- Tytuł:
-
Loop-mediated isothermal amplification as a good tool to study changing Leptosphaeria populations in oilseed rape plants and air samples
Amplifikacja DNA w warunkach izotermicznych z wykorzystaniem starterów zapętlających (LAMP), jako dobre narzędzie do badań zmian w populacji Leptosphaeria w roślinach rzepaku i w próbach powietrza - Autorzy:
-
Jedryczka, M.
Burzynski, A.
Brachaczek, A.
Langwinski, W.
Song, P.
Kaczmarek, J. - Powiązania:
- https://bibliotekanauki.pl/articles/27564.pdf
- Data publikacji:
- 2013
- Wydawca:
- Polskie Towarzystwo Botaniczne
- Opis:
-
LAMP is an innovative, simple, rapid, specific and cost-
-effective nucleic acid amplification method. Due to the use
of a special enzyme – GspSSD polymerase, the reaction takes
a short time and can be performed at isothermal conditions. The
sensitivity and specificity of LAMP technique is significantly
higher, than standard PCR techniques, as two or three specific
primer pairs are used. The technique is regarded as a useful tool
for the detection and identification of plant pathogens. In this
work, LAMP was used to study the composition of the population
of fungi of the genus Leptosphaeria, causing a damaging
disease of oilseed rape, called blackleg or stem canker. The detection
concerned DNA present in fungal spores contained in air
samples obtained using Hirst-type volumetric trap, in Pomerania
(north Poland) in 2010. The results achieved using the LAMP
technique were similar to these obtained with previously used,
highly specific method of Real-time PCR. Conducting LAMP
reaction was much easier and less time-and cost-consuming, due
to a simplified method of DNA isolation of pathogens from plant
tissues. Then, the LAMP technique was used to assess the composition
of the population of Leptosphaeria spp. in plants of oilseed
rape collected from the field in the Opole region (south-western
part of Poland) in 2013. In contrast to studies conducted in
2002–2003, the analysis of leaf symptoms showed a higher proportion
of L. maculans compared to L. biglobosa, what reflects
changes in the composition of pathogen population of fungi causing
blackleg on oilseed rape in this part of Poland.
Amplifikacja DNA w warunkach izotermicznych z wykorzystaniem starterów zapętlających (Loop Mediated Isothermal Amplification, LAMP) to innowacyjny, prosty, szybki, specyficzny i niedrogi sposób amplifikacji kwasów nukleinowych. Dzięki zastosowaniu specjalnego enzymu – polimerazy GspSSD, reakcja trwa krótko i można ją przeprowadzić w warunkach izotermicznych. Dzięki zastosowaniu 2–3 par starterów czułość i swoistość techniki jest znacznie wyższa, aniżeli w przypadku standardowych technik PCR. Technika LAMP jest uważana za użyteczne narzędzie do wykrywania i identyfikacji patogenów roślin. W niniejszej pracy przy pomocy LAMP badano skład populacji grzybów rodzaju Leptosphaeria, wywołujących groźną chorobę rzepaku, zwaną suchą zgnilizną kapustnych. Badania dotyczyły zarodników grzybów zawartych w próbach powietrza uzyskanych przy pomocy pułapki wolumetrycznej typu Hirsta, na Pomorzu w 2010 roku. Wyniki uzyskane przy pomocy techniki LAMP były bardzo zbliżone do uzyskanych przy zastosowaniu wysokoczułej metody Real-time PCR. Przeprowadzenie reakcji LAMP było znacznie łatwiejsze i mniej czaso- i kosztochłonne, ze względu na uproszczoną metodę izolacji DNA patogenów z tkanek roślinnych. Następnie metodę LAMP zastosowano do oceny składu populacji Leptosphaeria spp. w roślinach rzepaku z pól na Opolszczyźnie w 2013 roku. W przeciwieństwie do badań przeprowadzonych w latach 2002–2003, analiza objawów na liściach rzepaku wykazała wyższy udział gatunku L. maculans w porównaniu do L. biglobosa, co świadczy o zmianach w składzie populacji grzybów wywołujących suchą zgniliznę kapustnych na rzepaku w tej części Polski. - Źródło:
-
Acta Agrobotanica; 2013, 66, 4
0065-0951
2300-357X - Pojawia się w:
- Acta Agrobotanica
- Dostawca treści:
- Biblioteka Nauki
Artykuł