Detecting genetic association models between single nucleotide polymorphisms (SNPs)
in various disease-related genes can help to understand susceptibility to disease. Statistical
tools have been widely used to detect significant genetic association models, according
to their related statistical values, including odds ratio (OR), chi-square test (χ2), p-value,
etc. However, the high number of computations entailed in such operations may limit the
capacity of such statistical tools to detect high-order genetic associations. In this study,
we propose lsGA algorithm, a genetic algorithm based on local search method, to detect
significant genetic association models amongst large numbers of SNP combinations.
We used two disease models to simulate the large data sets considering the minor allele
frequency (MAF), number of SNPs, and number of samples. The three-order epistasis
models were evaluated by chi-square test (χ2) to evaluate the significance (P-value <
0.05). Analysis results showed that lsGA provided higher chi-square test values than that
of GA. Simple linear regression indicated that lsGA provides a significant advantage over
GA, providing the highest β values and significant p-value.
Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies
Informacja
SZANOWNI CZYTELNICY!
UPRZEJMIE INFORMUJEMY, ŻE W OKRESIE WAKACYJNYM BIBLIOTEKA BĘDZIE FUNKCJONOWAŁA W ZMIENIONYCH GODZINACH::
od 15 do 31 lipca:
Wypożyczalnia i Czytelnia Główna:
9.00 - 15.00
(poniedziałek-piątek)
Czytelnia Działu Zbiorów Specjalnych:
9.00 - 15.00
(poniedziałek-piątek)
od 1 do 31 sierpnia:
BIBLIOTEKA BĘDZIE NIECZYNNA
UWAGA:
Zwrotu wypożyczonych materiałów można dokonać u dyżurującego bibliotekarza w Wypożyczalni Głównej od 9.00 do 15.00.
Na pozycje, których termin zwrotu przypadnie od 1 do 31 sierpnia, wprowadzona zostanie prolongata (nowy termin zwrotu – 6 września).