Identyfikacja genetycznych podstaw procesu kiełkowania w nasionach rzepaku (Brassica napus L.) z wykorzystaniem mapowania genetycznego

Badano populację mapującą rzepaku ozimego złożoną z 78 linii podwojonych haploidów uzyskanych z mieszańców pochodzących ze skrzyżowania linii różniących się siłą kiełkowania. Siła kiełkowania nasion była automatycznie rejestrowana co 30 min przy pomocy aparatu fotograficznego umieszczonego w minikomputerze Raspberry Pi. Zdjęcia przeanalizowano przy pomocy oprogramowania stworzonego w John Innes Centre. W kolejnym etapie wykorzystując metodę sekwencjonowania całego genomu (Illumina® HiSeq) wszystkich linii populacji mapującej zidentyfikowano polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNPs) w tych liniach. Dane te posłużą do mapowania genetycznego i identyfikacji genów regulujących proces kiełkowania.

The mapping population of winter oilseed rape composed of 78 doubled haploid lines obtained from hybrids originating from the intersection of lines differing in germination power was examined. Seed germination power was automatically recorded every 30 minutes using a camera placed in the Raspberry Pi mini computer. The photos were analyzed using software created at the John Innes Center. In the next step, using the whole genome sequencing method (Illumina® HiSeq) of all mapping population lines, single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified in these lines. This data will be used for genetic mapping and identification of genes regulating the germination process.