Diversity of Pseudomonas species associated with soft rot of plants in Poland

A total of 94 pectolytic and 60 nonpectolytic Pseudomonas isolates were obtained from 250 samples of rotted vegetable specimens representing various economically important vegetables. The isolates were identified on the basis of standard biochemical tests. Pseudomonas fluorescens biovar V and II and Pseudomonas putida were the most abundant species among pectolytic isolates and Pseudomonas fluorescens biovar I among nonpectolytic ones. Only 3 Pseudomonas viridiflava isolates were identified and all of them were obtained from potato. Isolates of pectolytic phenotype were scattered among nonpectolytic ones irrespective of their taxonomical status. Isolates identified biochemically, as Pseudomonas marginalis were also present in nonpectolytic group. PCR method is unsuitable for identification and differentiation of bacteria belonging to pectolytic fluorescens Pseudomonas group due to great diversity of species. However, the results of PCR amplification of the genes encoding pectate lyase suggest that genes responsible for production of this enzyme may also be present in isolates of nonpectolytic phenotype.

Z 250 prób, z różnych gatunków roślin warzywnych z objawami mokrej zgnilizny wyodrębniono 94 izolaty pektynolitycznych i 60 izolatów nie pektynolitycznych bakterii z rodzaju Pseudomonas. Identyfikację i różnicowanie izolatów przeprowadzono przy zastosowaniu standardowych testów fizjologiczno-biochemicznych. Spośród izolatów z grupy pektolitycznych Pseudomonas najliczniej występował gatunek P. fluorescens, który był reprezentowany przez 4 biowary (oprócz czwartego), przy czym dominowały biowary II i V. Mniej licznie występował gatunek P. putida, a P. viridiflava był reprezentowany jedynie przez 3 izolaty, pochodzące z ziemniaka. Podobna była struktura populacji izolatów z grupy niepektolitycznych Pseudomonas. Metoda PCR okazała się być mało przydatna do wykrywania i różnicowania izolatów z grupy pektolitycznych Pseudomonas ze względu na duże ich zróżnicowanie. Amplifikacja DNA metodą PCR wykazała, że geny kodujące enzym liazy pektynowej występują także w izolatach niepektolitycznych rodzaju Pseudomonas.