- Tytuł:
-
Przydatność wybranych miar podobieństwa dla danych binarnych do analiz wielocechowych w badaniach molekularnych
The application of chosen similarity measures for binary data in multivariate analysis in molecular experiments - Autorzy:
-
Mańkowski, Dariusz R.
Laudański, Zbigniew
Janaszek, Monika - Powiązania:
- https://bibliotekanauki.pl/articles/2198079.pdf
- Data publikacji:
- 2011-12-29
- Wydawca:
- Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
- Tematy:
-
dane binarne
analizy molekularne
miary podobieństwa
PCoA
analiza skupień
marchew jadalna
binary data
molecular analysis
similarity measures
cluster analysis
carrot - Opis:
-
W pracy przedstawiono możliwości wykorzystania ośmiu miar podobieństwa genetycznego w analizie danych binarnych, będących matematycznym obrazem żeli elektroforetycznych uzyskiwanych w badaniach molekularnych. Scharakteryzowano miary zgodności (Gowera), Jaccarda, Nei’a i Li (Dice’a), Hamanna, Ochiai, współczynnik Y Yule’a, współczynnik Q Yule’a oraz zero-jedynkowy odpowiednik współczynnika korelacji Pearsona (phi 4-point correlation). Na przykładzie analizy porównawczej 14 odmian marchwi jadalnej (Daucus carota L.) przedstawiono wykorzystanie tych miar w analizach wielocechowych — analizie skupień metodą UPGMA oraz analizie głównych współrzędnych PCoA. Przedstawiono i omówiono wyniki przeprowadzonych analiz oraz opisano różnice pomiędzy nimi. Porównano istniejące w literaturze miary podobieństwa dla danych molekularnych pod względem zgodności wyników uzyskiwanych z analiz statystycznych.
The article presents the possibility of using eight measures of genetic similarity in analysis of binary data which are a mathematical image of the electrophoresis gels obtained in molecular studies. We characterized similarity measures: simple matching (Gower), Jaccard, Nei and Li (Dice), Hamann, Ochiai, Yule Y coefficient, Yule Q coefficient and zero-one equivalent of the Pearson correlation coefficient (phi 4-point correlation). Then, the example of a comparative analysis of 14 varieties of carrots (Daucus carota L.) presents the use of these measures in a multivariate analysis — UPGMA cluster analysis and principal coordinates analysis PCoA. The results of the analysis and the differences between them were presented and discussed. The similarity measures for the molecular data existing in the literature were compared in terms of results compliance obtained from statistical analyses. - Źródło:
-
Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin; 2011, 262; 155-173
0373-7837
2657-8913 - Pojawia się w:
- Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
- Dostawca treści:
- Biblioteka Nauki
Artykuł