Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

English (EN)·Polski (PL)·Yкраїнський (UK)
Przejdź do strony domowej biblioteki Centralna Biblioteka Wojskowa Link otwiera się w nowym oknie Logo biblioteki Prolib Integro - strona głównaCentralna Biblioteka Wojskowa

Wyszukujesz frazę "PCR (polymerase chain reaction)" wg kryterium: Temat

  Lista filtrów
Wyrównaj
    Wyświetlanie 1-5 z 5
    Tytuł:
    Cacao swollen shoot virus detection and DNA barcoding of its vectors and putative vectors in Theobroma cacao L. by using polymerase chain reaction
    Autorzy:
    Obok, E.E.
    Aikpokpodion, P.O.
    Ani, O.C.
    Allainguillaume, J.
    Wetten, A.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/2096411.pdf
    Data publikacji:
    2021
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    Cacao swollen shoot virus
    COI – cytochrome c oxidase subunit I
    DNA barcoding
    Jack Beardsley
    mealybug
    PCR – polymerase chain reaction
    Theobroma cacao
    Opis:
    Cacao swollen shoot virus (CSSV) is an endemic pathogen causing significant economic losses to cacao (Theobroma cacao L.) production in West Africa. There is limited updated report on the occurrence, spread, genetic diversity and species of CSSV and its mealybug vectors, especially in Nigeria. Nigeria is presently lagging behind in the search for resistance to CSSV and its vectors in T. cacao L. The present study aimed to map and screen for the presence of CSSV and its natural vectors – female mealybugs (Pseudococcidae: Hemiptera) in cacao plantations in Nigeria. Symptomatic and asymptomatic cacao leaves and whole female mealybug samples were collected from major cacao-growing areas in Nigeria – Abia, Akwa Ibom, Cross River, Edo, Ondo and Oyo States. A total of 2568 cacao leaves from 1052 cacao trees were screened with polymerase chain reaction (PCR) using an open reading frame 1 (ORF 1) CSSV-specific primer pair. PCR screening of the mealybug species was performed using the cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene. A combination of scanning electron microscopy (SEM) and histology for morphological identification and DNA barcoding enabled to characterise the female mealybug species. The results revealed that CSSV and its mealybug vectors are present in the major cacao-growing areas in Nigeria. Although CSSV and its vectors have been previously reported in Cross River, Ondo and Oyo States, our results present the first documented evidence of CSSV emergence and its mealybug vectors in Abia, Akwa Ibom and Edo States. We also present the first report of Pseudococcus jackbeardsleyi (Gimpel and Miller) mealybug species on cacao in Nigeria. In conclusion, it is pertinent to re-establish coordinated routine survey and monitoring of CSSV and its mealybug vector presence in T. cacao L. in Nigeria.
    Źródło:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology; 2021, 102, 3; 229-244
    0860-7796
    Pojawia się w:
    BioTechnologia. Journal of Biotechnology Computational Biology and Bionanotechnology
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Improved method of isolation of total nucleic acids from hop plants and grapevine before the RT-PCR by addition of polyvinylpolypyrrolidone
    Usprawniona metoda izolacji calkowitych kwasow nukleinowych z chmielu i winorosli przez RT-PCR przez dodanie poliwinylopolipirolidonu
    Autorzy:
    Cajza, M
    Folkman, W.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/65582.pdf
    Data publikacji:
    2003
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    isolation
    total nucleic acid
    nucleic acid
    hop plant
    grapevine
    RT-PCR method zob.reverse transcription polymerase chain reaction
    addition
    polyvinylpolypyrrolidone
    reverse transcription polymerase chain reaction
    polymerase chain reaction
    Źródło:
    Journal of Plant Protection Research; 2003, 43, 4; 375-380
    1427-4345
    Pojawia się w:
    Journal of Plant Protection Research
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    A simple method for extracting DNA from rhododendron plants infected with Phytophthora spp. for use in PCR
    Autorzy:
    Trzewik, A.
    Nowak, K.J.
    Orlikowska, T.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/66480.pdf
    Data publikacji:
    2016
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    simple method
    DNA extraction
    rhododendron
    leaf
    plant infection
    Phytophthora
    polymerase chain reaction
    detection
    real-time PCR method
    Opis:
    Among the numerous protocols that describe the extraction of DNA, those relating to the isolation of DNA from infected plants, are rare. This study describes a rapid and reliable method of extracting a high quality and quantity of DNA from rhododendron leaves artificially infected with Phytophthora cactorum, P. cambivora, P. cinnamomi, P. citrophthora, and P. plurivora. The use of the modified Doyle and Doyle protocol (1987) allowed us to obtain high quantity and quality DNA (18.26 μg from 100 mg of the fresh weight of infected leaves at the ratios of A260/280 and A260/230 – 1.83 and 1.72, respectively), suitable for conventional polymerase chain reaction (PCR) and real-time PCR amplifications.
    Źródło:
    Journal of Plant Protection Research; 2016, 56, 1
    1427-4345
    Pojawia się w:
    Journal of Plant Protection Research
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Comparison of PCR-DGGE and Nested-PCR-DGGE Approach for Ammonia Oxidizers Monitoring in Membrane Bioreactors’ Activated Sludge
    zalety i wady wykorzystywania techniki nested-PCR w monitoringu bakterii utleniających amoniak w osadzie czynnym bioreaktora membranowego
    Autorzy:
    Ziembińska-Buczyńska, A.
    Wiszniowski, J.
    Ciesielski, S.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/204755.pdf
    Data publikacji:
    2014
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    ammonia oxidizing bacteria
    AOB
    16S rRNA gene
    Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis
    PCR-DGGE
    nested-PCR
    utlenianie amoniaku
    bakteria utleniająca amoniak
    gen kodujący 16S rRNA
    Opis:
    Nitritation, the first stage of ammonia removal process is known to be limiting for total process performance. Ammonia oxidizing bacteria (AOB) which perform this process are obligatory activated sludge habitants, a mixture consisting of Bacteria, Protozoa and Metazoa used for biological wastewater treatment. Due to this fact they are an interesting bacterial group, from both the technological and ecological point of view. AOB changeability and biodiversity analyses both in wastewater treatment plants and lab-scale reactors are performed on the basis of 16S rRNA gene sequences using PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) as a molecular biology tool. AOB researches are usually led with nested PCR. Because the application of nested PCR is laborious and time consuming, we have attempted to check the possibility of using only first PCR round to obtain DGGE fingerprinting of microbial communities. In this work we are comparing the nested and non-nested PCR-DGGE monitoring of an AOB community and presenting advantages and disadvantages of both methods used. The experiment revealed that PCR technique is a very sensitive tool for the amplification of even a minute amount of DNA sample. But in the case of nested-PCR, the sensitivity is higher and the template amount could be even smaller. The nested PCR-DGGE seems to be a better tool for AOB community monitoring and complexity research in activated sludge, despite shorter fragments of DNA amplification which seems to be a disadvantage in the case of bacteria identification. It is recommended that the sort of analysis approach should be chosen according to the aim of the study: nested-PCR-DGGE for community complexity analysis, while PCR-DGGE for identification of the dominant bacteria.
    Nitiritacja – pierwszy etap nitryfikacji, jest uznawany za krok limitujący przebieg całości procesu utleniania amoniaku. Bakterie utleniające amoniak (ang. ammonia oxidizing bacteria, AOB), które prowadzą ten proces są stałymi mieszkańcami osadu czynnego – mieszaniny bakterii, Protozoa i Metazoa, wykorzystywanych do biologicznego oczyszczania ścieków. Z tego powodu są one interesujące zarówno z punktu widzenia technologii, jak i ekologii mikroorganizmów. Analizy zmienności i bioróżnorodności bakterii utleniających amoniak, zarówno w oczyszczalni ścieków, jak i w reaktorach w skali laboratoryjnej, są prowadzone w oparciu o sekwencje genu kodującego 16S rRNA z użyciem metody biologii molekularnej, jaką jest PCR-DGGE (Polymerase Chain Reaction – Denaturing Gradient Gel Electrophoresis). Analizy te są zazwyczaj prowadzone techniką tzw. nested-PCR. Ze względu na fakt, że metoda ta wymaga większego nakładu pracy i czasu, niż tradycyjny jednoetapowy PCR (ang. non-nested PCR) podjęto próbę sprawdzenia możliwości zastosowania techniki jednoetapowego PCR do uzyskania wzorów prążkowych DGGE bakterii utleniających amoniak. W tej pracy zaprezentowano wyniki analizy PCR-DGGE z użyciem technik nested i non-nested PCR oraz podjęto próbę wykazania ich wad i zalet.
    Źródło:
    Archives of Environmental Protection; 2014, 40, 4; 31-38
    2083-4772
    2083-4810
    Pojawia się w:
    Archives of Environmental Protection
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
    Tytuł:
    Detection of antibiotic resistance genes in wastewater treatment plant : molecular and classical approach
    Wykrywanie genów oporności na antybiotyki w oczyszczalni ścieków : podejście klasyczne i biologii molekularnej
    Autorzy:
    Ziembińska-Buczyńska, A.
    Felis, E.
    Folkert, J.
    Meresta, A.
    Stawicka, D.
    Gnida, A.
    Surmacz-Górska, J.
    Powiązania:
    https://bibliotekanauki.pl/articles/204828.pdf
    Data publikacji:
    2015
    Wydawca:
    Polska Akademia Nauk. Czytelnia Czasopism PAN
    Tematy:
    DGGE
    denaturing gradient gel electrophoresi
    PCR
    polymerase chain reaction
    sulfamethoxazole
    trimethoprim resistance
    erythromycin resistance
    WWTP
    wastewater treatment plant
    antybiotyki
    reakcja łańcuchowa polimerazy
    sulfametoksazol
    geny oporności
    odporność na trimetoprim
    odporność na erytromycynę
    oczyszczalnia ścieków
    Opis:
    Antibiotics are a group of substances potentially harmful to the environment. They can play a role in bacterial resistance transfer among pathogenic and non-pathogenic bacteria. In this experiment three representatives of medically important chemotherapeutics, confirmed to be present in high concentrations in wastewater treatment plants with HPLC analysis were used: erythromycin, sulfamethoxazole and trimethoprim. Erythromycin concentration in activated sludge was not higher than 20 ng L−1. N-acetylo-sulfamethoxazole concentration was 3349 ± 719 in winter and 2933 ± 429 ng L−1 in summer. Trimethoprim was present in wastewater at concentrations 400 ± 22 and 364 ± 60 ng L−1, respectively in winter and summer. Due to a wide variety of PCR-detectable resistance mechanisms towards these substances, the most common found in literature was chosen. For erythromycin: erm and mef genes, for sulfamethoxazole: sul1, sul2, sul3 genes, in the case of trimethoprim resistance dhfrA1 and dhfr14 were used in this study. The presence of resistance genes were analyzed in pure strains isolated from activated sludge and in the activated sludge sample itself. The research revealed that the value of minimal inhibitory concentration (MIC) did not correspond with the expected presence of more than one resistance mechanisms. Most of the isolates possessed only one of the genes responsible for a particular chemotherapeutic resistance. It was confirmed that it is possible to monitor the presence of resistance genes directly in activated sludge using PCR. Due to the limited isolates number used in the experiment these results should be regarded as preliminary.
    Antybiotyki to grupa związków potencjalnie szkodliwych dla środowiska. Odgrywają one rolę w procesach transferu antybiotykooporności pomiędzy patogenami i bakteriami niechorobotwórczymi. Wykorzystując metodę wysokosprawnej chromatografii cieczowej (HPLC) wykazano obecność erytromycyny, sulfametoksazolu i trimetoprimu w miejskiej oczyszczalni ścieków w następujących stężeniach: dla erytromycyny < 20 ng L−1, N-acetylo-sulfametoksazolu 3349 ± 719 i 2933 ± 429 ng L−1, a trimetoprimu 400 ± 22 i 364 ± 60 ng L−1, odpowiednio: zimą i latem. Ponieważ antybiotykooporność bakteryjna może być stymulowana obecnością antybiotyków w środowisku, istnieje możliwość pojawienia się wielu szlaków opornościowych u bakterii narażonych na działanie tych związków. Dlatego też podjęto próbę detekcji wybranych genów oporności na badane chemioterapeutyki metodą łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR). Obecność elementów genetycznych badano zarówno w szczepach bakteryjnych, u których udowodniono oporność na badany związek bakteriobójczy, jak i w próbce osadu czynnego, z którego te bakterie izolowano. Do badań wybrano najczęściej występujące geny oporności: dla erytromycyny erm i mef, dla sulfametoksazolu: sul1, sul2, sul3, a dla trimetoprimu dhfrA1 i dhfr14. Wykazano, że wartość minimalnego stężenia inhibitującego (MIC), nie koresponduje z obecnością większej liczby mechanizmów oporności. Większość szczepów opornych wykazywała tylko jeden z badanych mechanizmów oporności na antybiotyk niezależnie od wartości MIC. Potwierdzono również możliwość monitorowania obecności genów oporności na antybiotyki metodą PCR bezpośrednio w osadzie czynnym. Ze względu na ograniczona liczbę izolatów użytych w tym eksperymencie wyniki uzyskane w pracy powinny być traktowane jako wstęp do dalszych badań.
    Źródło:
    Archives of Environmental Protection; 2015, 41, 4; 23-32
    2083-4772
    2083-4810
    Pojawia się w:
    Archives of Environmental Protection
    Dostawca treści:
    Biblioteka Nauki
    Artykuł
      Wyświetlanie 1-5 z 5

      Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies