Temat: viroid - Katalog OPAC zbiorów

Skocz do pozycji: 1.

Tytuł:: Incidence of viruses and viroids in Polish hop gardens
Autorzy:: Przybyś, Marcin
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/2148083.pdf
Data publikacji:: 2020-12-30
Wydawca:: Instytut Uprawy Nawożenia i Gleboznawstwa – Państwowy Instytut Badawczy
Tematy:: virus
viroid
hop
HpLV
HSVd
Opis:: Viruses and viroids cause losses in hop production and are very difficult to eliminate, they spread easily and infected plants become a source of infection for other plants in the hop garden. Hop infected with viruses or viroids usually do not show any symptoms of disease, which makes it difficult to identify in-fected plants and prevents their elimination from the plantation. Monitoring is of utmost importance to detect and eradicate at an early stage first sources of infection with pathogens that have po-tentially catastrophic impacts on hop production. The aim of the study was determine the incidence of Hop latent virus (HpLV), Arabis mosaic virus (ArMV), Hop stunt viroid (HSVd), Apple fruit crinkle viroid (AFCVd) and Citrus bark cracking viroid(CBCVd) in Polish hop gardens. Hop leaves from commercial hop gardens and a propagation facility were tested by RT-PCR. On the basis of the obtained results, HpLV was found to occur in a few hop gardens in all regions of hop cultivation in Poland. HSVd was found in one hop garden and ArMV, AFCVd and CBCVd were not found in any of the tested samples. The results provided knowledge about these pathogens and will be useful in effective management of the risk of these dangerous diseases.
Źródło:: Polish Journal of Agronomy; 2020, 43; 76-82
2081-2787
Pojawia się w:: Polish Journal of Agronomy
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 2.

Tytuł:: The use reverse transcription and polymerase chain reaction [RT-PCR] for the detection of hop latent viroid [HLVd]
Autorzy:: Cajza, M
Wypijewski, K.
Pospieszny, H.
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/65773.pdf
Data publikacji:: 1997
Wydawca:: Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:: hop latent viroid
reverse transcription
viroid
hop
plant pathogen
polymerase chain reaction
detection
DNA amplification
Opis:: The simple method of nucleic acids extraction, based on guanidine thiocyanate extraction buffer, was sufficient for obtaining a good templates for RT-PCR. The RT-PCR reactions were performer from the start to the end (both the reverse transcription and the HLVd-cDNA amplification) in the same reaction mixture and in the very small volume of reaction (10 μI). Both pairs of primers designed by authors were good for reverse transcription and later for amplification of the HLVd-cDNA. The presence of gelatin as a stabilizer of DNA polymerase was indispensable for successful performance of RT-PCR.
Wiroidy, najmniejsze obecnie znane patogeny roślin, zbudowane z pojedynczej nici kolistego RNA, nie zawierające w swej budowie i nie kodujące żadnych białek, są groźnymi patogenami roślin wyższych, rozpowszechnionymi we wszystkich rejonach świata, szczególnie w uprawach roślin rozmnażanych wegetatywnie. Wiroid latentny chmielu (ang. hop latent viroid - HLVd) został wykryty dopiero w 1988 roku w chmielu. Do tej pory odnotowano go w rejonach uprawy chmielu na całym świecie. Chmiel, jedyny znany żywiciel tego patogena, ulega tylko infekcjom utajonym (latentnym). HLVd powoduje zarówno spadek masy plonu szyszek jak i zawartości alfa-kwasów w szyszkach. Bezobjawowe infekcje oraz brak białek strukturalnych i innych produktów translacji powodują, że obecnie patogena tego można wykrywać tylko przy pomocy elektroforezy (metoda bardzo zawodna, wymagająca wysokiego stężenia RNA patogena w tkance), sond hybrydyzacyjnych i rozwijanej w ostatnich latach metody RT-PCR. Podczas opracowywania RT-PCR do wykrywania HLVd w ekstraktach kwasów nukleinowych wykorzystywano dwie pary primerów specyficznych dla sekwencji nukleotydowej HLVd, charakteryzujących się różnymi temperaturami topnienia produktu. Wiroida wykrywano w ekstraktach kwasów nukleinowych z blaszek liściowych i z ogonków liściowych chmielu. Uproszczona metoda guanidynowa do izolacji totalnych kwasów nukleinowych okazała się wystarczająca do przeprowadzenia reakcji RT-PCR. Opracowana metoda charakteryzowała się bardzo dużą czułością, specyficznością (produkty amplifikacji cDNA-HLVd uzyskiwano tylko z próbek materiału roślinnego pochodzącego z roślin zawierających tego wiroida) i szybkością wykonania (dwa dni łącznie z ekstrakcją kwasów nukleinowych). Ponadto w zastosowanej metodzie opracowano warunki do przeprowadzenia zarówno odwrotnej transkrypcji i następnie amplifikacji powstałego cDNA wiroida w jednej probówce, w tej samej mieszaninie reakcyjnej . Oprócz tego wszystkie reakcje RT-PCR prowadzono w bardzo małej objętości równej 10 μl (2 μl zawiesiny kwasów nukleinowych i 8 μl mieszaniny reakcji RT-PCR). Maksymalne uproszczenie metody, wielokrotne obniżenie kosztów reakcji oraz charakterystyczna dla RT-PCR czułość, specyficzność i szybkość przeprowadzenia testu sprawiają, że może być ona wykorzystywana do rutynowego wykrywania nie tylko HLVd ale również innych wiroidów, wirusoidów i wirusów RNA.
Źródło:: Journal of Plant Protection Research; 1997, 37, 1-2
1427-4345
Pojawia się w:: Journal of Plant Protection Research
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 3.

Tytuł:: Co-inoculation with two non-infectious cDNA copies of potato spindle tuber viroid (PSTVd) leads to the appearance of novel fully infectious variants.
Autorzy:: Podstolski, Wojciech
Góra-Sochacka, Anna
Zagórski, Włodzimierz
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1041466.pdf
Data publikacji:: 2005
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:: non-coding RNA
viroid
circular RNA
PSTVd
recombination
Opis:: Potato spindle tuber viroid (PSTVd) is one of the smallest (about 360 nt) infectious plant agents. It is composed of a single-stranded circular non-coding RNA molecule. In the course of previous passage experiments with two intermediate PSTVd variants I2 and I4, three non-infectious clones (I2-50, I4-37 and I4 VI-17) were found. When inoculated separately as cDNAs on tomato "Rutgers" test plants these variants did not induce any visible disease symptoms and did not produce progeny. The presence of such non-infectious variants raises several questions about their origin and biology and to answer them, mixed co-infections with cDNA copies of two non-infectious variants (I2-50, I4-37) were performed. PSTVd infection was observed in seven out of 30 inoculated plants. The progeny isolated from three separate plants contained novel variants, together with the parental I2 and I4 sequences. It is conceivable that the appearance of repaired PSTVd molecules, clearly capable of cell-to-cell movement leading to the systemic infection, results from recombination events. An analysis of the recombinant molecules and comparison with databases identified the specific sites responsible for the restricted infectivity of the I2-50 and I4-37 PSTVd variants. In parallel experiments in which (+) strand PSTVd infectious transcripts were used, no recombinants were observed, and the original I2-50 and I4-37 non-infectious sequences were not detected in the progeny.
Źródło:: Acta Biochimica Polonica; 2005, 52, 1; 87-98
0001-527X
Pojawia się w:: Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Skocz do pozycji: 4.

Tytuł:: Viroids: unusual small pathogenic RNAs.
Autorzy:: Góra-Sochacka, Anna
Powiązania:: https://bibliotekanauki.pl/articles/1041535.pdf
Data publikacji:: 2004
Wydawca:: Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:: central conserved region
viroid
Avsunviroidae family
Pospiviroidae family
hammerhead ribozyme
rod-like structure
Opis:: Viroids are small (about 300 nucleotides), single-stranded, circular, non-encapsidated pathogenic RNA molecules. They do not code for proteins and thus depend on plant host enzymes for their replication and other functions. They induce plant diseases by direct interaction with host factors but the mechanism of pathogenicity is still unknown. They can alter the expression of selected plant genes important for growth and development. Viroids belong to two families, the Avsunviroidae and the Pospiviroidae. Viroids of the Avsunviroidae family adopt a branched or quasi rod-like secondary structure in their native state. Members of the Pospiviroidae family adopt a rod-like secondary structure. In such native structures five structural/functional domains have been identified: central (C), pathogenicity, variable and two terminal domains. The central conserved region (CCR) within the C domain characterizes viroids of the Pospiviroidae. Specific secondary structures of this region play an important role in viroid replication and processing. Viroids of the Avsunviroidae family lack a CCR but possess self-cleaving properties by forming hammerhead ribozyme structures; they accumulate and replicate in chloroplasts, whereas members of the Pospiviroidae family have a nuclear localization. Viroid replication occurs via a rolling circle mechanism using either a symmetric or asymmetric pathway in three steps, RNA transcription, processing and ligation.
Źródło:: Acta Biochimica Polonica; 2004, 51, 3; 587-607
0001-527X
Pojawia się w:: Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:: Biblioteka Nauki

Artykuł

Zmień widok

na półce

Informacja

Wyszukujesz frazę "viroid" wg kryterium: Temat

Źródło danych

Dostawca treści

Kolekcja

Rok wydania

Wydawca

Temat

Autor

Typ dokumentu

Język