- Tytuł:
-
Identyfication of the Common Carp (Cyprinus carpio) species using Real-Time PCR methods
Identyfikacja gatunku karp zwyczajny (Cyprinus carpio) przy użyciu Real-Time PCR - Autorzy:
-
Bajzik, P.
Golian, J.
Zidek, R.
Krall, M.
Walczycka, M.
Tkaczewska, J. - Powiązania:
- https://bibliotekanauki.pl/articles/1201224.pdf
- Data publikacji:
- 2012
- Wydawca:
- Polskie Towarzystwo Technologów Żywności
- Opis:
-
Before being put out onto the market many fish species sold around the world need to be processed, which may result in the subsequent removal of characteristics used for their classification (head, fins, internal organs). The biochemical characterization of fish species could be achieved using proteins or DNA sequences as species-specific markers. However, since different fish products undergo different processes, the method of analysis has to be chosen according to the modifications undergone by fish constituents during processing.
As DNA molecules are more resistant than proteins to various processes (including thermal treatment), DNA analysis appears to be a promising method for fish species identification. For the species identification of the Common Carp (Cyprinus carpio) among 15 different freshwater fish species a specific predesigned molecular - genetic marker of Common Carp (Cyprinus carpio) was used, which comes from the mtDNA control D - loop area. Next we analyzed the presence of mtDNA in DNA isolates of the 15 kinds of freshwater fish and compared them with the Common Carp markers by using the following two PCR identification methods. The isolates were diluted to 10 % concentration, using the TaqMan Real-Time PCR method and the SYBR® Green Real-Time PCR method.
The results of using the optimized the SYBR® Green Real-Time PCR method for species identification of the Common Carp (C. carpio) pointed to its suitability. We were able to create an analysis of the monitored standard curve which represented the PCR positive control (C. carpio), containing the characteristic melting peak (up to the melting point 80.72 °C). A single peak indicated a single product (C. carpio) which can be verified upon characterization of the PCR product by agarose gel electrophoresis.
The TaqMan Real-Time PCR method with a TaqMan probe is a very sensitive and reliable method of authentication used on food of animal origin. The suitability of this method, which we used for species identification of the Common Carp (C. carpio), was confirmed. Thanks to using this method, already in the 17th cycle of the PCR amplification procedure, the presence of the Common Carp gene (C. carpio) was detected in the positive control and not detected in the rest of the fish samples.
Przed wprowadzeniem do obrotu ryby są wstępnie przetwarzane, co może spowodować usunięcie tych części anatomicznych (tj. głowy, płetwy, organy wewnętrzne), na podstawie których identyfikuje się gatunek. Do identyfikacji ryb można wtedy zastosować charakterystykę biochemiczną, którą dla danego gatunku mogą być specyficzne białka lub sekwencja DNA – specyficzne markery danego gatunku ryb. Jednak ryby podlegają różnym procesom przetwórczym, w związku z czym musi być opracowana taka metoda ich biochemicznej identyfikacji, która byłaby zgodna ze zmianami składników tkanki ryb, zachodzącymi podczas tego przetwarzania. Cząsteczki DNA są stosunkowo odporne na czynniki przetwórcze (włącznie z obróbką termiczną), dlatego analiza sekwencji DNA może być przydatną metodą do identyfikacji gatunkowej ryb. W celu gatunkowej identyfikacji karpia zwyczajnego, spośród 15 innych gatunków ryb słodkowodnych, opracowano specyficzny molekularno-genetyczny marker karpia zwyczajnego, który pochodził z mDNA (z obszaru pętli kontrolnej D). Następnie analizowano izobaty mDNA z 15 różnych gatunków ryb słodkowodnych, porównując je do markera karpia za pomocą dwóch metod identyfikacji PCR. Izolaty były rozcieńczane do 10 % stężenia w obu stosowanych metodach oznaczeń tj. TaqMan Real-Time PCR i SYBR® Green Real-Time PCR. Na podstawie wyników badań karpia zwyczajnego (Cyprinus carpio), uzyskanych zoptymalizowaną metodą SYBR® Green Real-Time PCR, wykazano jej przydatność do identyfikacji gatunkowej. Monitorowano krzywą standardową topnienia PCR (z maksimum w temp. 80,72 °C) świadczącą o pozytywnej weryfikację Cyprinus carpio oraz krzywe topnienia pozostałych próbek ryb. Maksima topnienia poszczególnych (15) próbek ryb były następnie weryfikowane metodą elektroforezy żelowej na agarozie. Druga z zastosowanych metod TaqMan Real-Time PCR, z wykorzystaniem próbnika TaqMan, jest bardzo dokładną i wrażliwą metodą identyfikacji (potwierdzania autentyczności) karpia zwyczajnego (Cyprinus carpio). Dzięki zastosowanie metody amplifikacji już w 17. cyklu potwierdzono obecność, poprzez PCR, genu Cyprinus carpio w próbce kontrolnej i brak obecności tego genu w pozostałych próbkach ryb. - Źródło:
-
Żywność Nauka Technologia Jakość; 2012, 19, 5
1425-6959 - Pojawia się w:
- Żywność Nauka Technologia Jakość
- Dostawca treści:
- Biblioteka Nauki
Artykuł