Zastosowanie metod RAPD i SSR do oceny podobieństwa genetycznego tetraploidalnych gatunków z rodzaju Avena L.

W pracy analizowano podobieństwo genetyczne i pokrewieństwo tetraploidalnych gatunków z rodzaju Avena L.: A. maroccana, A. murphyi i A. macrostachya do gatunków heksaploidalnych A. sativa i A. sterilis w oparciu o polimorfizm markerów RAPD oraz SSR. Piętnaście starterów RAPD inicjowało syntezę 129 polimorficznych fragmentów DNA, zaś 13 par starterów SSR uczestniczyło w amplifikacji 141 tego typu produktów. Wartości współczynnika informacji o polimorfizmie wahały się od 0,58 do 0,80 dla RAPD i od 0,71 do 0,92 dla SSR. Średnia wartość PIC dla metody RAPD wyniosła 0,67, zaś dla SSR — 0,82. Indeksy podobieństwa genetycznego Dice’a zostały wykorzystane w analizie skupień przeprowadzonej metodą UPGMA. Tetraploidy o składzie genomowym AACC uległy wspólnej klasteryzacji z heksaploidami AACCDD. Jednocześnie tetraploidy AACC: A. maroccana i A. murphyi utworzyły oddzielne subklastry. Analizowane genotypy autotetraploidalnego gatunku A. macrostachya (CCCC) uformowały najbardziej odseparowaną grupę skupień, co wskazuje na ich największą odmienność genetyczną. Topologia obu skonstruowanych dendrogramów była identyczna i zgodna z przyjętą systematyką rodzaju Avena L.

Tetraploids of the genus Avena L.: A. maroccana, A. murphyi and A. macrostachya were evaluated for genetic similarity and relatedness with the hexaploid species A. sativa and A. sterilis based on RAPD and SSR polymorphism. Fifteen RAPD primers produced 129 polymorphic DNA fragments and 13 SSR primer pairs amplified 141 products of such type. Polymorphism information content (PIC) values ranged from 0.58 to 0.80 for RAPD and from 0.71 to 0.92 for SSR. Mean values of PIC for RAPD was 0.67 and for SSR — 0.82. Dice genetic similarity indices were used for cluster analysis with the UPGMA method. The AACC genome tetraploids clustered together with the AACCDD genome hexaploids. Simultaneously, AACC tetraploids: A. maroccana and A. murphyi were found to form two separate subclusters. The analyzed genotypes of the CCCC autotetraploid A. macrostachya formed an outer branch, indicating a major genomic divergence. Topology of both constructed dendrograms was the same and consistent with the Avena L. genus systematics.