Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Centralna Biblioteka Wojskowa Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaCentralna Biblioteka Wojskowa

Wyszukujesz frazę "molecular dynamics" wg kryterium: Wszystkie pola

  Lista filtrów
Wyrównaj
    Wyświetlanie 1-13 z 13
    Tytuł:
    Wykorzystanie dynamiki molekularnej w badaniach szkieł
    Application of molecular dynamics in examination of glasses
    Autorzy:
    Goj, P.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/169158.pdf
    Data publikacji:
    2018
    Wydawca:
    Sieć Badawcza Łukasiewicz - Instytut Ceramiki i Materiałów Budowlanych
    Tematy:
    dynamika molekularna
    badania więźby szkieł
    symulacje komputerowe
    szkła krzemowo-sodowe
    molecular dynamics
    glass network examination
    computer simulations
    sodium silicate glasses
    Opis:
    Klasyczna dynamika molekularna MD jest jedną z technik symulacji komputerowych wieloatomowych lub wielocząsteczkowych układów. Pozwala na badanie struktury oraz właściwości zarówno materiałów krystalicznych, jak i amorficznych. Opiera się na rozwiązywaniu numerycznym klasycznych równań ruchu. Nie tylko uzupełnia badania eksperymentalne, ale jest również narzędziem pozwalającym na badanie budowy materiałów na poziomie nieosiągalnym konwencjonalnymi technikami. W celu przedstawienia klasycznej dynamiki molekularnej wykonano symulacje dwóch szkieł 80SiO2-20Na2O i 85SiO2-15Na2O [%mol]. Otrzymane wyniki dobrze zgadzały się z obecnym stanem wiedzy. Wykonane symulacje świadczą o tym, że technika ta jest niezwykle użyteczna przy poznawaniu struktury szkieł. Wykorzystując tę technikę, można przewidywać wpływ modyfikatorów na więźbę szkła, a przez to możliwe jest wskazywanie kierunku dalszych badań oraz optymalizacja składów chemicznych.
    Molecular dynamics MD is one of computer simulation methods of multiatomic or multimolecular systems. It allows to examination of structure and properties both crystalline and amorphous materials. This technique consists of the numerical solution of the classical equation of motion. It complements not only experimental methods but also it is tool make possible examination of material structure on the unavailable level for conventional methods. In order to introduce to molecular dynamics, the simulations of two glasses 80SiO2‑20Na2O and 85SiO2-15Na2O [%mol] were performed. Obtained results corresponds well to the actual state of knowledge. Performed simulation testify that this technique is a very useful to examine glass structure. Using this method, it is possible to predict influence of modifiers on glass network, it’s make possible indication research direction and optimization of chemical composition.
    Źródło:
    Szkło i Ceramika; 2018, R. 69, nr 1, 1; 12-15
    0039-8144
    Pojawia się w:
    Szkło i Ceramika
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Symulacje dynamiki molekularnej biomolekuł na progu XXI wieku
    Molecular dynamics simulations of biomolecules at the beginning of the 21st century
    Autorzy:
    Nowak, Wiesław
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/1196835.pdf
    Data publikacji:
    2009
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Przyrodników im. Kopernika
    Opis:
    Computer simulations have become a mature and useful method in studies of molecules of life. As a part of structural bioinformatics carefully planned numerical experiments provide unique data on dynamics and properties of biomolecules. In this article a review of the state of art of molecular dynamics (MD) studies is presented. Current trends involving the steered MD, milestoning and coarse grained MD are described and some examples of MD applications in bio- and nano-technology are presented. The progress in hardware, such as parallel computing and purpose-built processors, is also addressed.
    Źródło:
    Kosmos; 2009, 58, 1-2; 43-48
    0023-4249
    Pojawia się w:
    Kosmos
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Zastosowanie metod dynamiki molekularnej w badaniach nad układami z wiązaniami wodorowymi
    An application of molecular dynamics methods in investigations of systems with hydrogen bonds
    Autorzy:
    Jezierska, A.
    Panek, J. J.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/172356.pdf
    Data publikacji:
    2017
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Tematy:
    CPMD
    dynamika molekularna Cara-Parrinello
    klasyczna dynamika molekularna
    wewnątrzcząsteczkowe wiązanie wodorowe
    międzycząsteczkowe wiązanie wodorowe
    zasada Schiffa
    zasada Mannicha
    N-tlenki
    białka
    Car-Parrinello molecular dynamics
    classical MD
    intramolecular HB
    intermolecular HB
    Schiff base
    Mannich base
    N-oxides
    proteins
    Opis:
    Modern computational chemistry offers a wide variety of methods allowing us to investigate very complex systems. In the current study, we would like to focus on ab initio and classical molecular dynamics to show their applications in our research. Car-Parrinello molecular dynamics (CPMD) was carried out to study compounds possessing intra- and intermolecular hydrogen bonds. Our simulations were performed in vacuum, in solvent and in crystalline phase. It is well known that intramolecular hydrogen bonding stabilizes 3D structure of molecules. The strength of the bonding and its features are influenced by inductive and steric effects. Our short overview on CPMD application to systems with intramolecular HB we start from Schiff and Mannich bases -model compounds to investigate intramolecular hydrogen bonding. Other examples reported here derive from the class of N-oxide type compounds. Special attention was devoted to another representative structure in such investigations – picolinic acid N-oxide. In some examples listed above proton transfer phenomena occurred making these compounds interesting objects for future excited state studies. Aliphatic boronic acid was used as a model example to study intermolecular hydrogen bonds based on CPMD method. Further, classical molecular dynamics was applied to investigate proteins. Here, we would like to report our results for two biomolecules. The first one is proteinase K for which the impact of mercury(II) on its catalytic center was studied. The second one is streptavidin. For the latter one its complexes with biotinylated ligands were investigated. We close our review with a paragraph describing further development and perspectives related to CPMD method.
    Źródło:
    Wiadomości Chemiczne; 2017, 71, 7-8; 473-495
    0043-5104
    2300-0295
    Pojawia się w:
    Wiadomości Chemiczne
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Gazodynamika molekularna wyrzutów gazowo-pyłowych oraz problemy pomiarowe identyfikacji ich deskryptorów
    Molecular dynamics of gas and dust outbursts and measuring problems of identification of their descriptors
    Autorzy:
    Kaim, S.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/157966.pdf
    Data publikacji:
    2012
    Wydawca:
    Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Mechaników Polskich
    Tematy:
    zagrożenie wyrzutowe
    dysocjacja uderzeniowa
    fale uderzeniowe
    tworzenie nanocząstek
    wyrzutowe deskryptory struktury węgla
    outburst threat
    shock dissociation
    shock waves
    formation of nanoparticles
    outburst descriptors of coal structure
    Opis:
    W pracy przedstawiono mikroskopijne podejście do objaśnienia energetyki procesów molekularnie kinetycznych, które doprowadzają do wyrzutów gazowo-pyłowych w kopalniach węglowych. Badane są termodynamiczne warunki początkowe w pułapce metanu, które przy szybkim jej otwarciu mogą doprowadzić do zjawiska samoprzyspieszenia emisji molekuł metanu i zrodzenia fali uderzeniowej. Analizowane są niezbędne warunki dysocjacji molekuł węgla pod działaniem płaskiej fali uderzeniowej przy jej wyjściu z pułapki metanu do węgla. Generacja metanu, którego ilość znacznie przekracza ilość metanu w warstwie węglowej, wiąże się z częściową dysocjacją molekuł węglowodorów pod działaniem fali uderzeniowej i kolejną molekularyzacją z tworzeniem molekuł metanu i nanoklastrów węgla. Generacji metanu towarzyszą wyrzuty tego gazu. Zagrożenie wyrzutowe calizny węgla wiąże się z jego nanoporowatą strukturą i początkowymi warunkami formowania fali uderzeniowej o wystarczającej intensywności w pułapkach metanowych. Dyskutowane są możliwe metody pomiarów krytycznych parametrów struktury węgla dla oceny stopnia zagrożenia wyrzutowego.
    We present a new microscopic interpretation for the energetic properties of the molecular-kinetic processes leading to coal outbursts in collieries. This approach allows clarifying the initial thermodynamic conditions inside of methane trap which at fast opening can lead to a phenomenon of self-strengthening emission of methane molecules and appearance of a powerful shock rarefaction wave. The dissociation necessary conditions of coal molecules under influence of a flat shock wave emerging from methane trap into coal bed, also become clear. The total amount of generated methane considerably exceeds the methane population adsorbed inside of the coal bed, which can be explained by a partial dissociation of hydrocarbon molecules under the influence of a shock wave and subsequent molecularization - producing the methane molecules and carbon nanoclusters. The coal nanoporeous structure in combination with proper initial conditions inside the methane traps may result a development of an intensive shock wave causing an outburst. To estimate the level of outburst danger a variaty of methods of critical parameters measurements inside coal structure being discussed.
    Źródło:
    Pomiary Automatyka Kontrola; 2012, R. 58, nr 9, 9; 822-824
    0032-4140
    Pojawia się w:
    Pomiary Automatyka Kontrola
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Dynamika molekularna wody w emulsjach typu tłuszcz w wodzie, emulgowanych skrobią ziemniaczaną
    Molecular dynamics of water in fat-in-water type of emulsions emulsified with potato starch
    Autorzy:
    Baranowska, H.M.
    Rezler, R.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/827133.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Technologów Żywności
    Tematy:
    tluszcz wieprzowy
    emulgowanie
    skrobia ziemniaczana
    emulsje
    dynamika molekularna
    Opis:
    Na poziomie molekularnym analizowano wpływ skrobi ziemniaczanej na proces emulgowania tłuszczu wieprzowego. Materiał badawczy stanowiły emulsje typu tłuszcz w wodzie. Badania prowadzono na próbach zawierających 3 części wody i 1 część tłuszczu. Skrobię dodawano w proporcjach 1 : 1; 0,8 : 1; 0,5 : 1 i 0,4 : 1 w stosunku do zawartości tłuszczu. Analizowano zmiany dynamiki molekularnej wody w tych emulsjach w ciągu 8 h od chwili uzyskania przez układ temperatury pomiaru. Badania prowadzono techniką NMR w niskich polach. Przeprowadzone badania wykazały, że emulsje charakteryzują się dwoma składowymi czasów relaksacji: T₁ i T₂. Oznacza to, że w układzie są obecne dwie frakcje protonów relaksujące z różnymi szybkościami oraz że pomiędzy tymi frakcjami protonów wymiana chemiczna jest dużo wolniejsza niż czas relaksacji. Długie składowe (T₁₂ i T₂₂) odzwierciedlają procesy relaksacyjne frakcji protonów związanych głównie z żelem biopolimerowym. Wartości T₁₂ i T₂₂ wzrastają ze zmniejszaniem zawartości skrobi w układzie, tak jak w żelach bez tłuszczu. Oznacza to, że ta frakcja zawiera dużo tłuszczu. Dodatkowo stwierdzono zdecydowane różnice w dynamice molekularnej wody w układach o małej i dużej zawartości skrobi. Jest to związane z etapami tworzenia struktur lamelarnych tłuszczu oraz z retrogradacją skrobi. Obserwacja czasowych zależności parametrów relaksacyjnych wykazała, że największe zmiany w wiązaniu wody występują w czasie od około 2 do 5 h od chwili przygotowania żelu.
    The effect of starch on the pork fat emulsification process was analyzed at the molecular level. The research material consisted of fat-in-water type of emulsions. The experiments were performed on the samples containing 3 parts of water and 1 part of fat. The starch was added in the ratio of 1 : 1, 0.8 : 1, 0.5 : 1, and 0.4 : 1 in relation to the fat content. Analyzed were changes in the molecular dynamics of water in those emulsions during 8 hours from the moment when the system reached the temperature of measurement. The research was performed by a low-field NMR technique. The research accomplished showed that the emulsions were characterized by two components of the T₁ and T₂ relaxation times. This means that there are two fractions of protons in the system, which relax at different rates, and that the chemical exchange between those two factions of protons is much slower than the relaxation time. The long components (T12 and T22) reflect the relaxation processes of proton fractions associated, primarily, with a biopolymer gel. The values of T₁₂ and T₂₂ increase with the decrease in the starch content in the system much like in gels without fat. It means that this fraction contains much fat. In addition, definite differences were found in the dynamics of molecular water in the systems with low and high starch content. It is related with the forming stages of lamellar structures of fat and with the starch retrogradation. While observing the time-related dependences between the relaxation parameters, it was found that the greatest changes in water binding occurred about 2 to 5 hours after the gel had been prepared.
    Źródło:
    Żywność Nauka Technologia Jakość; 2013, 20, 4
    1425-6959
    Pojawia się w:
    Żywność Nauka Technologia Jakość
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Wpływ benzo[a]pirenu na własności fosfolipidów surfaktantu płucnego: modelowa analiza toksyczności spalin silników Diesla
    Influence of benzo[a]pyrene on properties of the lung surfactant phospholipids: model analysis of diesel exhaust gases toxicity
    Autorzy:
    Sosnowski, T.
    Koliński, M.
    Gradoń, L.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2070891.pdf
    Data publikacji:
    2010
    Wydawca:
    Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Mechaników Polskich
    Tematy:
    spaliny Diesla
    toksyczność
    surfaktant płucny
    dynamika molekularna
    diesel exhaust gases
    toxicity
    lung surfactant
    molecular dynamics
    Opis:
    Doświadczalnie (waga Langmuird) i teoretycznie (dynamika molekularna) badano oddziaływania fizykochemiczne między benzo[a]pirenem (BAP) i głównym składnikiem surfaktantu płucnego, DPPC. Odnotowano zmiany dynamicznego napięcia powierzchniowego i ściśliwości filmu DPPC na powierzchni woda - powietrze, które wyjaśniono w oparciu o mechanizm wbudowywania się molekuł BAP w monowarstwę DPPC. Przyjmując, że podobne zjawiska przebiegają w naturalnym układzie surfaktantu płucnego, wyniki sugerują jedną z możliwych przyczyn toksyczności spalin silników Diesla.
    Physicochemical interactions between benzo[a]pyrene (BAP) and a basic constituent of lung surfactant, DPPC, were studied experimentally (Lang-muir balance) and theoretically (molecular dynamic approach). Changes in dynamic surface tension and compressibility of DPPC film at air - water interface were observed and explained by the incorporation of BAP molecules into DPPC monolayer. Similar phenomena can be of importance during oscillations of lung surface during breathing, so the results suggest a potential mechanism of health effects from diesel exhaust gases inhalation.
    Źródło:
    Inżynieria i Aparatura Chemiczna; 2010, 2; 115-116
    0368-0827
    Pojawia się w:
    Inżynieria i Aparatura Chemiczna
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Dyskretne metody symulacji zjawisk przepływowych w gazach i cieczach
    Discrete Methods of Simulation of Flow Phenomena in Gases and Liquids
    Autorzy:
    Wolszakiewicz, T.
    Walenta, Z. A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/403663.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Wojskowa Akademia Techniczna im. Jarosława Dąbrowskiego
    Tematy:
    metody numeryczne
    Bezpośrednia Symulacja Monte Carlo
    dynamika molekularna
    simulation methods
    direct simulation Monte Carlo
    molecular dynamics
    Opis:
    W pracy rozpatrzone zostały dwie metody numerycznej symulacji zjawisk przepływowych w ośrodkach gazowych i ciekłych, oparte na molekularnym opisie ośrodka: metoda Bezpośredniej Symulacji Monte Carlo oraz metoda Dynamiki Molekularnej. Metody te pozwalają na modelowanie w sposób bezpośredni przebiegu reakcji chemicznych, oddziaływania ośrodka ze ściankami ich zaletą jest także względna łatwość dostosowania się do skomplikowanej geometrii. Wadą są długie czasy obliczeń, co jednak może być przezwyciężone przez wykorzystanie coraz powszechniej dostępnych komputerów o dużej szybkości obliczeń.
    The paper presents two methods of simulation of flow phenomena in gases and liquids based on molecular description of the medium: the Direct Simulation Monte Carlo method and the Molecular Dynamics method. These methods offer the possibility of direct modelling of chemical reactions and interactions of the medium with solid walls. Apart from that they have the advantage of relatively easy adaptation to complex geometries. Their main disadvantage is the long computing time, which, however, may be overcome with the use of the modern, fast computers presently available.
    Źródło:
    Problemy Mechatroniki : uzbrojenie, lotnictwo, inżynieria bezpieczeństwa; 2013, 4, 4 (14); 67-76
    2081-5891
    Pojawia się w:
    Problemy Mechatroniki : uzbrojenie, lotnictwo, inżynieria bezpieczeństwa
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Właściwości czasowo-rozdzielcze słabych międzycząsteczkowych wiązań wodorowych C-H···F
    Time-resolved properties of intermolecular C-H···F hydrogen bonds
    Autorzy:
    Polańska, Marta
    Rodziewicz, Paweł
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/27310029.pdf
    Data publikacji:
    2023
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Tematy:
    wiązanie wodorowe
    teoria funkcjonału gęstości
    dynamika molekularna Cara i Parrinello
    hydrogen bond
    density functional theory
    Car-Parrinello molecular dynamics
    Opis:
    The hydrogen bond is one of the most important and interesting phenomena in nature. In this publication we will shed light on the discovery of hydrogen bond and a time evolution of its definition in the last 100 years. Both structural and spectroscopic parameters of the hydrogen bond will be discussed. A special focus will be given to the latest IUPAC definition of the hydrogen bond and its consequences to scientific research. The main aim of this study is to highlight theoretical studies based on first principles calculations and molecular dynamics simulations which not only support experimental results but also provide parameters which are crucial to understand the nature of hydrogen bonds. Particular attention will be given to methods and theoretical ideas used in the computational studies of hydrogen bonds. Utilizing static DFT/ab initio calculations and molecular dynamics simulations enables comparison of different binding energies and studying time evolution of the hydrogen-bonded molecular system on the atomistic level. We will discuss time-resolved properties of weak intermolecular hydrogen bonds, using as an example C-H···F containing model systems, namely F3CH*(HF)n molecular complexes and (F3CH)2-4 aggregates.
    Źródło:
    Wiadomości Chemiczne; 2023, 77, 9-10; 899--919
    0043-5104
    2300-0295
    Pojawia się w:
    Wiadomości Chemiczne
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Modelowanie adsorpcji związków biologicznie czynnych na materiałach węglowych
    Modelling of Adsorption of Biologically Active Compounds on Carbonaceous Materials
    Autorzy:
    Gauden, P. A.
    Terzyk, A. P.
    Furmaniak, S.
    Wiśniewski, M.
    Bielicka, A.
    Werengowska-Ciećwierz, K
    Zieliński, W.
    Kruszka, B.
    Bieniek, A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/297197.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Politechnika Częstochowska. Wydawnictwo Politechniki Częstochowskiej
    Tematy:
    benzen
    fenol
    paracetamol
    adsorpcja z fazy ciekłej
    materiały węglowe
    kinetyka
    dynamika molekularna
    benzene
    phenol
    adsorption from solution
    carbonaceous materials
    kinetics
    molecular dynamics simulation
    Opis:
    Omówiono wpływ porowatości oraz chemicznej natury powierzchni węgla aktywnego na adsorpcję trzech związków organicznych (benzenu, fenolu oraz paracetamolu) z rozcieńczonych roztworów wodnych w oparciu o obliczenia dynamiki molekularnej (pakiet GROMACS). Wykorzystano model porów szczelinopodobnych oraz model tzw. „miękkiego” węgla aktywnego. Charakteryzują się one stopniową zmianą struktury mikroporowatej. Ponadto w strukturę materiałów węglowych wbudowano różną ilość grup funkcyjnych. Wyniki otrzymanych symulacji komputerowych wykazują jakościową zgodność z pomiarami eksperymentalnymi. I tak na przykład zaobserwowano spadek adsorpcji dla paracetamolu w porównaniu z adsorpcją benzenu. Ponadto wyniki obliczeń komputerowych wskazują, że na proces adsorpcji związków organicznych mają wpływ zarówno porowatość, jak i chemiczna natura materiału węglowego (zawartość tlenu). Ten drugi z czynników decyduje o mechanizmie blokowania porów i związany jest ze zwiększeniem gęstości wody w pobliżu grup chemicznych (tworzenie klastrów). Efekt blokowania porów zależy także od rozmiaru porów i przestaje odgrywać rolę dla porów o szerokościach większych niż 0,68 nm. W konsekwencji cząsteczki adsorbowanych związków organicznych nie mogą wnikać w głąb struktury materiału węglowego, ale adsorbują się na powierzchni zewnętrznej porów w pobliżu ich wejść.
    MD simulation studies (GROMACS package) showing the influence of porosity and carbon surface oxidation on adsorption of three organic compounds (i.e. benzene, phenol, and paracetamol) from aqueous solutions on carbons were reported. Based on a model of slit-like pores and “soft” activated carbons different adsorbents with gradually changed microporosity were created. Next, different amount of surface oxygen groups was introduced. We observe quantitative agreement between simulation and experiment, i.e. the decrease in adsorption from benzene down to paracetamol. Simulation results clearly demonstrate that the balance between porosity and carbon surface chemical composition in organics adsorption on carbons, and the pore blocking determine adsorption properties of carbons. Pore blocking effect decreases with diameter of slits and practically vanishes for widths larger than c.a. 0.68 nm. Moreover, adsorbed molecules occupy the external surface of the slit pores (the entrances) in the case of oxidized adsorbents.
    Źródło:
    Inżynieria i Ochrona Środowiska; 2013, 16, 2; 225-234
    1505-3695
    2391-7253
    Pojawia się w:
    Inżynieria i Ochrona Środowiska
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Struktura a nieelastyczne rozpraszanie neutronów przez kryształy molekularne z wiązaniami wodorowymi
    Structure and inelastic neutron scattering by the molecular crystals with the hydrogen bonds
    Autorzy:
    Rok, M.
    Bator, G.
    Sobczyk, L.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/171492.pdf
    Data publikacji:
    2017
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Tematy:
    kompleksy molekularne
    wiązanie wodorowe
    struktura krystaliczna
    rozpraszanie neutronów
    dynamika cząsteczek w fazie stałej
    molecular complexes
    hydrogen bonds
    crystal structure
    neutron scattering
    molecular dynamics in the solid state
    Opis:
    The molecular crystals, which are built of organic or organic-inorganic molecules, are characterized by the weak intermolecular interactions. From the viewpoint of the potential applications in electronics or optoelectronics the electric properties of the crystals are essential. In turn these properties are related to their crystal structure as well as the dynamics of the molecules in the solid state. The existence of the hydrogen bonds in the crystal structures, conventional and unconventional, is crucial from the viewpoint of the electric properties of the crystals. The dynamics of methyl groups present in the structure can be a measure of the molecular interactions in the crystals. In this work the dynamical properties, first of all taking into account the research results concerning the neutron scattering, will be discussed. The neutron technique is very effective as regards the methyl group dynamics investigations. The relationship between a formation of the conventional and unconventional hydrogen bonds and a tunneling of the methyl groups at low temperature will be discussed. The method of the interpretation of the INS spectra will be described taking into account the theoretical model, the parameters of which are fitted to the experimental data. The examples will regard the following molecular crystals: p-N,N’-1,10-tetraacethyldiaminodurene (TADD) (Figs. 2 and 4), 2,3,5,6-tetramethylpyrazine with chloranilic acid (TMP·CLA) (Figs. 5, 6 and 7), 2,3,5,6- tetramethylpyrazine with bromanilic acid (TMP·BRA) (Figs. 5 and 6) and the crystal of 3,4,7,8-tetramethylphenantroline (Me4phen) and its complex with picric acid (Me4phen·PIC) (Figs. 8 and 9). In this paper we have shown that the surrounding of the methyl group and its interactions with the adjacent molecules has a stronger effect than the changes in the electronic charge density in the molecule.
    Źródło:
    Wiadomości Chemiczne; 2017, 71, 7-8; 533-557
    0043-5104
    2300-0295
    Pojawia się w:
    Wiadomości Chemiczne
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Nanopory : budowa, właściwości, modele, zastosowania
    Nanopores : structure, properties, models, app lications
    Autorzy:
    Stachiewicz, A.
    Molski, A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/171558.pdf
    Data publikacji:
    2013
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Tematy:
    nanopory
    prąd jonowy
    translokacja biopolimerów
    równanie Poissona-Boltzmanna
    równanie Poissona-Nernsta-Plancka
    dynamika molekularna
    nanopores
    ion current
    biopolymer translocation
    Poisson-Boltzmann
    equation
    Poisson-Nernst-Planck equation
    molecular dynamics
    Opis:
    Nanopores are small (1–100 nm diameter) holes/channels formed in biological membranes (Fig. 1) or fabricated in synthetic materials (Fig. 2). Permeation of ions and small molecules through nanopores is common in biological systems. The first experiments where nanopores were used as single-molecule sensors were performed in the 90s [1, 2]. The detection principle is based on a monitoring of an ionic current passing through a nanopore as an electric field is applied across the membrane. Electrically charged particles (e.g. DNA ) move in the electric field and block the ionic current as they pass through the nanopore. A sudden drop of the ionic current signals a single-molecule translocation event (Fig. 3–5). Nanopore sensors can give an information about the analyte: its size, structure and bonds stability. Today, a major topic of interest is the possibility of nanopore DNA sequencing. In this work we present an introduction to nanopore technology and to current research related to potential nanopore applications. First, we describe biological and synthetic nanopores: their structure and methods of fabrication. Next, different modes of nanopore experiments are presented. In the third section, we focus on theoretical models and simulations of nanopores. Finally, we present future perspectives for applications with particular reference to DNA sequencing.
    Źródło:
    Wiadomości Chemiczne; 2013, 67, 3-4; 277-302
    0043-5104
    2300-0295
    Pojawia się w:
    Wiadomości Chemiczne
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Badanie struktury i dynamiki N-terminalnych sekwencji dermorfiny i ich analogów z wykorzystaniem spektroskopii NMR w ciele stałym i rentgenografii
    Studies on the structure and dynamics of N-terminal sequences of dermorphin and their analogs by means of solid state NMR spectroscopy and XRD
    Autorzy:
    Trzeciak-Karlikowska, K.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/171648.pdf
    Data publikacji:
    2012
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Tematy:
    peptydy opioidowe
    oddziaływania CH-pi
    dynamika molekularna
    oddziaływanie peptyd–fosfolipid
    spektroskopia NMR
    1H Ultra Fast MAS NMR
    PISEMA MAS
    PILGRIM
    XRD
    opioid peptides
    CH-pi interactions
    molecular dynamics
    peptide–phospholipid interaction
    NMR spectroscopy
    Opis:
    Deltorphin I (Tyr-d-Ala-Phe-Asp-Val-Val-Gly-NH_2) and dermorphin (Tyr-d-Ala-Phe- -Gly-Tyr-Pro-Ser-NH_2) are natural opioid peptides that have been isolated from the skin of South American frogs [1]. The presence of d-amino acid is crucial for their biological activity. The synthetic analogs of given heptapeptides containing l-alanine are not analgesics [2]. Analysis of the influence of stereochemistry on molecular packing, dynamics and biological functions of neuropeptides is still important for receptor studies and practical applications (e.g. design of new selective pain killers). Presented research is focused on the structure and dynamics of two N-terminal sequences of dermorphin: tripeptide Tyr-d-Ala-Phe 1, tetrapeptide Tyr-D-Ala-Phe-Gly 2, and their analogs with l-alanine: Tyr-Ala-Phe 3 and Tyr-Ala-Phe-Gly 4, using solid state NMR and X-ray diffraction. This study clearly demonstrates that 1 and 2 crystallized under different conditions to form exclusively one structure [3, 4]. In contrast, tripeptide and tetrapeptide with l-Ala in the sequence very easily form different crystal modifications. Tyr-Ala-Phe 3 crystallizes into two forms: 3a and 3b [5], while Tyr-Ala-Phe-Gly 4 gives three modifications: 4a, 4b and 4c [4]. It seems that one of the factors, which can be important in the preorganization mechanism anticipating the formation of crystals, is the intramolecular CH-đ interaction between aromatic rings of tyrosine and/or phenylalanine and the methyl group of alanine. Such interaction is possible only for d-Ala residue. For l-Ala in the peptide sequence, the methyl group is aligned on the opposite side with respect at least to one of the aromatic groups. It can be further speculated that such internal CH-π contacts can also occur during the interaction of ligand–receptor, making the message sequence of opioid peptides more rigid and finally selective. By employing different NMR experiments (e.g. PISEMA MAS and PILGRIM) it was proven that the main skeleton of analyzed peptides is rigid, whereas significant differences in the molecular motion of the aromatic residues were observed [4, 6]. Solid state 2H NMR spectroscopy of samples with deuterium labeled aromatic rings: Tyrd4-d-Ala-Phe 5, Tyr-d-Ala-Phed5 6, Tyrd4-Ala-Phe 7, Tyr-Ala-Phe^d5 8 was used to analyze the geometry and time scale of the molecular motion. At ambient temperature, the tyrosine ring of sample 5 is rigid and in the sample 6 the phenylalanine ring undergoes a "π -flip". The tyrosine rings of form I of 7 and 8 are static, while the phenylalanine rings of form II of 7 and 8 undergo a fast regime exchange [6]. Variable temperature 2H measurements proved that the tyrosine and phenylalanine rings of two forms of compounds 7 and 8 became more mobile with increasing temperature. In contrast, the aromatic rings of samples 5 and 6 preserve their dynamics regime (static tyrosine and "π -flip" phenylalanine) in a large range of temperatures [6]. The analysis of 13C, 15N labeled tetrapeptide Tyr-D-Ala-Phe-Gly 2’-phospholipid membrane interactions suggests that peptide 2’ is aligned on the surface of the membrane (RFDR MAS) and the sandwich-like π -CH_3-π arrangement of the pharmacophore is preserved (DARR) [7].
    Źródło:
    Wiadomości Chemiczne; 2012, 66, 9-10; 867-891
    0043-5104
    2300-0295
    Pojawia się w:
    Wiadomości Chemiczne
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Właściwości wewnątrzcząsteczkowych wiązań wodorowych w wybranych N-tlenkach pochodnych chinoliny
    Intramolecular hydrogen bonds properties in selected N-oxides of quinoline derivatives
    Autorzy:
    Jezierska, Aneta
    Panek, Jarosław J.
    Błaziak, Kacper
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/171511.pdf
    Data publikacji:
    2019
    Wydawca:
    Polskie Towarzystwo Chemiczne
    Tematy:
    DFT
    teoria funkcjonału gęstości
    MP2
    metoda rachunku zaburzeń drugiego rzędu Møllera-Plesseta
    CPMD
    dynamika molekularna Cara-Parrinello
    wewnątrzcząsteczkowe wiązanie wodorowe
    N-tlenki pochodnych chinoliny
    density functional theory
    Møller-Plesset second order perturbation method
    Car-Parrinello molecular dynamics
    intramolecular HB
    N-oxides of quinoline derivatives
    Opis:
    In the current article we would like to summarize our research shedding light onto properties of intramolecular hydrogen bonds present in N-oxide quinoline derivatives. The compounds for the current study were chosen to contain diverse types of hydrogen bonds. Therefore, in the current study we analyze three kinds of hydrogen bonding and their properties. It is well known, that the presence of intramolecular hydrogen bonds stabilizes conformations of molecules. Substituent effects (inductive and steric) influence the strength of the H-bonding as well as its features. Moreover, the intramolecular hydrogen bond in the studied N-oxides belongs to the family of resonance assisted hydrogen bonds (RAHB). Our short overview presents the summary of results obtained for twelve N-oxides of quinoline derivatives. Quantum-chemical simulations were performed on the basis of static models (classical DFT and MP2 approaches) as well as ab initio molecular dynamics (Car-Parrinello MD). The metadynamics method was applied to reproduce the maps of free energy for the motion of the bridged proton. The computations were performed in the gas and in the crystalline phases. Electronic ground state is a natural framework in which chemical compounds exist most of the time. However, in many chemical species we observe a spontaneous internal reorganization of their chemical bonds and atoms e.g. proton transfer phenomenon and the appearance of tautomeric forms already in the ground state. Therefore, it was interesting to investigate some N-oxides in the excited electron state knowing that they exhibit excited- state-induced proton transfer (ESIPT effect). At the end of the article we draw some conclusions related to the intramolecular H-bond properties present in the discussed N-oxides of quinoline derivatives.
    Źródło:
    Wiadomości Chemiczne; 2019, 73, 1-2; 75-95
    0043-5104
    2300-0295
    Pojawia się w:
    Wiadomości Chemiczne
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
      Wyświetlanie 1-13 z 13

      Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies