Dendrobium huoshanense has long been used to treat various diseases in oriental medicine. In order to study its gene expression profile, transcripts involved in the biosynthesis of precursors of polysaccharides, as well as mechanisms underlining morphological differences between wild and cultivated plants, three organs of both wild type and cultivated D. huoshanense were collected and sequenced by Illumina HiSeq4000 platform, yielding 919,409,540 raw reads in FASTQ format. After Trinity de novo assembly and quality control, 241,242 nonredundant contigs with the average length of 967.5 bp were generated. qRT-PCR experiment on the selected transcripts showed the transcriptomic data were reliable. BLASTx was conducted against NR, SwissProt, String, Pfam, and KEGG. Gene ontology annotation revealed more than 40,000 contigs assigned to catalytic activity and metabolic process, suggesting its dynamic physiological activities. By searching KEGG pathway, six genes potentially involved in mannose biosynthetic pathway were retrieved. Gene expression analysis for stems between wild and cultivated D. huoshanense resulted in 956 genes differentially expressed. Simple sequence repeats (SSRs) analysis revealed 143 SSRs with the unit size of 4 and 3,437 SSRs the size of 3. The obtained SSRs are the potential molecular markers for discriminating distinct cultivars of D. huoshanense.
Ta witryna wykorzystuje pliki cookies do przechowywania informacji na Twoim komputerze. Pliki cookies stosujemy w celu świadczenia usług na najwyższym poziomie, w tym w sposób dostosowany do indywidualnych potrzeb. Korzystanie z witryny bez zmiany ustawień dotyczących cookies oznacza, że będą one zamieszczane w Twoim komputerze. W każdym momencie możesz dokonać zmiany ustawień dotyczących cookies
Informacja
SZANOWNI CZYTELNICY!
UPRZEJMIE INFORMUJEMY, ŻE W OKRESIE WAKACYJNYM BIBLIOTEKA BĘDZIE FUNKCJONOWAŁA W ZMIENIONYCH GODZINACH::
od 15 do 31 lipca:
Wypożyczalnia i Czytelnia Główna:
9.00 - 15.00
(poniedziałek-piątek)
Czytelnia Działu Zbiorów Specjalnych:
9.00 - 15.00
(poniedziałek-piątek)
od 1 do 31 sierpnia:
BIBLIOTEKA BĘDZIE NIECZYNNA
UWAGA:
Zwrotu wypożyczonych materiałów można dokonać u dyżurującego bibliotekarza w Wypożyczalni Głównej od 9.00 do 15.00.
Na pozycje, których termin zwrotu przypadnie od 1 do 31 sierpnia, wprowadzona zostanie prolongata (nowy termin zwrotu – 6 września).