Applying a q-Gram based multiple string matching algorithm for approximate matching

We consider the application of multiple pattern matching (Multi AOSO on q-Grams) algorithm for approximate pattern matching. We propose the on-line approach which translates the problem from approximate pattern matching into a multiple pattern one (called partitioning into exact search). Presented solution allows relatively fast search multiple patterns in text with given k-differences(or mismatches). This paper presents comparison of solution based on MAG algorithm, and [4]. Experiments on DNA, English, Proteins and XML texts with up to k errors show that the new proposed algorithm achieves relatively good results in practical use.

Rozważamy zastosowanie algorytmu wyszukiwania wielu wzorców (Multi AOSO on q-Grams) do wyszukiwania przybliżonego. Proponujemy rozwiązanie on-line, upraszczające problem wyszukiwania przybliżonego do wyszukiwania wielu wzorców. Zaprezentowane rozwiązanie umożliwia relatywnie szybko wyszukiwać wiele wzorców dla odległości Levenshteina (lub Hamminga) z ograniczeniem do k. W artykule porównane jest rozwiązanie oparte na algorytmie MAG oraz [4]. Badania eksperymentalne przeprowadzone na zbiorach DNA, English, Proteins and XML z różnymi wartościami k wykazały, że zaproponowany algorytm osiąga relatywnie dobre wyniki w praktycznym zastosowaniu.