Informacja

Drogi użytkowniku, aplikacja do prawidłowego działania wymaga obsługi JavaScript. Proszę włącz obsługę JavaScript w Twojej przeglądarce.

Wyszukujesz frazę "metagenomics" wg kryterium: Temat


Wyświetlanie 1-7 z 7
Tytuł:
The importance of metagenomics research in human ecological niches and their role in the diagnosis of noninfectious diseases
Autorzy:
Weiner, M.
Kubajka, M.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/2052435.pdf
Data publikacji:
2015
Wydawca:
Akademia Bialska Nauk Stosowanych im. Jana Pawła II w Białej Podlaskiej
Tematy:
noninfectious diseases
HMP
metagenomics
NGS
Opis:
Human body is a complex system that is affected by a significant number of microscopic organisms called the microbiomes. The dynamic development of science has led to innovative discoveries in the field of microbiology. This in turn has extracted new field, metagenomics, thanks to which it became possible to perform detailed analysis of individual groups of bacteria and to determine their effects on preserving a good health. One of the biggest scientific projects that would investigate the influence of microbiomes on humans is HMP (Human Microbiome Project). As part of it the research is being conducted leading to characterize human microbiome at the level of nucleotide sequence of the entire genomic DNA. The microflora of the skin, oral cavity, respiratory tract, digestive tract (intestines), genitourinary system has an essential role in the homeostasis. In the last year the carried research proved that it is a vital part of the human organism in preserving a good health. Any changes in its composition may lead to systemic diseases. Pathological changes affect the outcome of the interaction within the microflora that includes species of commensal and pathogenic bacteria, as well as immunology and genetics of the host. Metagenomics research will contribute not only to the recognition of new, so far unidentified by the bacteriological methods microorganisms, but most of all they will serve as a basis to understand the relationships between the human organism and in-dwelling microorganisms. Thanks to the development of the metagenomics or the NGS (Next Generation Sequencing) it will be possible to discover new metabolic pathways and bidirectional links of bacteria with human metabolism. This will help in finding new therapeutic methods in the treatment of many noninfectious diseases so far considered as civilization diseases or genetically conditioned.
Źródło:
Health Problems of Civilization; 2015, 09, 2; 43-49
2353-6942
2354-0265
Pojawia się w:
Health Problems of Civilization
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Metagenomic approach in the investigation of new bioactive compounds in the marine environment
Autorzy:
Felczykowska, Agnieszka
Bloch, Sylwia
Nejman-Faleńczyk, Bożena
Barańska, Sylwia
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1039637.pdf
Data publikacji:
2012
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
metagenomic library
function-based screening
metagenomics
marine habitat
Opis:
The marine environment is estimated to be one of the most significant sources of biological activity in the world. In the last few decades an increase in the research intensity conducted on marine microorganisms has been observed, which confirms the great potential of these organisms in the field of bioactive compounds' production. In order to efficiently use the natural resources of the marine environment, metagenomics can be applied. This powerful technique allows for efficient screening of microbial biodiversity for bioactive compounds. The primary aim of this review is to present some aspects of the construction of metagenomic libraries, and strategies of screening for novel bioactives in the marine surrounding. This paper also illustrates several examples of the application of metagenomic methods in the discovery of novel enzymes and drugs in various marine environments.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2012, 59, 4; 501-505
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Application of molecular techniques for the assessment of microorganism diversity on cultural heritage objects
Autorzy:
Otlewska, Anna
Adamiak, Justyna
Gutarowska, Beata
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1039279.pdf
Data publikacji:
2014
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
molecular techniques
microbial diversity
metagenomics
genetic fingerprinting
cultural heritage
biodeterioration
Opis:
As a result of their unpredictable ability to adapt to varying environmental conditions, microorganisms inhabit different types of biological niches on Earth. Owing to the key role of microorganisms in many biogeochemical processes, trends in modern microbiology emphasize the need to know and understand the structure and function of complex microbial communities. This is particularly important if the strategy relates to microbial communities that cause biodeterioration of materials that constitute our cultural heritage. Until recently, the detection and identification of microorganisms inhabiting objects of cultural value was based only on cultivation-dependent methods. In spite of many advantages, these methods provide limited information because they identify only viable organisms capable of growth under standard laboratory conditions. However, in order to carry out proper conservation and renovation, it is necessary to know the complete composition of microbial communities and their activity. This paper presents and characterizes modern techniques such as genetic fingerprinting and clone library construction for the assessment of microbial diversity based on molecular biology. Molecular methods represent a favourable alternative to culture-dependent methods and make it possible to assess the biodiversity of microorganisms inhabiting technical materials and cultural heritage objects.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2014, 61, 2; 217-225
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
The most widespread problems in the function-based microbial metagenomics
Autorzy:
Felczykowska, Agnieszka
Krajewska, Anna
Zielińska, Sylwia
Łoś, Joanna
Bloch, Sylwia
Nejman-Faleńczyk, Bożena
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1039154.pdf
Data publikacji:
2015
Wydawca:
Polskie Towarzystwo Biochemiczne
Tematy:
function-based metagenomics
metagenomic library screening
gene expression
microbials
databases
codon usage bias
cell accumulation
Opis:
Metagenomics is a powerful tool to better understand the microbial niches, especially these from extreme habitats like oceans and seas, hot springs or deserts. However, one who is going to face the metagenomic studies should realize the challenges which might occur in the course of experiments. This manuscript indicates common problems in function-driven metagenomics, especially factors that influence gene expression are taken into account. Codon usage bias, internal cell accumulation, correct protein folding or presence of proper initiation factors are discussed and possible ways to overcome these problems are proposed. Finally, the annotation process is described, including possible limitations that one should take under consideration. What is more, the most popular databases for metagenomic data are mentioned and discussed.
Źródło:
Acta Biochimica Polonica; 2015, 62, 1; 161-166
0001-527X
Pojawia się w:
Acta Biochimica Polonica
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Bacterial species identification
Autorzy:
Kshikhundo, Ronald
Itumhelo, Shayalethu
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/1153736.pdf
Data publikacji:
2016
Wydawca:
Przedsiębiorstwo Wydawnictw Naukowych Darwin / Scientific Publishing House DARWIN
Tematy:
16S rRNA gene
Bacteria
Biolog
Gram staining
MALDI-TOF MS
RiboPrinter
computational tools
fatty acids
identification
metagenomics
morphology
Opis:
The traditional methods of bacterial identification are based on observation of either the morphology of single cells or colony characteristics. However, the adoption of newer and automated methods offers advantage in terms of rapid and reliable identification of bacterial species. The review provides a comprehensive appreciation of new and improved technologies such fatty acid profiling, sequence analysis of the 16S rRNA gene, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF), metabolic finger profiling using BIOLOG, ribotyping, together with the computational tools employed for querying the databases that are associated with these identification tools and high throughput genomic sequencing in bacterial identification. It is evident that with the increase in the adoption of new technologies, bacterial identification is becoming easier.
Źródło:
World News of Natural Sciences; 2016, 3; 26-38
2543-5426
Pojawia się w:
World News of Natural Sciences
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Wykorzystanie potencjału mikrobiomu środowiskowego w kryminalistyce
Harnessing the potential of the environmental microbiome in forensic science
Autorzy:
Jagiełło, Agata
Woźniak, Anna
Szczerba, Błażej
Płoski, Rafał
Rydzanicz, Małgorzata
Pollak, Agnieszka
Frolova, Alina
Kowalski, Michał
Łabaj, Paweł
Ossowski, Andrzej
Branicki, Wojciech
Herda, Kinga
Marszałek, Kamila
Zbieć-Piekarska, Renata
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/23050939.pdf
Data publikacji:
2021
Wydawca:
Centralne Laboratorium Kryminalistyczne Policji
Tematy:
mikrobiom
gleba
kryminalistyka
metagenomika
analizy metataksonomiczne
sekwencjonowanie
MPS
bioinformatyka
projekt NCBiR
microbiome
soil
forensics
metagenomics
metataxonomic analysis
MPS sequencing
bioinformatics
NCBiR project
Opis:
Konsorcjum naukowe pod przewodnictwem Centralnego Laboratorium Kryminalistycznego Policji podjęło się opracowania metody analizy DNA mikrobiomu gleby, która znajdzie zastosowanie w badaniach kryminalistycznych. Celem projektu o akronimie SMAFT (Soil Microbiome Analysis Forensic Tool, http://smaft.eu/), finansowanego przez Narodowe Centrum Badań i Rozwoju (DOB-BIO10/03/01/2019), jest stworzenie nowego narzędzia umożliwiającego powiązanie śladu w postaci próbki gleby z określoną lokalizacją geograficzną. W pierwszej części artykułu przybliżono pojęcie mikrobiomu oraz przedstawiono możliwości wykorzystania analiz DNA mikrobiomu w kryminalistyce. W jego drugiej części szczegółowo opisano etapy realizowanego projektu, począwszy od zbierania próbek gleby z różnych miejsc Polski w czterech porach roku i izolacji z nich DNA mikrobiomów, poprzez oparte na technologii MPS (ang. Massively Parallel Sequencing) sekwencjonowanie izolatów oraz opracowanie testu genetycznego zawierającego zestaw markerów metagenomicznych pozwalających na skuteczną indywidualizację próbek gleby, aż po stworzenie systemu informatycznego umożliwiającego analizę i interpretację otrzymanych wyników, który obejmuje bazę danych profili DNA mikrobiomów gleb pochodzących z różnych miejsc Polski.
A scientific consortium led by the Central Forensic Laboratory of the Police has undertaken to develop a method for DNA analysis of the soil microbiome to be used in forensic investigations. The aim of the project entitled Soil Microbiome Analysis Forensic Tool – SMAFT (http://smaft.eu/), financed by the National Center for Research and Development (DOB-BIO10/03/01/2019), is to develop a new tool that enables the association of a trace in the form of a soil sample with a specific geographical location. The first part of the paper introduces the concept of the microbiome and presents the possibilities of using microbiome DNA analysis in forensic science. In the second part, the stages of the SMAFT project are described in detail, beginning from the collection of soil samples from different sites in Poland across all seasons and isolation of microbiome DNA through massively parallel sequencing (MPS) technology-based analysis of isolates and the development of a genetic test containing a set of metagenomic markers allowing for effective individualization of soil samples, up to the creation of an IT system enabling analysis and interpretation of the obtained results, which includes a database of soil microbiome DNA profiles from various locations in Poland.
Źródło:
Problemy Kryminalistyki; 2021, 312; 25-31(pol), 61-67(eng)
0552-2153
Pojawia się w:
Problemy Kryminalistyki
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
Tytuł:
Biophotonics for biofuel upgradation
Biofonika w podnoszeniu jakości biopaliw
Autorzy:
Rana, G.
Mandal, T.
Powiązania:
https://bibliotekanauki.pl/articles/409818.pdf
Data publikacji:
2017
Wydawca:
STE GROUP
Tematy:
cyanobacteria
photo-anaerobic digestion
CO2 fixation
gaseous fuels
V3-metagenomics
cyjanobakterie
fotofermentacja beztlenowa
wiązanie CO2
paliwa lotne
metagenomika regionu V3
Opis:
Experimental studies have been made to find out Cyanobacterias’ biophotonical response in gaseousfuelation and car-bon dioxide fixation during photo-anaerobic digestion. A new horizontal type photo-bioreactor has been designed by using environment hazard plastic bottles and it works ideally for anoxygenic cyanobacterial growth. Through ‘V3-metagenomics’ of 16S rRNA gene sequencing by paired-end Illumina MiSeq and downstream analysis by QIIME program, we have identified anaerobic cyanobacteria, represent the orders YS2 and Streptophyta. OTUs have been identified by aligning against Greengenes and Silva databases, separately. The flame temperature of the fuel gas is 860°C and the percentcontent of carbon dioxide (CO2) is 17.6%.
Badania doświadczalne przeprowadzono w celu określenia biofotonicznej zdolnośći cyjanobakterii do przeprowadzania reakcji uwalniania gazów do paliw oraz wiązania dwutlenku węgla podczas fotofermentacji beztlenowej. Nowy bioreaktor typu horyzontalnego został zaprojektowany przy użyciu zagrażających środowisku plastikowych butelek i działa/nadaje się idealnie dla beztlenowego wzrostu cyjanobakterii. Poprzez metagenomikę regionu V3 genu kodującego 16 S rRNA sekwencjonowanego poprzez sparowanie odczyty przy użyciu Illumina MiSeq oraz analizy downstream za pomocą programu QIIME zidentyfikowaliśmy beztlenowe cyjanobakterie, reprezentowane przez YS2 i Streptophyta. OTU (ang. Operational Taxonomic Unit) zostały zidentyfikowane przez wyrównywanie względem baz danych Greengenes i Silva oddzielnie. Temperatura płomienia w paliwie wynosi 860°C, a procentowa zawartość dwutlenku węgla (CO2) wynosi 17,6%.
Źródło:
Management Systems in Production Engineering; 2017, 4 (25); 262-266
2299-0461
Pojawia się w:
Management Systems in Production Engineering
Dostawca treści:
Biblioteka Nauki
Artykuł
    Wyświetlanie 1-7 z 7

    Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies