El Concilio Vaticano II, dio un aire nuevo tanto a la misma exención, como también a las relaciones Obispos-Religiosos, dándoles un carácter positivo, gracias a los cambios sustantivos y doctrinales que él mismo introdujo.
Desde los principios de los trabajos preparatorios del Concilio, se distinguían tres grupos al tratar la exención: los que exigían una revisión de la exención y su ajuste a las necesidades de la diócesis; los que defendían la exención tal como constaba en el derecho canónico, conservando la sumisión de los religiosos a los Obispos en la actividad apostólica; y los que pedían su abolición. Estas tres posturas estarán en la escena hasta la elaboración del Nuevo Código. Sin embargo, las discusiones sobre los esquemas de los dos documentos que expresamente tratan este tema (Lumen gentium y Christus Dnminus) se centraban en la cuestión de si se debía mantener la exención dentro de los límites del régimen interno, o extenderla también al orden externo. Y precisamente Lumen gentium y Christus Dominas, serán el fruto de compromiso entre las dos tendencias.
Ambos documentos, respecto a la exención, dependen uno del otro y son complementarios entre sí.
En el concepto de la exención que da el Concilio, se produce la ¡versión de los elementos que definían la exención clásica. Pues el Vaticano II afirma en el primer lugar, la dependencia antecedente, inmediata y constitutiva de los Religiosos del Romano Pontífice, por razón de su primado, no sólo en cuanto mira al orden interno, sino también para las empresas en bien de la Iglesia universal. En este ámbito son autónomos del Obispo diocesano. En segundo lugar, en el Concilio se expresa asimismo la dependencia del Obispo diocesano «ad normam iuris» para los trabajos diocesanos, por motivo pastoral.
Esta inversión de los elementos de la exención clásica hace que no quepa hablar de la exención como privilegio, sino como derecho propio, nativo, recibido por vía de la no concesión por lo que la palabra excención parece ser impropia para señalar esta situación.
La dependencia del Romano Pontífice y de sus propios superiores, es una necesidad intrínseca del estado religioso, y la palabra exención utilizada para nombrar dicha dependencia es menos apta, pues no se puede eximir algo que no se liene desde el principio.
Por eso no se habla del privilegio de la exención, ni tampoco de la diferencia entre los exentos y no exentos, pues en la base de la dependencia constitucional del Romano Pontífice, los Institutos religiosos de derecho pontificio, tienen la misma situación respecto al Ordinario del lugar, que es la autonomía. La distinción entre los exentos y no exentos, tenía su raíz en la afirmación de sumisión preexitene y obligatoria al Ordinario del lugar.
Se puede concluir, por tanto, que el Concilio Vaticano II, no trata de la exención clásica, sino, más bien, de la dependencia constitutiva de los Institutos Religiosos respecto al Romano Pontífice y de la consiguiente libertad en relación al Ordinario del lugar. En este sentido cabe decir, que los términos «exención» y «ser sustraídos» no están empleados para designar la sustracción de los Institutos de la potestad del Ordinario del lugar, sino para significar su dependencia constitutiva respecto al Romano Pontífice y la autonomía del Ordinario del lugar, por la vía de la no concesión. Y por eso, parecen estar usadas en el Decr. Christus Dominas en un sentido impropio, pues ni la dependencia original del Romano Pontífice, ni la libertad respecto al Ordinario del lugar, pueden llamarse, en sentido propio, exención o sustracción.
