- Tytuł:
- Method for mass spectrometry spectrum deisotoping based on fuzzy inference systems
- Autorzy:
-
Glodek, Anna
Polańska, Joanna - Powiązania:
- https://bibliotekanauki.pl/articles/747419.pdf
- Data publikacji:
- 2018
- Wydawca:
- Polskie Towarzystwo Matematyczne
- Tematy:
-
fuzzy logic, fuzzy inference systems, deisotoping, mass spectrometry, algorithms, proteomics, applied mathematics
fuzzy logic, fuzzy inference systems, deisotoping, mass spectrometry, algorithms, MALDI ToF - Opis:
-
Celem niniejszego artykułu jest omówienie zaproponowanego algorytmu do identyfikacji obwiedni izotopowych, opartego na teorii systemów rozmytych. Obecnie proteomika jest ściśle powiązana z chorobami nowotworowymi. Dlatego też bardzo ważne jest precyzyjne zidentyfikowanie białek znajdujących się w obszarze raka; stosowana jest w tym celu spektrometria masowa. Jedną z technik spektrometrii masowej jest MALDI. Otrzymane dane będące widmem masowym składają się ze stosunku masy do ładunku jonów oraz intensywnosci pików. W celu przetworzenia danych, usunięcia szumu, linii bazowej etc. stosuje się przetwarzanie wstępne. Identyfikacja obwiedni izotopowych jest częścią procesu przetwarzania wstępnego w proteomice. Polega ona na identyfikacji izotopów wchodzących w skład obwiedni izotopowej, a także pozwala na zredukowanie wymiaru danych. Istnieje wiele algorytmów do identyfikacji obwiedni izotopowej, jednak każdy z nich dedykowany jest dla innego rodzaju techniki spektrometrii masowej (MALDI, LC-MS, ESI, etc.) bądź dla konkretnego rodzaju cząsteczek. Dlatego też zaproponowany algorytm został oparty na teorii systemów rozmytych, a reguły wnioskowania zostały oparte na wieloletnich doświadczeniach eksperta w dziedzinie spektrometrii masowej. Przetestowany był on na danych uzyskanych z Instytutu Onkologii im. Marii Skłodowskiej-Curie w Gliwicach, pochodzących z badań nad rakiem głowy i szyi dla losowo wybranej grupy peptydów i lipidów. Wyniki autorskiego algorytmu do identyfikacji obwiedni izotopowych porównano z jedną z istniejących metod do identyfikacji obwiedni izotopowych.
Nowadays, mass spectrometry is widely used in proteomics for confident and precise identification of the protein. One of the most important steps in the signal analysis is deisotoping because some peaks in the spectrum are not the unique compound, but there are members of an isotopic envelope. Although the mass spectrometry is present in proteomics for a long time already, the problem of isotope peaks identification is not solved yet. The existing algorithms, usually designed for the particular type of spectrometer, are semi-supervised and do not give satisfactory results. We propose a new algorithm based on fuzzy inference systems that can accurately identify the isotopic envelopes in the spectrum of the complex structure. - Źródło:
-
Mathematica Applicanda; 2018, 46, 1
1730-2668
2299-4009 - Pojawia się w:
- Mathematica Applicanda
- Dostawca treści:
- Biblioteka Nauki
Artykuł