The Application of PCR Reaction for Identification of MHB Bacteria Species

This study characterizes mycorrhiza helper bacteria (MHB) from selected unpolluted locations as well as subjected to industrial emissions. To determine the species of bacteria isolated from the roots of ectomycorrhizal pine and birch, a method based on the sequence analysis of a 16S rRNA gene was used. The isolated bacteria were initially characterized by available biochemical methods and phenotypic observation. On the selected bacteria representatives isolation of DNA was performed, on which the PCR reaction was carried out. In this way amplified samples were automatically sequenced and the obtained results were compared to public databases. Among the isolated bacteria Pseudomonas fluorescens SBW25 and Burkholderia xenovorans LB400 species were dominant.

W pracy scharakteryzowano bakterie wspomagające mikoryzę pochodzące z wybranych terenów ekologicznie czystych oraz z terenów poddanych emisji przemysłowej. Przedstawiono wykorzystanie metody opartej na analizie sekwencji genu 16S rRNA do określenia przynależności gatunkowej bakterii wyizolowanych z korzeni ektomikoryzowych sosny i brzozy. Wyizolowane bakterie zostały wstępnie scharakteryzowane przy pomocy dostępnych metod biochemicznych i obserwacji fenotypowej. Dla wybranych przedstawicieli dokonano izolacji DNA, względem którego przeprowadzono reakcję PCR. Powielone w ten sposób próbki automatycznie zsekwencjonowano, a uzyskane sekwencje porównywano w ogólnodostępnych bazach danych. Wśród wyizolowanych bakterii dominowały gatunki Pseudomonas fluorescens SBW25 oraz Burkholderia xenovorans LB400.