Autor: Nalecz, D. - Katalog OPAC zbiorów

Skocz do pozycji: 1.

Tytuł:: Analiza in silico peptydów immunoaktywnych pochodzących z białek żywności - badania z wykorzystaniem bazy BIOPEP
In silico analysis of immunoactive peptides derived from food proteins - a study based on BIOPEP database
Autorzy:: Dziuba, M.
Nalecz, D.
Dziuba, B.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/827288.pdf
Data publikacji:: 2014
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Technologów Żywności
Opis:: Analizie bioinformatycznej poddano 89 peptydów immunoaktywnych dostępnych w bazie BIOPEP. Obecność fragmentów potencjalnie immunoaktywnych stwierdzono w 90 ze 150 sekwencji analizowanych białek. Sekwencje aminokwasowe badanych peptydów analizowano z uwzględnieniem: długości łańcucha, udziału procentowego poszczególnych aminokwasów, pI, molowego współczynnika ekstynkcji, indeksu hydropatii i ładunku wypadkowego. Ponadto określono możliwości ich uwalniania in silico przez enzymy proteolityczne. Na podstawie komputerowej analizy z zastosowaniem programu ProtParam stwierdzono, że immunoaktywne peptydy to głównie fragmenty hydrofilowe, w sekwencji których przeważają takie aminokwasy, jak: Lys, Arg i Pro, obdarzone ładunkiem dodatnim w neutralnym pH. W komputerowej symulacji proteolizy in silico wybranych 11 białek żywności o największej częstości występowania peptydów immunoaktywnych (parametr A > 0,02) wykazano, że tylko trzy enzymy: chymaza (EC 3.4.21.39), elastaza trzustkowa (EC 3.4.21.36) i endopeptydaza glicylowa (EC 3.4.22.25), spośród dostępnych w bazie BIOPEP, wykazywały specyficzność pozwalającą na uwalnianie peptydów immunoaktywnych w układzie jednego enzymu. Produktami hydrolizy analizowanych białek, przy użyciu wybranych enzymów proteolitycznych, były głównie 2 - 3 aminokwasowe fragmenty peptydowe.
89 immunoactive peptides available in the BIOPEP Database were bioinformatically analyzed. It was determined that potentially immunoactive peptide fragments were present in 90 of 150 sequences of the proteins analysed. In the sequences of immunoactive peptides studied, the following was analysed: peptide chain length, percent content of individual amino acids, pI, molar extinction coefficient, hydropathy index, and net charge. Furthermore, it was determined whether it was possible to in silico release those peptides using specific proteolytic enzymes. Based on the results of the computer analysis performed using a ProtParam software, it was confirmed that the immunoactive peptides were, mainly, hydrophilic fragments and in their sequence, the alkaline amino acids prevailed, such as: Arg, Lys, and Pro, with a positive net charge in neutral pH. A computer simulation of in silico proteolysis of 11 selected food proteins showing the highest occurrence frequency of immunoactive peptides (parameter A > 0.02) was performed and based thereon, it was proved that of all the enzymes available in the BIOPEP Database, only three proteolytic enzymes , i.e.: chymase (EC 3.4.21.39), pancreatic elastase (EC 3.4.21.36), and glycyl endopeptidase (EC 3.4.22.25) were able to release immunoactive peptides in one enzyme setup. The 2-3 amino acid peptide fragments were, mainly, produced during the hydrolysis of the analyzed proteins performed using proteolytic enzymes.
Źródło:: Żywność Nauka Technologia Jakość; 2014, 21, 5
1425-6959
Pojawia się w:: Żywność Nauka Technologia Jakość
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 2.

Tytuł:: Analiza in silico alergennych białek orzecha ziemnego (Arachis hypogaea L.), głównie Ara h 9, w prognozowaniu epitopów surowców roślinnych reagujących krzyżowo
In silico analysis of peanut (Arachis hypogaea L.) allergenic proteins, mainly of Ara h 9, to predict epitopes in cross-reacting plants
Autorzy:: Nalecz, D.
Pagur, J.
Szerszunowicz, I.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/828797.pdf
Data publikacji:: 2014
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Technologów Żywności
Opis:: W pracy przeprowadzono analizę in silico w celu oceny reaktywności krzyżowej białek orzecha ziemnego (Arachis hypogaea L.), ze szczególnym uwzględnieniem białka Ara h 9 – markera reaktywności krzyżowej w odniesieniu do białek owoców. Określono możliwość występowania reakcji krzyżowych między różnymi białkami orzecha ziemnego, jak również między białkami orzecha ziemnego a białkami innych alergenów pokarmowych, w tym powszechnie znanych alergenów soi, soczewicy, pomidora, orzecha laskowego, jabłoni zwyczajnej i brzoskwini oraz m.in. chińskiego liczi i daktylowca. Podobieństwo sekwencji epitopów białek orzecha ziemnego na poziomie > 80 %, oceniane na podstawie komputerowych baz danych: UniProtKB i BIOPEP oraz programu EVALLER, stwierdzono głównie w stosunku do epitopów soi, pomidora, orzecha laskowego, jabłoni i brzoskwini.
In the paper, an in silico analysis was performed for the purpose of assessing the cross-reactivity of peanut (Arachis hypogea L.) proteins, and special attention was paid to the Ara h 9 protein, a marker for cross-reactivity concerning fruit proteins. There were determined possible cross-reactions, which might occur among various proteins of peanut as well as among peanut proteins and other food allergen proteins including the commonly known proteins of soybean, lentil, tomato, hazelnut, common apple, and peach, and, also, some other proteins such as, inter alia, Chinese lychee and date palm fruit. Using UniProtKB and BIOPEP databases as well as the EVALLER software database, the matching degree of peanut protein epitope sequences (> 80 %) was determined mainly against soybean, tomato, hazelnut, apple and peach epitopes.
Źródło:: Żywność Nauka Technologia Jakość; 2014, 21, 6
1425-6959
Pojawia się w:: Żywność Nauka Technologia Jakość
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 3.

Tytuł:: Three localized f electrons in UPd₂Al₃ and in UGe₂ intermetallics
Autorzy:: Radwanski, R.
Nalecz, D.
Ropka, Z.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1062036.pdf
Data publikacji:: 2016-08
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Instytut Fizyki PAN
Tematy:: 71.70.Ej
75.10.Dg
75.30.Gw
Opis:: We have calculated the strength of the excitations between the crystal-field states which are in agreement with inelastic-neutron-scattering results. This agreement confirms the existence in the heavy-fermion superconductor UPd₂Al₃ the crystal-field electronic structure being the finger-print of the U^{3+} ions with three localized f electrons forming strongly-correlated atomic-like quantum system 5f³. The ionic integrity and the low-energy crystal-field electronic structure is preserved in this metallic system in the meV scale as has been postulated in the Quantum Atomistic Solid State theory (QUASST). We provide preliminary results with the U^{3+} ion in UGe₂ showing the ground-state eigenfunction which reproduces the ordered magnetic-moment value of 1.48 μ_{B}. This moment is composed from the dominant orbital contribution (2.6 μ_{B}) and the opposite spin moment (1.12 μ_{B}).
Źródło:: Acta Physica Polonica A; 2016, 130, 2; 545-550
0587-4246
1898-794X
Pojawia się w:: Acta Physica Polonica A
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 4.

Tytuł:: Crystal-Field Interactions in $RPd_2Al_3$ Intermetallics (R = Pr, Nd, Sm, and U)
Autorzy:: Radwanski, R.
Nalecz, D.
Ropka, Z.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1374347.pdf
Data publikacji:: 2014-10
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Instytut Fizyki PAN
Tematy:: 71.70.Ej
75.10.Dg
Opis:: Magnetic and electronic properties of $NdPd_2Al_3$ have been nicely described with the $Nd^{3+}$ ions within the crystal-field theory revealing that all Nd atoms equally contribute to the temperature dependence of the paramagnetic susceptibility and of the heat capacity with the λ-peak. We consistently described paramagnetic and magnetically-ordered state. The fine electronic structure of the $Nd^{3+}$ ion nicely correlates with the electronic structure of the $U^{3+}$ ion in $UPd_2Al_3$ giving strong evidence for the trivalent uranium state in the isostructural heavy-fermion superconductor $UPd_2Al_3$.
Źródło:: Acta Physica Polonica A; 2014, 126, 4a; A-32-A-35
0587-4246
1898-794X
Pojawia się w:: Acta Physica Polonica A
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 5.

Tytuł:: Localized f electron aspect in heavy-germion intermetallic YbRh₂Si₂
Autorzy:: Radwanski, R.
Nalecz, D.
Fedyk, S.
Ropka, Z.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1048149.pdf
Data publikacji:: 2018-03
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Instytut Fizyki PAN
Tematy:: Heavy fermion
crystal field
Kondo resonance
YbRh₂Si₂
Opis:: We point out that there is more and more experiments showing the almost perfect localization of thirteen f-electrons in the canonical heavy-fermion system: YbRh₂Si₂. The revealing of the Yb³⁺ crystal-field (CEF) states confirms the Quantum Atomistic Solid State Theory. QUASST was the only theory, which has claimed from 1992 the existence of the discrete CEF electronic structure and the Kramers doublet ground state in heavy-fermion intermetallics. The removal of the on-site Kramers degeneracy via spin-dependent interactions is origin of the large specific heat at low temperatures (a hallmark of the heavy-fermion phenomena) and of low-energy neutral spin-like excitations. The Kondo resonance is related to the slight splitting of the Kramers doublet ground state of the Yb³⁺ ion.
Źródło:: Acta Physica Polonica A; 2018, 133, 3; 387-390
0587-4246
1898-794X
Pojawia się w:: Acta Physica Polonica A
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 6.

Tytuł:: Really First Principles Calculations for CoF₃
Autorzy:: Radwanski, R.
Nalecz, D.
Krupska, M.
Piwowarczyk, T.
Ropka, Z.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1385724.pdf
Data publikacji:: 2015-02
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Instytut Fizyki PAN
Tematy:: 76.30.Fc
75.10.Dg
Opis:: We have derived the low-energy electronic structure of CoF₃, originating from the strongly-correlated 3d⁶ system of the Co³⁺ ion, taking into account the crystal-field interactions, with a relatively weak trigonal distortion, and the relativistic spin-orbit interaction. We have calculated from really first-principles the relevant crystal-field interactions. With the discrete electronic structure for 3d electrons we have described the magnetic properties (the value of the magnetic moment and its direction). The moment direction is determined by the local off-octahedral trigonal distortion proving the single-ion origin of the magnetocrystalline anisotropy. We evaluated the orbital moment and the strength of spin interactions responsible for the formation of the magnetic state. Our studies indicate that calculations of the electronic structure of a 3d compound for the physically-adequate description of the magnetic properties has to be performed at the meV scale.
Źródło:: Acta Physica Polonica A; 2015, 127, 2; 391-393
0587-4246
1898-794X
Pojawia się w:: Acta Physica Polonica A
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 7.

Tytuł:: Influence of the selected hoof diseases on reproduction parameters of Polish HF cows
Wpływ wybranych chorób racic na wskaźniki rozrodu krów rasy PHF
Autorzy:: Nalecz-Tarwacka, T.
Jedrzejek, D.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/45226.pdf
Data publikacji:: 2012
Wydawca:: Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie. Wydawnictwo Uczelniane ZUT w Szczecinie
Opis:: The aim of the paper was to show the most frequently occurring limb disorders and their effect on reproduction parameters of the cows. The studies were conducted on 220 cows with the mean yield equal to 10 500 kg of milk and showed that 16% of the herd suffered from digital dermatitis, 10% had interdigital dermatitis and 7% revealed sole ulcer (Rusterholz disease). The primiparas and the cows in the third lactation suffered most frequently from hoof lesions. The three mentioned above diseases affected significantly the decrease of milk production of the cows and deterioration of reproduction indices. Ovarian cysts occurred most frequently in the cows suffering from the Ruslerholz sole ulcer (13.33%). Endometritis was most frequently (47.06%) found in case of the cows with digital dermatitis. The cows with the hoof disorders became pregnant with greater difficulties and their inter-pregnancy period was considerably prolonged.
Celem pracy było przedstawienie najczęściej występujących chorób kończyn oraz ich wpływu na wskaźniki rozrodu krów. Badania przeprowadzono na 220 krowach o średniej wydajności 10 500 kg mleka wykazały, że 16% stada cierpiało na zapalenie skóry palca, 10% krów chorowała na zapalenie skóry szpary międzyracicowej, a 7% na wrzód podeszwowy Rusterholza. Najczęściej na choroby racic zapadają krowy pierwiastki i będące w laktacji trzeciej. Trzy powyższe choroby istotnie wpłynęły na pogorszenie wskaźników rozrodu. Cysty jajnikowe występowały najczęściej u krów z wrzodem podeszwowym Rusterholza (13,33%). Zapalenie błony śluzowej macicy najczęściej występowało (47,06%) u krów z zapaleniem skóry piętek. Krowy z chorobami racic trudniej się zacielały, a ich okres międzyciążowy znacznie się wydłużał.
Źródło:: Acta Scientiarum Polonorum. Zootechnica; 2012, 11, 4
1644-0714
Pojawia się w:: Acta Scientiarum Polonorum. Zootechnica
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 8.

Tytuł:: Synthesis and structural characterization of the biodegradable polyester/bisphosphonate conjugates for coating of the apatite materials
Autorzy:: Oledzka, E.
Pachowska, D.
Orłowska, K.
Sobczak, M.
Kolmas, J.
Nałęcz-Jawecki, G.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/283941.pdf
Data publikacji:: 2016
Wydawca:: Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica w Krakowie. Polskie Towarzystwo Biominerałów
Tematy:: biodegradable materials
coatings
biomaterials
Źródło:: Engineering of Biomaterials; 2016, 19, 138; 47
1429-7248
Pojawia się w:: Engineering of Biomaterials
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki