- Tytuł:
-
Zastosowanie technik genotypowania TaqMan® oraz tetra-primer ARMS-PCR do identyfikacji polimorfizmów punktowych zasocjowanych z genetycznymi determinantami kształtu korzenia marchwi
The use of TaqMan® and tetra-primer ARMS-PCR genotyping techniques for identification of single nucleotide polymorphisms associated with genetic determinants of root shape of carrot - Autorzy:
-
Stelmach, Katarzyna
Macko-Podgórni, Alicja
Barański, Rafał
Grzebelus, Dariusz - Powiązania:
- https://bibliotekanauki.pl/articles/2199330.pdf
- Data publikacji:
- 2018-08-29
- Wydawca:
- Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
- Tematy:
-
ARMS-PCR
GWAS
marchew
MLM
polimorfizm pojedynczego nukleotydu
sondy TaqMan®
carrot
MLN - Opis:
-
W ostatnich dwóch dekadach zaobserwowano znaczący wzrost tempa rozwoju zróżnicowanych systemów markerów molekularnych oraz odpowiadających im zaawansowanych platform detekcyjnych. Markery oparte na polimorfizmach pojedynczego nukleotydu (SNP), ze względu na częstość ich występowania w genomach bardzo szybko zyskały uznanie w badaniach z zakresu hodowli molekularnej roślin. Wśród najczęściej wykorzystywanych technik genotypowania polimorfizmów pojedynczego nukleotydu znajdują się sondy TaqMan®, mikromacierze DNA, oraz technologia genotypowania przez sekwencjonowanie (GBS). W celu obniżenia kosztów genotypowania opracowano również techniki oparte na standardowej reakcji łańcuchowej polimerazy z zastosowaniem zmodyfikowanych starterów, między innymi technikę tetra-primer ARMS-PCR. W niniejszej pracy zidentyfikowano pięć markerów SNP zasocjowanych z genetycznymi determinantami kształtu korzenia spichrzowego marchwi oraz dokonano ich przekształcenia do markerów wykrywalnych przy zastosowaniu technologii TaqMan® oraz tetra-primer ARMS-PCR. Przydatność wymienionych technik zweryfikowano poprzez genotypowanie 40 wybranych odmian populacyjnych marchwi typu zachodniego. Przeanalizowano zbieżność wyników identyfikacji genotypów otrzymanych przy zastosowaniu wyżej wymienionych technik oraz metody referencyjnej GBS. Techniki te oceniono pod kątem możliwości wykorzystania ich do opracowania wiarygodnych markerów specyficznych zasocjowanych z genetycznymi determinantami kształtu korzenia marchwi.
Over the last two decades a significant increase has been observed in the pace of development of diverse systems of molecular markers and the corresponding advanced detection platforms. Owing to their ubiquity in genomes, markers based on single nucleotide polymorphism (SNP) promptly gained recognition within research on molecular breeding of plants. Amongst the most widely used genotyping techniques of a single nucleotide polymorphisms are the TaqMan® probes, DNA micro-arrays and the genotyping-by-sequencing (GBS) technology. Techniques based on standard polymerase chain reaction with the use of modified primers, including the tetra-primer ARMS-PCR technique, have also been devised with in order to decrease the costs of genotyping. The current work identifies five SNP markers associated with genetic determinants of the shape of carrot taproot and converts them into markers detectable by the TaqMan® and tetra-primer ARMS-PCR technologies. The usefulness of the above techniques has been verified by genotyping 40 selected cultivars of Western-type carrot. The present authors have also analysed the convergence of the results obtained through the mentioned techniques and a GBS reference method. The techniques have been evaluated in terms of their usefulness for designing reliable specific markers associated with genetic determinants of the shape of the carrot root. - Źródło:
-
Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin; 2017, 282; 99-121
0373-7837
2657-8913 - Pojawia się w:
- Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin
- Dostawca treści:
- Biblioteka Nauki
Artykuł