two processes gave a uniform nanostructure with an average grain size of 70nm. The grain refinement taking place during the SPD processing resulted in the increase of the mechanical strength by 165% (YS) with respect to that of the material in the as- received state. The experiments have shown that the combination of HE and ECAP permits producing homogeneous nanocrystalline materials of large volumes.
Stopy aluminium serii 5XXX (Al-Mg) umacniane odkształceńiowo charakteryzują się relatywnie wysoką wytrzymałością, bardzo dobrą odpornością korozyjną szczególnie w wodzie morskiej i bardzo wysoką odpornością udarnościową nawet w temperaturach kriogenicznych. Własności te sprawiają, że te stopy są atrakcyjne dla wielu zastosowań gdzie wymagana jest praca w niskich temperaturach, nawet do -270°C oraz praca w środowisku morskim. W przeprowadzonych badaniach określono wpływ kombinacji dwóch procesów generujących duże odkształcenia plastyczne, przeciskania przez kanał kątowy (ECAP) oraz wyciskania hydrostatycznego (HE), na mikrostrukturę i własności mechaniczne stopu 5483. Zastosowano kombinację procesu kumulacyjnego wyciskania hydrostatycznego poprzedzonego procesem ECAP z łącznym odkształceniem rzeczywistym 5.9. Badania mikrostrukturalne zostały przeprowadzone z wykorzystaniem transmisyjnej mikroskopii elektronowej. Własności mechaniczne określono w statycznej próbie rozciągania oraz pomiarach mikrotwardości. Kombinacja obu procesów pozwoliła uzyskać materiał o jednorodnej nanostrukturze o średniej wielkości ziarna 70nm. Rozdrobnienie struktury spowodowało wzrost własności mechanicznych (granicy plastyczności) o około 165% w porównaniu do materiału przed odkształceniem plastycznym. Przeprowadzone eksperymenty wykazały że kombinacja procesów HE oraz ECAP pozwala na wytwarzanie jednorodnych nanomateriałów w dużych objętościach.
Źródło:
Archives of Metallurgy and Materials; 2014, 59, 1; 163-166
1733-3490
Pojawia się w:
Archives of Metallurgy and Materials
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
    Wyświetlanie 1-7 z 7

    Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies