Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Wyszukujesz frazę "molecular dynamics" wg kryterium: Temat


Tytuł:
Preliminary studies of interaction between nanotubes and toll-like receptors
Autorzy:
Mozolewska, M. A.
Krupa, P.
Rasulev, B.
Liwo, A.
Leszczyński, J.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1935817.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Politechnika Gdańska
Tematy:
CNTs
toll-like receptors
molecular dynamics
receptory toll-like
dynamika molekularna
Opis:
Toll-like receptors ( TLR s) are a group of proteins which play a crucial role in the innate immune system. The main function of TLR s is to recognize structurally conserved molecules, which are inserted to the organism of the host by microbes, and then to activate the immune response. Current development of drugs is often connected not only with the drug itself, but also with the way it is delivered into the human body to interact direc tly with the source of the problem. Carbon nanostructures, particularly nanotubes, are one of the car rier molecules of the future. However, there is still no knowledge about the exact mechani sms of toxicity and possible interactions with macromolecules, such as proteins. In our study we tr ied to determine, if the nanotubes could interfere with the innate immune system by interac ting with TLR s. For this purpose, we used the following TLR structures downloaded from the RCSB Protein Data Bank: TLR 2 (3 A 7 C ), TLR 4/ MD (3 FXI ), TLR 5 (3 V 47), TLR 3 (2 A 0 Z ), and the complexes of TLR 1/ TLR 2 (2 Z 7 X ) and TLR 2/ TLR 6 (3 A 79). The preliminary results of our Steered Molecular Dynamics ( SMD ) simulations have shown that nanotubes interact very strongly with the binding pockets of some receptors ( e.g. TLR 2), which results in their binding to these sites without subst antial use of the external force.
Źródło:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 2014, 18, 4; 351--355
1428-6394
Pojawia się w:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Towards mechanisms of nanotoxicity - interaction of gold nanoparticles with proteins and DNA
Autorzy:
Krupa, P.
Mozolewska, M. A.
Rasulev, B.
Czaplewski, C.
Leszczyński, J.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1935819.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Politechnika Gdańska
Tematy:
gold nanoparticles
proteins
DNA
molecular dynamics
nanocząstki złota
białka
dynamika molekularna
Opis:
Even though most of the existing studies of gold nanoparticles indicate that they are safe to use, some researchers show that specific forms of nanoparticles (e.g. nanorods) are able to destroy the cell membrane and very small nanoparticles (below 37nm in diameter) in high concentration have been deadly for mice. We used the Amber12 package to perform a series of molecular dynamics (MD) simulations of gold nanoparticles with various small proteins important for the human body and a DNA molecule to determine the interactions and consequently the possible toxicity of gold clusters. Lennard-Jones interactions were used to simulate the behavior of gold nanoparticles with biomacromolecules in water with an optimal set of parameters (selected based on a comparison of MD structures and structures computed by DFT). Gold nanoparticle structures were obtained as a result of MD simulations from an initial structure, where gold atoms were at a distance of 10 ̊ A from one another. A predicted BDNA structure of a palindromic sequence‘ CGCATGAGTACGC ’ and a 2 JYK molecule were used as representatives of the DNA molecule. The preliminary results show that, in particular small gold nanoparticles, interact strongly with proteins and DNA by creating stable complexes, which can then cause harmful reactions to the human body when present in high concentration.
Źródło:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 2014, 18, 4; 337--341
1428-6394
Pojawia się w:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Molecular dynamics simulations of thermal conductivity of penta-graphene
Autorzy:
Muna, Isyna
Winczewski, Szymon
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1954605.pdf
Data publikacji:
2020
Wydawca:
Politechnika Gdańska
Tematy:
penta-graphene
thermal conductivity
molecular dynamics
grafen
przewodnictwo cieplne
dynamika molekularna
Opis:
The thermal conductivity of penta-graphene (PG), a new two dimensional carbon allotrope and its dependence on temperature, strain, and direction are studied in this paper. The thermal conductivity of PG is investigated using a non-equilibrium molecular dynamics simulation (NEMD) with the Two Region Method by applying the optimized Tersoff interatomic potential. Our study shows that the thermal conductivity of PG (determined for the [100] direction) at the room temperature of 300 K is about 18.7 W/(m K), which is much lower than the thermal conductivity of graphene. As the temperature increases, the thermal conductivity of PG is decreasing because, unlike graphene, PG has lower phonon group velocities and few collective phonon excitations. The obtained dependence of the thermal conductivity on the temperature can be described as κ ∼ T −0.32. For the [110] direction the thermal conductivity at the room temperature of 300 K is very similar: about 17.8 W/(m K). In this case, the temperature dependence follows the κ ∼ T −0.3 relation. Our investigations reveal that the thermal conductivity of PG is isotropic, meaning that heat transport behavior is independent of the heat flow direction. Our results indicate that the thermal conductivity of PG depends in an interesting way on the applied strain: nonmonotonic up-and-down behavior is observed. The thermal conductivity increases between strains from 0% up to 12.5%, and it decreases above a strain of 12.5%. Our investigation highlights the fascinating thermal transport properties of penta-graphene. The ultra-low thermal conductivity, the decreasing thermal conductivity with the increasing temperature, and the ultra-high mechanical strength of PG show that PG possesses a great potential in thermoelectric and nanomechanics applications. We hope that these findings, made by means of simulations, will become a bridge to inspire and encourage the experimental works, especially in the synthesis of PG.
Źródło:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 2020, 24, 3; 191-220
1428-6394
Pojawia się w:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Nanovortex evolution in entrance part of the 2D open type long nanocavity
Autorzy:
Kordos, A.
Kucaba-Piętal, A.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/200327.pdf
Data publikacji:
2018
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
nanofluidics
molecular dynamics
nanocavity
nanovortices
nanodevices
dynamika molekularna
nanowgłębienia
nanowiry
nanourządzenia
Opis:
Non-equilibrium molecular dynamics method (NEMD) is applied to investigate a formation process of water nanovortex in 7 nm wide nanocavity (aspect ratio of which was equal to 3.6). The flow in the nanocavity was induced by Poiseuille 2D water nanoflow in a main nanochannel, to which the nanocavity is situated perpendicularly. The wall of main channel and the nanocavity is made from quartz. Flow is induced by applying constant force to molecules inside the main channel. Based on NEMD simulation data, the sequence of images representing water velocity vector fields was obtained at constant time intervals equal to 1 ns, which shows vortex formation mechanism. Flow field images analysis indicates that the shape and centre position of the nanovortex vary slightly each nanosecond, nevertheless, the structure remains stable in the flow field at the entrance to the nanocavity.
Źródło:
Bulletin of the Polish Academy of Sciences. Technical Sciences; 2018, 66, 2; 119-125
0239-7528
Pojawia się w:
Bulletin of the Polish Academy of Sciences. Technical Sciences
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Application of the neural networks for developing new parametrization of the Tersoff potential for carbon
Autorzy:
Nwachukwu, Anthony Chukwuemeka
Winczewski, Szymon
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1954600.pdf
Data publikacji:
2020
Wydawca:
Politechnika Gdańska
Tematy:
penta-graphene
mechanical properties
molecular dynamics
penta-grafen
właściwości mechaniczne
dynamika molekularna
Opis:
Penta-graphene (PG) is a 2D carbon allotrope composed of a layer of pentagons having sp2- and sp3- bonded carbon atoms. A study carried out in 2018 has shown that the parameterization of the Tersoff potential proposed in 2005 by Ehrhart and Able (T05 potential) performs better than other potentials available for carbon, being able to reproduce structural and mechanical properties of the PG. In this work, we tried to improve the T05 potential by searching for its parameters giving a better reproduction of the structural and mechanical properties of the PG known from the ab initio calculations. We did this using Molecular Statics (MS) simulations and Neural Network (NN). Our test set consisted of the following structural properties: the lattice parameter a; the interlayer spacing h; two lengths of C-C bonds, d1 and d2 respectively; two valence angles, θ1 and θ2, respectively. We also examined the mechanical properties by calculating three elastic constants, C11, C12 and C66, and two elastic moduli, the Young’s modulus E and the Poisson’s ratio v. We used MS technique to compute the structural and mechanical properties of PG at T =0 K. The Neural Network used is composed of 2 hidden layers, with 20 and 10 nodes for the first and second layer, respectively. We used an Adams optimizer for the NN optimization and the Mean Squared Error as the loss function. We obtained inputs (about 80 000 different sets of potential parameters) for the Molecular Statics simulation by using randomly generated numbers. The outputs from these simulations became the inputs to our Neural Network. The Molecular Statics simulations were done with LAMMPS while the Neural Network and other computations were done with Python, Pytorch, Numpy, Pandas, GNUPLOT and Bash scripts. We obtained a parameterization which has a slightly better accuracy (lower relative errors of the calculated structural and mechanical properties) than the original parameterization.
Źródło:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 2020, 24, 4; 299-333
1428-6394
Pojawia się w:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Computational insights into the self-assembly of phenylalanine-based molecules
Autorzy:
German, H. W.
Bhavaraju, M.
Uyaver, S.
Hansmann, U. H. E.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1935816.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Politechnika Gdańska
Tematy:
phenylalanine
diphenylalanine
self-assembly
molecular dynamics
fenyloalanina
difenyloalanina
samodzielny montaż
dynamika molekularna
Opis:
In a recent paper “Self-Assembly of Phenylalanine-Based Molecules”, we have studied the formation and stability of phenylalanine and diphenylalanine constructs. In the case of diphenylalanine we observe nanotubes, however, phenylalanine molecules aggregate in layers of four, not six, molecules. In the preset paper, we extend this previous work and compare the energetics of all experimentally observed structures, simulated structures, and designed structures, by way of single point Density Functional Theory ( DFT) calculations. We take a detailed look at water content, pore size and dipole moments inside our phenylalaninecontaining tubes and analyze stabilizing factors in the nanostructures.
Źródło:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk; 2014, 18, 4; 357--363
1428-6394
Pojawia się w:
TASK Quarterly. Scientific Bulletin of Academic Computer Centre in Gdansk
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Molecular modelling techniques in environmental research
Autorzy:
Urniaż, R. D.
Rutkowska, E.
Jastrzębski, J. P.
Książek, P.
Rudnicka, K.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/363208.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
Tematy:
molecular dynamics
molecular modeling
pharmacokinetics
pharmacophore modeling
QSAR
dynamika molekularna
modelowanie molekularne
farmakokinetyka
modelowanie farmakoforowe
Opis:
Over the last few decades significant increase in computational methods (in silico) was annotated. Novel methods have been developed and applied for hypothesis improvement and testing in regions of industrial, pharmaceutical and environmental research. The term in silico methods include variety of approaches. Considerable attention has been attracted to databases, data analysis tools, quantitative structure-activity relationships (QSAR), pharmacophore models, molecular docking and dynamics, pharmacokinetics and other molecular modelling techniques. In silico methods are often accompanied by experimental data, both to create the model and to test it. Such models are frequently used in the discovery and optimization of novel molecules with expected affinity to a target, the estimation of absorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity properties as well as physicochemical characterization. The review summarizes briefly the applications of most common molecular modelling techniques and evaluates their application in environmental research. Additionally, this study considers computer aided methods as potential and complex tools that may serve as valuable partnership with wet-lab experiments and may provide a rational aid to minimize the cost and time of research.
Źródło:
Environmental Biotechnology; 2013, 9, 2; 39-51
1734-4964
Pojawia się w:
Environmental Biotechnology
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Nitrosubstituted analogs of isoxazolines and isoxazolidines: a surprising estimation of their biological activity via molecular docking
Autorzy:
Zawadzińska, Karolina
Gostyński, Bartłomiej
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/35126576.pdf
Data publikacji:
2023
Wydawca:
Radomskie Towarzystwo Naukowe
Tematy:
isoxazolines
isoxazolidines
molecular docking
molecular dynamics
biological activity
izoksazoliny
izoksazolidyny
dokowanie molekularne
dynamika molekularna
aktywność biologiczna
Opis:
The biological activities in the field of antimicrobial application of trihalomethylated isoxazolines and isoxazolidines were investigated by means of molecular docking. In our work, we compared these two groups of heterocyclic compounds due to their strength of non-covalent binding affinity with several exemplary proteins that are known to partake in various biological processes. The obtained results show that the investigated compounds possess higher binding affinities to selected proteins than many hitherto known and applied compounds.
Źródło:
Scientiae Radices; 2023, 2, 1; 25-46
2956-4808
Pojawia się w:
Scientiae Radices
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Temperature effect on properties of β-galactosidase entrapped in alginate matrix: an experimental research supported by molecular modeling
Wpływ temperatury na właściwości β-galaktozyadazy inkludowanej w matrycy alginianowej: badania eksperymentalne wspomagane molekularnym modelowaniem
Autorzy:
Labus, K.
Radosiński, Ł.
Kuchta, B.
Trusek-Hołownia, A.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2073108.pdf
Data publikacji:
2015
Wydawca:
Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Mechaników Polskich
Tematy:
β-galactosidase
alginate
immobilization
temperature
molecular dynamics
β-galaktozydaza
alginian
immobilizacja
temperatura
dynamika molekularna
Opis:
The current study was separated into two parts: experimental study of temperature impact on activity and stability of immobilized β-galactosidase and preliminary modeling of changes generated in alginate-Ca2+ matrix with respect to temperature using molecular dynamics approach. On the basis of obtained results it can be stated that combination of experimental research and computer simulations on molecular level provides an additional insight greatly enhancing capabilities to control and optimize the process using immobilized biocatalyst.
Badania składały się z dwu części: eksperymentalnego wyznaczenia wpływu temperatury na właściwości immobilizowanej β-galaktozydazy oraz wstępnego modelowania dynamiki zmian w strukturze matrycy alginian-Ca2+ w zależności od temperatury na poziomie molekularnym. Na podstawie uzyskanych wyników można stwierdzić, że takie połączenie badań eksperymentalnych z symulacjami komputerowymi na poziomie cząsteczkowym pozwala na uzyskanie bardziej szczegółowej wiedzy na temat dynamiki układu, co w konsekwencji stwarza możliwość lepszej kontroli i optymalizacji procesu prowadzonego z wykorzystaniem immobilizowanego enzymu.
Źródło:
Inżynieria i Aparatura Chemiczna; 2015, 3; 98--100
0368-0827
Pojawia się w:
Inżynieria i Aparatura Chemiczna
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Wpływ benzo[a]pirenu na własności fosfolipidów surfaktantu płucnego: modelowa analiza toksyczności spalin silników Diesla
Influence of benzo[a]pyrene on properties of the lung surfactant phospholipids: model analysis of diesel exhaust gases toxicity
Autorzy:
Sosnowski, T.
Koliński, M.
Gradoń, L.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2070891.pdf
Data publikacji:
2010
Wydawca:
Stowarzyszenie Inżynierów i Techników Mechaników Polskich
Tematy:
spaliny Diesla
toksyczność
surfaktant płucny
dynamika molekularna
diesel exhaust gases
toxicity
lung surfactant
molecular dynamics
Opis:
Doświadczalnie (waga Langmuird) i teoretycznie (dynamika molekularna) badano oddziaływania fizykochemiczne między benzo[a]pirenem (BAP) i głównym składnikiem surfaktantu płucnego, DPPC. Odnotowano zmiany dynamicznego napięcia powierzchniowego i ściśliwości filmu DPPC na powierzchni woda - powietrze, które wyjaśniono w oparciu o mechanizm wbudowywania się molekuł BAP w monowarstwę DPPC. Przyjmując, że podobne zjawiska przebiegają w naturalnym układzie surfaktantu płucnego, wyniki sugerują jedną z możliwych przyczyn toksyczności spalin silników Diesla.
Physicochemical interactions between benzo[a]pyrene (BAP) and a basic constituent of lung surfactant, DPPC, were studied experimentally (Lang-muir balance) and theoretically (molecular dynamic approach). Changes in dynamic surface tension and compressibility of DPPC film at air - water interface were observed and explained by the incorporation of BAP molecules into DPPC monolayer. Similar phenomena can be of importance during oscillations of lung surface during breathing, so the results suggest a potential mechanism of health effects from diesel exhaust gases inhalation.
Źródło:
Inżynieria i Aparatura Chemiczna; 2010, 2; 115-116
0368-0827
Pojawia się w:
Inżynieria i Aparatura Chemiczna
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Dyskretne metody symulacji zjawisk przepływowych w gazach i cieczach
Discrete Methods of Simulation of Flow Phenomena in Gases and Liquids
Autorzy:
Wolszakiewicz, T.
Walenta, Z. A.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/403663.pdf
Data publikacji:
2013
Wydawca:
Wojskowa Akademia Techniczna im. Jarosława Dąbrowskiego
Tematy:
metody numeryczne
Bezpośrednia Symulacja Monte Carlo
dynamika molekularna
simulation methods
direct simulation Monte Carlo
molecular dynamics
Opis:
W pracy rozpatrzone zostały dwie metody numerycznej symulacji zjawisk przepływowych w ośrodkach gazowych i ciekłych, oparte na molekularnym opisie ośrodka: metoda Bezpośredniej Symulacji Monte Carlo oraz metoda Dynamiki Molekularnej. Metody te pozwalają na modelowanie w sposób bezpośredni przebiegu reakcji chemicznych, oddziaływania ośrodka ze ściankami ich zaletą jest także względna łatwość dostosowania się do skomplikowanej geometrii. Wadą są długie czasy obliczeń, co jednak może być przezwyciężone przez wykorzystanie coraz powszechniej dostępnych komputerów o dużej szybkości obliczeń.
The paper presents two methods of simulation of flow phenomena in gases and liquids based on molecular description of the medium: the Direct Simulation Monte Carlo method and the Molecular Dynamics method. These methods offer the possibility of direct modelling of chemical reactions and interactions of the medium with solid walls. Apart from that they have the advantage of relatively easy adaptation to complex geometries. Their main disadvantage is the long computing time, which, however, may be overcome with the use of the modern, fast computers presently available.
Źródło:
Problemy Mechatroniki : uzbrojenie, lotnictwo, inżynieria bezpieczeństwa; 2013, 4, 4 (14); 67-76
2081-5891
Pojawia się w:
Problemy Mechatroniki : uzbrojenie, lotnictwo, inżynieria bezpieczeństwa
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Grain Boundary Relaxation in Bi-Crystals: Mechanical Spectroscopy and Molecular Dynamics Simulations
Relaksacja granic ziaren w bikryształach: spektroskopia mechaniczna i symulacje metodą dynamiki molekularnej
Autorzy:
Maier, A.-K.
Mari, D.
Tkalcec, I.
Schaller, R.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/353074.pdf
Data publikacji:
2015
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
internal friction grain boundaries
gold alloys
molecular dynamics
granice wewnętrzne tarcia ziarna
stop złota
dynamika molekularna
Opis:
Different Au-Ag-Cu samples have been studied by mechanical spectroscopy. Both polycrystals and bi-crystals show a relaxation peak at 800 K, accompanied by an elastic modulus change. Since this peak is absent in single crystals it is related to the presence of grain boundaries. Molecular dynamics simulations reveal two microscopic mechanisms, when a shear stress is applied onto a Σ5 grain boundary: at 700 K, the boundary migrates perpendicularly to the boundary plane under an external stress. At 1000 K, only sliding at the boundary is observed. These two mechanisms acting in different temperature intervals are used to model the mechanic response of a polycrystal under an applied stress. The models yield expressions for the relaxation strength Δ and for the relaxation time τ as a function of the grain size. A comparison with the mechanical spectroscopy measurements of polycrystals and the bi-crystals show that the grain boundary sliding model reproduces correctly the characteristics of the grain boundary peak.
Różne próbki ze stopów Au-Ag-Cu badano metodą spektroskopii mechanicznej. Zarówno w polikryształach, jak i bikryształach występuje pik relaksacyjny w temperaturze 800 K, któremu towarzyszy zmiana modułu sprężystości. Ponieważ pik ten nie występuje w monokryształach to jego występowanie wiązane jest z obecnością granic ziaren. Symulacje dynamiki molekularnej ujawniają dwa mikroskopowe mechanizmy, gdy naprężenie ścinające jest przyłożone do granicy ziarna Σ5: w temperaturze 700 K, granica przemieszcza się prostopadle do płaszczyzny granicznej pod wpływem zewnętrznego naprężenia. W 1000 K, obserwuje się tylko poślizg po granicy. Te dwa mechanizmy działające w różnych zakresach temperatur są używane do modelowania mechanicznej reakcji polikryształu na przyłożone naprężenie. Modele podają wyrażenie na stopień relaksacji Δ i czas relaksacji τ w funkcji wielkości ziaren. Porównanie z wynikami badań polikryształów i bikryształów uzyskanych metodą spektroskopii mechanicznej pokazuje, że model poślizgu granicy ziarna poprawnie odtwarza charakterystykę piku pochodzącego od granic ziaren.
Źródło:
Archives of Metallurgy and Materials; 2015, 60, 1; 377-380
1733-3490
Pojawia się w:
Archives of Metallurgy and Materials
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Study of alkanethiol-based self-assembled monolayers coated with poly(methyl methacrylate) of various tacticity
Badanie samoorganizujących się monowarstw na bazie alkanotioli pokrytych poli(metakrylanem metylu) o różnej taktyczności
Autorzy:
Kozik, Tomasz
Śniechowski, Maciej
Łużny, Wojciech
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/947598.pdf
Data publikacji:
2020
Wydawca:
Sieć Badawcza Łukasiewicz - Instytut Chemii Przemysłowej
Tematy:
self-assembled monolayers
poly(methyl methacrylate)
molecular dynamics
samoorganizujące się monowarstwy
poli(metakrylan metylu)
dynamika molekularna
Opis:
Self-assembled monolayers (SAMs) have a large variety of applications. One particular ap-plication of alkanethiol-based SAMs is tuning the work function of metallic surfaces. In a recent study, it was determined that depositing a poly(methyl methacrylate) layer on selected SAMs further shifts the work function. The effect is sensitive to tacticity and neither the reason behind this nor the exact mechanism of the interaction was determined. The aim of this work is to study the problem by use of molecular dynamics simulations.
Jednym zlicznych zastosowań samoorganizujących się monowarstw (SAMs) jest mody-fikacja pracy wyjścia powierzchni metalicznych. Wliteraturze można znaleźć opracowania dotyczące depozycji cienkich warstw poli(metakrylanu metylu) na wybranych samoorganizujących się monowar-stwach na bazie alkanotioli, prowadzącej do dalszych zmian wartości pracy wyjścia całej struktury. Uzyskany efekt wydaje się być zależny od taktyczności polimeru, jednakże wbadaniach eksperymen-talnych nie udało się określić przyczyn tego zjawiska. Wniniejszej pracy wspomniany efekt zbadano za pomocą symulacji komputerowych metodą dynamiki molekularnej.
Źródło:
Polimery; 2020, 65, 9; 598-604
0032-2725
Pojawia się w:
Polimery
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Fluctuations of kinetic energy at molecular dynamics and the atomic interactions in crystals
Autorzy:
Andriyevsky, B.
Piekarski, J.
Andriyevska, L.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/118444.pdf
Data publikacji:
2018
Wydawca:
Politechnika Koszalińska. Wydawnictwo Uczelniane
Tematy:
interatomic interactions
molecular dynamics
silicon
phonon relaxation time
oddziaływania międzyatomowe
dynamika molekularna
krzem
czas relaksacji fononów
Opis:
The calculation method of the molecular dynamics has been applied to study the correlation of the kinetic energy fluctuations and the relaxation time of the velocity autocorrelation function and the phonon relaxation time in a crystal. On the basis of the molecular dynamics data for silicon crystal obtained at different temperatures in the range 200 K – 1000 K the correlation between the kinetic energy fluctuations and the relaxation time of the velocity autocorrelation function has been calculated with the relatively high coefficient of determination R2 = 0.9396. The correlation obtained and the corresponding approach substantiate a use of the kinetic energy fluctuations for the calculation of values related to the heat conductivity in the silicon based semiconductors (coefficients of thermal conductivity and diffusivity).
Obliczeniowa metoda dynamiki molekularnej została zastosowana do badania korelacji fluktuacji energii kinetycznej i czasu relaksacji autokorelacyjnej funkcji prędkości i czasu relaksacji fononów w krysztale. Na bazie danych dynamiki molekularnej kryształu krzemu otrzymanych w różnych temperaturach w zakresie 200 K – 1000 K została obliczona korelacja fluktuacji energii kinetycznej i czasu relaksacji autokorelacyjnej funkcji prędkości, która cechuje się stosunkowo wysokim współczynnikiem determinacji R2 = 0.9396. Otrzymana korelacja uzasadnia zastosowanie fluktuacji energii kinetycznej do badań obliczeniowych wielkości powiązanych z przewodnością cieplną półprzewodników na bazie krzemu (współczynniki przewodności i dyfuzyjności cieplnej).
Źródło:
Zeszyty Naukowe Wydziału Elektroniki i Informatyki Politechniki Koszalińskiej; 2018, 12; 19-24
1897-7421
Pojawia się w:
Zeszyty Naukowe Wydziału Elektroniki i Informatyki Politechniki Koszalińskiej
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Estimation of phonon relaxation time for silicon by means of using the velocity autocorrelation function of atoms in molecular dynamics
Autorzy:
Andriyevsky, Bohdan
Maliński, M.
Buryło, Ł.
Stadnyk, V. Y.
Romanuk, M. O.
Piekarski, J.
Andriyevska, L.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/201222.pdf
Data publikacji:
2019
Wydawca:
Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
Tematy:
silicon
molecular dynamics
relaxation time of the velocity autocorrelation function
coefficient of thermal diffusivity
krzem
dynamika molekularna
Opis:
Results of the ab initio molecular dynamics calculations of silicon crystals are presented by means of analysis of the velocity autocorrelation function and determination of mean phonon relaxation time. The mean phonon relaxation time is crucial for prediction of the phonon-associated coefficient of thermal conductivity of materials. A clear correlation between the velocity autocorrelation function relaxation time and the coefficient of thermal diffusivity has been found. The analysis of the results obtained has indicated a decrease of the velocity autocorrelation function relaxation time t with increase of temperature. The method proposed may be used to estimate the coefficient of ther-mal diffusivity and thermal conductivity of the materials based on silicon and of other wide-bandgap semiconductors. The correlation between kinetic energy fluctuations and relaxation time of the velocity autocorrelation function has been calculated with the relatively high coefficient of determination R2 = 0.9396. The correlation obtained and the corresponding approach substantiate the use of kinetic energy fluctuations for the calculation of values related to heat conductivity in silicon-based semiconductors (coefficients of thermal conductivity and diffusivity).
Źródło:
Bulletin of the Polish Academy of Sciences. Technical Sciences; 2019, 67, 3; 651-656
0239-7528
Pojawia się w:
Bulletin of the Polish Academy of Sciences. Technical Sciences
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł

Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies